在臺灣休整了一個月時間，主要是適應了情況，然後，明軍艦隊回到了福建，在臺灣，設置了行省的級別，由鄭成功擔任巡撫，並且將東南沿海的總督的辦公地點設立在這裡。
在福建，明軍的艦隊進行了補充，彈藥和人員，有休整了一個月，在大陸上，調集了三萬名陸軍部隊，並且籌備了新的商船等，還將泉州和福州新下水的戰船十餘艘都編制了大艦隊之中。
這年的七月底，也就是西元日曆的八月下旬，天氣已經消暑，明軍立刻集結隊伍，做了充分的準備，從泉州出發，向荷蘭所屬的印度尼西亞殺去。
百十艘大明軍的艦隊，由戰艦和運輸艦組成，保護了大量的商船，海軍一萬人，陸軍兩萬五千人，目標是爪哇島。
明朝艦隊浩浩蕩蕩地出發，經過了南海，菲律賓的西部海域，然後了馬六甲，在這兒，柔佛島上的荷蘭軍隊，成爲大明軍進攻的目標，這個島嶼，就是後來著名的獅城新加坡。
荷蘭軍隊在這兒，建立了多個堡壘工事，修築得相當堅固，而且，瀕臨海岸線都在大炮的射程之內，荷蘭軍的指揮官相當自豪，認爲這兒是無法突破的防犀荷蘭人可以長期的控制住馬六甲這個寶地，自然也會有無窮無盡地利益。
荷蘭軍隊一千餘人，都覺得自己很牛逼，他們的破舊佛郎機大炮，都覺得世界第一，美沒人能比，所以相當傲慢。
明軍在揆一等人的指引下，艦隊迅速地趕到了這裡，因爲使用了蒸汽機動力，明軍的速度比自然地風帆快了許多倍，這裡，明軍立刻放下幾艘小船，由荷蘭俘虜坐着去向荷蘭軍要求，勸告他們投降。
荷蘭軍大驚之下，也非常憤怒，立刻朝着明軍的艦隊開炮轟擊，因爲距離較近，明軍兩艘輕型巡洋艦被擊傷。
張由鬆勃然大怒，立刻吩咐部隊進攻。
明朝的幾艘重型巡洋艦和幾艘戰列艦，朝着柔佛島嶼上的荷蘭軍隊陣地，特別是炮臺，進行了猛烈地轟擊，然後，輕型的巡洋艦逼近，掩護運輸艦開始登陸。
荷蘭軍隊的炮臺，不堪一擊，瞬間就被打成了廢墟，堅守炮臺的四百餘名官兵非死即傷，在沒有一個完好，就是荷蘭軍的指揮官都被打斷了雙腿。
明軍陸戰隊登陸了一個營的部隊，四百五十一人，他們用迫擊炮和步，炸彈，將荷蘭軍的殘餘兵力壓制得根本沒有一點兒的反抗能力，荷蘭軍無奈之下，發起了憤怒的自殺性衝鋒，充當了倭國人的戰術祖宗。
一排排步子彈，暴風驟雨一樣，將可憐的荷蘭軍隊掃滅在陣地前。
荷蘭軍全軍覆沒，戰略地位極爲重要的馬六甲海峽，被軍隊掌握，這兒的高地上，大明的旗幟高高飄揚。
荷蘭軍後被證實，被殲滅全部的一千四百餘人，而明軍只有三人受輕傷。無一死傷。
因爲戰鬥的結果如此可怕，所以，很多荷蘭人將這一戰稱爲柔佛大屠殺。
張由鬆帶領艦隊逼近了海島，並且親自登陸，觀賞了島嶼上的景色，然後命令隨同作戰的原張獻忠軍的部將李定國爲柔佛總督，負責堅守這一帶，管理過往的各國船隻，並且收取保護費用，自然也得打擊海盜等等。這兒留下來一千五百名官兵，四艘輕型巡洋艦和兩艘運輸艦。
張由鬆的艦隊，稍作停留，就返回東南方向，一路掃蕩，向荷蘭所屬的印度尼西亞的腹地爪哇島發動了遠征戰鬥。
一路上，遇見了多批荷蘭艦隊，都是小船，雖然很堅固，航行的技術很棒，可是，面對艦隊的轟擊，沒有絲毫的還手之力，不是投降就是被殲滅，先後有數千名荷蘭軍和荷蘭軍編制下的殖民地軍遭殃。
主力艦隊直逼爪哇島。
爪哇島是印度尼西亞最重要的島嶼，關鍵不是它的面積大小，而是其氣候水文等條件特別適宜農業發展，所以，現在的印度尼西漾家，擁有四大島嶼，其人口的絕大部分，卻都不在那兒，而是面積只佔全國百分之七的爪哇島，其人口卻佔全國的百分之六十五。
基本上。這個千島之國，真正的核心之在爪哇島上。
沿途一路掃蕩的艦隊，迅速地趕到了這兒，然後，和這兒的荷蘭艦隊的主力進行了連番的大戰鬥。
很多明朝官兵在後來回國以後，心有餘悸的回憶道：“真不知道那些荷蘭人士怎樣想的，明明不是對手，非要往前死衝！”“是啊，我親眼看着一船的荷蘭人被炮彈擊飛，在半空中被單片切割成看了碎片，可怕極了。”“你們不知道，那打仗的時候，海面上漂浮了一層的荷蘭人，都是白臉紅毛高鼻子，在海面上哇哇亂哭！咿呀，叫人都不忍去聽！”
明軍戰艦六十餘艘，荷蘭戰艦一百餘艘，可惜，戰鬥進行了三十分鐘，荷蘭人就全部敗退了。
荷蘭人沒有一發炮彈打到明軍的戰艦羣裡，因爲，明軍就不給他們這樣的機會！明軍儀仗自己的大炮射程遠的優勢，早早地轟擊，將荷蘭戰艦都擊沉了。
慘烈的戰鬥進行了下去，因爲荷蘭艦隊知道不是對手，只有迅速地撤退，可是，他們的迅速，在明軍蒸汽機動力的追趕下，緩慢得就像是蝸牛在爬！明軍的艦隊追趕過去，輕易地追上了，一陣狂轟濫炸，將這些戰艦大多數擊沉了。
明軍的戰艦，船大炮粗，威力，荷蘭軍的戰艦根本不是對手，而且戰鬥中，明軍往往以戰列艦或者重型的巡洋艦爲先鋒，包裹有鐵甲的鉅艦更是荷蘭軍無法突破的屏障。
荷蘭艦隊在爪哇島周圍海面的戰鬥中，完敗了。
慘敗的荷蘭軍艦隊，成爲一大羣的可憐蟲，最終，被動了惻隱之心的軍隊拯救上來不少，其餘的，不是被海浪衝賺就是被巨型海魚吞噬，那時候，因爲捕魚技術和設備的問題，海洋的生態還相當原始，大量的肥壯魚羣瘋狂地圍攻過來，將許多還在慘叫的荷蘭軍人拖進海底深處，再也沒有上來。
沒有辦法，就是張由鬆都對荷蘭人得悲慘遭遇感慨萬千。
明軍部隊登陸，開始向爪哇島挺進，部隊分爲幾個部分，佔領了島嶼上的最關鍵地帶，因爲這裡有大量的華僑居住，他們成爲大明官軍的帶路黨，甚至直接參與戰鬥，使明軍的進展極爲神速。
數天之內，明軍部隊了爪哇島！荷蘭陸軍，特別是武裝的土著居民組成的僞軍，進行了英勇抵抗，給明軍造成了不小的障礙，可惜，明軍用先進的步，沒威力兒靈活的迫擊炮，將這些敵人轟得支離破碎，暈頭轉向，凡是戰鬥的地方，都大量的鋪墊着這些人得屍體。
明軍以一百零七人的傷亡，殲滅了荷蘭軍隊和僞軍共計兩萬三千多人。