儘管奢祟明之亂是九個月後的事，米柱在初掌東廠之時就己進行了佈署，往永寧和水西派遣了密探，從密探反饋回來的信息。
形勢依舊不容樂觀，原版的奢安之亂，是在大明丟失了瀋陽遼陽，遼鎮全境淪陷之時，斯時天下震動，民心士氣跌到了冰點，朝廷焦手爛額，拆東牆補西牆，顧頭不顧腚，這纔給野心家有了可乘之機。
而現在，米柱可以驕傲的說道，因爲本官執掌廠衛，形勢一片大好，狼子野心的建奴被打斷了爪子，退回去舐弄傷口了，而這些西南的野心家們，還有沒有可能叛亂？
雖然密探反饋的消息不容樂觀，魚肉百姓，擁兵自重，獨霸一方，但那一個土司不是這樣的土皇帝？
現對於明朝的滅亡，很多人都認爲是大明朝軍隊無法對抗建奴和流寇，導致最後敗亡，其實以大明朝當時的國力，這兩方還是可以應對的，當時明朝不只有這兩方敵對勢力，還有第三條戰線，這條戰線牽制和分散了大明朝軍隊的主力軍，這一方是持續了長達二十多年的西南土司叛亂。
這條戰線對大明朝最後的滅亡命運和之後西南各族的影響可謂巨大且深遠。明朝對於雲南、貴州和四川三省的少數民族一直是採取以夷制夷的策略，即世襲土官的制度，讓當地少數民族首領擔任當地長官，負責管轄當地。
朝廷不做干涉該地的長官選拔，只負責稅收和邊防等事宜。當時西南地區有不少的行政單位，很多地方還有武裝力量，這種特別的地方自治模式也就是土司制度。土司官員們在這三個省經營了很長時間，他們的勢力可謂根深蒂固，人稱流水的朝廷，鐵打的土司。
所以有些土司就覺得天高皇帝遠，在當地橫徵暴斂，作威作福，還對抗朝廷，大明朝時西南地區經常發生或大或小的叛亂，其中最有名的是萬曆年間爆發的楊應龍叛亂，明朝軍隊花費了一萬兵力，和他們激戰一年才平定此次叛亂，之後朝廷在當地推行改土歸流的政策，因爲受到的阻力不小，進展很慢。
西南地區依然半土半流，萬曆後期明朝廷腐敗現象頻發，建奴勢力崛起，朝廷爲了籌集軍餉選擇大增賦稅，土司官員趁機橫徵暴斂，百姓民不聊生，苦不堪言。
四川永寧慰使奢崇明趁機起兵反明，朝廷好不容易派兵平定了奢崇明叛亂，貴州宣慰同知安邦彥又發動了叛亂，安邦彥家族可謂是西南地區自古就有的家族勢力了，安邦彥叛軍很快佔領了貴州的大部分地區，還打敗過貴州總兵帶領的主力軍，圍攻貴陽，威脅湖廣等地。明朝掃平奢氏後集中了七個省的兵馬圍剿安邦彥。因爲貴州地形複雜，幾年裡，雙方都拉鋸作戰，不分輸贏。
直到崇禎元年，曾經平定奢崇明叛亂的朱燮元擔任兵部尚書後，朱燮元帶領西南軍務採取步步蠶食的策略才最終在崇禎二年八月，斬殺了安邦彥和依附於安邦彥的奢崇明，在第二年春天，明朝軍隊徹底掃平了叛軍的餘力。
但是這場戰爭歷經了十幾年，明軍用了十多萬兵馬，耗費了幾百萬兩白銀才平定了此次叛亂，可謂元氣大傷。這個時候，李自成等農民起義軍也崛起。之後明朝經歷了沙普之亂這最後一擊，明朝滅亡。
所以，這也是心腹之患呀！這西南的土司勢力，比之建奴一樣難以對付，像建奴才崛起幾十年，而水西安氏，己在一千四百五十年了，比大明長久近五倍，他們割據一方，擁兵自重，朝廷是一點辦法也沒有。
而且他們不反，就是大明朝的臣子，一旦反了，就造成深重的災難，不可收拾，元氣大傷。
米柱怎麼做？迫他們反不成？這是不可能的，而且米柱也希望這爲禍一方十幾年的災難化解於無形，在不斷的派出密探，去調查消息之後，米柱決定，自行化解這危機，而不是任其癌症化。
也不是所有的土司都是奸的，都是對抗朝廷的，像石柱土司的秦良玉、秦邦屏，秦民屏兄妹等就是忠於大明的，他們的白桿兵一部更是編入了天子親軍，這是無上的榮耀。
而且按約定，秦良玉及其子馬千乘會率六千白桿兵出川，馳援遼東，原版正是白桿兵出川，戰局又崩壞，這纔給了奢崇明等可乘之機，攻下了重慶，圍攻成都。半個四川，陷入戰亂之中。
永寧奢家，水西安家，是剿是滅，這是朝廷大事，必須朝中諸公和地方商量決定，米柱現在就是告訴內閣，這永寧奢家、水西安家有不臣之心，謀反之志，內閣一定會說，澳州伯請慎言慎行，大明己經不起折騰，切勿做出官迫民反之事。
在土司和廠衛之間，內閣更願意相信，臣服朝廷幾百年的土司家族。
明知如此，米柱還是往兵部、內閣發了備忘錄，指出了奢安二家不臣之心，且有造反的可能。
這就令內閣頭疼了，你東廠兩嘴一張，就說西南有大事，這是要人命嗎？永寧土司屬於四川，水西屬於貴州，干係極大，發一牽動全身，難道出兵剿平？
且水西安氏，乃貴州四大土司之一，與水東的宋氏，思州的田氏和播州的楊氏合稱四大土司，思州土司以田氏爲主，統治時間長達831年，田氏土司是黔中最著名的土司之一，千年的世襲，它與播州楊氏並稱爲思播田楊，所以播州是楊氏的天下。播州土司從唐朝世襲至明朝萬曆年間，經歷了二十九代，725年之久，最後一代土司楊應龍因叛逆造反被殺，所以播州楊氏土司也停止世襲。
四大土司滅其一，播州改爲遵義，但這播州之戰乃是萬曆三十年，損耗錢糧無數纔拿下的，難道現在又來一場播州之戰什麼的？
土司乃國中之國，省內藩鎮，歷代皇帝和巡撫，無不有改土歸流之心，但終因抯力極大而終止，但是朝廷一有機會，覷上了空子，就會撲上去，改土歸流，平定地方之亂肇。
特別嚴重的是，貴州一帶唐、宋、元諸朝均以土司羈縻，未置郡縣（土府、土縣亦是土司管轄），太祖洪武五年，貴州安、宋、田、楊四大土司內附，朝廷仍元舊例，封宣慰使，令其自領其土，自管其民。
雖然大明初中央權力尚不足以直接控制貴州，但朝廷從未放棄改土歸流的努力，太祖洪武初，蒙元殘餘勢力盤踞雲南，仍欲負隅頑抗。而要徵雲南，最便捷、安全的一條路需經過貴州，這使得朱元璋動意經略貴州。他先是開闢自中原通往黔、滇的驛道，以加強對這一地區的控制。
洪武十五年，更是將凱旋的伐滇軍隊三十萬餘人，分散安置在貴州一帶駐守，這些軍隊成爲貴州衛所的基礎。與此同時，朝廷又將軍人家屬自中原遷入貴州，劃歸衛所管理，與本地原有的土官管理體系分開。雖然沒有直接改土歸流，但是相當於將一顆釘子楔入貴州，通過移民動搖了土官的統治基礎。
同時，依靠這些衛所，朱元璋在貴州建立了都指揮使司，這是貴州三司建立的開端。
成祖永樂年間，思州、思南兩宣慰司發生衝突，這兩個宣慰司的首領都是黔南田氏家族的族人，不過分屬於兩支（兩家在宋元之際就已經分家），他們因爲丹砂礦的歸屬權大打出手，給了永樂皇帝出面干涉的藉口。
最終，思州、思南兩個宣慰司均被革除，宣慰使被收執，明廷採納了夏元吉的意見，於永樂十一年，將原來的兩個宣慰司共計三十三個長官司的轄地劃分爲八個府，並據此設立貴州承宣布政使司，這是貴州建省的重要一步，永樂十五年，爲健全三司體制，建立貴州按察提刑使司，至此貴州省制完備。
但值得一提的是，貴州雖然仿照其他省份建立了三司體制，但是實際的權力很多還掌握在大大小小數百個土司手中，安、宋、田、楊四大土司仍具有影響力，比如播州楊氏在，曾在明中後期掀起叛亂，而大大小小的苗亂則與明廷相始終。除此之外，貴州的流官一般只設到府一級，縣級設置很少，大部分府下設置長官司，實際權力還是掌握在土司手中。總而言之，明代貴州的改土歸流雖然一直在推進，但是緩慢而艱難，並且存在一些改流復土的議論。
這是大明內部最複雜，最令人煩惱頭痛之事，米柱卻不合時宜的提出，令內閣相當頭痛。
這永寧奢家、水西安家，擁兵上萬，轄地數府，有造反的本錢和能力，但他們己臣服幾百年了呀！儼如國中之王，土皇帝，何必造反？況且東廠的證據也不足，於是他們將備忘錄轉回四川布政使司、貴州布政使司，讓他們多加註意，同時回覆東廠，讓他們找更多的證據。