隨着策略的調整，兵力也開始調整，葉可亮改任東南軍區司令，由硬攻蘇門答臘島改爲攻略幾內亞島和蘇拉威西島，這些地區很大，但軍隊不多，用不着這麼多主力部隊，抽調了騎兵師的一半部隊改歸湯正指揮。
同時由辛格指揮的僱傭兵也抽調歸湯正指揮，辛格的僱傭兵師名爲師級單位，卻是擁兵超二萬，這些南洋軍本地人蔘軍，只可以先參加僱傭兵，表現良好之後，才轉往其它各支部隊，從某種角度來看，辛格部算是他們的南洋土蕃兵的訓練基地，他們是在實戰之中訓練。
如此一來，爪哇軍區擁兵近五萬，成爲了南洋軍中最大的作戰集團，司令湯正炙手可熱，躍升爲南洋軍第一重將。
軍區參謀長戚青聽聞呂宋女王李暮聲稱一個月攻下巴達維亞，他道：“我們也可以，保證完成任務！”
湯正大喜：“參謀長肯定有妙計，快快道出，哥我請你喝老酒。”
戚青，外號鬼謀，與鬼狐扶漢明號稱總參謀部雙傑，未來的總參謀長。
戚青道：“沒有！只能強攻！”
湯正道：“那你還吹牛？”
荷蘭人對東印度公司大本營的恰當地點的最終選擇上，取決於兩個方面的考慮：其一，它必須接近東西交通的兩條海道馬六甲海峽與巽他海峽之一；其二，它必須是大明帆船能方便抵達的她方，因爲大明帆船在羣島內的貿易中發揮重大作用，荷蘭人東來不是建立新的貿易網絡，而是利用印度洋、南大明海已有的海上貿易網，而這個已有的海上貿易網已爲大明商人、印度商人和東南亞商人經營了至少一千年了。
這項考慮使荷蘭人於四年在雅加達土酋居住區的廢墟附近建立了巴達維亞城，雅加達土酋及其屬民則被趕出雅加達而去了萬丹，科恩採取了儘可能吸引大量華人與荷蘭人移民巴城的政策，次年以後來自大明的大帆船開始運來移民勞工，巴城建設得以開始，而吸引荷蘭自由民的移民計劃終成泡影。
巴達維亞城市的主要建設工程，如運河的挖掘、城牆與房屋的建造，全部由著名的華人承包商楊昆和潘明巖等承包和實施，荷蘭當局規定華人每人每月須交納1.5里爾的人頭稅方可免去爲修築城牆運土的義務。
結果，他們爲巴城防禦工事所支付的資金，是其他市民的五倍。在市政廳的建造中，他們支付的資金三倍於其他種族集團的總和，這說明在巴達維亞城市最初建設上，大明移民從資金到工程承包都做出了最重要的貢獻。
一開始荷蘭人計劃將這城市建設成爲一個大型貿易城市，有巨大的碼頭和港口區，但隨着南洋軍勢力的迅速崛起，他們開始改變戰略，將這裡打造成爲軍事中心，以支撐他們在東方的軍事力量，遂改造成爲城堡。
該城爲典型之近代歐洲棱堡，壕溝圍繞四周，斜坡土堤爲臺基。牆面乃紅磚砌成，用糖水、糯米、蚵殼灰、砂搗和黏之。內城爲方型，有上下兩層。長寬皆爲五百一十五公尺，城壁高約十五公尺，厚一點二公尺，四角棱堡厚一點八公尺。
地下室爲倉庫，爲儲存彈藥、糧食及雜物之用，上層設有長官公署、教堂、瞭望臺、士兵營房等設施。外城（四角附城）爲長方型，長一百六十公尺寬，七十七公尺，較內城稍低，內有長官及職員宿舍、辦公室、會議廳、醫院、倉庫等公共建築。
在防衛上，外城有兩個棱堡，一個半月堡，西北角的稱爲荷蘭地亞堡、西南角的稱爲黑德爾蘭堡。內城有四個棱堡，三個半月堡。
四個棱堡名爲菲力辛根堡（東北角）、安納麥頓堡（西北角）、密特堡（西南角）與甘博菲爾堡（東南角）。棱堡與半月堡各有三十門大大炮；共三百門大炮，可沿牆側面與面對開擴地發揚火力。
自從遠征軍慘敗，他們開始加大改造的力度，因爲南洋軍的海上封鎖，商船不來，他們乾脆完全的軍事化改造，他們將在這裡抵抗南洋軍，堅持到本艦隊的到來。
現在他們加大了改造的力道，讓巴城的大炮增加至上六百門，所有荷蘭人徵召入伍，接受軍事訓練，任何一個試圖正面強攻該城的人都會被打得頭破額流，死傷慘重。
他們就是因爲正面強攻會死傷慘重，所以纔會覺得這活兒不好乾，現在他們還是決定強攻？
現在的巴達維亞，早己沒有前兩年的威風，他們的海軍己被南洋軍幹掉得差不多。他們原本還有幾十般戰船逃回了巴達維亞，但是海軍屬於進攻型力量，他們急於獲得補充，退回了港口，誰知讓顏思齊在外面一堵，撒下了大量的水雷，成功的將他們封鎖死在了港口裡。
水雷是南洋軍的又一大殺器，由水底龍王炮改造而來，荷蘭人的水手悍不畏死的駕着船衝出來，試圖與南洋軍決戰，爭奪制海權。
誰知讓水雷炸得死傷慘重，傷得懷疑人生，他們無法在南洋軍封鎖之下完成排雷，只好退守港口，徹底失去制海權。
米柱提出了海權論，他的海權論指出以貿易（指商品輸出）立國的國家，必須控制海洋。奪取並保持制海權，特別是與國家利益和海外貿易有關的主要交通線上的制海權，是國家強盛和繁榮的主要因素。
要奪取和保持制海權，必須具有佔優勢的海上實力，即強大的艦隊和商船隊以及發達的基地網。他從戰略角度分析了一國的地理位置、自然環境、領土範圍、人口數量、民族性格和政府政策（包括髮展海上實力的政策）等因素對海權的影響，提出海軍戰略就是在平時和戰時建立並加強海上實力，以實現國家的戰略目標。
他認爲，取制海權的方法是艦隊決戰和海上封鎖，而要完全奪得制海權，只有通過艦隊決戰。他強調集中兵力，把集中兵力視爲基本的作戰原則和貫徹海軍戰略的主要手段。他主張南洋應建立強大的遠洋艦隊，先控制馬六甲海峽，然後控制印度洋，從而完成了對東西方貿易的壟斷。
米柱雄心勃勃，計劃打造一支不比西班牙無敵艦隊遜色的超級艦隊。
基於這一理論，南洋軍必須擁有一支強大的海軍，他們計劃將主力戰艦升至二百艘，十萬水手的水平，這讓他們從北暹羅搜刮到的金銀全部用光了，別人以爲南洋軍國庫金山銀山，其實他們的國庫空空如也。
訂購軍艦、招募水手、日常的消耗，各種訓練消耗光了他們的國庫，若非控制了馬六甲海峽，近乎控制了東西方海上貿易，他們將會運營不下去而破產。
但米柱不惜血本的投入，讓他們的海軍異乎尋常的強大，才控制馬六甲海峽及北暹羅地區，就差不多奪取整個東南亞地區的制海權，打得荷蘭人、葡萄牙人、西班牙人這些以海洋立國的小強們跪下了唱征服。
這絕對強大的背後，是海量金銀的支出，米柱的日子是省吃儉用，一日三餐，都是三菜一湯，連娶七公主，也只是拉了幾船玻璃去作爲聘禮，但是人家文萊王地方雖小，架子不小，拉回來了幾大船金銀和特產，明面上的市價，就不比那幾船玻璃遜色。
只有米柱知道，他那所謂的幾船玻璃奢侈品，其實是沙子……。
不過米柱傾力的投入，確是讓他們擁有了一支地區最強大海軍，他一聲令下，就完成了對蘇門答臘島和爪哇島南邊海岸的封鎖，並將對方的水師摧毀，至於李暮獻計，讓蘇門答臘島的阿羅科與爪哇的伯夷自相殘殺，米柱也否決了，因爲這將曠日持久，另有者，他們的水師都讓南洋軍水師滅了，他們分佔兩島，怎麼打？游水過去打呀？
米柱改而決定使用封鎖打擊的方式，一樣可以滅掉了對方。
馬六甲海峽和爪哇地區，是他必控之地，這裡將會成爲他統治的核心區域，米柱不會招降他們，不會結盟，像是柔佛馬拉高那樣都不行。
荷蘭人等西方小強無法統治和融合南洋，但是米柱可以，他的南洋軍可以，所以這些當地的強勢力量，必須消滅，殺個乾淨，纔可以方便以後的統治。
他要學米帝在美洲那一套，這是成功的，不能學西洋人在南洋那一套，二戰之後，這些殖民地紛紛獨立，最終還是落入了這些土著之手。
有了這些政策，米柱決定，以軍事征服爲主。
他的特戰隊在短暫的休息以後，又乘船返回了巴達維亞城郊，繼續對該城進行封鎖，這次同來的還有湯正的警衛師。
因爲荷蘭人的艦隊被封鎖在萬丹灣，失去了制海權，警衛師在艦隊的掩護，特戰營的接應之下，堂而皇之在巴達維亞附近登陸，成立了前線司令部，南洋軍主力，正式登陸爪哇島。