白蓮教是唐、宋以來流傳民間的一種秘密宗教結社，源於佛教的淨土宗，早期的白蓮教崇奉阿彌陀佛，提倡唸佛持戒，規定信徒不殺生、不偷盜、不邪淫、不妄語、不飲酒。它號召信徒敬奉祖先，是一種半僧半俗的秘密團體，很容易爲下層人民所接受，所以常被利用做組織人民反抗壓迫的工具。
在元代，白蓮教曾多次組織農民起義；明朝永樂年間的唐賽兒，也以白蓮教之名從山東起事，讓成祖大爲震怒。唐賽兒之後，還爆發了數次小規模的農民起義，比如嘉靖年間江南太湖流域馬祖師領導的農民起義和山西、內蒙一帶的農民起義等。
由於元朝末年，最先掀起反抗暴元旗幟的韓山童、劉福通等人，便是白蓮教中的首領人物；包括朱元璋本人也與白蓮教有着脫不了的干係，他之後率領的明軍，多少也參雜了白蓮教的身影，所以明朝皇帝對白蓮教是很敏感的。老朱家就是依靠農民起義奪取的天下，自己當家做主後，爲了江山的穩固，自然嚴禁他人再加以效仿。從永樂之後，歷任明朝皇帝對白蓮教的態度都是斬盡殺絕，沒有哪個朱家子孫敢對其放任不管。
“寧殺錯，不放過”，這是各朝各代皇帝們對於白蓮教的處理原則，是以這次巡撫大人還在返程途中就讓人甄別消息是否屬實。回到濟南府的第二天，噩耗傳來：白蓮教確實在山東境內動作頻繁。伍巡撫一個頭兩個大，自己纔到任山東沒幾個月，就發生瞭如此惡劣的大事件，隱瞞是不可能的，何況他也沒膽子隱瞞。只是伍巡撫心裡卻擔心上報朝廷後，皇帝會不會治他個疏於盤查的罪名呢？
伍巡撫即使再擔心被治罪，也必須得將山東境內的白蓮教相關事宜報告給中樞，幾天後，聖旨下來：着山東巡撫總理境內剿匪事宜，務必儘快將白蓮教匪人悉數捉拿！其他的問題皇帝是一句話都沒說，不過伍巡撫知道，自己這次要是剿匪不力，肯定會被“算總賬”的。接旨後，伍巡撫心裡尋思着：自己並不是“上馬管兵，下馬管民”的那種封疆大吏，這次的剿匪頂多就是負責後勤和上報之類的事務，打仗的事情還必須得靠軍隊，山東境內的軍隊調動還得找總兵古萬長。
於是伍巡撫找到了古萬長，兩人都深知事情的緊迫性和嚴重性，一番協商後，山東境內轟轟烈烈的剿匪運動就展開了。
經過調查，目前山東境內的青州、東昌、兗州都盤踞了規模不小的白蓮教匪徒，於是官方第一階段的動作就是三府各自負責轄區內的剿匪任務，以三個月爲限。
作爲東昌府剿匪任務的主要責任人，鍾南從內心來說，是不願意去幹這個事兒的，畢竟都是華夏同胞，這種自相殘殺很難讓人有成就感。可是他也知道，不去是不行的，自己無論怎樣阻撓，也唯有延緩些時間而已。不過鍾南還是寄希望於多緩兩天，說不定東昌府的白蓮教徒會主動撤退。
剿匪命令下達到東昌府後，鍾南先是藉口餉銀沒到位，下面的士兵餓着肚子很難拉出去。待上面把銀子劃撥下來後，鍾南又說東昌府的軍隊操練還不繫統，這樣拉出去傷亡會比較大。再待軍隊訓練了十來天，又說如今才二月中旬，天氣乍暖還寒，不太適宜剿匪。
鍾南這一拖再拖的行爲，讓青、兗二州的人很是不滿：我們這邊都剿匪半個多月了，你鍾遊擊還在東昌府窩着，是不是和白蓮教有什麼瓜葛呀！一聽這個，鍾南就泄了氣，沒辦法再拖延下去，只能拉着隊伍去剿匪了。
山東這個地方，自古以來就民風彪悍，他們的祖先是東夷人，東夷人身體強壯且十分好戰，加之不知爲什麼這塊土地上的天災人禍比較多，所以出現較多的造反者也不足爲奇了。遠點的如西漢末年的樊崇赤眉軍，西晉時的劉伯根王彌，北魏的邢杲，隋朝末年的王薄，唐末的黃巢，北宋水泊梁山的晁蓋等等，最近的就是大名鼎鼎的唐賽兒了。
鍾南在東昌府的士兵裡面挑出了五百人，主要的標準就是年輕力壯，頭腦靈活，而且還要能吃苦耐勞，並且未婚且不是家中獨子。他打算以這五百人爲基礎，先行用現代化的方式訓練，有了成效後再慢慢擴大規模，最終形成一支三千到五千人的精銳之師。
打造一支屬於自己的“鍾家軍”，這個想法是鍾南在京師逗留期間成形的。縱觀萬曆一朝，戰鬥力最爲強悍的就是戚家軍、遼東軍和川軍，三支軍隊各有特色，每支軍隊的人數都不多，大約三五千人。鍾南希望能打造出一支類似甚至是超越以上的軍隊，無論是爲了建功立業，還是爲了保護自己和家人，這都是很有必要的。
此次剿匪鍾南就把這五百人馬拉了出來，臨行前他交代了唯一的要求：一切行動聽他指揮。在鍾南看來，無論是戚家軍、遼東軍還是川軍，都算是私軍，雖然也遵從朝廷調令，但戚繼光、李成樑和劉鋌纔是三支軍隊的靈魂人物。自己這支隊伍不光要戰鬥力出色，對主將的忠誠度更是得高要求，甚至可以說後者重要於前者。
如今這支“鍾家軍”的雛形初現，五百人馬分屬五哨，除了自家兄弟陳、崔兩個哨官外，還有三個哨官是肖世友、馬光遠和歐陽山，都是二十五六歲的年齡。數月的相處，已經讓五個哨官打成一片，大家親如兄弟，無論做什麼都是同進退，這也正是鍾南所希望的。
東昌境內的白蓮教匪徒，據情報說是在城外的鳳凰山一帶活動，五百多人馬浩浩蕩蕩地來到目的地後，鍾南先派了斥候上山查看情況，一個多小時後，斥候回報：山上的確有人馬聚衆活動的痕跡，大約一兩百人，鍾南聽到後隨即讓全體官兵就地安營紮寨。
之後到了午時飯點，鍾南再次命令埋鍋造飯，飯後休息了一小會兒，又命士兵們在營地裡操練了起來，直至傍晚時分，才帶着大隊人馬返回了東昌軍營。這一波操作讓下面的人倍感奇怪，好在沒人提出異議，大家都不打折扣的執行，誰讓遊擊將軍給這五百人的餉銀不但不克扣分毫，還比其他兵高一半，每天的伙食也要比其他兵好太多呢！
此後三天，鍾南都是上午將人馬拉到鳳凰山下，休整到中午再生火做飯，下午操練，傍晚回營。幾個哨官實在是忍不住了，五人一起來到鍾南的營帳裡，你推我我推你，最後還是崔大正先開了口：“二哥，你這是葫蘆裡賣的什麼藥啊？”
看着另外四人也是不解的神情，鍾南知道有必要給他們解釋一下了，“你們覺得山上是白蓮教匪徒嗎？”
五人都說是。
“那你們有誰知道，這些白蓮教的匪徒都是些什麼人呢？”鍾南又問。
五人你看我，我看你，最後是對東昌情況最爲熟悉的馬光遠開口說到：“據說這夥白蓮教的匪徒，就是我們山東這邊的農民和一幫江湖人士組成的！”
歐陽山接着說到：“我聽說東昌和青州、兗州的白蓮教都是同一個首領，叫什麼不知道，只是大家都說這個首領功夫高強，而且會仙法！”
見沒有人接話了，鍾南便開口說道：“對呀，他們裡面有一幫江湖人士，說不定還是武藝高強之輩，首領又會仙法，那我們攻上去會有什麼好果子？”
五人一聽，明白了，遊擊大人這是摸不清白蓮教的虛實，又不能違抗上面的命令，不得已採取的辦法。他們哪裡知道，鍾南只是單純地不想和這些被迫造反的同胞們刀槍相向，那和自相殘殺無異；至於說那些功夫高手，他倒並不畏懼，“武功再高，也怕菜刀”嘛；另外關於那個首領的什麼仙法，他是不信的，21世紀的大好青年對這種怪力亂神的報道不知聽了多少，早就免疫了。
對於上司的這種想法，五人不但不反對，相反的還甚爲認同：情況不明時沒必要去犯險。於是五百多人馬相當於野外拉練一般，每天按時來準時走，這番動作把山上的白蓮教給整懵了，還以爲東昌軍有什麼大動作，連着幾天首領都極力約束着大家不要輕易外出。
話說這鳳凰山上的近兩百人馬還真就是白蓮教中人，而且說來也巧，領頭的鐘南還見過，就是在蘇州綁架馬家小少爺的那個中年男人。此人名叫廖傳志，原本是濟南府郊外的一戶貧困人家，後來加入了白蓮教，幾年後便成了白蓮教山東分部的首領。