就在琉球島上的戰事如火如荼的時候，在西南太平洋戰區，婆羅洲戰役仍在激烈地進行。離預定的進攻日本本土還有5個月時間，麥克阿瑟在馬尼拉幾乎無事可做。他不甘寂寞，決定親臨婆羅洲前線進行巡視。6月3日，他在艾克爾伯格陪同下登上“博伊西”號巡洋艦南下。他們大致沿着1942年逃出科雷希多時的路線，先到民都洛，然後到棉蘭老，接着又去了宿務、內格羅斯和巴拉望。艾克爾伯格中途返回棉蘭老，繼續指揮那裡的戰鬥，由肯尼接替他陪麥克阿瑟前往婆羅洲。
6月8日，麥克阿瑟一行離開巴拉望，前往文萊視察將在那裡進行的登陸。
6月10日，澳軍在未遇多大抵抗的情況下順利上陸，並向腹地推進。登陸兩小時後，麥克阿瑟和肯尼等也上了岸。附
近仍有日軍不斷射擊的槍聲，這使肯尼感到非常緊張。但麥克阿瑟卻無所顧忌地大步往前走，顯得很開心，還不時地同士兵們交談。這時，一位一直跟在麥克阿瑟身旁的攝影記者被敵人的一顆子彈擊中了肩膀，肯尼藉此強行把麥克阿瑟拉回到艦上。第二天，他們又上了岸，坐上一輛吉普車去尋找更多的麻煩。他們來到叢林深處，被一位澳大利亞軍官擋住了去路。麥克阿瑟表示抗議，仍要往前走，但那位軍官不聽邪，就是不放行，還說這是他生平頭一回看見一位總司令當尖兵。
結果，他們在附近轉了一圈，最後覺得再沒什麼可看的了，才返回“博伊西”號。
6月12日，“博伊西”號經和樂島和棉蘭老北返。麥克阿瑟回到馬尼拉後，正趕上哈爾西從萊特前來見他。這是他們一年來的首次晤面，自然異常高興，一起共進了午餐，並談起仍在進行的沖繩島戰役。麥克阿瑟批評這次戰役代價太高，太浪費，認爲與其用正面強攻去消滅敵人，不如以逸代勞，建立防禦陣地，將敵人困死。哈爾西則批評斯普魯恩斯對艦隊的使用不當，認爲他不是用其對日本本土進行戰略襲擊，而是束縛於沖繩附近進行消極防禦。他們談得非常投機，情緒都很激昂。
6月中旬，澳軍在打拉根登陸成功後，開始準備在婆羅洲的巴釐巴板實施第二次也是最後一次登陸作戰。巴釐巴板是著名的石油產地，日軍在此建有最堅固的水際灘頭防禦工事，佈設了大量水雷和障礙物，並在岸灘後面的高地上配置了火炮以封鎖灘頭陣地。爲摧毀這些工事和障礙物，盟軍在登陸前16天就開始了艦炮火力準備，共發射16萬發炮彈，爲西南太平洋部隊實施預先火力準備時間最長、規模最大的一次。期間，掃雷艇和水下爆破隊完成了登陸水域的清除任務。6月27日，麥克阿瑟爲觀看巴釐巴板的登陸情況而再次乘“博伊西”號南下。
7月1日，登陸跟行動剛開始不久，麥克阿瑟即命令馬上派一艘汽艇來送他上岸。但負責作戰的海軍將領認爲當時灘頭正處於敵人的炮火之下，因此未按預定時間派汽艇來。麥克阿瑟讓手下人告訴這位將軍：“立刻派汽艇來！”5分鐘後，汽艇果然來了。上岸後，他在一個離日軍陣地不到200碼的高地上駐足，與戰地指揮官一起查看地圖。這時，日軍一挺機槍向他們射來，濺起一片塵土。其他人都臥倒在地，唯有麥克阿瑟仍站在那裡若無其事、一動不動地還在看地圖。末了，他把地圖交還給那位軍官，並指着附近的另一個高地說：“我們去那裡看看。”當他們從高地上下來時，那挺機槍又掃射過來，打落了他們身旁樹上的樹葉。麥克阿瑟轉身對那位指揮官說：“順便提一下，我想最好派幾個人幹掉那挺機槍，免得它傷了什麼人。”過後，美國的一家報紙以《臥倒，將軍，臥倒！》爲題，強烈呼籲麥克阿瑟下次再發生這樣的情況，聽到臥倒的命令後，可別再站着不動了，以免帶來毫無意義的犧牲。該文還諷刺說：“您真以爲危險是那麼甜滋滋的，她的臉蛋是那麼白哲，使您沉迷不能自拔嗎？常識斷定應該臥倒，您就要臥倒。您不必使您的士兵信服您是一位勇士。您不必使我們這些納稅人和戰爭債券的購買者信服。”
7月5日，麥克阿瑟返回馬尼拉。在前一天，他已宣佈菲律賓戰役正式結束。實際上，克魯格在呂宋的清剿作戰還遠未結束，他只消滅了10萬餘日軍，還有6萬多躲在呂宋北部山區，他們直到戰爭結束才投降。但這股幾近彈盡糧絕、疲憊不堪的殘敵，此時已構不成什麼威脅。在菲律賓戰役(包括萊特、呂宋和南部諸島作戰)中，日軍共被擊斃40餘萬人，而美軍則只傷亡6．2萬人(其中亡1．4萬)。與日軍的損失相比，美軍的傷亡是微不足道的：每陣亡1人，就有30名日軍被打死。在婆羅洲戰役接近尾聲時，麥克阿瑟還擬製了爪哇登陸計劃，以奪取荷屬東印度羣島，恢復荷蘭人的殖民統治。但參謀長聯席會議考慮到進攻爪哇在戰略上沒有什麼意義，且盟軍要全力用來準備對日本本土發動進攻，故未批准該計劃。對此，麥克阿瑟認爲這是一個嚴重錯誤，是政治在干涉軍事。
爲徹底摧毀日本的戰爭潛力和日軍的抵抗意志，創造進攻日本本土的有利條件，美軍從3月份開始還加強了對日本的空中轟炸和海上封鎖。3月9日夜，美軍第20航空隊在柯蒂斯李梅將軍指揮下，從關島出動334架B一29轟炸機對東京實施第一次低空大規模“火攻”，共投燃燒彈1667噸。東京頓時成爲一片火海，1／4以上的市區被燒燬，8萬多人被炸死或燒死，100萬人無家可歸。以後10天，李梅又出動轟炸機1595架次，對東京、大阪、名古屋和神戶投燃燒彈9373噸，被稱之爲“火攻閃擊戰”。這種要命的“火攻”，其規模越來越大，並擴大到其他城市。到7月份，肯尼的飛機和哈爾西的艦載機也加入到這一轟炸行列。肯尼說，他幾乎每天都以沖繩爲基地出動600架以上的飛機對日本進行襲擊。哈爾西自7月1日率第3艦隊自萊特灣再次出海後，三次襲擊東京、兩次襲擊北海道、三次襲擊獺戶內海。大轟炸使日本98座城市遭到程度不同的毀壞，輕者被毀一半，重者全部成爲廢墟；大轟炸給日本平民帶來深重的災難，數十萬人被炸死，上千萬人流離失所；大轟炸幾乎使日本工業陷於癱瘓狀態，飛機、電力和煉油工業分別下降65％、70％和80％，其他軍工生產下降30％以上；大轟炸給日本的海、空軍也帶來極大的破壞，大量機場被摧毀，日本海軍殘部被基本消滅。這些連續不斷而肆無忌憚的轟炸，幾乎未引來任何報復性行動。日軍大本營已把飛機(其中大部分是神3特攻機)隱蔽起來，一心準備在本土與美軍決戰。具有諷刺意味的是，若干年以後，策劃並指揮了“火攻”的李梅將軍因此被日本政府授予了勳章。
與此同時，美軍從3月份起開始對日本本土實施大規模海上封鎖，以切斷其海上運輸線，使日本列島成爲孤島。美軍除組織潛艇、航空兵和水面艦只襲擊日本商船，實施破交作戰外，還重點對日本本土實施了代號爲“飢餓戰役”的佈雷封鎖。佈雷兵力主要由第20航空隊的B一29轟炸機擔任，由戰術航空兵和潛艇協同。從3月27日起到戰爭結束的4個半月時間裡，第20航空隊共出動飛機1500餘架次，向下關海峽、獺戶內海以及各大海港投布水雷1．2萬餘枚，毀傷日本船隻670艘，總噸位近140萬噸，使日本本土與其西南諸島、中國和朝鮮之間的海上交通基本被切斷。結果，在轟炸和封鎖的共同打擊下，日本經濟陷於崩潰，許多工廠關閉，物資補給中斷，軍需生產停頓，油料枯竭，飛機和艦船停航；全國陷於混亂、恐慌和飢餓之中。
此時，在美國國內，決策者們正設法尋求使日本無條件投降而又不必進行計劃中的進攻日本本土的途徑。爲奪取小小的沖繩島而付出的可怕代價，使預計中的進攻日本本土的傷亡數字加碼到100萬大關了。常規轟炸和海上封鎖看來不足以使日本儘快接受無條件投降，唯一的辦法是使用即將研製成功的原子彈。6月1日，杜魯門總統收到由陸軍部長史汀生領導的臨時委員會的報告，建議儘快使用原子彈，加速結束太平洋戰爭。在6月18日總統召集的一次會議上，杜魯門接受了進攻九州的計劃，並初次討論到使用原子彈的可能性。史汀生和馬歇爾都主張使用原子彈，轟炸一個能明確顯示其威力的目標。陸軍助理部長麥克洛伊則強調，在使用原子彈前，應給日本人以適當的警告和投降的機會。當7月16日杜魯門抵達柏林參加代號爲“終點站”的波茨坦會議時，他接到第一顆原子彈試爆成功的喜訊，這使他信心倍增，“簡直要指揮整個會議”。丘吉爾在得知這一消息後，也感到無比興奮，認爲進攻日本已沒有必要。在會議的前兩天，斯大林向杜魯門透露了日本人曾請他出面調停，但他未作肯定答覆，並問杜魯門是不是應該置之不理。實際上，杜魯門從軍方所截收的莫斯科與東京之間的電報中，已知道了這一情況，但由於他此時手中已有原子彈這張王牌，不想接受日本人的任何投降條件，因此讓斯大林自行其是。於是，駐莫斯科的佐藤大使便被告知，由於天皇的建議含糊不清，蘇聯無法作出答覆。
劉建業就是在這樣的一個背景下再一次的來到了馬尼拉。
還是在那間被佈置得充滿了東方色彩的房間。
麥克阿瑟將軍也依舊叼着那支成爲了他個人商標的玉米芯菸斗。
“我不得不承認，琉球這一仗我們雖然最終取勝了，但是打得並不漂亮。儘管我個人極度的厭惡甚至憎恨日本人，但是，從客觀中立的角度上來說，日本人這一次打得確實很不錯。日軍十萬守軍，面對我們絕對優勢的海空兵力和地面部隊，在近乎孤立無援的情況下，堅持戰鬥三月有餘，顯示了日軍抗登陸能力之高，戰鬥意志之頑強。日軍主要憑藉坑道、天然巖洞和山地反斜面陣地，儘量削弱我們的火力優勢，並積極開展近戰、夜戰，組織小部隊頻繁實施猛烈反擊，消耗我們的有生力量。我們雖然擁有絕對優勢兵力，掌握了制海制空權，選擇了有利的登陸地段,但是，在具體的戰術上很呆板,尤其是陸軍部隊表現的畏懼夜戰、近戰和攻堅戰，而且沒有及時進行海上迂迴，從日本守軍的側後方對其實是有力的打擊。我想在這場戰役裡表現得最好的不是我們陸軍，也不是海軍陸戰隊，而是那些後勤部隊。參戰部隊總數高達五十餘萬，所有這些部隊的物資供應，從飛機、大炮到炸藥和汽油，甚至衛生紙、可口可樂到冰淇淋和口香糖，一切都是經過太平洋從美國本土運來的，工作量驚人之龐大，分配數量之多，都是前所未有的。能夠順利地完成這些任務，實在是一個奇蹟。首先奪取慶良間列島，並將這個羣島建設成後勤前進基地，爲參戰艦艇提供就近的維修、補給和休整，也是非常明智而卓有成效的。當然，我還有必要說一句，隨着戰火越來越接近日本本土，日本人的抵抗只會越來越瘋狂。現在他們正在本土瘋狂的徵召部隊，準備打一場本土反登陸作戰。日本本土上的地形，想必將軍也是有所瞭解的。那裡的山峰和森林是非常多的，而且那裡的瘋子數量也遠比瓜達爾卡納爾島，菲律賓，硫磺島和琉球島更多。如果我們依舊試圖通過一場大規模的登陸戰來徹底打敗日本人，以現有的力量，我們完全可以做得到，但是，損失也將是極爲巨大的，很有可能會是一個天文數字。”劉建業一邊抽着醇香的菲律賓雪茄，一邊對麥克阿瑟將軍說道。
“我想你說的也正是我擔憂的。陸軍部和參謀長聯席會議都認爲如果要直接登陸日本本土來實現徹底打敗日本人的目標，盟軍所要付出的傷亡代價至少要100萬。這是我們絕對無法忍受的一個數字。我可以告訴你一個秘密的消息，國內正在設法尋求使日本無條件投降而又不必進行計劃中的進攻日本本土的途徑。”麥克阿瑟將軍思考了一陣，對劉建業說道。
“是不是準備使用一種特別的炸彈？”對於麥克阿瑟將軍所說的話，劉建業立即聯想到了原子彈。
“我只能對你說，這是一種威力前所未有的強力炸彈。只要這種炸彈一經使用，日本人就只能選擇投降，別無他路。”麥克阿瑟將軍遮遮掩掩的說道。
“如果我沒有猜錯的話，肯定是貴國的原子彈工程取得了最後的成效。”儘管麥克阿瑟將軍的話含含糊糊，但是作爲從後世回來的人，劉建業顯然不會忘記美國著名的曼哈頓工程。
1939年8月，美、英、法等國科學家和從納粹德國逃出來的一些著名猶太科學家在美國召開了一次研究原子理論方面的會議。會議在愛因斯坦原子物理理論的基礎上，提出了以鈾裂變方法制造原子彈的構想。
會議結束後，美國總統羅斯福的科學顧問亞歷山大薩克斯帶着愛因斯坦等著名科學家的親筆簽名信拜見了羅斯福總統。信中，幾位科學家向羅斯福總統介紹了當時原子科學發展的狀況，描述了原子科學研究成果運用於軍事可能會給戰爭帶來的巨大影響，並提醒羅斯福總統，德國人已着手進行這方面的研究，也許有一天希特勒會擁有一種威力驚人的武器。
1941年12月6日，美國正式制定了代號爲“曼哈頓”的絕密計劃，並賦予該計劃“高於一切行動的特別優先權”。
“曼哈頓”計劃規模大得驚人。由於當時還不知道分裂鈾235的3種方法哪種最好，只得用3種方法同時進行裂變工作。這項複雜的工程成了美國科學的熔爐，在“曼哈頓”工程管理區內，彙集了以奧本海默爲首的一大批世界各國的科學家。科學家人數之多簡直難以想象，在某些部門，帶博士頭銜的人甚至比一般工作人員還要多，而且其中不乏諾貝爾獎得主。“曼哈頓”工程在頂峰時期曾經起用了53.9萬人，總耗資高達25億美元。這是在此之前任何一次武其實驗所無法比擬的。
曼哈頓計劃的最終目標是趕在戰爭以前造出原子彈。雖然在這個計劃以前，決策層就肯定了它的可行性，但要實現這一新的爆炸，還有大量的理論和工程技術問題需要解決。在勞倫斯、康普頓等人的推薦下，格羅夫斯請奧本海默負責這一工作。爲了使原子彈研究計劃能夠順利完成，根據奧本海默的建議，軍事當局決定建立一個新的快中子反應和原子彈結構研究基地，這就是後來聞名於世的洛斯阿拉莫斯實驗室。奧本海默憑着他的才能與智慧，以及他對於原子彈的深刻洞察力，被任命爲洛斯阿拉莫斯實驗室主任。正是由於這樣一個至關重要的任命，才使他在日後贏得了美國“原子彈之父”的稱號。
在“曼哈頓工程區”工作的15萬人當中，只有12個人知道全盤的計劃。其實，全體人員中很少有人知道他們是在從事製造原子彈的工作。例如，洛斯阿拉莫斯計算中心長時期內進行復雜的計算，但大部分工作人員不瞭解這些工作的實際意義。由於他們不知道工作目的，所以也就不可能使他們對工作發生真正的興趣。後來，有一個年輕的說明了他們是在做什麼樣的工作。此後，這裡的工作達到了高潮，並且有許多工作人員自願留下來加班加點。經過全體人員的艱苦努力，原子彈的許多技術與工程問題得到解決。1945年7月15日凌晨5點30分，世界上第一顆原子彈在美國新墨西哥州的荒原裡試驗成功。
曼哈頓計劃不僅造出了原子彈，也留下了14億美元的財產，包括一個具有9000人的洛斯阿拉莫斯核武器實驗室；一個具有36000人、價值9億美元的橡樹嶺鈾材料生產工廠和附帶的一個實驗室；一個具有17000人、價值3億多美元的漢福特鈈材料生產工廠，以及分佈在伯克利和芝加哥等地的實驗室。
“你是怎麼知道的？這一切都是絕密的。你這樣一個不相干的人，究竟是怎麼知道的？如果，你不能給我一個合理的解釋，我想你今天是無法出去的了。即使你是我們的盟友，想要見到明天的太陽，也是沒有可能的。”麥克阿瑟將軍陰沉着臉說道。
“這是我們的情報機關從使用合法手段收集的公開的消息裡分析出來的。當然，我也對此有所貢獻。我個人是一個對現代科學尤其是現代物理有一些興趣的人。據我所知，從納粹上臺以後，有相當多的歐洲的優秀科學家來到了你們美國。這其中就包括大量的核物理學家，例如奧本海默，費米，以及世界上最優秀的數學家之一的馮諾依曼。但是，這些人最近幾年幾乎是神秘的從公開場合裡失蹤了。我相信貴國政府很清楚這些人的巨大價值，是絕對不會浪費這些最寶貴的資源的。無論如何，對於一大批最頂尖的核物理學家和其他一些各方面的優秀學者長時間的神秘消失，只能以他們從事了一項極爲秘密的政府項目來解釋纔是合情合理的。那麼這些人他們湊到一起，能做出些什麼呢？我想他們必定是從事了與核物理相關的事情。聯想到核裂變能夠在極短時間裡釋放出極爲巨大的能量，產生爆炸作用，那麼就基本上可以確定他們是從事了製造核武器的研究項目。實際上，在許多情況下，蒐集情報，並不需要多少經過嚴格的專業訓練的特工人員，只需要一些有着靈敏嗅覺的情報分析人員，然後以公開合法的途徑蒐集到一些很容易就可以獲得的信息，對這些信息進行正確地分析，就可以得到你想知道的東西。”劉建業自然是不可能說出己是怎樣知道美國人的絕密核武器項目的。不然的話，他是肯定見不到明天的太陽的。
“我想，戰略情報局（中央情報局的前身）的人對於你的理論肯定會很有興趣的。當然，你是我們的盟友，你不用擔心你的安全。”麥克阿瑟將軍思考了一會，說道。
“我想現在正是我們同盟國下定決心對日本使用這種有着巨大威力的武器的時候。只有讓日本人明白，只要他們繼續堅持頑抗，拒絕投降，我們同盟國一方有着絕對的優勢，不必使用大規模登陸的戰術，照樣可以讓他們日本人無法繼續堅持，那麼他們會清楚自己已經沒有別的路可以選擇了。”劉建業擦了一下自己額頭的冷汗，說道。
“這個事情，我只能向政府提出建議。我是沒有權利作出決定的。”麥克阿瑟將軍說道。
“只要將軍您提出這樣的建議，以將軍您的地位，威望和巨大的功勳，我想決策層肯定是會聽取您的意見的。”劉建業不斷的吹捧着麥克阿瑟。
“作爲前線指揮官，我不能眼睜睜的看着我們美國的小夥子們去登陸到那幾個小小的島嶼上去和那些矮小的猴子們拚刺刀，去白白的流血犧牲。那些卑鄙的猴子，我們絕對不能給他們任何的好臉色。既然有這樣的好東西，那就應該拿到戰場上使用出來，讓日本人好好的領教一下這種東西的滋味。”麥克阿瑟將軍對於劉建業的話，顯然是很受用的，而且，對於劉建業的建議，他也是很贊同的。
“只要這種東西一經使用，日本人肯定就只能選擇投降這一條路可以走了。對於日本人最終選擇投降，我是確信不疑的。不過，我現在最擔心的不是日本人會不會投降，這是毫無疑問的。我擔心的是日本人投降以後的一些事情。”劉建業帶着一些憂慮地說道。
“我不清楚到底是什麼事情讓你感到憂慮？能說給我聽聽嗎？”麥克阿瑟將軍說道。
“我在想怎麼樣才能把日本的那些戰爭罪犯們全都送上法庭，讓他們接受正義的審判。”劉建業說道。