聖上既然親自下詔擢升韓煜爲北海總兵，總理遼東半島一切事務，那麼他自然不會放着大權不用。他決定將北海軍政進行全新的改革，拋棄明朝原有的制度，建立屬於北海總兵的獨特製度，利用自己來自二十一世紀帶來的先進理念，讓北海鎮變成一個擁有完整的、靈活的、實用的軍事政治系統。
爲此，韓煜調整了政治結構，設立了一些羣新機構——
總兵府，北海鎮最高軍政機構，掌管遼東半島所有政策的決策，以及人員的任命與罷免，同時也是地方集權的中樞，擁有調兵權和統兵權。總兵府分爲外府和內府兩大行政區域，外府主要負責民政以及其他名義事宜，內府則相當於軍機處一般，屬於真正權利機構。外府最高長官爲北海副總兵，總部設在金州衛總兵府內，另外在北海衛設有分部。內府的最高長官爲北海總兵，韓煜自居其職，總部即金州衛總兵府。
外事府，屬於總兵府轄下第一級行政單位，專一負責外租地的管轄、對外貿易以及外國人士的其他申請等外交事務。外事府內設有涉外軍事機構，包括黑山軍海軍基地、旅順口租地的明軍武裝力量，皆由其統制、調配和管理。此外，外事府專門成立北海學堂，學堂分爲西洋軍事、外語、政治三大科類，聘請洋人和知名學士教學，負責培養翻譯人員和提供留學生遠渡西洋進行學習。
在北海學堂之外，屬於外事府管轄的還有北海重工軍械所，從事大批訂購西洋火器、改造和製造大明軍隊火器事務。並且，達成了與山東魯南軍械所的聯合，雙方採取資源共享、資料共享、人力共享的合作方式，兩條生長線可以同時進行火器的改造、研發和生產。
佈政府，與外事府一樣，同是屬於總兵府轄下第一級行政單位，其工作範圍是分擔總兵府外府的民生民政負擔，類似於文職政府的機構。佈政府按照城鎮單位，分別在金州衛、北海衛、旅順租地及其他人口超過五十戶的區域設置司署，職能類似於縣令和知府。在民政民生事務之外，佈政府還管理地方的禮教和地方的治安。
都運府，屬於總兵府轄下第一級行政單位，負責海鹽、糧草、建材等輜重物資的調配和籌集，同時也兼顧打擊商業性質的犯罪，嚴厲懲辦囤貨、壟斷和哄擡物價的行爲。此外，都運府還針對遼東半島的貨幣進行規劃和節制，在得到總兵府的允許後，甚至還可以鑄造和發行錢幣。
都察府，屬於總兵府轄下第一級行政單位，與朝廷的都察院不同的地方，是都察府擁有一支自己的執法武裝力量，這支武裝力量暫定爲三百人，獨立於所有武將統帥之下的軍隊，享有優先處罰的權利。都察府所從事的職責範圍除了針對官員武將奉公廉潔之外，還擔當遼東各路大軍的憲兵，同時也兼顧類似錦衣衛相似的暗訪調查權力，嚴防後金及洋人的間諜在遼東半島策反破壞。
都察府的武裝力量分爲三支隊伍，第一支督衛隊，由都察府最高長官總督察使親自統領；第二支藍衣衛，統一佩戴藍色披肩和藍盔翎，分批安置在各地駐軍軍營之中；第三支黑衛，身着便裝，活躍在遼東半島各個地方，探查情報。
海防署，屬於總兵府轄下第二級行政單位。韓煜之所以成立這個機構，是希望彌補海軍的空洞，只是現在因爲整個北海鎮只有一艘向荷蘭人交換而來的三桅帆船，海軍力量幾乎爲零，所以海防署僅僅是屬於一種名義上的職能機構。不過等到日後北海鎮經濟和軍事實力有所提高之後，海防署會成爲真正的海軍機構。海防署主要任務聘請洋匠來培訓水兵，和沿海岸的佈防，同時也協助外事府管理各個碼頭的行政和軍事等工作。
唯一一艘三桅帆船改名爲北海號，配給了海防署，平日主要在遼東半島沿岸的渤海和黃海海域巡邏、操練，充當海上救援隊和預警隊的作用。
戶教署，屬於總兵府轄下第二級行政單位，負責北海鎮之內的戶籍管理、土地分配、官員提拔調任以及朝廷舉辦的科舉考試承辦事宜。在土地分配上，戶教署有足夠的權力控制吞併、獨佔、掠奪和欺詐土地的行爲，但凡接到舉報，違反佔用土地的人會糟蛋嚴厲的懲處，最嚴重者甚至會被判處死刑。
律法署，屬於總兵府轄下第二級行政單位，與都察府沒有縱橫直接關係，但是在職能上有一定的交叉點。律法署的職責分爲兩個部分，第一個部分是行政部分，是從事組建北海鎮地方法制系統以及編寫北海鎮地方律法條文；第二個部分就是從事仲裁和審判之類的法務。律法署的工作人員會安插在各地佈政府，從事法律事務。
韓煜之所以在佈政府之外另設律法署掌管審判和仲裁，正是爲了防止封建時代的政治紕漏，儘量避免官官相護的局面。他將原本屬於佈政府的職責分拆開來，交給不同的機構負責，可以在一定程度上使得兩級官員分化，互不干涉。
警衛署，屬於總兵府轄下第二級行政單位，職能類似於二十一世紀的警察局，在遼東半島北海鎮之內各個地方安置分屬機構，負責城內城外的治安和防衛。同時，警衛署還兼顧對重要官員的隨扈保鏢的職責，所有官員在沒有總兵手諭允許的情況下是絕不可以蓄養私兵和護衛的。
警衛署和律法署起到的作用相似，同樣是將佈政府的機能分解。佈政府只有行政權力，而警衛署則是地方武裝權力，律法署則掌握着司法權力，從而起到了三權分立的狀況，將會大大的避免內部策反的情況發生，從另外一個角度上來說也是促進了北海鎮軍政的穩定性。
國稅署，屬於總兵府轄下第二級行政單位。韓煜單獨成立國稅署，負責統計、稽查、編排遼東半島北海鎮轄下的所有稅務工作。按照總兵韓煜的要求，國稅署必須靈活徵稅，以天時地利等諸多因素，對於無法按時交納稅銀的戶籍和地方應該實事求是的去勘察，發掘根本原因，若有特殊情況，可以從寬處理。國稅署的執法隊伍由警衛署統轄調派，專司對付頑固地主、不法官員等偷稅漏稅貪稅的行爲。
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