大禮議最終以震驚朝野的伏門事件和大禮案獄收梢，但餘震還是不斷，朝中忠良大傷元氣，倖進之徒長袖善舞。但嘉靖畢竟不可能把朝中大臣驅逐一空，留任的大臣中雖有二三十人改換門庭，投靠張璁、桂萼，但絕大多數與張璁之流依然是水火不相容。
就在徐階守制的三年裡，朝中每議決一事都會引發兩陣營之間的火拼。嘉靖四年（公元1525年）議嘉靖之父“獻皇帝”神主是否應進太廟，引發了一場餘震；嘉靖五年（公元1526年），爲“獻皇帝”在京城立廟，又引發紛爭。大凡紛爭起，不論緣由，無關是非，總是張璁、桂萼之流勝出。他們只需一句話，嘉靖就會點頭。這句萬試萬靈的話翻譯成白話就是：“臣等大禮議意見與廷臣相反，所以廷臣總是與臣等爲敵，反對臣等的意見。”有時還會作秀，假意要辭官回鄉。嘉靖心知肚明，張璁等人一走，朝中又盡是反對派了，豈能容得？所以處處向着張璁、桂萼，是非功罪顛倒，黑白善惡不辨，朝中是一片亂象。一言以蔽之，朝廷患上了大禮議綜合症。
世事已不可爲，正直的大臣就紛紛求退。俗話說，撒尿也離你三條田埂。不當官，回老家總可以吧。嘉靖四年（公元1525年）七月，兵部尚書金獻民致仕；嘉靖五年（公元1526年）五月，刑部尚書趙鑑致仕；同年十一月，大學士費弘要求致仕，未準；嘉靖六年（公元1527年）二月，大學士費弘、石珤同時致仕；同年三月，戶部尚書秦金致仕，兵部尚書王時中託病回鄉；同年六月，提督兩廣軍務的姚鏌請求致仕獲准；同年八月，南京吏部尚書朱希周請求致仕，獲准。
正直大臣開溜，張璁之流像明星似的竄升了。嘉靖六年（公元1527年）十月，張璁被擢升爲禮部尚書兼文淵閣大學士、預機務，也就是進入了權力中心的內閣。桂萼提升爲刑部尚書。
兄終弟及，嘉靖接了正德的皇位，但這一對難兄難弟，都置民生於不顧，肆意胡爲。比起正德對天下的危害，嘉靖有過之而無不及。
張璁、桂萼神清氣爽，針對朝中反對派連連出手，施以打擊。
嘉靖六年（公元1527年）三月，桂萼出重拳指向科道官。科指的是六科，即吏、戶、禮、兵、刑、工科的給事中，這六科直接隸屬於皇帝，屬於言官的性質，官職雖低（給事中、左右給事中只爲副七品），權力很大，有權直接向皇帝報告，彈劾官員，參與官員的選拔，皇帝的御前會議，審理有罪官員，甚至有權封還皇帝的詔書，凡科道官認爲皇帝旨意不妥，可拒絕執行。道指的是全國十三道監察御史，分管十三個道（省）的稽查工作，也屬言官範疇。科道官利用自己的優勢，不斷彈劾張璁、桂萼，桂萼之流恨之入骨。嘉靖六年（公元1527年）五月，桂萼上書稱，原首輔楊廷和廣植私黨。雖伏門事件斥逐多人，但遺奸猶在，奏請皇上恩准，仿效憲宗初年舉措，令科道官互相揭發！面對面也好，背靠背也罷，不相互揭發就是不忠。桂萼引憲宗初年事，純屬無稽之談，目的是爲進一步驅逐言官。是非不分的嘉靖立即恩准，而且下達比例，按比例淘汰。由此，十三道在已驅逐十名的基礎上，又淘汰四名；六科在已驅逐四人的前提下，又淘汰四人。由上海知縣提上來的御史鄭洛書，也只能捲鋪蓋走人。
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