病危的原因很蹊蹺。嘉靖派遣御史王大任等求方術之書，招得方士王金等人。王金等人吹噓能煉丹藥，服之長生不老。嘉靖深信不疑，欣然服藥，就此一病不起。延至十二月，病勢垂危，便從西苑移居乾清宮，移居當天，駕崩。
自從嘉靖三十一年（公元1552年）徐階進入內閣，到嘉靖去世，已十五年。嘉靖四十一年（公元1562年）徐階擔任首輔至今，也已五年，徐階對嘉靖已有感情。特別是擔任首輔這幾年，徐階與嘉靖接觸更多，嘉靖對徐階越來越倚重，君臣之情，日趨融洽。徐階寄希望於嘉靖政弦更張，成一代明君，卻不料嘉靖突然薨逝，心中的悲傷，自不待言。
皇帝駕崩，國之大事，辦喪事，迎新君，一大堆的禮儀，有待理清，疏忽不得。而眼前最重要的是撰寫皇帝的遺詔，遺詔應總結皇帝的一生，繼往開來，開一代新局。徐階思以嘉靖遺詔的名義革除弊政，所以草擬遺詔之事非同小可。
徐階主張票擬由內閣共擬，嘉靖遺詔自然也應內閣共擬。可此時徐階已經發現，自己看錯人了，引薦的郭樸、高拱都不是善茬，一旦意見不統一，爭論起來，革故鼎新的力度會受到影響。
說白了，嘉靖並沒有什麼遺囑，嘉靖遺詔倒是徐階本人總結舊朝，迎接新朝的政策思路。這一次，徐階擅權了，他不與閣僚商議，卻與尚未進入內閣的學生張居正密議。此舉目的是希望張居正明白自己的良苦用心，以後接過自己手中首輔之棒，把政策延續下去。但也得罪了高拱、郭樸，埋下了內閣紛爭的禍根，致仕之後，又幾乎爲自己招來了滅頂之災。
嘉靖遺詔的頒佈，使徐階的仕途登上了輝煌的頂峰。
徐階、張居正起草的遺詔，其立足點是以嘉靖的口吻，對嘉靖四十五年的統治作深刻的反思，並做出最後的評估。
遺詔稱自己“本應敬天勤民是務”，但“只緣多病，過求長生，遂致奸人乘機誑惑，禱詞日舉，土木頗興”，這種做法“既違成憲，亦負初心”，以悔過之態度，否定了齋醮求長生的荒唐之舉。
接着，遺詔確定皇位的繼承人裕王朱載垕，肯定了裕王的繼承權。
然後囑咐喪葬事宜的安排。這安排也很具革新精神，喪禮以日代月，二十七天就脫下喪服。藩王、各部長官不許擅離職守，各在本處早晚哭靈，民間音樂嫁娶勿禁。
最後一段是平反昭雪。四十五年中被懲處的言官“存者召用，歿者撫卹，關押的釋放復職”，方士人等“照查情罪，各正刑章”。齋醮、工程等加重百姓負擔之事“悉皆停止”，“詔告中外，鹹使知聞”。
當徐階率內閣大臣進入皇極殿之時，只見朝堂已一片素白，宮燈上也蒙上白布，兩百餘文武大臣披麻戴孝，面北列成兩行，內閣大臣面南排成一行。皇極殿內寂靜肅穆。徐階從身旁的李春芳手中捧過遺詔，跨前一步，以帶着哭聲的嘶啞的嗓子說：“頒遺詔！”只見大小臣工齊刷刷一齊跪倒。
“奉天承運，皇帝詔曰：朕以宗人入繼大統，獲奉宗廟四十五載……”這是嘉靖皇帝的最後一道聖旨，內容悉是國之大事，全場屏息，側耳細聽，恐怕漏聽一個字，恨不能耳朵裡伸出手來，抓住每句話。嘉靖帝對齋天求長生的懺悔和否定，命皇子朱載垕承繼大統的旨令，喪禮的囑咐，尤其是對登基四十五年來因敢於直言而杖死、貶斥、革職、囚禁的臣子一體同仁，予以平反昭雪，並要求繼承者“子以繼志、述事，兼善爲孝；臣以順將、匡救，兩盡爲忠”的遺命時，大臣們終於鬆了口氣。