說起倭寇的成分，徐階已上書嘉靖做過分析。徐階說倭寇由兩部分人員組成，十分之三是真倭，也就是日本武士或浪人，十分之七倒是國人。日本國多年戰亂，有不少破產農民和武士逃亡海上，無以謀生，便以海上貿易求生。貿易不成，就沿海搶劫。而大明王朝建立以後，原本割據江浙一帶的張士誠、方國珍舊部的殘餘勢力，就流竄海上或從事貿易，或劫掠爲生，再加上日本、大明兩國的不法商人，因無法開展貿易，也聚集海上幹起了劫掠的勾當。三股勢力合成龐大的海盜集團，在中國沿海地區實行瘋狂的侵擾和劫掠，這就是倭患的成因。倭患到嘉靖中期形成兩大派系：一派以王直爲首。王是安徽歙縣（今屬安徽）人，他以海上貿易起家，違反禁令用鉅艦運大量違禁品到日本、西洋等國貿易，獲得鉅額利潤，後又招集大量亡命之徒，並和日本倭寇勾結，成了倭寇首領和中堅。另一支就是徐海。此人與王直同鄉，而且有幾分傳奇色彩。徐海始爲杭州虎跑寺僧人，法名善淨，又稱名山（或明山）和尚，後隨其叔徐惟孚、王直從事海上貿易。一次貿易中，徐惟孚向倭寇貸得大批銀兩，把徐海留下作人質，但徐惟孚貿易失利，無法償還被殺，徐海被迫加入倭寇集團成了海盜。徐海羽翼漸豐，組織了幾萬人，成了東南沿海的大患。
胡宗憲決定先拿下王直，他命令把王直的母親妻兒從金華府的獄中放出，並予以妥善安置。嘉靖三十四年（公元1555年），胡宗憲又派密使蔣洲、陳可願前往日本，偵察王直動靜。在日本，蔣、陳巧遇王直義子王滶，通過王滶見到王直，遊說王直主動贖罪，保全家人。王直原以爲家人都遭殺戮，死心塌地與朝廷爲敵。當他知曉家人安然無恙，不免心動，就向蔣、陳透露了徐海準備進犯的情報。王直很謹慎，遣返陳可願，留下蔣洲爲人質。
一晃兩年，王直親自送蔣洲回國，乘鉅艦數艘，率精兵數千，攜槍械火炮，停泊舟山岑港。胡宗憲一邊部署防務，一邊派員登艦與王直接洽。然後胡宗憲接見王直，禮遇隆重，王直防範之心放鬆，但一直未同意投誠。
王直不降，胡宗憲不安。一日，在總督府中，胡宗憲招集將領議事，談及王直至今未透口風，降是不降難以把握，不免蹙眉，諸將或言一戰，或言稍待，見解也不統一。其時不拘小節的徐文長葛衣烏巾，姍姍來遲。胡宗憲對部下十分嚴厲，對這個秀才卻是破格禮遇。但見徐文長僅是揖了一揖，昂然入座，坐聽商議，時不時微露笑意。見此情狀，胡宗憲便問：“文長有何高見？”徐文長說：“此易事耳，督帥熟讀經典，豈忘卻蔣幹盜書乎？”胡宗憲是何等樣人，頓時舒開眉結，笑對衆將說：“吾已有計，諸將可退。”
胡宗憲熱情邀請王直義子王滶來府赴宴，宴畢邀王滶同眠，後假意半夜有要事出門。王滶見胡宗憲外出，便從牀上一躍而起，去書案前翻閱公文，沒料想翻到了胡宗憲上奏朝廷要求赦免王直的奏疏、諸將請戰的軍令狀。這王滶遠無蔣幹過目不忘的才能，只能抄錄奏疏。
第二天，胡宗憲歸來，王滶便告辭。聽了義子的稟報，讀了抄錄的奏本，王直疑慮消了大半。
王直心想，胡宗憲待己不錯，諸將要求決戰並立下軍令狀，大戰難免。但胡宗憲壓下軍令狀，上奏朝廷赦免自己，且禮遇自己家屬，誠意可掬，便決計投誠，親自登門拜訪胡宗憲。胡宗憲好言撫慰後，請他去杭州城中見一見巡撫御史王本固。誰知王本固不吃胡宗憲那一套，竟將王直逮捕入獄。
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