閣老退田，堅冰融化，松江的富戶鄉官也穩不住了，開始陸續退田。
蘇州撫院府中，坐在案前埋頭於案海中的海瑞正在拆一封書信，抽箋細看，微露笑容。這位致仕的首輔終於退田了，應天十府的鄉官，恐怕也會隨之而退，堅冰融化，焉能不喜？可是雙眉剛舒展，忽又緊鎖，退田僅萬餘畝，不多啊！據鄉民指控，徐府有田二十餘萬畝、四五十萬畝，最少的指控也有六萬畝。取其中也得二十餘萬，二十餘萬而退一萬，區區何足道哉？如果應天鄉官都學徐府的樣，清退僅二十分之一，這退田之舉，豈不成了虛話？思來想去，海瑞授筆寫了封回書：“近閱退田冊，益知盛德出人意表。”讚了幾句之後，筆鋒一轉：“但所退不多，再加清理行之可也。”並援古人爲例說：“昔人改父之政，七屋之金須臾而散，公以父改子無所不可。”
接到海瑞的這封回書，徐階微笑了，他雙手握緊了拳頭，左眉微微閃跳。這海瑞，太不明事理了。再讓自己退田，又不明說退多少，出了個啞謎讓老夫猜，還說什麼“昔人改父之政”，孔子還說君子三年無改父之道呢，即使要改，也是乘時應變，書中雖說讓自己“以父改子”，沒有直接針對自己，不還是指自己的兒子“佔奪”太多，讓自己改子之貪退出來麼？身爲應天巡撫，朝廷命官，老夫田產，是否“佔奪”都不加調查，一味催逼退田，置大明律法於何地？
徐階這塊“橡皮”不再退縮，硬起老頭皮，給海瑞去了一信，稱自己已將五年之內所置之地，不問原委盡數清退，不知還有哪些田產屬於“佔奪”，查實有據，定當清退。平素能忍的徐階，忍無可忍，退田一舉，再無下文。
從大明律法的條款看來，徐階的舉措是合法的。律法並無限制私人田產擁有量，只是嚴禁“欺隱田糧”。因隱瞞田數、低報收成影響朝廷的賦稅收入。大明律法也容許田地買賣，但規定須有“稅契（納稅和訂立契約）”。買賣五年以上，不得追訴。自己已將五年之內置田全退，從法理上說，已立於不敗之地，所以徐階有恃無恐。
應天十府退田風暴，刮到了朝廷。鄉官們通過各自的渠道，向朝廷大臣反饋了海瑞在家鄉的作爲，鼓動刁民告狀，坊間**；與其屈小民，寧屈鄉官，執法不公；不論“佔奪”與否，以“自行清退”爲名脅迫鄉官退田……
隆慶三年（公元1569年）的應天府，可說是多事之秋，退田風波未平，蘇鬆地區秋汛又發。大片良田被淹，百姓流離失所，哀鴻遍野，幾十萬災民嗷嗷待哺。
焦頭爛額的海瑞恪盡職守，沿吳淞江一路踏勘，只見堤岸沖毀，江水浩淼，被淹房屋倒塌。從蘇州始，經吳縣、吳江、崑山、華亭、青浦，嘉定，八十里吳淞江與兩岸田地一片汪洋，梁木漂浮水面，分不清哪裡是河道哪裡是田，實在是慘不忍睹。
回府之後，海瑞顧不得疲勞，鋪紙書寫救荒書，一令富戶鄉官捐糧，賑濟無家可歸百姓；二令富戶鄉官向貧戶貸米，以解屋雖未淹但家無存糧的貧戶。
見家鄉被淹，富戶鄉官動了惻隱之心，各自捐糧救荒，有的將糧食輸送官府，有的開粥廠施粥。那些生性吝嗇的富戶鄉官迫於清議，也只得解囊。
緊接着，海瑞找來吳縣、吳江、崑山、華亭、青浦的知縣，共議吳淞江疏浚大計。知縣們之見，疏浚勢在必行，但一無費用可支，二無民工可招，遍地災民，如何是好？