萬曆命別海附耳過來，悄聲吩咐了幾句，別海便躬身出去，只留下李全跪在地上。李全忐忑不安的偷眼去睨皇帝，只見萬曆負手站在御案前，眼睛盯着檀香爐中的嫋嫋白煙，彷彿在回想某些人和事。
不一會兒，外面響起沉重的腳步聲，別海帶着四名孔武有力的提刑司太監進來。這時候，萬曆纔開啓緊抿的嘴脣道：“李全，你可知罪！”
“奴婢，奴婢”李全惶恐道：“奴婢何罪之有？”
“何罪之有？”萬曆斷喝一聲，指着那些奏章道：“朕已經有言在先，一切奏章須經司禮監查驗，對於敢言奪情之事的彈章，一律直接送錦衣衛，不得上呈，這是怎麼回事？”他的眼中寒芒閃爍道：“你這個吃裡扒外的東西，怎敢頂風作案，以上賀表爲名，把這些玩意兒送到朕的面前！”
聽到萬曆問到這個，李全才知事態嚴重，顫聲答道：“這不幹奴婢的事啊。奴婢只是轉呈而已，方纔在東暖閣的宮人都看見了，是秉筆太監侯義帶着那些奏章到門口。奴婢滿以爲，他們已經查驗過了，這才接過來，就直接呈送了。”
“還敢狡辯！”萬曆一拍桌案，厲喝道：“且不說什麼猴太監、雞太監，單說你是不是司禮監掌印，司禮監出了問題，你要不要負責？！”
“要……”李全垂頭喪氣道。
“要就好！”萬曆望向站在頭前提刑太監道：“周必正，事情你都知道了，這李全該當何罪？”
提刑太監周必正這會兒犯了難，這種事情可大可小，說輕了皇帝肯定生氣，說重了萬一將來李全報復自己，也吃不了兜着走。心裡一急，倒憋出了一個主意，恭聲答道：“應該廷杖！”神奇的廷杖啊，可重可輕存乎一心。
這是個可輕可重的處置倒正中了萬曆的下懷，馬上點頭道：“就按你說的辦，廷杖！你替朕重重地打！”說着將手向外一擺，道：“就在這門外打，叫那些不懂事兒的奴才都長長記性！”感情皇帝在午門外打出心得來了，要如法炮製，整頓內廷。
“奴婢一定長記性”這種懲罰，讓李全連求饒的話都沒法說，只能任由幾個提刑太監帶了下去。
不一會兒，宮裡各處監局的頭面太監都被召集來了，在東暖閣外的廣場上站好。
那邊提刑司太監也把李全扒成光豬，準備好行刑了。
安排好一切，周必正纔想起，皇帝光說廷杖了，可沒說多少下。
回頭一看，只見萬曆負手站在門口，正一臉陰沉的望着場中。周必正趕緊小跑過去，跪下問道：“敢問皇上廷杖多少下？”萬曆冷冷道：“只管打就是了，別再多嘴！”
“打”周必正站起來轉身下令。於是剛打過文臣的大杖，又落在了太監頭子身上。唯一不同的是，因爲擔心吵到西暖閣的太后，
皇帝沒有讓人取下李全的嚼頭。
一干太監瑟瑟發抖的看着掌印太監被打的血肉橫喜，有些膽小的，乾脆閉上眼不敢看。萬曆卻嘴角掛着復仇的快意瞪大眼睛，一下都不肯漏過。
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明間，李太后還是聽到動靜，過來看了一趟，見把李全打得不成人形有點沉不住氣道：“阿彌陀佛！打得不行了，皇上罷手了吧”
萬曆卻笑笑道：“母后，您別管，這裡有朕呢！回去歇着吧”
李太后看看兒子一臉鎮定的表情，鼻子一酸，眼裡濺出淚花道：“皇上有主意了母后不管了”便在女官簇擁下回西暖閣唸經去了。
送走了太后，萬曆回來發現板子停了，人也一動不動了。登時怒道：“誰讓你們停下的！”
周必正趕緊過來稟報說：“皇上李全己昏死過去了”
萬曆看看周必正，那雙像極了乃祖的狹長雙目微眯道：“昏死那就是還沒死……”
“是”周必正畏懼的望着年輕的皇帝，心裡第一次把他當成真正的皇帝。
“你也要徇死麼？”萬曆冷冷的看着他道。
“奴婢不敢”周必正趕緊跪地搖頭道。
“朕來問你，隆慶六年，廷杖他的前任時”萬曆幽幽道：“打了多少杖？”
“回皇上，是四十杖。”周必正恍然明白了，李公公這頓無妄之災，其實來得一點也不怨。
“當年四十杖，就能把朕的大伴活活打死”萬曆眼中閃着淚花，臉上卻殺氣騰騰道：“現在的四十杖，卻只把他打個半死，周必正啊周必正，我看你是想和他做伴。”
“奴婢不敢！”周必正猛地磕頭，大聲道：“回稟萬歲爺，方纔一共打了三十九杖，離四十杖還有一下！”
“好，打不死他，死的就是你。”萬曆冷冷道。
周必正打個寒噤，大聲應下，立刻回到外頭，看李全時，已悠悠地醒了過來不錯，提刑司的人手下留情了，別看打得不成人形，但其實只是皮肉傷，如果這就回去，抹上宮廷秘製的金瘡藥，不出一個月，就能起來跑步了。
然而周必正已經沒法再留情了，他看了一下左右的打手，走上前對李全拱拱手，大聲說道：“李公公，非是小人手下不留情，萬歲爺今兒個是要您的命，君要臣死，臣不得不死，您一路走好吧。”看着李全眼裡的絕望驚恐，周必正暗暗一嘆道：“念你我多年交情，兄弟叫他們下得利索一點兒，包您少吃苦頭”說着便一揮手，早就準備好了的行刑太監，舉起廷杖照李全腦後狠劈一棒。李全的腿蹬了幾蹬，便七竅流血，嗚呼哀哉了。
萬曆這才覺得心中鬱氣稍平，起身欲歸，揮揮手道：“都散了吧”
“奴婢告退”太監們齊刷刷磕頭退下，比來的時候規矩多了。
提刑司用氈子把李全捲了運去化人場，然後西暖閣的小太監端來水和毛巾，清洗着地磚上的血跡和碎肉。
“大伴，朕今天終於爲你報仇了……”萬曆依然站在門口，他擡頭望着天空，淚水流過雙頰，暗暗道：“原來報仇是這麼簡單，可笑朕還忍了他多少年要是你還在，朕肯定不會懵懵懂懂這麼多年……
當天下午，部元標等十三人又被逮捕，沒有午門示衆的待遇，連夜就在鎮撫司執行廷杖。與此同時，萬曆對羣臣下了一道嚴厲的敕諭：“朕身爲君主，有權決定大臣的進退予奪：張居正身任天下之事，豈容一日去朕左右？羣奸小人借綱常之說，行排擠之計，就是要孤立朕。今後若有邪惡之徒再欺君罔上，定罪不饒”這一樁樁事情，猛烈地衝擊着人們的心臟，然而最叫人震驚的事情卻是在半夜發生。在這個不太平的日子裡，連老天爺都跟着湊熱鬧……
這天夜裡，位於皇城之東，鴻臚寺以南的欽天監中，欽天監正羅明堅，正在和他的助手利瑪竇，以及他的學生邢雲路、徐光啓、正在用一臺剛架設不久的大號望遠鏡觀測璀璨的夜空。
今夜無雲，正是觀測的好時節，那個叫徐光啓的年輕人，在老師的指導下，把鏡頭指向了月亮。只見他平時熟悉的那個千嬌百媚、美輪美奐的硬盤，在望遠鏡中，卻成了一張千瘡百孔、醜陋不堪的“大麻臉”不由吃驚道：“天哪，這就是嫦娥住的地方？！”
他的老師羅明堅，是個有着大鼻子，藍眼睛的歐洲人，身上卻穿着正五品的大明官服。這毫無疑問的說明，他正是欽天監的主人，大明朝的欽天監正。讓一個“西夷”“生蕃”，擔任承擔觀察天象、頒佈立法的重要部門的負責人，這放在十幾年前，是誰也想不到的。但是現在，兩京欽天監都是由西洋人當家了。
這一切，還得從當年的沙勿略神父說起，在沈默的庇護下，沙神父在嘉靖末年抵達了北京，並在隆慶初年見到了皇帝，進獻了各種西洋玩物。其中的西洋樂器和鐘錶，深得皇家喜愛。因爲樂器和鐘錶都需要定期調試，皇帝便給了他大明子民的身份，允許其在北京常住。
沙勿略精通漢語，對《四五經》等儒學經典的造詣，甚至超過了許多明朝官員，他也因此成爲京城各種聚會的座上客，因此結識了很多高官名士，甚至於其中不少人相交莫逆。
博學多才、品質高貴、溫和優雅的沙神父，用自己不懈的努力，改變着大明朝皇帝、官員、甚至百姓，對西洋人的看法，證明歐洲人不是野蠻人，而是有着同樣高度發達文明的，只不過毛多了點而已經婁三年多的不懈努力，沙勿略終於實現了他的畢生夙願，隆慶皇帝允許他在京城修建一座教堂，並傳播自己的宗教。在朋友的幫助下，沙勿略在玄武門內買到一處地產，並重建爲教堂。到了萬曆三年，教堂竣工，看着富麗堂皇的巴洛克風格建築，沙勿略此生無憾，含笑長逝……遵照他的遺願，沙神父的靈柩被安葬在教堂後的空地上，在管風琴的優雅樂聲中，永遠的陪伴着自己的孩子。
沙勿略雖然去世了，但他畢生的心血，已經結出累累碩果。在北京十年間，經他洗禮入會的教徒，達到八千多人，其中不乏高官、名士……這還是沙勿略接受了沈默的勸告或者說警告，控制了入會人數。
否則以他和他的，治病救人，佈施貧苦，以及那套成熟的神論，在北京城拉起個幾萬人的幫派，是絕對沒有問題的。
沙勿略很清楚自己的使命，只是要讓天主教在大明朝站穩腳跟，至於發揚光大的事情，那是該後輩來完成的。所以他很認同沈默給出鋒“控制數量，以質取勝：建立口碑，長遠取勝，的方針。”
而且他也意識到，僅靠學習漢話，熟讀儒家經典，並不能真正贏得明朝人的尊重士大夫們只會把他們當成是唐朝的各國遣唐使，慕名來學習中華文化的後進而已。要想贏得他們的尊重，還得拿出強過他們的東西，因爲在接觸中他發現，明朝的士大夫，對於未曾認識的東西，十分好奇，很尊重掌握這種知識的人，並且能夠虛心學習。
這個年代的歐洲，有什麼比大明強的呢，那就是科學所以沙勿略把自己的居處，變成了傳播科學文化的科技館，並讓耶穌會派來的傳教士，向他們講解天文、地理、數學、醫學、音樂、美術等多方面知識。許多大明的官員和讀書人都在他們這裡，開啓了對科學的興趣，並興致高昂的學習。大明的最高學府國子監，還聘請了這些傳教士，教授在監生們實用的科學知識……這一切都使得天主教在大明擁有了良好的聲譽，並且蒙上了幾分崇高的色彩。
沙勿略去世後，他的這一政策，得到了繼任者羅明堅的堅定貫徹。而羅明堅本人，更是指出現行曆法中的錯誤，撰寫了修訂曆法方面的奏章，通過朋友遞交給朝廷。
在沈默的高度重視下，經過比較實踐，發現羅明堅制定的歷法，確實要比本朝更先進。然而保守勢力極力反對用“西法，制歷，認爲只有宋代理學的“皇極經世，才適用於中國曆法，所以堅持唐朝的皇極曆法。
然而之後兩次日蝕，用傳統方法預報錯誤，而羅明堅用西法預測則十分準確，這才迫使朝廷接受西法，編出“萬曆曆書”並由首輔沈默定名爲“農曆”。雖然由於守舊派的極力反對“農曆”，暫時並未實行，卻爲羅明堅謀得了這份欽天監正的差事。
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