入城後，司馬懿屠十五歲以上男子七千多人，收集屍體，築造京觀。把公孫淵所任公卿以下一律斬首，殺死將軍畢盛等二千多人。收編百姓四萬戶。同時，把公孫淵所任公卿的女眷分發給軍隊中沒有娶妻的將領士卒。
將士謙讓，把公孫淵的五個侍妾送給了司馬懿，司馬懿笑一笑，收在軍中，隨軍。
司馬懿釋放了當年被公孫淵篡奪官位的公孫恭，又爲被公孫淵迫害的綸直、賈範等人修了墳墓，表彰他們的後代。
下令說：“古代討伐一個國家，僅殺其中頑固兇惡的人而已。各位被公孫淵所連累的人，全部寬恕（就是“首惡必辦，協同無罪”）。中原人願意返回故鄉的，各隨己願。”
當時司馬懿軍中有的士兵衣單寒冷，請求發給短襖，司馬懿不給，表示“襦者官物，人臣無私施也”。
於是上奏朝廷，把一千多名六十歲以上的士兵解除兵役，送返回鄉。
在原定一年的期限內，勝利班師。
魏明帝派使者到薊去犒勞部隊，增司馬懿食昆陽縣，前後共二縣。
曹魏數十年來遼東問題終於徹底解決。
…… ……
原本朝廷讓司馬懿便道往鎮關中。但當到達白屋時，有詔書召他火速回京，三日之間，詔書五至。魏明帝手書說：“間側息望到，到便直排閣入，視吾面”。
據說，司馬懿在襄平時，曾夢見魏明帝枕在他膝上，說：“視吾面。”他俯視，見魏明帝面有異色。
如今一見詔書此語，大驚，乘追鋒車晝夜兼行，從白屋到京城，四百多裡，一夜而至。至則徑人嘉福殿內御牀旁邊，滿眼流淚，指問疾病。
魏明帝拉着他的手，目視太子齊王，說：“以後事相托。死乃復可忍，吾忍死待君，得相見，無所復恨矣。”（《三國志•魏書•明帝紀》爲“吾疾甚，以後事屬君，君其與爽輔少子。吾得見君，無所恨。”）
當天，魏明帝去世。時爲公元239年（景初三年）正月。
齊王曹芳年僅八歲，司馬懿乃與大將軍曹爽一起接受遺詔輔佐少主。
齊王即位，司馬懿任侍中、持節、都督中外諸軍、錄尚書事，和曹爽各統精兵三千人，共執朝政。
曹爽欲排擠司馬懿，想讓尚書奏事先通過自己，以便專權，向天子進言，改任司馬懿爲大司馬。朝臣們認爲以前大司馬，有好多都死在任上，不吉，於是任命司馬懿爲沒有實權的太傅，像蕭何那樣，入殿不趨，贊拜不名，劍履上殿。
…… ……
正始二年（241年）四月，吳帝孫權分兵四路攻魏：衛將軍全琮率軍數萬出淮南，威北將軍諸葛恪攻六安，前將軍朱然攻樊城，大將軍諸葛瑾攻祖中。
五月，吳將全琮入侵芍陂，朱然、孫倫圍攻樊城，諸葛瑾、步騭（zhì）侵掠柤中，司馬懿自請出兵往討。朝臣認爲，敵兵遠來攻堅，當待其自破，司馬懿則說：“邊城受敵人侵擾而大臣安坐廟堂，會使疆場騷動不安，衆心疑惑，這是社稷的大憂患。”
六月，司馬懿統軍增援，司馬懿知南方暑熱低溼，大軍不宜持久在此，先派輕騎挑戰，朱然不敢動。於是，便休養土卒。檢選精銳，招募勇士，發佈號令，擺出攻城的架勢。
吳軍驚懼，連夜撤退。在三州口（荊、豫、揚三州），爲魏軍追及，吳軍被殲萬餘人，船艦物資損失甚多。而進攻六安、柤中的吳軍亦無功而還。
七月，增司馬懿食郾、臨潁，前後共四縣，食邑萬戶，子弟十一人皆爲列侯。司馬懿功勳德望日漸盛大，然而卻更加謙恭。
司馬懿認爲太常常林是同鄉長者，見了他總要下拜。
常告誡子弟們說：“盛滿是道家所忌的，春夏秋冬尚且往返推移，吾有何德能居此高位。減損再減損，或可以免於禍啊！”
此前，吳國派諸葛恪屯駐宛城，邊人深以爲苦。司馬懿要率兵攻之，議者以爲諸葛恪佔據堅城，廣有糧谷，孤軍遠攻，救兵必至，那時進退失據，未見其便。
司馬懿卻說：“賊所擅長的是水戰，今我攻其城，以觀其變化。賊若用其所長，棄城奔走，這是我們預定的目的。賊若敢固守城池，湖水冬淺，船不能行，救兵必棄船就陸相救，這就要進行他們不擅長的陸戰，這對我們是有利的。”
正始四年（243年）九月，司馬懿率軍出征。軍隊到達舒城，諸葛恪果然焚燒積聚，棄城而走。司馬懿又巡視淮北屯田區，提拔農家子弟鄧艾主持屯田。
…… ……
正始五年（244年）春，大將軍曹爽欲立威名，不聽太傅司馬懿勸止，力主伐蜀，魏帝從之。結果爲蜀前監軍、鎮北大將軍王平所敗，魏軍被阻於興勢，後方也軍糧供應不上，牛馬騾驢大量死亡，蜀涪縣及費禕援軍亦相繼到達。
曹爽見不能勝，被迫聽從司馬懿的勸告，於五月率大軍退還。遭蜀軍截擊，魏軍苦戰，始得退回，失散、傷亡甚衆。
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正始六年（245年）八月，曹爽廢置中壘、中堅營，把兩營兵衆統交他的弟弟曹羲率領，司馬懿援引先帝舊例制止，曹爽不聽。
正始七年（246年）正月，吳兵入侵柤中，有萬餘家百姓爲避吳兵，北渡沔水，司馬懿認爲沔南離敵太近，倘若百姓奔還，還會引來吳兵，應該讓他們暫留北方。
曹爽不同意，說：“現在不能在沔南修城守地，反而讓百姓留沔北，這不是長遠之計。”
司馬懿則說：“這話不妥。放在安穩之處所則安穩，放在危險之處所則危險，人與物都是如此。所以兵書上說‘成敗在於形，安危在於勢’。形勢是駕馭衆人的關鍵，不能不審慎對待。假設吳賊以二萬人防守沔水，三萬人與我沔南諸軍對抗，一萬人猛攻柤中，我們怎麼去援救呢？”
曹爽不從，驅令還南。吳兵果然擊破柤中，所失百姓，數以萬計。
曹爽的行爲不但違背了顧命大臣應有的本分，也使魏國國力衰退，不少有志之士頗感不安，希望司馬太傅主持公道。
幷州刺史孫禮就去和司馬懿抱怨，司馬懿安慰他說：“且止，忍不可忍。”
司馬懿和曹爽的矛盾日益尖銳，司馬懿處於“忍不可忍”的境地。司馬懿這個時候動用了他最擅長的伎倆：裝。
他在家中狎妓，在遼東收來的公孫淵的五個侍妾，因爲工作繁忙，始終沒有動用，這時派上了用場，天天晚上聽到太傅府中歌賦竹曲，熱鬧非凡，有人問，裡邊神馬情況？家奴說，老爺娛之也。