設立行省的事情一直議了兩個多小時才確定下來，衆大臣和武將們也對設立行省的具體過程和職能有了一個大致的瞭解，大部分官員們表示了贊同，其他少數人對設立行省之事持可有可無的態度，不怎麼關心，也就隨大流表示了擁護。
衆大臣和將軍們知道接下來要商議的改革朝廷政治體系的事情纔是重中之重，因此一個個都打起了精神。
秦東接着道：“好，設立行省之事就這麼定了，待朝廷政治體系改革之後再在全國實施設立行省。既然要改革朝廷政治體系，那麼舊有的王廷各官署官制就要廢除，這其中也包括攝政王府，所以以後不再有攝政王府，其他的官署也一併廢除，官員和辦事人員全部納入新成立的官衙之中，秘書官，你向諸位臣工說一說新成立的朝廷政治體系的具體情況！”
“是，陛下！”秘書官立即拿出一卷羊皮紙打開念起來：“新的朝廷政治機構以皇帝陛下爲帝國最高統治者。普天之下莫非王土，率土之濱莫非王臣，各大臣、將軍們和帝國所有子民都要團結在皇帝陛下身邊。皇帝陛下以下設立三院六部九卿，三院爲國務院、軍機院和都察院，國務院主掌帝國所有大小政務，頒佈、執行政令和保持政令暢通；軍機院主掌帝國所有軍隊的調防、戰爭動員和戰爭指揮，督察院主掌監督帝國所有大小官員，防止官員貪污瀆職、買官賣官、利用職務之便謀取暴利、謀反、叛亂等罪行發生”。
秘書官的口齒很清晰，所有官員都聽明白了，也瞭解了這三個最主要的部門的主要職能，簡單地說就是政務、軍事、都察三個最高部門，有人站出來向秦東行禮後問道：“請問秘書官大人。那麼這三個院內設立什麼具體的職位管理整個機構呢？”
秘書官道：“國務院設總理大臣一人，副總理大臣六人，六位副總理大臣協助總理大臣署理全國政務。各有具體分工，又要互相配合協助總理大臣。以下設立六部，分別是吏部、禮部、兵部、工部、戶部、刑部，六位副總理大臣具體分管一個部門，每部設尚書爲最高長官管理本部政務。
先說吏部，吏部掌管全國官吏的任免、考課、升降、調動等事務。主官爲吏部尚書，副長官爲戶部侍郎兩人，分別爲左侍郎和右侍郎。下設四司分別爲：文選清吏司、驗封司、稽勳司和考功司。司的長官爲郎中，副長官爲員外郎。其屬官有主事，令史，書令史等。文選清吏司掌考文職之品級及開列、考授、揀選、升調、辦理月選。驗封司掌封爵、世職、恩蔭、難廕、請封、捐封等事務。稽勳司掌文職官員守制、終養、辦理官員之出繼、入籍、複名複姓等事。考功司掌文職官之處分及議敘，辦理京察、大計。
戶部，掌全國疆土、田地、戶籍、賦稅、俸餉及一切財政事宜。其內部辦理政務按地區分工而設司。主官爲戶部尚書，其下有副長官二人，分別爲左、右侍郎。各司的長官爲郎中，副長官爲員外郎，其屬官有主事，令史。書令史等。
禮部，考吉、嘉、軍、賓、兇五禮之用；尚書一人，左、右侍郎各一人。管理全國學校事務及科舉考試及藩屬和外國之往來事。禮部下設四司，儀制清吏司，掌嘉禮、軍禮及管理學務；祠祭清吏司，掌吉禮、凶禮事務；主客清吏司，掌賓禮及接待外賓事務；精膳清吏司，掌筵饗廩餼牲牢事務。各司的長官爲郎中，副長官爲員外郎，其屬官有主事，令史。書令史等。
兵部，掌管選用武官及兵籍、軍械、軍令等一切後勤事務。主官爲尚書。次官爲左、右侍郎，各的長官爲郎中。副長官爲員外郎，其屬官有主事，令史，書令史等。
刑部，掌律令、刑法、徒隸、按覆讞禁之政。會同九卿審理“監候”的死刑案件以及直接審理京畿地區的待罪以上案件。尚書一人，左、右侍郎各一人，各司的長官爲郎中，副長官爲員外郎，其屬官有主事，令史，書令史等。
工部，長官爲尚書，設左、右侍郎各一人，各司的長官爲郎中，副長官爲員外郎，其屬官有主事，令史，書令史等。掌管營造工程事項，如河道清理拓寬、橋樑、道路、宮殿、陵寢修建等事宜。”
秘書官念到這裡停了下來給衆大臣和將軍們消化的時間，過了一會兒，秦東開口問道：“諸位對於國務院的各職能機構還有疑問嗎？如果沒有疑問，那就繼續，秘書官說說軍機院和都察院吧！”
“是，陛下！”秘書官接着又念道：“軍機院由皇帝陛下親自掌管，自任天下兵馬大元帥，團級和團級以上規模編制的軍隊調動都必須要經過陛下的御批才允許調動，團級和團級以上軍官和將領的升遷、任免及授銜都必須要經過陛下御批，團級以下軍隊的調動和團級以下軍官的升遷、任免交由軍機院下屬職司負責。軍機院設軍機大臣一人，由皇帝陛下親自兼任，另設軍機副大臣七人協助皇帝署理軍機院大小軍務，其下設軍隊調防司、軍隊作訓部、戰爭動員司、戰爭指揮部、後勤保障部、軍人軍職軍銜管理部、軍人思想政治部七個部門，每名副軍機大臣負責一個部門，每部設部長或司長一人，副職兩人，下屬司職機構和官員視具體情況而定。
都察院，下設左右督御史、左右副督御史、左右僉督御使、再往下設若干行省監察御史，分管每個行省的檢查工作。都御史既爲都察院之長官，對監察御史負有領導和考覈之權責。左都御史帶領左副都御使、左僉督御使督查朝廷和地方官員，而右都御使轄右副都御使、右僉督御使及若干監察御史監督內部！”
聽到這裡衆官員們都算是明白了，這新成立的朝廷政治體系，各部門內部互相合作但又互相牽制，權利並沒有集中在某一個人的手上。權利最大的是皇帝，例如國務院內，六個副總理大臣既要互相合作協助總理大臣管理六部政務。又互相牽制，而總理大臣下面有六個副總理大臣。這些人肯定並非和總理大臣一條心，因此總理大臣也不能做到大權獨攬，皇帝只要一句話，總理大臣就得下課走人。就連都察院內部也一樣，左派的御使負責監察朝廷和地方行省的官員，而右派負責監督左派，不過左派的左都御使又是都察院老大，右派的人想整他的人也不是那麼容易。雙方可謂互相制約。
費爾頓站出來問道：“陛下，既然有了軍機院，爲什麼還要在國務院下屬的六部中設立一個兵部呢？兵部和軍機院的職能是否有些重疊？”
秦東道：“沒有重疊的地方，國務院六部當中的兵部只是負責選用地方駐防武官、管理士兵軍官的軍籍、軍械的製造、軍令制定，兵部除了受國務院管轄之外，還要受到軍機院的管轄，屬於雙重管理，所以兵部在運轉時，官員還需與軍機院溝通，秘書官。接下來繼續說九卿”。
“是，陛下！”秘書官接着道：“諸位大人和將軍，皇帝陛下以下除了三院六部之外。還設有九卿，分別是太常寺、光祿寺、衛尉寺、宗正寺、太僕寺、大理寺、鴻臚寺、司農寺、太府寺，每寺有寺卿一人！”
佩特烏斯問道：“只不知這些部門都是幹什麼的？有什麼職能？”
秘書官道：“太常寺設卿一人，少卿二人，丞二人，掌禮樂、郊廟、社稷之事，總郊社、太樂、鼓吹、太醫、太卜、廩犧、諸祠廟等署，太常寺經常要與吏部合作溝通。
光祿寺設卿、少卿、丞、主簿各一人。卿掌祭祀、朝會、宴鄉酒醴膳羞之事，修其儲備而謹其出納之政。少卿爲之貳，丞參領之。
衛尉寺設卿一人。；少卿二人；丞二人，主簿二人。有府六人，史十一人，亭長四人，掌固六人錄事一人。掌宮門警衛、器械文物，總武庫、武器、守宮三署。兵器入者，皆籍其名數。祭祀、朝會，則供羽儀、節鉞、金鼓，帷帟、茵席。丞，掌判寺事，辨器械出納之數。大事承製敕，小事則聽於國務院。轄下有武器署、守宮署，武器署主要是管宮廷宿衛之兵器數目。
太僕寺，設寺卿一人，屬官有太僕寺少卿2人，太僕寺丞四人，太僕寺員外郎，太僕寺主事，太僕寺主簿等職。掌皇帝車馬、廄牧之令，總乘黃、典廄、典牧、車府四署及諸監牧。少卿爲之貳，丞參領之。國有大禮，供其輦輅、屬車，前期戒有司教閱象馬。凡儀仗既陳，則巡視其行列。后妃、親王、公主、執政官應給車乘者，視品秩而頒之。總國之馬政，籍京都坊監、畿甸牧地畜馬之數，謹其飼養，察其治療，考蕃息損耗之實，而定其賞罰焉，死則斂其尾、筋革入於官府。凡閱馬，差次其高下，應給賜則如格。歲終鉤覆帳籍，以上駕部。若有事於南北郊，侍中請降輿升輅，則卿授綏。舊置判寺事一人。以朝官以上充。
宗正寺，設卿、少卿、丞、主簿各一人。掌皇帝族親屬籍，以別昭穆；領陵臺、宗玄二署。
大理寺設寺卿一人，少卿二人。丞四人，主簿六人，掌司直六人，評事十有二人，主簿二人。卿掌折獄、詳刑、鞫讞之事。同職務分左右：天下奏劾命官、將校及大辟囚以下以疑請讞者，隸左斷刑，則司直、評事詳斷，丞議之，正審之。若在京百司事當推，或特旨委勘及系官之物應追究者，隸右治獄，則丞專推鞫。蓋少卿分領其事，而卿總焉。凡刑獄應審議者，上刑部。被旨推鞫及情犯重者，卿同所隸官請封奏裁。若獄空或斷絕，則御史按實以聞。分案十有一，置吏六十有九。
鴻臚寺，卿一人，少卿二人、丞四人，主掌藩屬、外邦之外交接待事務。
司農寺，卿1人、少卿1人，置判寺事二人，以兩制、朝官以上充；主簿一人，以選人充。掌糧食積儲、倉廩管理及京朝官之祿米供應等事務。
太府寺，卿一人，少卿二人，供應皇室用度和戶部支出之官署，專管庫儲出納，太府的出納，是根據戶部所行的文書執行的，戶部又憑太府寺的申報審覈其開支實數，以互相制約”。
待秘書官念完，秦東便道：“以上便是新的朝廷政治體系大致情況，隨後秘書官命人抄寫多份分發給諸位大臣和將軍們，諸位拿回去看看，瞭解清楚，下次朝會時，朕會命人公佈三院六部九卿的職位及其下屬官署的職位歸屬就會出來，到時候諸位就知道自己擔任什麼職位了，如果沒有其他事情，就都回去吧！”
大臣們都行禮大聲道：“恭送陛下！”()