荷蘭人顯然是被明軍扔的炸藥包給炸蒙了，剩下不到一半還有戰鬥力的士兵也不敢再向前衝了，揆一自己也被炸成了重傷，這時候也沒辦法繼續指揮荷蘭士兵作戰了。
很快城外的明軍援軍也趕來了，荷蘭人眼見突圍無望，雖然滿心恐懼，但是還是不得不向明軍投降，這一仗其實還沒有結束，海面上荷蘭人的那艘船已經跑的比較遠了，明軍水軍戰船稍稍來遲，這時候正在奮力追趕，不過看上去應該是追不上了。
項玉令人清點了一下傷亡情況，然後帶着士兵從熱蘭遮城中撤了出來，泉州軍一共戰死四十六人，有七十四名傷員，其實主要的傷亡還是在進攻東西兩處的樓道口產生的，這一下子就減員了超過一百二十人，已經佔到了全軍的三分之一以上了，這也出乎了項玉自己的意料了，他沒有想到荷蘭人的抵抗會這麼猛烈，尤其是城中軍隊出兵的速度也比他預想中的要快上許多，導致明軍的陣型和兵力佈置的並不完善就不得不跟荷蘭人硬拼起來，戰鬥中明軍佔有地理優勢，而且能夠集中全部火力封鎖荷蘭人的道路，但是由於自身兵員的戰術素養要比對方差上一大截，所以這種優勢也僅僅是令明軍能夠堪堪守住防線，甚至是被荷蘭士兵精準的槍法給打的傷亡慘重，這些都像是給項玉敲響了一個警鐘一樣。
不過總的來說這一次作戰還是成功的，畢竟明軍最終還是拿下了熱蘭遮城，不然的話天一亮明軍就不得不跟前幾天一樣硬着頭皮往上攻，那樣的話傷亡的數量或許會大很多。
這時天也已經漸亮，明軍督軍大將正是提督親軍驍騎馮信，項玉雖然並不是他的麾下，但是馮信官職要比他高，加上又是軍中重將，因此儘管心中對他不喜，但還是硬着頭皮前去彙報戰果。
馮信對項玉這麼一個兵微將寡的小人物似乎並不感興趣，聽他彙報完之後簡單的鼓勵兩句便進城去查看俘虜去了。
打了大半晚上的仗，不只是士兵們十分睏倦，就連項玉自己也有點累了，但是畢竟他昨天也裡屬於私自出兵，並沒有主將命令，雖然泉州軍也是單獨一軍，但是戰場上這時的主將畢竟還只是鄭成功一個人，因此項玉也不得不在回答營地之後寫上一份很正規的書面報告交上去，這個時候都是寫的毛筆字，加上又都是繁體字，寫起來也十分麻煩，不過好在項玉身邊還有一個文書何安，因此這件事情將自己的大致意思交代給何安，讓他代替自己去寫。
鄭成功自從出征一來身體就不是很好，加上在海上遭遇暴風雨的那一次的昏倒，他的身體變得大不如前了，明軍軍中的醫生替他把脈診斷都瞧不出個端倪，調養身息的藥倒是開除了不少，每天屋子裡面都是一股濃濃的藥味。
他這個時候並不在前線的軍中，而是住在赤嵌城中調養，明軍打下赤嵌城之後將它改名爲明京，化爲承天府，將它一分爲二分爲萬年縣和天興縣。
鄭成功這時已經知道了明軍攻下了熱蘭遮城的消息，這令他十分高興，前幾天何斌和林驥建議他派軍隊進入島內，一來可以清剿島上各處散落的荷蘭士兵，避免以後出現他們的襲擾，
二來可以聯繫各地的漢人和島上的高山族，然後試着徵收糧食回來，明軍第二批船隊還沒到，大軍的糧食即將告罄。
查清楚土地和人口之後，明軍可以在島上開府立法，然後開墾田地，建立自己的政權以延續明朝的正統地位。
臺灣島上這個時候還是樹林遍地，植被密佈，荷蘭人在島上的幾處地方都有一些小規模的駐軍，由於消息不暢，也不知道這個時候是否還在，但是這部分人明軍遲早還是要處理的，如果他們逃離了臺灣島那還好說，如果是留在島上的話那就可能會對島上的治安與安全造成威脅。
至於糧食，鄭成功卻有點苦惱，島上的土地比較多，但是人口比較少，漢人的數量也不多，基本上也都是分佈在南邊的這一片土地上面，島民和漢人基本上都是種植的水稻，但是由於技術落後，水稻的產量很低，但是荷蘭人從巴達維亞等東南亞一帶的地方引進了一大批的農作物，如甘蔗，棉花，生薑，甚至還有菸草和**，不過主要還是以甘蔗和水稻爲主，島上這時有差不多十幾萬的高山族人，他們在最近的七八年的時間裡面被荷蘭人大肆屠殺，導致人口數量有一定的減少，人數遠遠不及島上的漢人了。
這個時候鄭成功通過一些荷蘭降兵的交代也基本上知道了荷蘭人在島上治理的一些手段了，赤嵌城周圍開墾有大約一萬三千畝耕地，其中只有約五千畝地種植的是水稻，其他的大多是甘蔗，荷蘭人號稱大航海時代的海上馬車伕，他們將世界各地的殖民地上面的一些農作物加以加工，然後集中起來運到有加工能力的地方進行進一步的加工，在南亞這一帶這個地方就是巴達維亞，製成的商品便運到各地進行貿易，或者換取當地的原材料，所以他們並不需要大量的糧食，只要夠荷蘭士兵和家屬的食用就可以了，這樣一來依附於他們的大批漢人農民和高山族居民的糧食供給也都掌握在他們手上，他們統制臺灣的基礎就得到進一步加強了。
而且自從荷蘭人在基隆擊敗西班牙人之後，這一帶也基本上再無敵手，要不是鄭成功這個時候出兵臺灣，荷蘭人下一步的動作就是要出兵攻擊盤踞南澳的葡萄牙人或者北上佔據琉球羣島再開拓日本市場的。
島上的漢人對待明軍的到來自然是十分歡迎的，但是高山族的部落就不好說了。
原來荷蘭人對於島上的兩族人羣採取的是不同的治理辦法，對待漢人起初比較客氣，後來發現明朝陷入動亂之後就漸漸的不那麼客氣了，於是拉攏島上的高山族部落排擠漢人，還規定漢人不能持有武器，這樣一來漢人就只能被荷蘭人和高山族部落欺負了，荷蘭人也不願意高山族部落的坐大，於是從六年前開始就有目的的對島上的部落進行“清理”，幾年下來高山族親荷蘭人的勢力元氣大傷，人口銳減，紛紛逃入深山老林中躲藏起來，荷蘭人的統制這樣一來就徹底穩固下來了。