2月下旬，重慶的軍事委員會軍令部第1廳通過對收集到的種種情報的分析，判定日軍即將發動目的爲攻佔南昌的行動，並且提出了自己的對應意見。這一意見的核心在於第九戰區部隊採取先發制人的策略，轉取攻勢，通過主動出擊，由湘鄂贛邊挺進軍指揮第8、第73軍由武寧指向德安、瑞昌，攻擊正在該地區集結待命的敵人之左側背，以摧破敵之企圖。這一意見出來以後，立刻在軍委會裡引起了一番爭論。這一意見和最高統帥原先所確定的通過後退決戰，在南昌城下圍殲敵人一部從而挫敗敵人之戰略企圖的計劃，各有不同的支持和反對者，這些人各自主要以何部長和陳部長爲首，形成了對立的局面。這兩個多年以來的冤家對頭，幾乎是一有機會就要對着幹一下，這一次也不例外。更何況，軍令部曾經是何部長多年經營的地盤，第8軍裡面又有何部長的親侄子做師長，提出後退決戰構想的恰恰是陳部長派系裡面的年輕骨幹，堅守南昌的也是陳部長派系的部隊。
實際上，這兩種戰法的優缺點同樣明顯。軍令部的一件其優點是可以通過少數部隊的主動出擊，打亂敵人的戰役準備，使敵人不能順利的完成戰役準備工作；其缺點是這種戰法戰果有限，最多也就是把敵人的進攻遲滯一段時間，並不能給與敵人以有效打擊，尤其是不能大量消滅敵人的有生力量。軍委會已經制定下來的策略，就是通過在南昌城下堅守，死死拖住敵人的主要突擊力量，從而爲己方的大部隊創造出圍殲敵人一部甚至幾部的有利時機，這一戰術的優點是如果打得好的話，可以在國軍的能力範圍之內最大限度的消滅敵人的有生力量，從而改善甚至逆轉華中地區國軍所面臨的局面；問題在於自從國軍投入全面抗戰以來，無論是精銳的中央軍還是地方派系的部隊，都沒有過成功守衛一座大城市的成功戰例，淞滬會戰打得轟轟烈烈，最後卻草草收場；南京保衛戰是國軍廣大將士乃至國府內部的最大傷痛；即使是以擅長守城聞名於北中國的晉綏軍系的傅將軍親自守衛的太原堅城，也未能在敵人的猛烈進攻下支持多長時間；以至於一提起守城戰，國軍將領們均談虎色變，唯恐避之不及；雖然，這一次由自抗戰以來屢建功勳，聲名鵲起的劉建業帶領的第6軍堅守南昌，可是由於他的手下有兩個師是剛剛編組不久的手邊的土匪部隊，所以，對於第6軍到底能夠在南昌城堅持多長時間，即使是在何部長面前一直是堅持力挺劉建業的陳部長也是心裡沒有多少實數。要是萬一第6軍抵擋不住敵人重炮和坦克便組成的機械化部隊的瘋狂進攻，沒有打幾天就撤出南昌，那麼國軍可就又要像蘭封戰役時候一樣丟大臉了。
兩大派系互相之間爭執不休，官司終於達到了最高統帥的面前。此時的最高統帥對此也犯了難，兩種意見，各有自己的優缺點，各有自己的強力支持者。一種意見雖然保守一些，戰果不會很大，但是相對風險也小了許多。另一種意見的風險很大，但是如果打得好，戰果也將是很大的。這真是收益與風險成正比的。最高統帥經過反覆權衡，還是有一些舉棋不定，最後乾脆把戰術的選擇權交給了身處前線的第九戰區，由他們來選擇。
接到了最高統帥的電報，第九戰區的薛長官也是一陣的好笑，都已經是這個時候了，居然又躊躇不定了，真是當斷不斷，反受其亂。可是，對於重慶的軍委會裡的那番爭鬥，薛長官也是早就從自己的關係那裡知道了。薛長官很清楚，無論自己明確選擇哪一種意見，都會得罪到背後的一大勢力。相對於何部長和陳部長這兩顆根深蒂固，枝繁葉茂的大樹，自己不過是有一些軍功罷了，無論得罪了誰，對於自己和第九戰區來說，都不會有什麼好結果。所以，對於薛長官來說，最關鍵的問題不是作出什麼選擇，而是在做出選擇的時候，儘量的要把語言模糊化，既做到讓大家都明白意思，又不能讓任何一方感到自己失去了面子。經過了與幕僚的反覆商議，薛長官終於給最高統帥發出了回電，提出部隊整訓未畢，補給困難，況且先前的部署已經基本就緒，如果要部隊主動出擊，作戰準備上來不及，如果一定要求部隊主動出擊的話，要求把出擊行動延至3月24日開始實施。
這樣，薛長官實際上拒絕了軍令部的意見，但是把所有的原因推到了部隊整訓和補給上，這兩個方面恰恰又是和何部長主管的軍政部有着密切的關係，何部長連反駁的理由都找不了。隨着薛長官電報的發出，軍委會裡的這場爭執終於落下了帷幕。兩大派系誰都沒有失去自己的面子。這大概是最理想的結果了。
“姐夫，這是組織上要我轉交給你的關於贛北地區的日本部隊的集結行動的情報。我們方面分析認爲，敵人這一次將集中大量的炮兵和機械化部隊，向秀水防線發起進攻，作戰目的是佔領南昌，切斷我國兩個戰區部隊之間的聯繫，改善武漢方面敵人的態勢。我們希望這些情報能夠對你們的作戰有所幫助。”王靖國在劉建業的書房裡，交給劉建業幾張寫得密密麻麻的字的紙。
“果然與我方收集的情報吻合。這就完全驗證了我方的判斷。敵人的確就是要進攻南昌，而且就是要用大量的炮火和機械化部隊突破防線，直到南昌。貴方的情報收集能力果然不一般，情報很詳實，都具體到了敵人每一個聯隊的部署情況。對於貴方的幫助，我是不會忘記的。請你轉告貴方的領導，我代表第6軍數萬將士，謝謝貴方的無私援助。”劉建業對於王靖國所屬的組織這個時候所提供的幫助，還是很感激的。
“大家都是在爲能夠早日把日本人從我國土地上趕出去這個共同的目標努力，況且，你現在是我們的朋友，爲朋友提供必要的幫助，是我們應該做的。”王靖國高興得說。
“我還是要你去提醒一下你們派到我的部隊裡的同志，最好不要在我的部隊裡繼續發展你們的組織。我本人對此倒是無所謂，只是現在重慶那裡的政治氣氛不一樣了。前一段時間，國軍各部都接到了軍委會的指示，要注意嚴防貴方對國軍部隊的所謂政治滲透，重慶的羅家灣也要向各部隊派出人員，對部隊進行監控。你們的一些同志在這個方面不是很注意，到處找人串聯，已經引起了情報處和政訓處的猜疑，彙報到了我這裡。現在，我還能把這些壓制下去，但是要是你們的同志還是不注意的話，把事情鬧大了，恐怕就連我也要被牽連進去了。到時候，估計就沒有什麼人能幫助你們這些同志脫身了。”劉建業雖然允許來自GCD的人進入自己的部隊，但是並不想讓他們迅速把自己的部隊赤化，甚至把自己的部隊從國軍的序列里拉走。要是那樣的話，自己恐怕就要到重慶的磁器口那裡去和羅家灣派去的人終日做伴了。
“我會把這個情況向上級彙報的。我相信，上級不會讓我們的朋友難做的。”王靖國寬慰着劉建業。
“但願能夠聽得進去吧。”劉建業對此也是不抱有什麼信心的。王靖國的領導關係已經從長江局直接管理，轉到了由東南局來掌管。東南局的書記正是擔任N4A政委的項德隆，此人的原則性有時候簡直就是堅強的過分了，和最高統帥親自任命的N4A的軍長，曾經的國軍北伐名將葉軍長的關係很不好。
隨着11軍預定的進攻日期3月10日，也就是日本陸軍紀念日的臨近，準備參加南昌會戰的日軍部隊相繼進入了戰備狀態。
與此同時，進行了整補的贛北地區的第九戰區部隊也根據在南昌城下挫敗敵軍的戰略構想，調整了自己的部署。
武寧方面，戰區部署了王靈基的第三十集團軍獨當一面。第三十集團軍下轄韓全普第七十二軍及夏守勳第七十八軍一共四個步兵師，都是響應抗戰需求由四川省的保安團改編而成。這是四川兩次裁軍後保留下來的部隊，也有一定戰鬥力。王靈基在川軍中資格很老，以幹練著稱。兩位軍長也是川軍老資格的將領。他們出川抗戰，已是武漢會戰後期，所以這四個步兵師沒有受到嚴重損失，戰鬥力完整。他們的任務就是依託防線，頂住當面的敵人，日軍第6師團，日本陸軍裡最臭名昭著的部隊，不使其突破防線，從而對我軍之側翼進行迂迴，威脅我軍的後路。
第九戰區前敵總指揮，第19集團軍總司令羅中將把自己所直接指揮的，承擔南昌會戰主要作戰任務的第19集團軍根據會戰的總體構想，進行了部署。當面的修水防線當然要繼續守，只是不象一開始設想的那樣，把所有兵力都壓在防線上，由第四十九軍和第七十九軍負責修水防線的防禦。劉多全的第四十九軍中，骨幹王鐵寒第一○五師是由張少帥的衛隊旅改編而成，在東北軍中算是王牌，長期駐防信陽。抗戰開始之後，這支東北軍的精銳立刻被調到津浦線迎戰，在涿州受到重大打擊。之後調往華中，又在武漢會戰中累經傷亡，戰鬥力非常低落，最需要休整訓練。另一個師是預備第九師，是由後方的新兵編組而成，缺乏足夠的戰鬥經驗。第七十九軍是由原先的十八軍的九十八師爲主擴編成的，其骨幹第九十八師當時是羅店戰場的主力之一，在戰鬥中消耗殆盡，殘部撥給友軍。後來重新補充重建，經過武漢會戰的損耗，全師都是新兵，亟待整補。第一一八師是河北反正的僞軍改編的。第七十六師是河南的民軍改編而成，在“八一三”抗戰中損耗殆盡，殘部與第九十八師殘部合編後，編入夏楚鍾軍。兩個軍無需在修水防線上與敵軍死拼，只需把敵人的進攻遲滯一段時間，就可以退往敵人向南昌推進的道路兩側。這樣的配置裡，一支雜牌部隊加上一支土木系嫡系部隊，就算是再挑剔的人，也不能說羅中將是藉機消滅異己。由湖南湘軍編組成的彭偉仁的第七十三軍，守衛南昌城的側翼，保護守城的第6軍與外界的聯繫。第七十三軍是以王東元的第十五師爲基礎擴編而來的。第十五師是何建湘軍中的老牌部隊，戰鬥力較強。柳繼明的第七十七師是何建整訓的湘軍部隊。這兩個師也是從上海打到武漢的久戰之師，1938年4月編爲田家鎮要塞的防衛軍。雖然久戰折耗，但是在戰力上也算是非同小可。第七十軍是何建的嫡系湘軍，軍長李珏是何建的女婿。所轄的第十九師，是湘軍精銳部隊，在“八一三”抗戰中表現良好。武漢會戰中，第十九師死守廬山，使日軍始終無法攻佔這座名山，樹立了較好的攻防戰例。後來調奉新整補，長駐贛北。第一○七師是新成立的湘軍，缺乏經驗，不能獨當一面。宋肯唐的第三十二軍，和第七十軍一同作爲機動部隊，在日軍從永修，吳城到南昌之間的大路兩旁待命，一旦接到羅中將的反攻命令，就協同從修水防線上撤下來的第四十九軍和第七十九軍，鄂湘邊區挺進軍的第八軍，戰區的預備隊，最高統帥特意抽調來的第七十四軍，以及南昌守衛部隊，向敵人發起全線反攻，尋機殲滅敵人之一部。預備第五師是由江西保安團隊改編的，是江西省的熊主席細心培養的勁旅，又熟悉贛北的山丘湖沼地形，所以羅中將非常倚重這些部隊。他們在會戰時主要警備鄱陽湖區水面與南昌後方要點，不在修水正面陣地之中。爲應對可能出現的意外情況，第九戰區把由雲南的滇軍組成的第一集團軍安排在湖南中部地區，隨時可以調往贛北。第一集團軍是雲南爲了出兵抗戰所編組的滇軍精銳。1938年5月徐州會戰時，他們曾血戰禹王山，重創日軍，本身也受到極大創傷，在徐州會戰之後幾乎失去戰鬥力，馬上後調整訓，半年後才逐漸復原。這支部隊由於地緣的關係，和其他國軍部隊不同，幾乎都是全套的法國裝備。
國軍部隊此次作戰不但從兵力數量上對日軍佔據了優勢，而且，我軍處於居高臨下的態勢，只是在技術兵器上處於劣勢。第九戰區據此樂觀得認爲，只要各部隊能夠作戰得力，日軍的作戰企圖是絕難得逞的。
就在中日雙方的軍隊各自忙於做着會戰準備，迎接即將來臨的兩軍又一次對決的時候，老天爺又來湊了一下熱鬧。自2月中旬起，贛北地區連續下了1個多月的雨，河水氾濫，道路難行。這種情況對於嚴重依靠兩條人進行機動的中國軍隊來說，固然是相當的不利，不少的部隊只能暫時放下了構築工事的工作。而沿着修水防線展開的第四十九軍和第七十九軍將士則只能冒雨站在工事裡，隨時警惕着對面的敵人可能發起的進攻。這種局面對於嚴重依賴交通線作戰，部隊機動不能離開交通線的日軍部隊來說更加不利。由於山洪暴發，河水氾濫，許多的航道和公路，都暫時不能使用，使許多的日軍軍用物資不能及時運抵前線的部隊集結地，嚴重延誤了日軍部隊的戰役準備時間。
隨着原定的戰役發起時間3月10日一天天逼近，天氣卻遲遲不能放晴。鑑於面臨的情況，第11軍司令官岡村寧次中將在向駐南京的華中派遣軍反覆說明情況，獲得派遣軍方面的諒解以後，下令推遲作戰開始時間到3月20日。
雖然，敵人的進攻沒有按照先前得到的情報那樣的準時發動，但是，戰區指揮機關知道這只是由於天氣原因造成的臨時困難。只要等到天氣狀況改善，敵人就可以加緊準備，那麼這場推遲了的對決遲早還是要打得。
經過了相當一段時間的準備和部隊冒雨作業，到了3月份的上旬，整個南昌雖然從外表上看已經是一座空城，但是實際上已經成爲了一座完全要塞化的城市。
作爲南昌城的最高守衛者，南昌警備司令，也是實際上的南昌城防司令，劉建業站在南昌城外，已經是人去樓空的滕王閣上，看着滔滔而去的贛江水，默默地對自己說着，“不知道現在的蘇聯駐華軍事總顧問崔可夫將軍是不是會從這場會戰裡，學會一點什麼？他可是以後要打斯大林格勒大血戰的，而且和我一樣，都是守城。但願以後，在他的回憶錄裡，會提到他是從南昌會戰裡得到的靈感，那樣，我可就要青史留名了。”