想要提前把《物種起源》搞出來，並不全是爲了刷聲望玩兒。更重要的是要讓自己此後的一些行動，有理論上的支持。在很多人眼裡，理論這東西似乎沒什麼大不了的。但是這種東西在歷史上，卻往往有着刀劍也無法比擬的力量。如果沒有牛頓的三定律，就不可能有瓦特的蒸汽機；如果沒有蒸汽機，就沒有工業革命。自然科學方面的理論是這樣，社會科學方面的也一樣。如果沒有民族主義的理論，如果沒有啓蒙主義的思想，資產階級革命的道路也會艱難得多。
在人類歷史上的那些劃時代的，影響深遠的理論中，《物種起源》是相當的有意思的一部。它需要的前置知識不多，相對容易弄出來，只是各種證據的收集需要很多的人力物力。而這在鄭森這裡，問題都不大。更重要的是，這個理論無論在自然科學領域，還是在社會科學領域，都可以做很多的延伸。尤其是在社會學領域的延伸，很容易就能和民族主義，和進取精神聯繫在一起。而這，正好可以用來給自己的人馬洗腦，絕對是增強戰鬥力的利器。
除此之外，想辦法將“物競天擇，適者生存”的思想，用“天行健，君子以自強不息”來進行合適的包裝，卻是最容易打動那些中二期的青年，中年，甚至是老年。這樣激烈的思想在中國的傳播，當然會給自己帶來激烈的反對者，但也能給自己帶來激烈的支持者。而這些支持者對於鄭森的事業可能會非常有幫助。
爲此，鄭森甚至講很多的工作都丟給了鄭芝鳳，和貝爾一起在書房裡忙碌了差不多一個月。終於，一部劃時代的鉅著完成了。這部作品的體例基本上照搬來歷史上原本的那部《物種起源》，整部著作分成了三個大的部分。第一部分講生物的各種變異，包括家養變異和自然變異，以及生存鬥爭和自然選擇。在這一部分中，全書的主體和核心，生存競爭和自然選擇的原則被建立了起來。第二部分則是站在反對者的立場上給進化學說提出了一系列質疑，再一一解釋，使之化解。第三個則用以自然選擇爲核心的進化論對生物界在地史演變，地理變遷，形態分宜，胚胎髮育中的各種現象進行了令人信服的解釋。
然後，鄭森一邊安排將這部作品的白話版本刊印出來，分發給模範軍各部學習；一邊將這本書的第一部分的一些提要寫成文言文，然後寄給一直和自己保持着密切的書信往來的方以智、顧絳、夏允彝、陳子龍等人。
……
“密之兄如晤：
夫泰西之俗，不以遠遊爲苦。自麥哲倫氏環球之後，頗有效之者。弟與數年前遇一泰西人，曰貝爾者，乃泰西博物學家，以研究寰球草木蟲魚之異同爲事。其志必欲編寫一天下博物志，盡載天下各大洲之各色物種。弟以爲其志頗類神農大禹，甚壯之。乃發數百金助其行。
上月初，貝爾氏環球而反，以其筆記示餘曰：‘此吾數年之所得，我於此得萬物變化之理矣！’……
其理之一曰‘生存競爭’，一曰‘自然選擇’。所謂‘生存競爭’者……
弟鄭森頓首”
方以智將這封長信放了下來，對顧絳道：“寧人兄，你如何看着進化論？”
“這東西直接涉及的草木蟲鳥之類，我所知只怕遠不及密之兄。不過我看他的這些論證，依着他以前寄給我的一些因明規則之類的東西，加以考覈，至少我覺得他在論證的時候是可以自圓其說的。此說能不能立得住，主要就要看他的論據立不立得住了。這個方面密之兄比我在行多了。其實這東西我最關心的倒不是貓和老虎是不是有一個共同的祖先發展而來，而是它在人事上的推演。”顧絳緩緩的說，倒是頗有點憂心忡忡的樣子。
“在人事上的推演？”方以智聽了，微微思考了一下，便不由得悚然而驚。
“寧人兄是擔心此說一出，弱肉強食便有了道理了？”
“不錯，密之兄，這便是我最爲擔心的。我擔心此說一行，則人皆爲禽獸了。偏偏此說的論證又極爲嚴密，所言皆可考察，可驗證。若是這些證據沒有問題，幾乎就是不刊之論了。密之兄，天道人道本來就有相通之處。就像大木當時所言，人道之學，蓋本於聖人的天之授。也就是說，人道本於天道。此文發見如此天道，難保別人不亂做引申，若如此，忠恕之道危矣！”顧絳頓足嘆道。
方以智並沒有立刻回答，而是想了一想，突然展顏笑道：“這種學說，的確有寧人所說的問題。不過寧人所言卻過了一點。其實若有人以此反對仁義忠恕之道，寧人兄大可以以其人之道而制之。”
“哦，不知如何制之？密之兄可要教教我。”顧絳聽了，趕忙道。
“前些日子，我和大木通信，向他學幾何之學。從他那裡學到了一套被稱作反證法的方法。寧人兄和大木都對因明研究頗深，這法子想來也是知道的。”方以智道。
聰明人有一個優點，很多時候，一些東西，你只要剛剛提了一個開頭，他便能一下子領悟你的意思，甚至於做到聞一知十。方以智只是提到了反證法這三個字，顧絳立刻就反應過來了。
“密之兄，你是說若是行禽獸之道，不仁不義纔能有成。那麼如今自古以來的盛世必定都是骨肉相食的時候了。嗯，這樣說不是沒有漏洞，硬要找的話，漏洞還不少。不過倒也並不是不可彌補。嗯，你說大木他可發現自己這東西有這樣的問題？”
“以大木的聰慧，怎麼會察覺不到這樣的問題？”方以智道，“說不準他也在爲此爲難呢。所以才丟出這麼個不全的東西給我們，看我們有什麼想法沒有。”
“我想也是。這個問題極爲重要，若是不搞個清楚，怕是睡不好覺了。寫信給大木，一來一回，一兩個月纔有一封信，真是能把人都急死了。”顧絳跺腳道，“可惜神怪故事裡的飛劍傳書沒地方可學。這個大木也是可恨，請上一個假，跑回家去，就死也不來了。也罷，他不來，我便去福建找他去。密之兄可願意和我一起去一趟？”
“我倒是沒什麼不可以的。”方以智回答說，“反正福建也不算遠。只是馬上就要鄉試了，寧人兄不是還要備考嗎？”
“備個什麼考！”顧絳道，“自家學問、德行一大堆的都沒搞明白，還去參加鄉試做什麼？以己昏昏使人昭昭？自己揣着個糊塗裝明白，然後去糊弄，不，是去害天下百姓？我自己的學問德行未有所成之前，是斷然不去參加科考了的，省得害人！”
方以智聽了，大笑起來，道：“寧人說得好！只不過寧人你要都算學問德行無成，這天下戴着烏紗帽的人裡頭，有幾個是學問德行有成的？他們豈不是都是在害人嗎？”
顧絳昂然道：“難道不是嗎？若不是這幫子傢伙害人，天下能是今天這樣子嗎？這幫子傢伙，要麼沒學問，不知道天下如何才治理得好，只是因爲背古書，然後胡搞一氣，最後勞民傷財。要麼就是德行差，一味地之爲自己着想，專門想着損公肥私，最後自然也是害人，更不提還有又沒學問，又沒德行的……”
“寧人兄罵得痛快，當浮一大白。”方以智道。
“痛快個啥？我罵他們是罵得痛快，但是密之兄您要是問我一句‘可知道天下如何才能治理好？’我頓時便要啞口無言了。其實罵他們不過是罵自己罷了。回想一下，我當初剛進學的時候，明明什麼都不懂，卻覺得治理天下易如反掌。幸虧一直沒有考上舉人進士，要不然就真是要變成害民賊了——密之兄什麼時候有空，我們一起去一趟福建。”
“什麼時候都有空。”方以智笑道，“只不過你要給我幾天時間，安排些雜事，也和一些朋友告個別。另外提前給大木寫封信，免得我們跑去了，他又不知道跑到哪裡去了，我可沒有王子猷的風度。另外大木說過，福建山多，陸路難行，其實坐船最爲方便，也最快。他自己來南京回福建，都是先乘江船到松江，然後再改海船去福建的。寧人兄身邊也沒人幫着處理這些雜事，這買舟（其實是租船的意思）的事情，也就包給我好了。”
顧絳笑了笑道：“如此，有勞密之兄了。”講起家族背.景，手裡的錢財，他的確是遠遠趕不上方以智的。
不過在那個時代，出一趟遠門，確實是一件麻煩事，需要準備的事情很是不少。莊子說：“適千里者三月聚糧。”方以智家裡有錢，自然用不了三月之久，但是亂七八糟的準備起來，也花了差不多一個月。而且等到出發的時候，顧絳一上船，才發現，船上還多了一個人。