金門和登步失利後，華東野戰軍首長對渡海作戰艱鉅性的認識不斷提高，臺灣戰役的計劃也一再被修改。
1949年秋天制定的臺灣戰役計劃是投入8個軍的兵力，其中以第9兵團的4個軍（第20、第23、第26、第27軍）爲第一梯隊。1949年末華東野戰軍首長經研究決定增加投入戰役的兵力，三野部隊除擔任剿匪和地方警備任務外，主力12個軍全部參加攻臺。中央軍委馬上同意了這一意見。當時，因爲美國公開表現出和臺灣國民黨當局拉開距離的政策，所以一般估計攻臺時美軍不會介入。慄裕副司令員在《華東軍區一九五零年政治工作指示》中曾解釋說： 直接參戰在政策上、軍事上都是對美帝不利的，所以美帝只能間接參戰，如動員日本的“志願兵”去幫助蔣匪。
基於這種估計，華東野戰軍在研究臺灣戰役的計劃時，曾設想了同日本援蔣軍人作戰的可能性，並有信心消滅這些“志願兵”。根據當時的國際國內形勢，中央軍委認爲應在儘可能短的時間內完成臺灣戰役的準備，早日完成解放全中國的任務，以實現祖國統一。
爲爭取儘可能先在沿海島嶼殲滅國民黨軍主力，人民解放軍在準備對舟山、海南島和金門實施攻擊時，都強調要集中優勢兵力，確保登陸後能夠有把握打殲滅戰。經中央軍委同意，在第四野戰軍攻擊海南島的同時，華東野戰軍決定調集第7、第9兵團共6個軍（第20、第21、第22、第23、第26、第27軍）20萬人發起舟山戰役；並調第24、第25、第32軍入閩，接替第10兵團（轄第28、第29、第31軍）的剿匪及修築道路、機場等任務，以騰出該兵團用以攻佔金門。
華東野戰軍還準備將對舟山、金門的攻擊作爲攻臺的實戰演習。
爲了更細緻地籌劃臺灣戰役的具體事宜…1950年3月11日新任海軍司令員的肖勁光同粟裕會商了攻臺的準備工作。中央軍委同意華野領導和海軍會商的意見，設想投入50萬部隊用於渡海攻臺，分兩次運送。
當時作出這一設想，是對東南沿海國共雙方軍事力量進行對比分析後作出的估算。國民黨陸海空軍總共還有50多萬軍隊，其中在舟山、金門和海南島的部隊隨時又有撤回臺灣集中力量防禦的可能，再加上少量日本“志願”人員的協助，還有一定的戰鬥力。解放軍進行的又是背水的登陸作戰，按照一般的登陸作戰規律，第一批登陸部隊要有能突破防線並向縱深發展的充裕力量，而最忌“添油”式的逐次增兵。所以預定第一梯隊要有足夠的兵力，再待第二梯隊上岸，總兵力至少應和臺灣守軍大致相當。當時人民解放軍各部隊的戰鬥力明顯高於同等數量的國民黨軍，有50萬部隊登陸就可以確保在短期內不間斷地發展勝利，以佔領全島。根據這一設想，華東野戰軍準備在舟山戰役結束後，以第7、第9兵團擔任攻臺的第一梯隊，第10兵團和入閔的另外3個軍擔任第二梯隊。這祥，華東野戰軍的12個軍部隊連同後勤支援人員，投入臺灣戰役的總兵力將達50萬人。在大陸內地，第四野戰軍以第13兵團（轄第38、第39、第40軍）擔任全軍的戰略預備隊，西北野戰軍抽出第19兵團（原華北第2兵團，轄第63、第64、第65軍），作爲中央軍委可以隨時調動的機動力量。
當時，要實現這一登陸作戰的設想，最大的困難來自兩個方面：一是缺乏渡海船隻，二是海空軍掩護問題還有待解決。
解決渡海船隻問題，在建國初期的條件下是一大難題。要運送50萬部隊渡海，連同裝備、糧彈、飲水、燃料、馬匹、車輛等，所需船隻甚多。
根據金門作戰的經驗，第二梯隊不能依賴第一梯隊的船隻返航接運，而必須自備船隻。因此，中央軍委估計需籌集幾十萬噸位的船隻。臺灣海陝海寬浪大，漁民的小帆船難以航渡，需用輪船或較大的機帆船。近代中國海運一直不發達，沿海地區機器動力的船隻很少，國民黨軍從大陸撤退時又將大多數輪船帶走或加以破壞，所以要靠從沿海現有的船隻中籌集幾十萬噸位的機動船是辦不到的。
解決海空掩護問題，也是保證渡海攻臺成功所必不可少的前提，而人民解放軍當時確實不具備這種條件。臺灣距大陸最近距離也在8O海里以上，平均距離則有100多海里，解放軍對金門、海南島發起進攻時，航渡距離只有5－15海里，以帆船航行幾小時即可到達，完全可以在一夜間起航並完成登陸，從而能大大減少國民黨空軍的攻擊和海軍攔截的威脅，向臺灣航渡則完全不具備這種夜航登陸的條件。解放軍當時擁有的艦船時速大多隻有七、八海里，向臺灣航渡需要一天一夜時間，龐大的船隊一旦沒有夜幕遮蔽，在完全暴露的海面上必然會遭到國民黨海空軍的全力攔截攻擊，沒有海空軍掩護的船隊將會遭到極慘重的損失，根本不可能達成登陸成功的目的。因此有了渡海的船隻後，還必須建成一支能夠較敵方具有優勢的海空軍，才能保證臺灣戰役這種規模的渡海作戰的勝利。
中央軍委在籌劃臺灣戰役時，鑑於上述的這兩個主要困難，決定在不影響恢復國民經濟的前提下，籌集財力物力修造船隻，並儘快建設海空軍。但是在當時中國工業基礎極爲薄弱、技術設備極其落後的條件下，籌集修造大量船隻和建設海空軍都非短期所能完成。
沿海地區解放後，人民海軍徵集到可用的商船、漁船僅有169艘，總噸位6．48萬噸。解放初期我國沿海的造船工業一般只能製造內河小船，修船能力也十分有限。當時國民黨空軍又以沿海的造船廠和較大的船隻爲主要轟炸目標，如1950年1月25日對江南造船廠一次轟炸，就炸燬炸傷“常州”號、“萬壽花”號等26艘艦船，嚴重影響了修造船的進度，鑑於這種情況。
中央在加強對港口上空防護的同時，要求沿海地區各造船廠抓緊修復被破壞的輪船，並大量趕造投資少、工期短並有一定抗風浪能力的機帆船。此外，中央利用英國已承認新中國，想建立關係的有利條件，在香港購買到舊船48艘，總噸位2．54萬噸，並向英商繼續洽商購買。不過既便如此，至少還需要相當一段時間才能達到籌集幾十萬噸位船隻的數量要求。
1950年6月6日至9日，中央在北京召開了七屆三中全會。會上，華東軍區副司令員粟裕彙報瞭解放臺灣的各項準備工作。慄裕請求由中央軍委直接組織指揮台灣戰役，則決定這一戰役仍由慄裕指揮。中央軍委、作出這一決定，是由於粟裕在解放戰爭的多數時間裡實際擔負了華東戰場的主要指揮責任，1948年陳毅調任中原軍區第一副司令員後粟裕還擔任了華東野戰軍代司令員，在華東解放戰爭中顯示出高超的指揮才能。臺灣戰役由粟裕擔任指揮員，在當時是最合適的人選。