一、奠都南京
1．南京國民政府的建立
四一二反革命政變後，蔣介石控制了以滬寧爲中心的東南地區。1927年4月14日，蔣介石在南京召開在寧的中央執委和中央監委會議，會議決定於次日在南京召開國民黨二屆四中全會。4月15日，會議如期舉行，當時，國民黨中央執監委共有50餘人，而在南京的中央委員僅有張靜江、李石曾、吳稚暉、蔡元培和蔣介石等10人。由於不夠法定開會人數，會議遂改名爲談話會。此次會議否認了武漢中央黨部和武漢國民政府的合法性，決定在南京重建國民政府。
1927年4月17日，蔣介石在南京召開了國民黨中央執行委員會政治國民政府奠都南京典禮會議，會議接受了胡漢民的提議，確認南京方面爲國民黨中央的正統，在蔣介石的提議下，會議增選蕭佛成、何應欽、蔡元培等9人爲中央政治會議委員，推選胡漢民爲中央政治會議主席。
4月18日，根據國民黨中央政治會議第73次會議決議，南京國民政府在丁家橋前江蘇省會議廳舉行了成立典禮，這標誌着以蔣介石爲代表的南京國民政府正式成立。蔣介石、吳稚暉、張靜江、胡漢民、柏文蔚、蔡元培等出席了慶典儀式。在成立典禮上，蔡元培代表國民黨中央黨部授印，印文爲“中華民國國民政府”，胡漢民代表國民政府接受這方大印。在隨後發表的演說中，胡漢民表示一致擁護蔣總司令，以鞏固革命陣營。
這次會議還宣佈胡漢民、張靜江、任朝樞、古應芬等人爲國民政府委員。南京國民政府的人員構成如下：古應芬任財政部部長，伍朝樞任外交部長，鈕永建爲秘書長。從南京政府委員的構成來看，有的是國民黨元老，有的是金融界的巨頭，有的是北洋軍閥的政客、遺臣，也有國民黨內的後起之秀，成分複雜，但有一點是共同的，這些人都與蔣介石有着特殊的個人關係，與他有着共同的利益。
在國民政府成立的當天，蔣介石在慶祝國民政府建都南京歡迎宴席上發表了長篇講話。蔣介石強調了南京國民政府的合法性，重申了其反蘇的一貫論調，他列舉了鮑羅延所謂“壓迫欺騙我們”的事實，要鮑羅延自己回到蘇俄去，號召大家以快刀斬亂麻的方法，把國民黨內的共產分子清除出去。隨後，他在南京大操場舉行的國民政府建都南京閱兵典禮上作了長篇訓話，要全體將士在他的領導下實行清黨運動。
南京國民政府成立後，在隨後發表的國民政府宣言中聲稱定都南京是受國民黨中央黨部和民衆的委託，是依據中央政治會議決議而決定的，提出了南京政府護黨救國，實行國民革命之方略四條，即，使國民革命愈與人民密切的結合，造成廉潔的政府，提倡保護國內的實業，保障農工團體的利益並扶助其發展。在公佈的國民革命軍全體將士文中，大力鼓吹蔣介石的忠貞勇敢，創造了國民革命軍，宣佈以軍事全權託付給蔣介石，要求全體將士接受蔣介石的指揮。
4月21日，蔣介石以國民革命軍總司令名義通電，將國民黨軍事委員會從廣州遷到南京辦公。隨後就成立了吳稚暉爲主任，劉文島爲副主任的國民革命軍總政治部，召集了陸海軍軍事會議，何應欽、白崇禧等人聯合通電錶示擁護南京國民政府。
南京國民政府的成立，標誌着蔣介石在中國大陸長達20餘年統治的正式開始。
2．調整與漢方和馮方的關係
南京國民政府成立後，國民黨分裂成南京國民政府和武漢國民政府兩個並立的中央政權。南京方面自恃有功，覺得應由他們繼承國民黨的正統，武漢方面則擺出國民黨元老的資格，認爲自己是國民黨統治的當然繼承者，西北的馮玉祥則在這種政治格局下迅速上升到有利的地位，三方圍繞各自的利益展開了激烈的爭奪。
武漢方面，共產國際代表羅易認爲，討伐蔣介石遠比北伐更爲重要。汪精衛、唐生智也主張張東征討蔣，但各有自己的打算。唐對長江下游的江浙地區財源十分垂涎，他認爲只有東下驅蔣，佔據江浙，才能“找出一條財政上的出路”。汪精衛則是企圖打垮蔣介石，自己取而代之。
與漢方相比，寧方政治、軍事上均無優勢可言，內部鬥爭也不遜於漢方，當時蔣轄有的約12萬軍隊，嫡系只佔很少的一部分，多數是地方實力派如桂系、粵系等，有些是收編不久的北洋軍閥部隊，蔣介石要做的就是如何鞏固這種並不牢固的聯合。至於征服武漢國民政府，蔣並不具備軍事、政治等各方面的現實可能性，所以在南京政府成立之後，蔣介石還是將重心放在北伐之事上。
蔣系一派中，桂系是北伐的堅定支持者，桂系堅持北伐，關鍵在於不願爲蔣作西征的前驅。其時，北伐並非明智之舉，北伐三支力量漢、寧、馮，只有寧方獨自北進，實有孤掌難鳴之勢。
但由於桂系在南京國民政府中佔有舉足輕重的地位，蔣介石不得不對其做出讓步。6月19日，蔣下達繼續北進的攻擊令。23日，寧軍開始向魯南一帶進軍。然而，攻勢剛剛展開，27日，蔣介石以漢方準備東征，南京方面應予防範爲由，下令魯南一線部隊改攻爲守，除留部分前線部隊分別鎮守魯南各要隘外，“其餘各部均即開始南撤。”這是蔣介石的第一個撤兵令。
蔣介石的撤兵令發出之後，力主北伐的桂系對此的反應卻出現了分歧。此時，李宗仁任第三路總指揮，駐徐州，白崇禧以總司令部總參謀長名義代蔣介石任第二路總指揮，駐魯東南，兩軍相距在百公里以上。當時通訊條件落後，兩人在短時間內無法溝通並達成共識，只得基於各自對形勢的認識作判斷。
白崇禧堅持其一貫立場，對撤兵持反對態度，他非但未按蔣要求佈置所部後撤，反而繼續向魯東南地區進兵，準備全力北進。6月下旬，李宗仁已洞察到漢方分共是遲早之事，此時，重要的是實現對長江中游乃至南京地區的控制，而不是繼續北進。因此，蔣撤兵令下達後，李宗仁便立即將第七軍南調，前線僅留王天培第十軍等部鎮守，並令其不準後退。李宗仁之所以部分地贊成南撤，關鍵是要實現其心腹部隊回師長江中、下游，控扼南京的局面。
1927年6月30日，蔣新重新下達撤兵令，同意白崇禧繼續在魯東南作戰，承諾在臨沂未攻克之前，防禦及撤兵令暫不發表。同時修改撤兵計劃，規定：第一路軍即以第十七軍於日照附近佈防，第十四軍着改歸白崇禧指揮，協助第二路攻略臨沂，其餘部隊即陸續向揚州附近移動；第二路軍除第一、第三兩師外，必須在規定期限內攻克臨沂，再按照前令抽調南下；第三路軍即以第七、第四十軍之秩序，陸續到浦口集中。
由於白崇禧在撤退的過程中嚴重耽擱，致使蔣介石的嫡系第一軍大部分直至8月中旬仍滯留在蘇北地區。相反是李宗仁的第七軍順利南撤，並逐漸完成了蕪湖至南京一線的佈防，這種局面的形成，又爲日後桂系坐鎮南京逼蔣下野打下了良好的軍事基礎。
與此同時，武漢方面也在積極進行北伐，只是北伐的目的不同，武漢方面的討伐對象是退守河南的吳佩孚殘部，其目的是爲了與在北方的以馮玉祥爲首的軍事集團取得聯繫，並結成聯盟。
馮玉祥自五原誓師後，長期獨處西北，強鄰環視，處境不容樂觀，漢方既欲拉攏他，他倒也樂觀其成。1927年4月。漢方繼續北伐，馮隨後出師中原，雙方在河南會師，孤立處境稍有緩解。
馮漢雙方在河南會師後不久，6月10日至12日，汪精衛、唐生智等專程到鄭州與馮玉祥會晤，予馮以豫、陝、甘三省軍政大權，並答應每月爲馮玉祥的部隊提供給養。馮則同意唐生智第四集團軍回撤武漢，停止北伐。馮玉祥以極小的代價取得河南地盤，獲得向內地發展的跳板，並得到武漢方面的正式委託和給養接濟，所得不菲。武漢方面送給馮食之無味的豫省地盤，換取馮的好感，從而得其默許將重兵南撤，重點鞏固湖廣，也不無所得。
蔣介石在南京靜觀其變，他感到馮玉祥與武漢國民政府的關係遠非表面上看來的那麼明朗，南京方面完全有機會橫刀介入。6月20日至21日，蔣介石、馮玉祥在徐州花園飯店舉行會晤，雙方就國內局勢交換了意見。就商談結果來看，馮氏在問題上傾向寧方，並明確表示不贊成漢方東征。同時，他也拒絕了蔣氏拉攏其攻漢的企圖，馮玉祥最欲避免的還是寧漢開打，奉張南下之局。
然而，馮玉祥雖然竭力防範寧、漢武力相爭，但寧、漢迅速合作，組成統一政府，也是他所願意看到的結果。首先，就國民黨而言，馮玉祥在國民黨中素無基礎，正是寧、漢之爭，使他身價倍增，獲利頗豐，河南地盤及宣傳聲勢不論，僅軍費方面，他即同時自寧、漢兩方得利。寧方允諾增加對馮玉祥的經濟支援，徐州會議上答應每月接濟軍費250萬元。漢方在財政備感竭蹶情況下，仍每月向馮撥付60萬元，後又增至90萬元。
其次，從全國形勢看，寧、漢、馮三方，馮的處境根本沒有迴旋的餘地。當時，寧、漢雙方都與北洋軍閥暗中保持接觸。寧、漢雙方皆欲拉奉爲己用，奉方則真真假假，兩面用功，在這種政治的太極推手中，馮玉祥的處境最爲不利。奉、馮之間積怨甚深，奉方以倒馮作爲與寧、漢議和的條件之一，而寧、漢也並不視馮爲當然的同路人。正是由於寧、漢相爭，虎視眈眈，雙方均不敢貿然開罪作爲強鄰的馮玉祥，馮纔不至成爲寧、漢、奉交易的犧牲品。
馮玉祥態度未明，但漢方卻對與馮玉祥的合作寄予了太多希望，整個武漢領導集團都是抱着這種態度提出和贊成“西北學說”的。包括蘇聯顧問和中國，他們把太多的希望押在馮玉祥身上，他們對於會師河南後革命前景一致看好。
但是最後，馮玉祥拜倒在蔣介石的財力援助之上。每月250萬元的資助，自然能夠幫助馮玉祥解決許多他早想解決卻無能爲力的事情。徐州會談後，馮蔣聯名發表通電，宣稱：“中正、玉祥與數十萬將士，爲三民主義而奮鬥。凡百誘惑在所不顧，凡百艱險在所不避，凡百犧牲在所不憚。”
馮玉祥立場的突然轉變對於武漢方面的各種勢力派別都是致命的打擊，他不僅宣告了他們歷盡艱難才做出的西進決定的破產，同時也是對武漢方面自身生存的一次嚴重挑戰。事實上，從決定西進開始，國民黨與的合作很大程度上是基於馮玉祥的支持給他們帶來了希望之上的。如今，馮的態度把這種國共合作的基礎給摧毀了，進而轉變成了一種強烈迫使國民黨與分裂的外部壓力，這就把武漢國民政府從一個十字路口逼到了懸崖峭壁之上。在決定是否西進的時候，武漢方面是有選擇餘地的，而眼前在蔣介石與馮玉祥的聯合高壓之下，武漢國民政府已經別無選擇，武漢領導人爲了自身的權力地位，同時也是爲了迎合軍隊的普遍心理，必須儘快選擇趨向。
7月14日，汪精衛在武漢召開秘密會議，悍然決定“分共”，次日舉行國民黨中央常務委員會擴大會議，正式宣佈與分裂，並指揮軍隊封閉了一切工會、農會和革命團體，大肆逮捕、屠殺人和革命羣衆，轟轟烈烈的以國共合作爲基礎的國民革命失敗了。
3．兵敗徐州和第一次下野
汪精衛叛變革命後，國民黨陣營形成三個主要派系，以蔣介石、胡漢民、李宗仁爲代表的寧派，以汪精衛、唐生智爲代表的漢派，以張繼、許崇智爲代表的滬派，即西山會議派。蔣介石的真正對手是武漢方面，寧、漢、滬的爭鬥，起關鍵作用的是寧漢。
蔣介石指責汪精衛是勾結的禍首，企圖將汪置於被告席上，排斥於國民黨中央之外，以消滅這個自己最大的敵人。汪精衛則抨擊蔣介石是破壞黨權的罪魁禍首，挾持軍隊、黨部，實行個人獨裁，使中國只知有蔣中正，不知有國民黨。汪還聯合唐生智組織東征軍向南京進逼，蔣介石爲對付漢方的進攻，一邊與張作霖暗中通氣，暫時休戰，一邊從徐州前線撤回部分軍隊，加強在安徽、江西省的防務，以防漢方東進。
寧漢抗爭之際，日軍乘機由青島開入濟南，公開參加中國內戰，支持北方軍閥。直魯聯軍許琨、徐源泉部會同孫傳芳部反攻南京軍，7月24日，重佔徐州，南京軍損失重大，王天培的第十軍敗退安徽宿州，第二路軍自魯南急速向隴海線撤退到蘇北。