蔣介石在追剿的同時，派出孔庚到鄂西活動，勸說夏威等讓出兵權。夏威、胡宗鐸、陶鈞戰無實力，憑3師兵力根本不是蔣介石的對手，要逃回廣西路途遙遠，交通極爲不便，且必經之路都有蔣介石的追兵，在走投無路的情況下，只得宣佈下野。經蔣介石同意夏威乘英艦去香港，胡宗鐸、陶鈞經武漢出國。但，李宗仁、白崇禧早已逃回廣西了。
蔣介石明白，李宗仁、白崇禧只要回到廣西，就有東山再起的可能。再說，廣西還有黃紹竑的第十五軍，也是讓蔣介石忌憚的。
蔣介石要把李宗仁、白崇禧逼到外國去考察，這是他慣用的伎倆。李、白二人自然不肯輕易就範，蔣介石想到李濟深，此時只有因爲桂系湘變而被關押的李濟深才能說動李宗仁，於是要廣東籍元老、國民政府文官長古應芬出面，請李濟深出面勸說。
李濟深痛快地答應古應芬的要求，寫了一封聲情並茂的長信，勸李宗仁、白崇禧以大局爲重，爲保全廣西利益，最好是出國考察，以避風頭。蔣介石一邊要李、白出洋，一邊於4月下旬開始調兵遣將，向廣西壓過來。湖南方面的有何鍵的第四路軍，準備在5月20日左右佔領桂林。廣東方面有陳濟棠的第八路軍，集結肇慶，準備在5月20日左右佔領梧州。雲南方面由龍雲的第十路軍進攻，準備在5月25日佔領柳州。
經過一個月的緊張備戰，蔣介石自以爲自己勝券在握，於5月初發動了湘粵滇三路會攻廣西的二期“討逆”作戰。但是，戰爭一開始並沒有按照蔣介石預想的方向發展。首先，龍雲部滇軍遲遲不能進入桂境。其次，儘管何鍵所部如期對廣西發動了政勢，卻沒有出現蔣介石原先所期待的局面，桂系因此“移兵防備湘滇，粵軍趁機佔領梧州，直趨南京。”原因是李宗仁這時與馮玉祥秘密商定了一個聯手抗蔣的計劃。
根據這個計劃，馮玉祥將由河南進攻武漢，威脅攻桂蔣軍中央軍之後方，而桂軍的任務則是“拿下廣東，剪除牽制，再和蔣氏周旋”。5月5日，李宗仁在梧州通電組織“護黨討賊軍”（後改稱“護黨救”）自任南路總司令。這是蔣介石先沒有預料到的，面對這一突如其來的新形勢，蔣介石首先指示淞滬警備司令熊式輝封鎖消息，對外界封閉了黃紹竑、白崇禧揮師東進的真相。接着爲抵禦桂軍的進攻，他先後兩次電示陳濟棠，一次是要求陳濟棠馬上破壞某些失控的軍事裝備和設施，另一次是要求陳密切注意敵軍動向和肅清內部，鞏固後方。
蔣介石自己的當務之急則是解決馮玉祥的力量，馮玉祥進攻武漢是事關全局的大問題。武漢一失，不但前功盡棄，且湘粵攻桂各軍也勢必腹背受敵，陷入被動，後果嚴重。所以，蔣介石在佈置抵禦桂軍攻粵的同時，格外重視防備馮玉祥對武漢的進攻。這種防禦不是此前蔣對馮的一貫的“和援”爲主的單獨防禦策略，在蔣介石看來，不管馮玉祥對討桂如何消極，只要馮不陣前倒戈，將槍口對準自己，就是勝利。
保衛武漢，事關全局。蔣介石首先想到的是遣散已改編爲新編各師的仍集結在鄂西長江北岸的胡宗鐸舊部。因爲蔣認爲，馮玉祥之所以企圖攻擊武漢，很大程度上是因爲胡的舊部可以內應支援。事實上，自從胡的舊部被編入討逆軍後，其部將並非十分馴服，爲了減少威脅，必須先解決其與馮裡應外合的可能性。5月12日，何應欽奉命到達漢口，依據蔣的意思，再次將胡宗鐸所部全部遣散，徹底清除了禍起蕭牆的隱患。與此同時，蔣介石還指示所部必須對河南實行攻勢防禦，積極做好對豫作戰的準備。5月11日，蔣致電何應欽、劉峙等人，根據馮玉祥的調兵動向和移兵路線，設置防禦，務必將馮軍有力地阻止在對桂作戰之外。
蔣介石另外一個策略是分化馮之內部，收買部分高級將領，關鍵時刻臨陣叛變。4月10目，武漢剛剛恢復，蔣介石就在漢口召見韓復榘，蔣召見韓時，親切倍至，甜言蜜語，並且摻雜其他一些手段拉攏韓。因爲韓復榘作爲馮玉祥的部下，雖然戰功卓著，但長期處於一種不得志、受壓抑的狀態。另外，韓與馮之間還有些過結，對馮的一些家長制作風也甚爲反對，在蔣的親善友好的誘引之下，韓復榘最終還是背叛馮玉祥，並且還拉攏石友三同他一起，再度造反，投靠蔣介石，石與韓是同命相連，再加上蔣介石也及時給石友三錢財誘惑。22日，韓、石二人聯合通電“護中央”，給馮玉祥重重一擊，馮玉祥被迫辭職隱退。
韓復榘和石友三的叛變，使馮玉祥部隊元氣大傷，進攻武漢已是心有餘而力不足了。無奈之中，馮玉祥只得令全軍西撤，武漢形勢緩和，蔣介石迅速將注意力轉向兩廣戰場。5月18日，陳濟棠下達總攻擊令，21日，粵軍大獲全勝，桂軍損失數千人。19日，蔣介石命令李明瑞、楊騰輝率所部兩師南下，先後於25日和28日抵達廣東。6月2日，與湘、粵聯軍共克梧州。6日，李明瑞在梧州就任第八路軍副總指揮，拒絕接受黃紹竑、白崇禧所派代表請其收編黃、白桂軍的要求。7月12日，蔣介石任命俞作柏爲廣西省政府主席。7月15日，俞作柏在南寧宣佈正式成立廣西省政府，就任省政府主席之職。蔣介石如願以償地取得了以奪取桂系根據地廣西爲目標的第二期作戰最後勝利。
蔣桂戰爭以蔣介石的徹底勝利而告結束。在這場戰爭中，蔣介石面對馮玉祥的威脅，及時調整了軍事部署，有效地遏制了馮玉祥對武漢的協攻，再度集中兵力進攻桂軍，取得勝利。但他很快發現，更大的對手早已蠢蠢欲動了。
二、蔣馮戰爭
1．事起編遣會議
蔣桂戰爭之後，是馮玉祥帶來的倒蔣。馮玉祥出生於安徽巢縣的一個瓦匠家庭，父親馮有茂因家境窘迫參加淮軍，轉徙於濟寧、青縣、保定等地。
馮玉祥自小家貧，讀書不多，只讀過一年半私塾。在其母去世之年，適逢其父所在軍中缺一名額，管帶苗開泰便爲馮補了一恩餉，因當時不知馮玉祥的原名，又怕錯過時機誤事，苗管帶就隨口叫了個“馮玉祥”，馮玉祥名字便是由此而來。1926年9月16日，馮玉祥在五原誓師，由此進入國民革命軍的序列，這時北伐軍已從廣東出師北伐。
1927年5月，武漢國民政府和南京國民政府關係更加緊張，雙方都想爭奪馮玉祥。6月8日，汪精衛、譚延鬮、顧孟餘、孫科、何鍵等到了鄭州，與馮會晤，召開了鄭州會議。汪精衛在會上一面大罵蔣介石獨裁，一面大罵搞階級鬥爭，破壞國民革命。馮玉祥對寧漢之間的紛爭採取了盡力調和的態度，促成了蔣汪合作、寧漢合流，導致國民革命失敗。
蔣介石在二期北伐結束後，便以裁軍建設爲名，召開編遣會議，企圖遣散和削弱地方軍閥的軍隊，加強中央集權。
1928年6月中旬，蔣介石與宋子文等共同制定了《軍事善後整理案》和《軍事整理案》，以節省財政開支、實行和平建設爲名，在上海、南京分別召開全國經濟會議、財政會議，爲裁軍制造輿論。宋子文提出的《剋期裁兵從事建設案》認爲，當時全國共有84個軍、272個師、21個獨立團，這些部隊一年共需軍費6．4億元，無疑是國家的一個極大包袱。7月5日，蔣介石發出通電，也是呼籲裁軍，將裁軍提高到救國的高度，以博取各界同情。
接着，蔣介石在北平提出了《軍事善後案》，認爲全隊共達300個師，應裁250個師，留50個師，每師1．5萬人，共80萬人，全國劃分12個軍區，各軍區按比例裁汰，各集團軍自行辦理。依此方案，馮、閻、桂各派需大量裁軍，蔣系軍隊因可轉移到其他軍區，不但不會被裁，反而可以擴充，蔣的這一方案遭到各實力派的反對。
國民黨二屆五中全會以後，蔣介石積極籌備召開全國編遣會議。他採取了以派制派，各個擊破的方針，首先挑動馮玉祥與其他實力派的矛盾。在蔣介石的誘導下，馮玉祥在1928年12月16日編遣會議首次預備會議上，提出了幾項編遣標準：有訓練者編，無訓練者遣；有革命性者編，無革命性者遣；有作戰功勞者編，無作戰功勞者遣；槍械齊全者編，槍械不全者遣。
在第二次會議上，馮又進一步提出具體方案：第一、二集團軍各編12個師；第三、四集團軍各編8個師；其他部隊共編8個師。蔣介石在馮玉祥提出方案的同時，也要求閻錫山提出另一個方案來與馮案抗衡：“一、二集團軍各編10個師；三、四集團各編8個師；其他非正式部隊編6到8個師；其餘6到8個師由中央處理。”如此一來，閻錫山的提案給蔣提供了可加利用的機會。
1929年1月1日，全國編遣會議在南京正式開幕，國民黨中央執監委員、各集團軍總司令等40人出席。蔣介石將馮、閻的兩個方案交會討論，各派對兩個方案做出表決。在經過數日的爭吵後，各派通過了閻案，蔣介石也表示贊成閻案，同時提出在中央編遣區外，再增加一個東北編遣區，藉此籠絡張學良。馮玉祥感到受了蔣介石的玩弄，氣得稱病離會。
會議最後確定全國設8個編遣區，蔣介石直接控制的中央直轄編遣區、海軍編造區，設辦事處於南京；第二編遣區屬馮玉祥的第二集團軍即原西北軍，辦事處設開封；第三編遣區屬晉系閻錫山，辦事處設太原；第四編遣區屬桂系，辦事處設漢口；第五編遣區屬東北軍，辦事處設瀋陽；第六編遣區屬雲、貴、川、康各部隊，辦事處地點未定。
蔣介石還授意設立全國編遣委員會，制定《國民革命軍編遣委員會進行大綱》，規定從此全隊歸中央統一調度，各總司令部由南京國民政府下令取消，各部隊只能在原駐地聽候編點，各集團軍無權自行調動和任免軍官。這樣一來，地方軍閥的實力大爲削弱，心中不滿與日俱增。
在蔣介石組織的對地方軍閥的編遣過程中，馮玉祥的第二集團軍遭受嚴重削弱，首先，在二期北伐中，第二集團軍40萬軍隊全部出動，爲攻下北京城立了汗馬功勞，蔣介石卻將北京城劃給了閻錫山，實在難以讓人心服。其次，閻錫山老奸巨猾，毫無誠信可言，完全是利慾薰心之徒，在南口戰役時幫助張作霖、吳佩孚在背後捅西北軍一刀，差點截斷馮玉祥部的退路，還搶走了綏遠地盤。二期北伐開始，到第一、二、四集團軍勝利在望時，晉綏軍纔出娘子關，想不勞而獲。再次北伐結束，實力居於第二位的第二集團軍成爲編譴的第一號目標，軍隊數量與其差不多的第一集團軍，因爲編遣區佔絕對優勢，在蔣介石看來，軍隊全部保留還嫌不足，而第二集團軍則要裁去大部軍隊。
此外，第二集團軍要裁撤9個軍團部、10個軍部、近20餘萬部隊。在1928年10月間的整編中，所部編爲12個師，蔣介石又採取摻沙子的方法，把一些雜牌軍寄居西北軍內。原來與第一集團軍實力幾乎相等的第二集團軍，經過編遣實力不及其一半，這就是蔣介石式的整軍，馮玉祥顯然無法接受。
蔣馮之爭的另外一個焦點便是山東問題。蔣介石二期北伐結束時，把山東劃歸第二集團軍，馮玉祥任命孫良誠出任山東省主席，因爲濟南慘案沒有解決，無法履行全部職責，直到1929年3月23日中日兩國才正式簽訂協議，協議中日方完全推卸責任和逃避制裁，但同意在兩個月內撤出全部駐軍。南京國民政府以日軍撤退後中央政權沒有軍隊在濟南，無法維護日僑安全爲名，有意讓日軍推遲撤退，從而將在山東的第二集團軍置於被動的境地，全國對於馮部驅逐日軍自然是一片譴責之聲。4月26日，孫良誠迫於壓力，辭去山東省主席職務，當然這也是蔣介石所希望的結果，因爲這樣就可以把西北軍擠出山東。
2．一敗馮玉祥