負責擬訂作戰計劃的劉斐先表態：雖然淞滬會戰前制訂了消耗戰的戰略，但會戰後期實際上並沒按這個戰略執行，讓大量精銳投入上海，導致傷亡慘重。
蔣介石臉色陰沉，說：劉組長，這個我們先不討論，上海已失，現在說的是南京。
劉斐說：恕卑職直言，首都守不住。
劉斐能幹到這個位子，當然不是混的。他說了三點，點點是死穴：一是日軍乘勝追擊，士氣正旺，可從京滬鐵路、京杭公路和長江沿岸三條線路攻襲南京；二是南京在地理上沒法守，日軍把蕪湖一佔，就等於把後面交通線切斷了，再從東、西、南三面一圍，用軍艦把北面的長江一封鎖，南京就成了一個死城；三是中隊經過3個月的大戰，戰鬥力已經嚴重消耗。
蔣介石不住地點頭。
白崇禧接話，意思大致跟劉斐一樣，說：現在，我們的士氣和戰鬥力都已不濟，日軍挾新勝之威，且是水陸空三軍掩殺而來。這個情況下，南京面臨的不是守不守的問題，而是沒法守的問題。何況我們定下了持久的消耗戰略，用時間換空間，不該在乎一城一地的得失。
何應欽和徐永昌也是這個意思。
蔣介石問陳誠、顧祝同他們有沒有來電報。
徐永昌說：有。他們在電文裡也不贊同守南京。
蔣介石沒立即表態。
無論是劉斐還是白崇禧，他們的說法，單從軍事角度來看，找不出一點破綻。但問題是，如果他蔣介石也僅僅是一名將領，自然可以單純地從軍事角度看待南京的守棄問題，但他是國民政府首腦，所以問題就沒那麼簡單了。南京是中國的首都，抗戰初期不戰而棄，會不會影響全國抗日的熱情？況且，幾天前，他已派軍事顧問蔣百里作爲特使奔赴歐洲，繼續尋求國際上的支援。更關鍵的是，蘇聯那邊……這種情況下，如何能輕棄南京？但上海新敗，怎樣再跟日軍對決？
蔣介石說：在上海損失大的部隊，可以向皖南集結休整，一部分可以到江北。那意思是，南京還是需要守的。
劉斐又提出一個折中方案：最多放18個團，在南京作象徵性防守，這樣於國內國際都有所交代。
在一陣爭論中，會議結束了，沒形成最終結果。
隔了一天，蔣介石再次召開會議。這次除何應欽、白崇禧、徐永昌、劉斐外，多了幾個人：唐生智、谷正倫、軍令部次長王俊。此外，還有幾個作戰參謀。
按蔣介石軍用電話專線臺的王正元回憶（他聽兩位參加會議的作戰參謀說）：當時唐生智精神似乎出了些問題，因爲開會時他不是坐在椅子上，而是蹲在椅子上，一會兒跳下來，一會兒蹦上去。這個回憶顯然有點八卦了，很難想象在蔣介石召開的保衛首都的重要軍事會議上，他唐大將軍像個猴子一樣蹲在椅子上。難道他是孫悟空麼？
不過，在討論中，唐生智倒是說了一句叫蔣介石爲之一動的話：輕棄首都，對不起總理（孫中山），總理陵墓在此！
老唐一陣咳嗽。
巍巍中山陵，讓蔣介石心頭一驚。
谷正倫說：南京要守，但不可死守。相當於什麼也沒說。如果按當時的分工，守衛南京的司令該是谷正倫，他此時的職務是南京憲兵司令兼首都警衛軍（前南京警備軍）軍長。但谷此時正鬧胃潰瘍，肚子疼。
蔣介石最後定了調子：南京是要守一下的。但至於是象徵性防守，還是以重兵死守，以及由誰來守，沒作出決定。
蔣介石對唐生智的表態很高興，當然這時候唐生智還沒想到很快蔣介石就叫他守南京。
第二天，蔣介石率領南京的將領到紫金山天堡城視察，蔣說：不要進行呆板的防禦戰，要充分利用熟悉而有利的地形，再加上守衛有方，南京可以守上一個月，這樣就可以“等待時機”了。
這裡的時機，指的是蘇聯的出兵。
七七事變後，蔣介石爲爭取外援，跟蘇聯簽署了《中蘇互不侵犯條約》（《中蘇互不侵犯條約》是指中華民國政府與蘇聯政府於1937年8月20日在南京簽訂的條約，規定：“倘締約國之一方受一個或數個第三國侵略時，彼締約國約定，在衝突全部時間內，對該第三國不得直接或間接予以任何援助……”，通過該條約蘇聯政府向中國提供物資援助，1937年11月派遣空軍志願隊來華作戰。）。關於中蘇條約的談判，說起來話長。當年（1929年）爲了中東鐵路，張學良的東北軍跟蘇聯幹了一架，結果被蘇軍打敗，中蘇完全斷交。但迫於形勢變化，九一八事變之後，南京向蘇聯示好，恢復了外交關係。此後雙方就簽署互不侵犯條約乃至互助條約，搞了多個回合的談判，莫斯科和南京間涉及的問題太多了：外蒙古主權是一個問題，蘇聯插手新疆是一個問題，中東路路權（後來蘇聯向日本出售）是一個問題，所以談了一段時間，國民政府就又冷下來了。華北事變後，中日矛盾已沒法調解，爲了拉個摸得着的幫手對付日本，蔣介石又開始派人跟蘇聯接觸，在作出一些妥協後（不再提中東路路權），想直接籤一個互助條約，讓兩國成爲盟友。但蘇聯人不幹，因爲此時日本和德國已經跑到一起，如果跟中國成爲盟友，就相當於蘇聯一邊得盯着西線德國人打過來的狼牙棒，一邊又跟日本人成爲事實上的敵人，所以不想籤互助條約，只想籤一個寬泛的互不侵犯條約。在蔣介石看來，如果只籤互不侵犯條約，既不能使蘇聯成爲盟友，還有可能惹得日、德惱怒，甚至英美不舒服，所以一直就拖着。中日開戰後，蔣介石靈活了一下，想先簽下互不侵犯條約，然後再爭取籤互助條約。所以，在簽訂《中蘇互不侵犯條約》後，蔣介石就派楊傑帶了個實業代表團去了莫斯科，名義上是談實業，實際上是買武器，最終目標呢，是促使蘇聯人簽下互助條約，邀蘇聯對日出兵。
引火上身的事兒，蘇聯人當然不幹。這個世界上，尤其是政治上，沒有永遠的朋友，只有永遠的利益，這句話什麼時候說都不晚。對他們來說，簽下《中蘇互不侵犯條約》，是因爲這樣既可以防止中國倒向日本，又可以給日本人提個醒：看，你們是不是也向我們討一個這樣的條約？（後來事情還真是這樣發展的）這樣一來，蘇聯東邊就相當安全了，可以騰出手來對付威脅日益嚴重的德國了。
但由於中國是絆住日本的最重要的棋子，所以蘇聯人也不能當甩手掌櫃，於是一面保證會在武器和軍需上援助中國（跟中國簽訂了3.5億元的軍火合同，並派志願航空隊幫助中國空軍作戰），一面應付蔣介石說“緊急關頭”會“圍魏救趙”，直接出兵進攻日本。（伏羅希洛夫曾對楊傑說：“我們正在備戰，很快就準備好了。”甚至11月18日，斯大林親口對楊傑說：“如果日本將要取勝，那麼我們將參戰。”）
蔣介石愁腸百轉。
視察完陣地後，蔣介石來到唐生智的寓所，一是探老唐的口風，二是給他打氣，他已經決定叫他守南京了。這個曾叫他不省心的老唐，從上次會議後形象一下子變得親切極了。他已經下了決心，南京得守：促使蘇聯出兵是其一，開戰之初輕棄首都影響抗戰熱情是其二，還有就是中山陵在此。不戰而棄，他將來有什麼臉面去見孫中山呢？
當然，蔣介石不是上來就叫唐生智當這個守城司令，他問唐：如果堅守南京，你覺得誰是合適人選？
唐生智立即推薦了谷正倫。
蔣介石回絕：他雖然是首都警衛軍司令，但資歷不足，難當重任。
唐生智又建議以羅卓英爲司令，谷正倫和教導總隊隊長桂永清爲副手，仍沒被蔣認可。
臨走時，蔣介石對唐生智說：雖然老兄有病在身，但南京守衛一事，事關重大，找別人我不放心。要麼你留下，要麼我留下！
蔣介石叫唐生智上任，除了看重他的資歷外，很重要的一個原因就是：以前擬訂的首都保衛計劃和相關軍事演習，唐生智都參加了，而且是主要擬訂者。
11月18日深夜，蔣介石召開第三次會議。參加會議的，又多了一個人，教導總隊隊長桂永清。這一次，必須拿出決斷，日本人不會等這會一次次開下去。
在會上，蔣介石問誰願意留下來，一時沒人接話。蔣介石又說，既然你們都不願意留下來，那我自己留下來吧！
話說到這份兒上，唐生智站起來，說：我願與南京共存亡。
但所有的歷史橋段，都有一個羅生門！
當年關於唐生智守衛南京的傳聞，版本有很多個。按別人的回憶，老唐是主動的。但按老唐自己的回憶，他是被動的。據他說，被留下後，劉湘進京開會，二人有過一段對話，劉說你要守南京啊，老唐很不情願地說是啊。劉問，你覺得能守多久。老唐說，天知道。老唐後來的回憶未必都是實話。多少年後，他回憶當年南京的慘狀，會把責任拉到自己身上麼？不太容易。拉出了劉湘，意思是，我當時也不贊成守南京，跟劉湘還有一段對話。但劉湘兩個月後就死了，找誰對證？
另外，按即將出任南京衛戍軍司令部作戰科科長譚道平（黃埔軍校6期，湖南長沙人）的回憶，上海陷落後，有一天，唐生智找身邊的工作人員訓話，說：“諸位追隨我工作已經有好幾時了，我們平時時時常常說抗戰抗戰，難道只是叫人家抗戰犧牲的嗎？諸君！難道肯讓敵人從我們手裡隨隨便便地把我們的首都拿去嗎？從前我們所說的話語，要今天的行動來兌現，我們向大家說明，我不能離卸這一個責任：保衛首都！”訓話時間是11月9日，譚稱此時唐已經向蔣請命要守衛南京了。
無論如何，現在，蔣介石松了一口氣，大家也長長出了一口氣，何應欽、白崇禧、谷正倫、徐永昌、桂永清、劉斐等人看着老唐，不知道說些什麼好。
1937年11月20日，國民政府主席林森向全國發表宣言，宣佈***遷都重慶。
遷都的決定在上海戰事最激烈的時候就定了。蔣介石在最高國防會議上作了題爲《國民政府遷都重慶與抗戰前途》的報告（10月29日），措辭相當激烈：
自盧溝橋事變發生以來，平津淪陷，戰事蔓延，國民政府鑑於暴日無止境之侵略，爰決定抗戰自衛，全國民衆同仇敵愾，全體將士忠勇奮發，被侵各省均有劇烈之奮鬥，極壯烈之犧牲……邇者暴日更肆貪黷，分兵西進，逼我首都。察其用意，無非欲挾其暴力，要我爲城下之盟。爲國家生命計，爲民族人格計，爲國際正義、爲世界和平計，皆已無屈服之餘地，凡有血氣，無不具寧爲玉碎不爲瓦全之決心。國民政府茲爲適應戰況，統籌全局，長期抗戰起見，本日移駐重慶，此後將以最廣大之規模，從事更持久之戰鬥，以中華人民之衆、土地之廣，人人抱必死之決心，以其熱血與土地凝結爲一，任何暴力不能使之分離……
遷都宣言發表後，政府機關往武漢（國民政府在此設有行營）、重慶的遷移進入了最後的。到11月底，除了有任務必須留在南京的公職人員外，就是幾十萬想走但走不了或不想走的市民了。
剛一走馬上任，唐生智就開了個記者招待會，會上他說了兩條：奉命衛戍南京，至少兩點最有把握：一是與南京共存亡，不惜犧牲於首都；二是這種犧牲會使日軍付出巨大代價。此前他向蔣介石的表態是：“臨危不亂，臨難不苟。”
南京衛戍司令部名單已出爐：
司令長官唐生智；
副司令長官羅卓英、劉興（保定陸軍軍官學校2期，湖南衡陽人）；
參謀長周斕（保定陸軍軍官學校2期，湖南衡陽人）；
劉興、周斕既是唐的湖南老鄉，又是他的老部下，在人員安排上，該想到的，蔣也確實爲唐想到了。蔣介石把宋希濂第36師、王敬久第87師、孫元良第88師都放在了南京。
蔣介石問：還需要哪些部隊？
唐生智說：教導總隊您還帶走麼？
蔣介石說：桂永清的教導總隊，何部長計劃派到湖南休整。
唐生智說：連第36、第87和第88師的戰鬥力都下降了一半，其他部隊就更不敢用了。
蔣介石說：我把教導總隊給你留下，也不叫俞濟時的74軍走了。首都的憲兵部隊和警察部隊都歸你指揮。你不要擔心兵力的問題，我會想辦法。
唐生智向他保證，將以最大的限度固守南京。那麼好，既然是固守，就需要重兵，於是蔣介石把周圍能調動的軍隊都調到了南京。葉肇第66軍、鄧龍光（保定陸軍軍官學校6期，廣東茂名人）第83軍來了，就連待在湖北的徐源泉（南京講武堂，湖北黃岡人）第2軍團也被命令星夜馳援南京。
此外還有炮兵第8、第10團之一營、戰車防禦炮部隊（8門）、戰車部隊（10輛），以及防空司令部所屬高炮部隊（27門）。
兵力很龐大，但整個衛戍司令部的人很少，參謀長周瀾（副參謀長佘念慈）之下，設了個參謀處，處長廖肯（黃埔軍校5期，湖南長沙人），處下面就兩個科，一是譚道平的作戰科，再就是後勤通信科。
南京戰，對中隊來說有兩道防線：外圍和城郭。
外圍防線從京蕪（蕪湖）路上的大勝關起，經牛首山、江寧鎮、淳化鎮、湯水鎮（湯山）到龍潭，呈弧線形；城郭防線則爲南京城外的雨花臺、紫金山、烏龍山、幕府山及南京城垣。防線有用鋼筋混凝土構築的永久性工事，包括碉堡、觀察哨、指揮所。上海開戰後，又拉上了鐵絲網，挖了交通壕和反坦克戰壕。此外，以烏龍山炮臺等地爲依託，封鎖通往南京的長江江面。
先看一下城郭陣地的部署：
宋希濂第36師守挹江門、下關、幕府山等南京城北陣地，同時作爲總預備隊使用。
桂永清教導總隊守紫金山等南京城東陣地；
孫元良第88師守中華門、雨花臺等南京城南陣地；
蕭山令（保定陸軍軍官學校3期，湖南益陽人）的憲兵部隊和警察部隊守城中清涼山附近的陣地，維持城內秩序。
再看外圍陣地：
葉肇第66軍守淳化鎮至鳳牛山一線，向句容派出前進部隊；
俞濟時第74軍守淳化鎮至牛首山一線，向秣陵關、湖熟鎮派出前進部隊；
鄧龍光第83軍守鳳牛山附近經拜經臺至龍潭一線，向下蜀派出前進部隊；
徐源泉第2軍團（12月8日到南京）守棲霞山、烏龍山、龍潭一線；
王敬久第87師（師長沈發藻，王擔任軍長，但軍下只轄該師）守鎮江一線，後退至南京。
1937年11月22日，蔣介石攜夫人宋美齡巡視南京，此時日機剛剛飛走。轉天，蔣到常州前線鼓舞士氣，此時無錫至江陰一線處處激戰。
這時候，汪精衛已經走了，乘船去了武漢。他走前，國民政府拒絕了德國駐華大使陶德曼轉達的日本方面提出的7個停火條件：
一、在華北五省建立非軍事區，任命****官員；二、內蒙古自治；三、擴大上海的非軍事區，由國際共管；四、中國停止所有排日抗日活動；五、中日共同防蘇防共；六、降低日本商品關稅；七、各國在華權利得到尊重。
癡人夢話。
南京戒嚴了。日軍從東、南、西三個方向合圍而來，南京只剩下北面下關江邊一個出口。
唐生智爲表示與南京共存亡的決心，叫俞飛鵬把從南京下關到江北浦口和上游武漢的大部分渡輪都開走，留下的一小部分輪渡和被收繳的民船，交給了宋希濂第36師看管，任何人沒衛戍司令部的命令不許動用。開始的時候，衛戍司令部自己也沒留船，不是沒留幾艘，而是一艘也沒留。從這個細節看，此時的唐生智確實作好死守的準備了。參謀長周斕覺得不妥，極力請求下，唐才同意由司令部單獨掌握一艘小火輪。
唐生智下令：如有誰敢擅自渡江逃退，宋希濂第36師和長江北岸的胡宗南第1軍可立即開槍正法。