親帥第一、第二民族軍及劉昌林的方面軍獨立騎兵師，爲進疆大軍做開路先鋒的左宗棠一進哈密城，不僅立即四下出兵清剿哈密周圍的殘匪，還派出董福祥和祁寶相帶着第一民族軍的主力，沿馬本源的逃竄路線猛追不捨。
而作爲光復哈密之戰主力的劉昌林騎兵師，卻連哈密城內到底都是個啥樣子也沒來得及欣賞到，甚至還沒能在城內舒舒服服地歇上一宿，僅僅就在城外繼續地野營了一夜之後，便於次日告別了哈密城，一路馬不停蹄地向北疾進，並由南山口翻越天山，出現在巴里坤地區。
馬復源本來是收到了他的“國王”兄弟馬本源臨從哈密撤走前所發來的指令的，按照“國王”兄弟馬本源的這個指令，他應該立即撤圍鎮南城，改向一碗泉及七個子井一線靠攏並與哈密撤出的兵馬匯合，然後一起轉經古城（奇台）退往伊犁。
不過，馬復源卻沒有遵照他的那個“國王”兄弟的指令行事，因爲這一回已經是第二次兵臨鎮南城下的馬復源，儘管又是鏖戰了多日也未能攻進鎮南城的半步，但還是自我感覺相當地良好。
在他看來，第一次圍攻鎮南城的人馬雖然比起這一次來也少不了多少，但那時候的所謂聯軍，卻無論如何都無法與現在他手中所掌握着的兵馬相比。聯軍畢竟不是一家人，表面上大家好像親如一家，可只要一到了關鍵的時刻，就難免各懷鬼胎，看似出了工，卻總是不肯出力。
但現在不同。
對於第一次攻打鎮南城鎩羽而歸的種種原因，已經做過了極其認真地檢討的馬復源，這一回再從哈密出師之時，不僅帶走了“西寧聖軍”大半的精銳，還將沙皇俄國盟友恩賜的數量極其有限的新式槍炮，也全部拉了出來。而又由於爲了打破巴里坤地區僵局“御駕親征”的馬本源隨後幾乎是傾巢而出，聲勢浩大的“西寧聖軍”先後在松樹塘及鎮南城西郊的兩次大會戰中，大敗竟敢出來應戰的前清軍隊，最後迫使遭受重創的前清殘兵只能退守鎮南城的滿、漢兩城，整個巴里坤地區，幾乎都成了“西寧聖軍”的天下。
儘管在這種大好的局勢下，太平天隊進疆的消息開始傳來，他的“國王”兄弟不得不趕緊竄回哈密鞏固老巢，但在馬復源的心裡，這並不能影響他在鎮南城城外的表現，因爲他的手裡依然還握有近三萬的“聖軍”大軍，而鎮南城內的守城軍隊，卻是那些已經被他打得膽寒了的前清殘兵敗將。
所以，馬本源離去後的馬復源一心想再接再厲，拿下鎮南城，以安慰他的那位年輕的“國王”兄弟的一顆無比憂愁之心。
當然，比起他的那位能跑能顛的好兄弟馬本源來，年長的馬復源還多了一種不願意顛沛流離的心態。他想給他的“國王”兄弟，也是給自己趕緊找個安安穩穩的，能過好日子的窩。而有着巍峨的天山山脈作依託，進可以攻，退又可以守的巴里坤地區，恰恰正符合了他的這種心態。
鎮南城也就成了他的必爭之地。
因此，雖然“御駕親征”的馬本源離開了鎮南城前線，但馬復源卻不敢有半點兒的耽擱，繼續對鎮南城發起了一波更強似一波的猛烈攻擊。
此時的鎮南城，不僅是整個巴里坤地區的各地前清官員、殘兵敗將的唯一退守之地，還成了那些已經無家可歸了的當地維吾爾族、漢族及一部分回族老百姓們的避難之所。
先前的暴動軍聯軍及這次以“西寧聖軍”爲主的兩次對巴里坤地區的大規模軍事行動，對於巴里坤各地的老百姓們來說，都是一場場的巨大的浩劫。
聯軍時期，個個都是兩個肩膀扛着一個腦袋的暴動軍們的糧餉，需要從他們的身上找。而到了“西寧聖軍”時期，又由於天氣已經開始漸涼，既缺少糧草，又沒有更多禦寒之物的“聖軍們”，則就不僅僅是要砸缸摔罐地搜淨老百姓們的每一粒糧食，拉走所有的牛羊馬驢等牲畜，還要搶走原本屬於他們的一切。
尤其是位於鎮南城周邊的地區，老百姓們就更是悲慘，甚至整座整座的村落都被“聖軍們”焚燬殆盡，數以千百計的百姓們，則成爲了“聖軍們”的刀下冤魂。
馬復源絕沒有想到，正是由於他們的這種完全喪失了人性的瘋狂，逼迫得那些無助的老百姓們，最終選擇了堅壁起一切財物，丟掉地裡的莊稼，趕上所剩無幾的牲畜，要麼躲進山裡，要麼跑進了鎮南城，最終又成爲了抗擊他們的力量之一。
儘管馬復源對鎮南城施以了百倍的瘋狂，但被他們的倒行逆施激發起了無限義憤的鎮南城中的軍民，則是愈發的同仇敵愾，滿、漢兩城互爲依託，協同死戰，始終也不讓馬復源把腳伸進鎮南城半步。
不過，馬復源仍然並不氣餒，相反，他好像還看到了希望。
他所主攻的對象鎮南城的滿城，如今的城垣已經多處被轟塌，儘管他的“聖軍”將士還被阻擋在城下，但他明顯地感覺到了來自城內的反抗，比起以往來已經沒有那麼的猛烈了。
而更爲主要的是，在剛剛爲了支援危急的滿城，漢城所發起的一次突然的大反擊中，他雖然失去了一次打開鎮南城滿城大門的大好機會，但卻給予了膽敢出城反擊的漢城前清兵馬迎頭一擊。
在這次難得的面對面的大砍大殺中，開始時被打得很暈了一陣的馬復源藉助兵力上的優勢，不僅很快就穩住了陣腳，還死死地糾纏住了一部殺出城來的前清綠營兵及民團。
爲了使已經達到了目的的反擊兵馬，尤其是與自己一塊被堵截在城外的自願出城參戰的民團再更多地安全撤進漢城，綠營副將陳昇恆率領二百餘綠營官兵在團團圍裹上來的“聖軍”中拼死衝殺，最終全部殉難。
有了這樣的絕對優勢局面，也就難怪馬復源捨不得放棄這個“唾手可得”的鎮南城了。
於是，決意要拿下鎮南城再說的馬復源，一面繼續毫無休止地死啃鎮南城，一面爲了防備萬一，還迅速在松樹塘及南山口一線佈下重兵，扼守住哈密進入巴里坤的關鍵通道。
可惜的是，馬復源這次算計錯了。他忘了，他所防備的對象可不是通常的軍隊，而是太平天國的工農紅軍。