教廷這邊呢，本來也是願意做出一些讓步來拿回法國教區，但是又擔心這些讓步會成爲其他教區學習的壞榜樣。到時候，大家一個個的來一個“法國摸得，我摸不得”，來一個學習法蘭西好榜樣，那可怎麼辦？
聖座甚至提出，法國的這些條件其實也不是不能商量，但是最好作爲協定的保密部分，不對外公開，以免過分的損傷了教廷的面子。
但是法國人卻表示，我們法國是民主國家，我們的人民，對於我們政府的各種工作，都是有知情權和監督權滴。所以這樣的要求是違背了法蘭西立法的原則滴，是毫無可能滴……
這話大家都知道純粹是鬼話，因爲無論是法國和西班牙人簽訂的條約，還是法國人和奧地利人甚至是普魯士人簽訂的條約中，都包含有不少的不公開的秘密條款，甚至有些秘密條款，就連它的存在都是秘密。
當然，這樣做也是有理由的，因爲這是爲了保護“國家機密”，是爲了保衛人民。反正，只要你學會了如何在一個平面上搭建兩個座標，這個世界上很多事情就都是可以說得通的了。
其實法國人的意思也簡單，因爲如果這些條件能夠公開，那當然是對教廷威嚴的打擊，但卻是對提高法蘭西，尤其是法蘭西的第一執政的威望是大有作用的。既然如此，無非就是要在犧牲法國的利益和犧牲教廷的利益之間做一個選擇題了。該怎麼選，這不是明擺着的嗎？
所以法國的代表就毫不猶豫地說出了那句話。
這句話一出口，教廷這邊的談判人員頓時人人變色。因爲這個話裡面包含着很重的威脅的意思。
所謂的“我國一開始在政治上一直打算實行君主立憲，並沒有打算成爲共和國。但是有些人不願意，結果法國就成了共和國”，講的是路易十六不願意老老實實地接受君主立憲制，放棄一部分權力，結果整個的統治都被推翻了，自己也上了斷頭臺。
而所謂的“如今共和制的法國，已經願意接受一個君主立憲的教會了，我個人覺得，這已經是非常有誠意的表現了”這就是在拿教廷和路易十六做類比了。教廷不願意接受一個基本上獨立於教會之外的教區，就像路易十六不願意當一個立憲制下的國王，一定要恢復專制統治一樣。路易十六沒有接受法國人民的善意，敬酒不吃吃罰酒，於是他被送上了斷頭臺，他的王朝也隨之而煙消雲散了。
如今，教廷如果堅持向法國低頭，那就是不肯接受法國人民的善意了，那當初法國人民怎樣對付路易十六，現在就可以如何對付教廷。這已經不是將教皇請回阿維農去的問題了，而是直接暴力改造教廷結構的問題了。
於是教廷便提出暫時休會，他們需要向教皇請示。
然後，當天晚上，一位主教偷偷地去拜訪了法國使者，在向法國使者行賄了二十萬法郎之後，他終於從法國使者那裡得到了一段提示。幾天之後，法國終於和教廷達成了協議。
在這份協議中，法國人的要求基本全都得到了滿足，當然教廷也得到了他們需要的面子，法國人同意將法國教會的特權作爲保密內容，不予公開。但是在協議中也會公開地告訴大家，法國教會得到了一些特權，只是這些特權涉及到國家安全，所以並不公開。
在達成了這樣的協議之後，天主教終於可以重返法蘭西了。不過那些在九三年，被驅逐出去的教士們，在返回法國的時候卻發現，法蘭西教會中的那些最重要的位置，已經不再屬於他們了，而他們甚至還需要經過新的法國教會的封閉學習以及考試才能重新開始教職。
在訓練班課間休息的時候，兩位中年學員湊在一起發起了牢騷。他們當初在法國，都已經是教會的中層了，如今卻一下子跌落到了底層，難免會有一些怨言。
“聽說，這些花樣都是我們的那位新的那位宗教局的局長弄出來的。我聽說他當年在神學院的表現很一般，甚至都沒能獲得正式的牧師身份。如今卻成了我們的頂頭上司，這真是……”
“老實說，這還不如讓塔列朗來當宗教局長呢。雖然他是教會的叛徒，但好歹他以前也是大主教，而且是個貴族，還有我們的那位紅衣主教，甚至根本就沒有……”
“你們不要命了？”一個聲音在他們身後響了起來，兩個人轉過頭去，卻看到了另一個和他們一起從國外回來，接受培訓的預備牧師雷納爾。
“你們難道忘了，局長閣下的赫赫威名？你們難道不知道，那位閣下是靠什麼登上高位的？你們怎麼敢……你們要知道，能夠回國，對我們是一個難得的機會。
在其他地方，我們都是外來者，但是在法國，現在我們雖然只是下層，但是法蘭西的教會現在非常缺乏真正有足夠的積澱的神職人員。越是高層，越是如此。
所以，只要我們表現得對新政權足夠忠誠，我們的提升會非常快的。但這一切的前提，就是忠誠。”雷納爾牧師道，“不要把在國外的壞習慣帶回法國來了——我們是一起回國的。如果你們不能改掉在外國時候的壞習慣，那就不但會害了你們自己，也會牽連到我……”
說到這裡，預備牧師雷納爾的臉上露出了殘酷的笑容：“我絕不對允許這樣的事情影響到我，你們明白嗎？這是我對你們的第一次，也是最後一次警告。”
說完這話，雷納爾預備牧師便轉身離開了，剩下兩個目瞪口呆的傢伙站在一邊發愣。
這位在新建的機構——宗教局兼任局長的人不是別人，正是富歇。
在富歇看來，論起弄情報，教會實在是太有用了。因爲牧師們的一個重要的工作就是聽別人懺悔。而在這個過程中，他們就可以掌握大量的秘密。只是，因爲教會有很多宣傳上的功能，所以，教會的直接控制權落在了呂西安的“真理部”手中。而富歇也就只能退而求其次，通過宗教局，來對教會施加影響，並利用它來獲得情報了。
從某種意義上來說，富歇提出這麼一個培訓班，其中的一個重要的目的就是借這個機會，在這些人中發展他的密探。
當然，據說，依照教會的規矩，牧師們是不會，也不允許將他們在懺悔室中聽到的消息傳播出去的。甚至因此有了這樣的一個笑話：
某人被錯當成了殺人犯，蒙冤入獄，並被判處了死刑。在就要上絞刑架之前，一個牧師來爲他做最後的懺悔。
“牧師，我真的沒殺人，那個人他真的不是我殺的。”那人對牧師說。
“啊，孩子，我知道。全城的牧師都知道你沒有殺人。但是我們都不能說。”牧師充滿悲憫地回答道。
但如果你真的以爲牧師們會這樣守口如瓶那就錯了，如果真的這樣，瑞納夫人和於連的那些風流韻事又怎麼會被別人知道？在合適的時候，利用這些情報，本來就是教會得以壯大的技巧之一。所以那些培訓班的學員們中稍微聰明一點的，對富歇的招攬其實並不牴觸。
至於新上任的紅衣主教，則是一個姓奧博良的神學院的高材生。（當然，這是在真理部記錄司進行覈實後的說法，此前的謠言則宣稱奧博良根本就沒能畢業。）這人在大革命開始後，靠着向革命政府宣誓效忠獲得了神父的位置，後來在九三年的時候，有搖身一變，成了理性教的牧師，並且還給羅伯斯庇爾做密探。
羅伯斯庇爾倒臺之後，這人自然是倒了黴，但是很快他又靠着他以前的偵探朋友拉上了呂西安的關係。此後在呂西安的手下表現出色，因而被不斷提拔。在出任紅衣主教之前，他已經在真理部的記錄司當上了司長。
約瑟夫和拿破崙都知道，將教會控制在自己的手中是多麼重要，而搞情報和宣傳的呂西安自然也不會放過這個位置。只是天主教的神職人員必須單身，不能有老婆，（當然，可以有情婦，也可以有私生子。）沒有老婆，自然就也沒有合法的子嗣，這對於家族未來的平衡並不好。所以，三個姓波拿巴的都沒法自己去兼任這個位置。於是奧博良便因爲有過在宗教機構工作的經驗而被呂西安推薦給了約瑟夫和拿破崙，並最終被任命爲法國教區的紅衣主教。
除了紅衣主教，各個地區的主教什麼的大部分也都落到了呂西安的手中。不過各地宗教局的頭頭們卻大多都是富歇的人。畢竟，單論搞情報，調查陰謀什麼的，富歇的水平比呂西安不知道高多少。再加上呂西安要管的事情太多，他本人分心的事情也非常多，即使是約瑟夫和拿破崙也都覺得，這些事情，還是交給富歇比較有效率。
當然，富歇雖然很能幹，而且如今和波拿巴家族的共同利益很多，但是無論是約瑟夫還是拿破崙都並不完全信任他，所以教會本身還是落在了呂西安的手中——波拿巴家族必須有自己的一套情報體系以平衡富歇。