經過了一天的協商之後，荷蘭殖民政府在英國的壓力下，終於答應了華東政府的要求，讓爪哇華人全面進入殖民政府中任職，但也提出了一個條件，就是在爪哇行政體系中的華人比例，不能超過三成，因爲這樣可以保持荷蘭在政府中的絕對多數，確實爪哇的行政依然控制在荷蘭手裡，這也是荷蘭方面的底線了。
於是雙方又經過了3天的協商，反覆的討價還價之後，最終確定，在行政體系中，華人在總督府的８個部門中可以佔２個部門，而每個部門的工作人員都全由華人擔任；在立法體系中，華人將可以得到5個理事的席位；而在司法體系中，華人可以獲得１個法官的席位，並且在警察體系中，佔約3成的比例。
總體來看，雙方對這個比例的分配都比較滿意，荷蘭殖民者終於保持了在爪哇的主導地位；而對爪哇華人來說，也是可以接受的結果，畢竟不可能一下子就達到和荷蘭人平起平坐，甚至凌架在荷蘭之上的地步。雖然3成的人數不足是動搖荷蘭人的地位，但如果運用得當，還是可以發揮相當大的作用。
如在立法體系中，5個理事的席位當然無法主導理事會的決議，但整個理事會並不是鐵板一塊，而是各方利益的交匯，從理論上說，如果政府的某項決議能夠得到５個華人理事的支持，那麼只用在剩下的15個理事中獲得６個席位支持就可以獲得多數優勢，反之也亦然，這樣5個華人理事席位做爲政治交易，將具有極大的價值，而且其他體系中也是大同小易，當然要達到這個效果，前提是所有華人必須完全保持一致。
於是在接下來的在殖民政府中任職的華人如何產生的談判討論中，華東政府寸步不讓，堅持要求在殖民政府中任職的華人必須由華人自行決定產生，殖民政府不得干涉。荷蘭殖民政府最終只能接受這個條件，不過也提出自己的條件，就是隻有爪哇華人才有資格參加選舉，或是投票，同時政府指定的罪犯不得參加選舉。這樣將海外華人通過選舉進入殖民政府的道路給封死了，也箅是荷蘭人守住最後一塊陣地。
對此華東政府到也沒有異議，因爲華東政府在短期內也沒打算直接參與爪哇的政治，而是盡力在爪哇華人中培養自己的代理人，因此當然不會在這個問題上多做糾纏，不過華東政府要求在爪哇成立華人工會，負責管理在殖民政府中任職的華人產生工作，以及爲華人提供必要的服務，當然並具有行政權力。
而荷蘭殖民政府也答應了這個條件，畢竟條約簽定之後，華人的政治地位必會大增，也確實要有一個組織，不僅負責管理在殖民政府中任職的華人產生，同時也便於對華人的管理。
雙方最終決定，給爪哇華人５個月的準備時間，完成華人工會的成立，以及在殖民政府中任職華人的產生，在１０月份正式上任，開展工作。
最後華東政府又提出，在爪哇設立辦事處，協調處理華東政府和爪哇華人，以及荷蘭殖民政府的各項關係。這個要求也十分合理，荷蘭殖民政府儘管不願意，但也沒有拒絕的理由。
就這樣華東政府和荷蘭殖民政府終於完成了談判，最終簽定了【巴達維亞條約】。華東政府不僅獲得了６５０萬英磅的賠款，而且是繼鄭和七下西洋之後，中國的勢力第一次伸入東南亞地區，並且由至獲得了廣大南洋華僑的支持，其影響力極爲深遠，一直到若干年之後，再充份的顯現出來。
當然，對英國政府來說避免了和華東政府徹底決裂，還可以全力遏制俄國的擴張，同時又暫時將華東政府的勢力擋在東南亞之外，也不失爲爲可以接受的結果。雖然按照【巴達維亞條約】的規定，爪哇華人可以在政治上取得很大的權力，但從總體來看，仍然還是由荷蘭殖民者在政府中占主導地位，華人僅僅只能提升自己在爪哇的地位，但並不能左右爪哇的局勢，而且這是唯一的可行辦法，其他的條件都無法令雙方都滿意，至於荷蘭殖民政府無法再向過去那樣隨意壓迫華人，則不是英國考慮的問題。
儘管華東政府仍然可以藉助爪哇華人的力量，以扶植代理人的方式向東南亞擴張，但那至少也是數年以後的事情，而當前英國主要的目標還是遏制俄國的擴張。根據英國政府的判斷，對俄戰爭將在未來一、二年內發生，而集中日本、華東政府的力量，加上英國在背後支持，擊敗俄國的可能性很大，既然不能擊敗俄國，也能極大的削弱俄國的力量，令其無法再在遠東擴張，而英國則可以視對俄戰爭的結果，再來確定應對華東政府的戰略，慢慢將華東政府的力量擠出東南亞。
這次爪哇危機中最大的輸家自然是荷蘭，而這次失敗也促使荷蘭政府痛下決心，大力的發展海軍，加強戰鬥力，以保護自己的海外利益。
不過這些都是以後的事情了，雖然簽定了【巴達維亞條約】，但人民軍並沒有馬上離開爪哇，因爲現在還有許多善後的事情需要處理，因此雙方約定，人民軍將還在爪哇停留一個月的時間，處理其他的事情。
首先當然是荷蘭殖政府的賠款，650萬英磅也不是一個小數字，即使是荷蘭殖民政府，也不是一下子就能拿出來的，因此還需要一段時間來籌集。而且殖民軍隊的俘虜還被人民軍收押着，賠款不交付是不會輕易釋放的。
不僅是殖民軍隊的俘虜，人民軍還俘虜了約2500各土著士兵，而對這些俘虜的處理，穿越者和張秩君等爪哇華人代表協商之後，決定通知各部落，可以將這些俘虜贖回去，當然爪哇的土著部落也都不富裕，拿不出多少錢來，但可以用物品來交換，爪哇還是有不少土特產，都可以在中國國內買出好價錢。
不過就是這樣，除了少數在部落中有一定地位的人之外，還是有2000多俘虜都沒有被各部落贖走，結果最後人民軍決定，將這一批俘虜都被安排在張家的農場裡幹活，爲期爲１０年，工錢要比正常人工低一半，並直接交給華東政府的爪哇辦事處。
除了這些之外，還有就是成立華東政府的爪哇辦事處，商行等，當然還有爪哇的華人工會組建，以及在殖民政府裡工作的華人如果推選。實際上爪哇華人對此沒有多少經驗，基本都是由穿越者設計各種組織運行制度，因爲是剛剛成立，因此第一批工會的管理人員基本都是由華東政府直接指定，爲期爲一年，等一切運行都順利之後，再通過制定的程序產生，而張秩君也十分自然的被華東政府指定爲工會主席。
而還有一個最重要的事情，就是農場護衛隊的處理。農場護衛隊做爲人民軍的輔助力量，在爪哇的戰鬥中也發揮了重要的作用，前後共計招募了1275人，而在歷次的戰鬥中，己陣亡了２５３人，剩下的１０００多人應該怎樣安置，有人就主張將農場護衛隊解散，各人各歸自家。
但穿越者卻堅決反對解散農場護衛隊，而是應該保留下來，作爲爪哇華人能夠掌控的一支武裝力量，因爲只有掌握武裝力量，而且農場護衛隊是經歷過戰爭的歷練，有相當的實戰經驗，既使穿越者不在爪哇，對殖民政府仍然可以保持一定的威攝力，當然在名議上仍然可以使用農場護衛隊的名稱，畢竟在爪哇各農場都會有自己的護衛隊，而且人民軍可以提供武器、訓練和指揮。
張秩君對穿越者的建議表示了絕對支持，並且表示張家可以以開墾農場的名議，來安置這支農場護衛隊，並且提供訓練場所和經費，以及農場護衛隊成員的薪酬等。不過穿越者還是決定，對現在農場護衛隊的成員，還是採用自願原則，原意留下來的可以留下，不原留下的也可以退出，而缺額可以另外再招募。
而最終選擇留下來的約有800餘人，因爲在戰爭期間，農場護衛隊的成員不僅接受軍事訓練，還也受到一些的思想教育訓練，因此思想覺悟有一定的提高，更明白槍桿子的作用，只有手裡有槍，纔不怕被荷蘭人或土著的欺負。而且人民軍是相當重視強調軍人的榮譽感，這種情緒也影響了農場護衛隊的成員，他們也都以當軍人爲榮，這也是絕大多數成員願意留下來的主要原因。
穿越者也對農場護衛隊也進行了重新編制，認爲規模可以保持在千人左右，同時任命張國平擔任大隊長， 而護衛隊將分成兩部份，一部份聚集在一處進行訓練，並且還預備給他們裝備擲彈筒和６０迫擊炮，由人民軍派人來對他們進行教導和指揮，當然也包括政治教育；另一部份則分散駐紮其他各農場，但只配備步槍和手槍，並且帶領着其他農場的護衛隊一起進行訓練，然後定期進行輪換，這樣到了需要的時候，可以在短時間內聚集起2-3000的軍隊來，足可以支持一陣。而且這並不限於張家的農場，其他華人的農場如果願意，也可以加入進來，不過要擔負駐農場的護衛隊的費用。