黃巾的叛亂還在繼續，大將軍何進派遣的皇甫嵩和盧植以及其他官軍還在鎮壓，此時張角已死（公元184年病逝）於冀州，張寶和張樑都被官軍打敗，幽州刺史郭勳、廣陽太守劉衛在鎮壓叛軍時被殺，黃巾殘餘部隊還在抵抗之中。
何進爲職的大將軍，率左右羽林五營士屯於都亭，整點武器，鎮守京師；又自函谷關、大谷、廣城、伊闕、轘轅、旋門、孟津、小平津等各京都關口，設置都尉駐防；下詔各地嚴防，命各州郡準備作戰、訓練士兵、整點武器、召集義軍。
皇甫嵩上諫要求解除黨羣，拿出皇宮錢財及西園良馬贈給軍士，提升士氣，而呂彊又對靈帝上言：“黨錮之禍積怨日久，若果與黃巾合謀，恐怕已經無救了。漢靈帝接納提案，在壬子日大赦黨人，發還各徙徒，要求各公卿捐出馬匹、弓弩，推舉衆將領的子孫及民間有深明戰略的人到公車署接受面試。
而另一方面又發精兵鎮壓各地亂事：盧植領副將宗員率北軍五校士負責北方戰線，與張角主力周旋；皇甫嵩及朱儁各領一軍，控制五校、三河騎士及剛募來的精兵勇士共四萬多人，討伐潁川一帶的黃巾軍，朱儁又又上表召募下邳的孫堅爲佐軍司馬，帶同鄉里少年及募得各商旅和淮水、泗水精兵，共千多人出發與朱雋軍連軍。庚子日，張曼成攻殺南陽郡守褚貢，響應張角。
官軍在首戰並未得利，於4月，朱儁軍就被黃巾波才所敗而撤退，皇甫嵩唯有與他一起進駐長社防守，被波才率大軍圍城，官軍人少，士氣低落。又汝南黃巾軍在邵陵打敗太守趙謙，廣陽黃巾軍殺死幽州刺史郭勳及太守劉衛，黃巾軍並未因漢室的動作而有敗退的跡象。
5月，京師見皇甫嵩被圍，派曹操率軍救援。不過援軍未到時，皇甫嵩已心生一計，在傍晚時份吹起大風，皇甫嵩命士兵手持火把暗暗出城，利用黃巾軍營寨周圍的雜草，用火攻大破敵人，大呼進攻，城上亦舉出火把響應，皇甫嵩以鼓助戰，衝入敵陣，黃巾軍大亂，四處奔走。又遇上曹操的援軍，被皇甫嵩、朱雋和曹操三面夾擊，斬殺數萬人，官軍大勝。
6月，南陽太守秦頡與張曼成戰鬥，斬殺了張曼成。黃巾軍便改以趙弘爲帥，以十多萬人佔據宛城。而皇甫嵩與朱雋軍繼續進擊汝南、陳國的黃巾，追擊波纔到陽翟，最後在西華大敗彭脫，餘軍想逃到宛城，但孫堅登城先入，衆人蟻附般推進，大破敵軍，成功討平豫州一帶的黃巾軍。另一方面，盧植數戰間大破張角，斬殺萬多人。
張角唯有撤到廣宗，盧植建築攔擋、挖掘壕溝，製造雲梯，將可攻下城池。正值靈帝派左豐視察軍情，有人勸盧植賄賂左豐，但盧植不肯，左豐便向靈帝誣告盧植作戰不力。靈帝大怒，用囚車徵盧植回京。京師唯有下詔再重新調整：皇甫嵩北上東郡；朱雋則攻南陽的趙弘；而以董卓代替盧植。而同樣宗教形式的五斗米道在巴郡叛變，領導人「五斗米師」張修攻打郡縣，但未受到漢室重視。朱雋與荊州刺史徐璆及秦頡共一萬八千兵圍攻趙弘，但6月至8月也不能攻克，京師有奏議徵朱雋回師，幸而張溫上表說情，靈帝纔不行。但朱雋仍急攻趙弘，趙弘被殺，由韓忠代替，朱雋又因兵少不敵，建築陣壘，堆砌土山觀望城內。朱雋軍鳴鼓攻打西南，黃巾軍被引開，朱雋則親率五千精兵掩殺東北，偷襲敵人後方，攻入城池，韓忠唯有退保內城。
黃巾軍受挫，士氣低迷，向漢軍乞降。張超、徐璆和秦頡都認爲可以接受，但朱雋認爲如接受的話，會給百姓有利爲賊，無利乞降的錯誤觀念，便不接受並急攻敵軍，可是數戰也不能攻克，朱雋登上土山觀望黃巾軍，明白黃巾軍沒有退路，而盡力一戰，所以未能攻克。朱雋便解開圍軍，韓忠果然出戰，被朱雋大破，朱雋向北追擊韓忠數十里，斬殺萬多人，韓忠投降，秦頡一向與韓忠不和，便將他殺死。這舉動反令黃巾軍不安，又推孫夏爲帥屯兵宛中城。朱雋再次急攻，於11月癸巳日，孫夏敗走，漢軍追至西鄂精山，又被大破，斬殺孫夏及萬多人，黃巾軍解散，平定宛城一帶。185年春天，班師回京。
另一方面，皇甫嵩於8月到達東郡倉亭，大破、生擒卜己，斬殺七千多人。而董卓進攻張角不成功，無功而還，便在乙巳日要求皇甫嵩繼續北上。不過，張角已經病死，在10月於廣宗便和張樑戰鬥，張樑軍犟，於首戰不能攻克。在明日，皇甫嵩閉營與士兵休息，另一方面派人觀察敵軍舉動，黃巾軍戰意稍爲鬆懈，皇甫嵩便乘夜率兵，在黎明時份突襲敵陣，戰至下午，成功大破敵軍，斬殺張樑及三萬多人，於逃走到河堤時溺死的也有五萬多人，焚燒車輜三萬多輛，虜獲人數甚多。而張角則被破棺戮屍，運首級回京師。11月，皇甫嵩與鉅鹿太守郭典攻打下曲陽，成功斬殺張寶，俘虜十多萬人。黃巾之亂平息。
此時，十常侍和何進的矛盾越來越大，於公元188年被靈帝任命爲西園八校尉的中軍校尉虎賁中郎將的袁紹、典軍校尉曹操等人已經成爲何進的得力手下。
董太后嘗勸帝董太后嘗勸帝立
皇子協爲太子。帝亦偏愛協，欲立之。當時病篤，中常侍蹇碩奏曰：“若欲立協，必先誅何進，以絕後患。”帝然其說，因宣進入宮。進至宮門，司馬潘隱謂進曰：“不可入宮。蹇碩欲謀殺公。”進大驚，急歸私宅，召諸大臣，欲盡誅宦官。座上一人挺身出曰：“宦官之勢，起自衝、質之時；朝廷滋蔓極廣，安能盡誅？倘機不密，必有滅族之禍：請細詳之。”
進視之，乃典軍校尉曹操也。進叱曰：“汝小輩安知朝廷大事！”正躊躇間，潘隱至，言：“帝已崩。今賽碩與十常侍商議，秘不發喪，矯詔宣何將軍進宮宣何國舅入宮，欲絕後患，冊立皇子協爲帝。”說未了，使命至，宣進速入，以定後事。操曰：“今日之計，先宜正君位，然後圖賊”
進曰：“誰敢與吾正君討賊？”一人挺身出曰：“願借精兵五千，斬關入內，冊立新然後圖進曰：“誰敢與吾正君討賊？”一人挺身出曰：“願借精兵五千，斬關入內，冊立新君，盡誅閹黨，掃清朝廷，以安天下！”何進看時原來是四世三公的袁紹，何進大喜，遂點御林軍五千給袁紹，自己跟何苗等人，相繼而入就靈帝棺木前，扶立太子辯即位。
百官呼拜已畢，袁紹入宮收蹇碩。碩慌走入御園，花陰下爲中常侍郭勝所殺。碩所領禁軍，盡皆投順。紹謂何進曰：“中官結黨。今日可乘勢盡誅之。”張讓等知事急，告知太后。後曰：“始初設謀陷害大將軍者，止賽碩一人，並不幹臣等事。今大將軍聽袁紹之言，欲盡誅臣等，希望娘娘保我等。”何太后曰：“汝等勿憂，我當保你。”傳旨宣何進入。太后密謂曰：“我與汝出身寒微，非張讓等，焉能享此富貴？今蹇碩不仁，既已伏誅，汝何聽信人言說，想殺盡宦官呢？”何進聽罷對衆人說：“蹇碩設謀害我，可族滅他的家，其餘就不要傷害了。”袁紹曰：“若不斬草除根，必爲喪身之本。”進曰：“我意已決，你勿多言。”
衆官皆退。次日，太后命何進參錄尚書事，其餘皆封官職。董太后宣張讓等入宮商議說：“何進之妹，始初我擡舉他。今日他孩兒即皇帝位，內外臣僚，皆其心腹：威權太重，我將如何？”讓奏曰：“娘娘可臨朝，垂簾聽政；封皇子協爲王；加國舅董重大官，掌握軍權；重用臣等：大可圖矣。”董太后大喜。次日設朝，董太后降旨，封皇子協爲陳留王，董重爲驃騎將軍，張讓等共預朝政。何太后見董太后專權，於宮中設一宴，請董太后赴席。酒至半酣，何太后起身捧杯再拜曰：“我等皆婦人也，參預朝政，非其所宜。昔呂后因握重權，宗族千口皆被戮。今我等宜深居九重；朝廷大事，任大臣元老自行商議，此國家之幸也。願垂聽焉。”董後大怒曰：“汝鴆死王美人，設心嫉妒。今倚你的兒子爲君，與你的兄長何進之勢，輒敢亂言！我敕驃騎斷你兄長的頭，如反掌！”何後亦怒曰：“我以好言相勸，爲何反怒？”董後曰：“你家屠夫小輩，有何見識！”兩宮互相爭競，張讓等各勸歸宮。何後連夜召何進入宮，告以前事。何進出，召三公共議。來早設朝，使廷臣奏董太后原系藩妃，不宜久居宮中，合仍遷於河間安置，限日下即出國門。一面遣人起送董後；一面點禁軍圍驃騎將軍董重府宅，追索印綬。董重知事急，自刎於後堂。家人舉哀，軍士方散。張讓、段珪見董後一枝已廢，遂皆以金珠玩好結構何進弟何苗並其母舞陽君，令早晚入何太后處，善言遮蔽：因此十常侍又得近幸。
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六月，何進暗使人鴆殺董後於河間驛庭，舉柩回京，葬於文陵。進託病不出。司隸校尉袁紹入見進曰：“張讓、段珪等流言於外，言公鴆殺董後，欲謀大事。乘此時不誅閹宦，後必爲大禍。昔竇武欲誅內豎，機謀不密，反受其殃。今公兄弟部曲將吏，皆英俊之士；若使盡力，事在掌握。此天贊之時，不可失也。”進曰：“且容商議。”左右密報張讓，讓等轉告何苗，又多送賄賂。苗入奏何後雲：“大將軍輔佐新君，不行仁慈，專務殺伐。今無端又欲殺十常侍，此取亂之道也。”後納其言。少頃，何進入白後，欲誅中涓。何後曰：“中官統領禁省，漢家故事。先帝新棄天下，爾欲誅殺舊臣，非重宗廟。”何進本是沒決斷之人，聽太后言，唯唯而出。袁紹迎問曰：“大事若何？”何進曰：“太后不允，如之奈何？”袁紹說：“可召四方英雄之士，勒兵來京，盡誅閹豎。此時事急，不容太后不從。”進曰：“此計大妙！”便發檄至各鎮，召赴京師。主薄陳琳曰：“不可！俗雲：掩目而捕燕雀，是自欺也，微物尚不可欺以得志，況國家大事乎？今將軍仗皇威，掌兵要，龍驤虎步，高下在心：若欲誅宦官，如鼓洪爐燎毛髮耳。但當速發雷霆，行權立斷，則天人順之。卻反外檄大臣，臨犯京闕，英雄聚會，各懷一心：所謂倒持干戈，授人以柄，功必不成，反生亂矣。”何進笑曰：“此懦夫之見也！”傍邊一人鼓掌大笑曰：“此事易如反掌，何必多議！”視之，原來是曹操。曹操當日對何進曰：“宦官之禍，古今皆有但世主不當假之權寵，使至於此。若欲治罪，當除元惡，但付一獄吏足矣，何必紛紛召外兵乎？欲盡誅之，
事必宣露。吾料其必敗也。”何進怒曰：“孟德亦懷私意耶？”操退曰：“亂天下者，必進也。”進乃暗差使命，齎密詔星夜往各鎮去。
此時董卓在漢靈帝病重之時已經被任命爲幷州牧，令他將部隊交給皇甫嵩，董卓再次找藉口拒絕，並駐兵於河東，以觀天下變化。他的軍隊形成了一支以涼州人爲主體、兼雜胡人和漢人的混合軍隊。朝廷雖然對董卓加以抑制，但羽翼日趨豐滿的董卓自恃戰功與威望，越來越變得野心勃勃，目中無人。曹操等人早已經耳聞。
董卓便收到大將軍何進的密令，大喜立即召集人馬，連日引軍進京，並按何進的意思，上書少帝，要求“逐君側之惡”，“收讓軍，以清奸穢”。卓婿謀士李儒曰：“今雖奉詔，中間多有暗味。何不差人上表，名正言順，大事可圖。”卓大喜，遂上表。其略曰：“竊聞天下所以亂止者，皆由黃門常侍張讓等侮慢天常之故。臣聞揚湯止沸，不如去薪；潰癰雖痛，勝於養毒。臣敢鳴鐘鼓入洛陽，請除讓等。社稷幸甚！天下幸甚！”何進得表，出示大臣。侍御史鄭泰諫曰：“董卓乃豺狼也，引入京城，必食人矣。”進曰：“汝多疑，不足謀大事。”盧植亦諫曰：“植素知董卓爲人，面善心狠；一入禁庭，必生禍患。不如止之勿來，免致生亂。”進不聽，鄭泰、盧植皆棄官而去。朝廷大臣，去者大半。進使人迎董卓於澠池，卓按兵不動。
張讓等知外兵到，共議曰：“此何進之謀也；我等不先下手，皆滅族矣。”乃先伏刀斧手五十人於長樂宮嘉德門內，入告何太后曰：“今大將軍矯詔召外兵至京師，欲滅臣等，望娘娘垂憐賜救。”太后曰：“汝等可詣大將軍府謝罪。”讓曰：“若到相府，骨肉齏粉矣。
望娘娘宣大將軍入宮諭止之。如其不從，臣等只就娘娘前請死。”太后乃降詔宣進。
進得詔便行。主簿陳琳諫曰：“太后此詔，必是十常侍之謀，切不可去。去必有禍。”進曰：“太后詔我，有何禍事？”袁紹曰：“今謀已泄，事已露，將軍尚欲入宮耶？”曹操說：“先召十常侍出，然後可入。”何進笑曰：“此小兒之見也。我掌天下之權，十常侍敢待
如何？”紹曰：“公必欲去，我等引甲士護從，以防不測。”於是袁紹、曹操各選精兵五百，命袁紹之弟袁術領之。袁術全身披掛，引兵佈列瑣門外。紹與操帶劍護送何進至長樂宮前。黃門傳懿旨雲：“太后特宣大將軍，餘人不許輒入。”將袁紹、曹操等都阻住宮門外。
何進昂然直入。至嘉德殿門，張讓、段珪迎出，左右圍住，進大驚。讓厲聲責進曰：“董後何罪，妄以鴆死？國母喪葬，託疾不出！汝本屠沽小輩，我等薦之天子，以致榮貴；不思報效，欲相謀害，汝言我等甚濁，其清者是誰？”進慌急，欲尋出路，宮門盡閉，伏甲齊出，將何進砍爲兩段。
袁紹見何進久久不出來，便在門外大喊：“請大將軍上車！”張讓等人把何進的頭投向牆外，宣稱：“何進謀反，已經被誅殺，其餘人都可赦免！”
袁紹大怒：“閹黨謀殺朝廷大臣，誅殺亂黨速來助戰！”袁紹弟弟袁術率先放火衝入門中，只要見到宦官不論好壞，一律殺掉。袁紹和曹操也帶兵衝入。張讓等人閹黨將太后和太子以及陳留王劫走，趙忠等人被袁紹和曹操等人剁爲肉泥。盧植棄官准備走時見到段珪擁太后，盧植大怒：“奸賊不要走！”太后才得以救獲，段珪逃走。
張讓等人擁少帝和陳留王走了幾步，聽到了背後有些軍馬聲，中部掾吏閔貢趕到，張讓投河而死，少帝和陳留王躲在草叢間不敢做聲，衆人不知皇帝去向，便繼續往前趕。少帝和陳留王便繼續逃亡。
閔貢抓到段珪問：“陛下，在哪？”段珪說：“我也不知。”剛說完便被斬殺，路過一園莊，詢問莊主，見到了少帝和陳留王，君臣痛哭不已。
相擁而哭完，準備回京時候，又出現了一些人馬，塵土遮天，軍隊裡出現一將喊道：“天子何在？”少帝不敢應聲，陳留王厲聲迴應：“來者何人？”
“我乃西涼刺史董卓特來保駕。”董卓應道。陳留王喊道：“既然保駕，見到天子爲何不下跪？”董卓大驚，立即下馬跪見，詢問事情經過，少帝結結巴巴，語無倫次，倒是站立一旁的陳留王劉協主動上前向董卓講述了整個事變的經過，敘述毫不含糊，條理清楚。當時，劉協只有9歲，比少帝還小整整5歲。董卓大爲歡喜，認爲劉協要比劉辯強得多，而且又因他是董太后親自撫養的，於是，便有了罷黜劉辯、擁立劉協的最初念頭。
李儒在回京的路上對董卓稱讚道：“岳父英明啊，見到洛陽便知道城內起火，打聽到聖上在北芒，立即追趕到聖上，不費一兵一卒就成爲了忠良。”
董卓笑道：“何足掛齒，朝廷文武百官以後要聽我的話，還是要需要一定的時間，你寫一封書信給西涼的馬騰和韓遂，讓他們隨我一同進京，爲我所用。”
“遵命，岳父大人。”李儒聽令。
這一年是公元189年。
（本章完）