董卓被誅殺後，任左中郎將封高陽鄉候的蔡邕一次朝會後議論到董卓之死時，發出嘆息，王允生氣地呵斥他說：“董卓，是國家的大賊，多少乎傾覆了漢室。你作爲臣子，應該一同憤恨，但你卻想着自己受到的禮遇，忘記了節操！現在上天誅殺了有罪的人，你卻反而爲他感到傷痛，這難道不是和他一同作爲逆賊嗎？”隨之立刻將蔡邕收押交給廷尉治罪。蔡邕遞上辭表道歉，請求受到刻額染墨，截斷雙腳的刑罰，繼續解決漢史。士大夫大多同情並想要救他，沒有成功。太尉馬日磾縱馬前往對王允說：“蔡邕是曠世的奇才，清楚很多漢朝的事，應當（讓他）續寫解決後邊的歷史，使它成爲一代重要的典籍。而且他忠誠孝順的名聲一向顯著，獲罪也沒有緣由，殺了他豈不是會喪失威望嗎？”王允說：“過去漢武帝不殺司馬遷，讓他寫出毀謗的書，流傳於後世。現今國家中途衰落，國家政權不穩固，不能讓奸邪諂媚的臣子在幼主旁邊寫文章。這既不能增益聖上的仁德，又令我們蒙受毀謗議論。”馬日磾離去後告訴別人說：“王允大概不能長久於世吧。有道德的人，是國家的綱紀；寫作，是國家的典籍。廢棄了綱紀與典籍，難道還能長久嗎！”蔡邕於是死在了監獄裡。王允後悔了，想阻止殺他卻來不及了。當時蔡邕六十一歲。官員和讀書人沒有不爲他哭泣的。
此時關東諸侯也因軍糧已盡，討董卓聯合軍宣佈破裂，展開羣雄爭霸的局面。
公元192年（初平三年），青州黃巾軍大獲發展，兵力達到一萬多人，連破兗州郡縣，兗州刺史劉岱不聽鮑信之言貿然出兵，被黃巾軍陣斬。濟北相鮑信等人不得已迎被袁紹任命爲東陽太守的曹操出任代兗州牧。曹操和鮑信合軍進攻黃巾軍，曹操認爲黃巾軍得勝後驕傲輕敵，於是設奇兵在壽張迎擊黃巾軍，曹操與鮑信先到達戰場，而步兵未到。這時候敵人已經遇見曹操，於是開戰。鮑信拼死救出曹操，但鮑信自己被敵人殺害。後來大軍趕到，勉強打敗黃巾軍。曹操懸賞尋找鮑信的遺體，沒有找到。大家於是用木頭刻出鮑信的模樣，曹操灑淚祭之。當年冬天，獲降卒三十餘萬，人口百餘萬。曹操收其精銳，組成軍隊，號青州兵。又助袁紹打敗公孫瓚部將劉備、單經及陶謙諸軍。後來鮑邵爲新都亭侯，徵召鮑信之子鮑勳擔任丞相掾那已經是公元212年的事情了。
董卓與牛輔被殺的消息傳到了之前被派到中牟與朱儁交戰的郭汜、張濟、李傕等人耳中，擊破朱儁後，進而至陳留、潁川等地劫掠，大軍所過之處被擄殺一空當時曹操的謀士荀彧是潁川人，他在李傕劫掠潁川之前就讓族人全部離開了潁川，所以逃過一劫。
三人率軍歸來時，王允已經滿城內外搜查西涼餘黨，李傕覺得本部人馬無處可走，打算各自逃亡，這時部下武威人賈詡獻計：“聽聞長安城中正在商議着打算把涼州人斬盡殺絕，而諸位閣下拋棄屬衆獨行，一個亭長就能把你們抓住。不如帶領部隊向西，沿途收斂士兵，再進攻長安，爲董公報仇，如果能夠幸運地成功，尊奉國家（的命令）征服天下，如果不能成功，再逃走也不遲。”郭汜等人認同這個意見，便放出流言於西涼衆州：“王允將欲洗盪此方之人！”衆皆驚惶，衆皆願從。於是聚衆四千多人，分作四路，殺奔長安來，王允得到消息，派董卓舊部徐榮、胡珍等人在新豐迎戰。徐榮戰死，胡珍投降。達到長安後，已經聚衆十萬餘人，此時董卓舊部李蒙、王方等人來會合殺到長安。
長安城外樊稠、郭汜、李蒙等圍攻長安城，因城防堅固攻而不克，呂布出城迎戰，但只恨賊衆太多，不敵而
敗退入城，呂布軍中多數人畏懼呂布的殘暴，作爲李傕的內應打開了城門四路賊軍一齊擁入。呂布左衝右突，攔擋不住，引數百騎往青瑣門外，呼王允說：“情況緊急啊！請司徒上馬，同出關去，別圖良策。”王允說：“如果天子祖先在天有靈，能賜福社稷，保佑我們的國家平安無事，我就心滿意足了。如果這一願不能實現，我願意獻出自己的生命，以死來報效朝廷。皇上年紀幼小，少不更事，只能靠我們來輔助他。國家遭受如此災難，如果棄下皇上，只顧自己逃命，我實在是不忍心。況且，我身爲宰相，不僅不能使國家平安無事，反而導致逆賊的反叛，我的責任重大啊！請你出城以後，多多鼓勵關東豪傑，要常常念及皇上！”說完，便扶着獻帝逃到宣平城樓，呂布再三相勸，王允只是不肯去。不一時，各門火焰竟天，呂布只得帶少數家小，引百餘騎飛奔出關。
李傕、郭汜追到宣平門下，叩頭便拜。漢獻帝壯起膽子詢問道：“你們目無王法，作亂京城，到底打算作什麼？”李傕回答說：“董太師對陛下忠心耿耿，卻無緣無故遭人殺害，我們只想替太師討回公道，不敢造反。等到捉拿處決兇手後，我們願意接受審判。”王允二話沒說，向漢獻帝行了最後的君臣大禮，便隨士兵走下了城樓，李傕、郭汜命令手下當場將王允處決，時年五十六歲。
王允殺死董卓之後導致董卓餘部再殺入長安有很多原因的。王允誅殺董卓後，王允自然少不了朝廷的嘉賞和廣大人民的稱讚。於是，王允態度開始發生改變，似乎有些飄飄然起來：“連董卓這樣不可一世的大奸賊都死於我的手下，我還有什麼可懼怕的呢？”他便對任何人、任何事情都無所謂，毫不在乎，甚至居功自傲。“及在際會，每乏溫潤之色，杖正持重，不循權宜之計，是以羣下不甚附之。”每當羣臣集會，王允很少像以前那樣和大家推心置腹，共同商討權宜之計，而是正襟危坐，面無和悅之色。慢慢地，羣臣也不再像以前那樣推崇和擁護他了，體現這一點在於他殺了蔡文姬的父親蔡邕。董卓死後，王允在如何安排和處理他的舊部時，反覆無常，態度極不慎重，而這正是王允最後走向滅亡的最重要和最直接的原因。他先是想全部赦免董卓的部下，可繼而又對羣臣解釋說：“本來，他們是沒有罪的，只是身不由己，跟隨董卓，所以不得已聽從董卓差遣，犯了錯誤。現在如果給他們突然加上惡逆的罪名，而且特定赦免他們，恐怕反而使他們猜疑恐懼，心理承受不了，所以，赦免他們無罪不是使他們安心的上上之策，還不如讓他們承受懲罰。”涼州兵是董卓的嫡系部隊，戰鬥力強，而且對董卓最忠心。董卓死後，如何處置涼州兵，是關係王允本人和東漢政權的大事。王允企圖削奪涼州兵將領的兵權，取締全部涼州兵，並且計劃利用關東兵去控制他們。可是後來有人對王允說：“涼州兵素來害怕袁紹，畏懼關東兵，而今，如果派關東兵去解散他們，涼州兵人人都會擔心性命不保，這樣，很容易引起兵變和混亂。還不如任命皇甫嵩（字義真）爲將軍，去擔任涼州兵的統帥，並讓他長期留在那兒，以便安撫軍心。”王允堅決反對：“這樣絕對不行，關東兵是反董卓的義兵，與我們是同一條路線，現在董卓已死，如果繼續把他們屯駐在險惡之地，雖然安撫了涼州兵，但是關東兵將領會疑心我們不重視他們。”
王允的作爲果然讓涼州兵心寒，認爲反正是一死，不如死個痛快。於是他們迅速召集軍隊，嚴陣以待，準備見機起事，並且互相傳告：蔡邕只不過受了董卓的一點厚遇而已，王允便不分青紅皁白地把他殺了。對於我們，不僅
沒有絲毫赦免的意思，反而想剝奪我們的兵權，置我們於死地。我們除了聯合起來，別無選擇，所以很快攻入了長安。
王允死後，“天子感慟，百姓喪氣”。遷都許昌後，漢獻帝思念王允的忠貞氣節，便改用隆重的殯禮重新安葬王允，還特意派虎賁中郎將“奉策弔祭，賜東園秘器，賜以本官受綬，送還本郡”。後來，又封王允的孫子王黑爲安樂亭侯，食邑三百戶。
王允生前還有一件事值得尊敬的：即他對漢代圖書、檔案等文化典籍的收集和保護。董卓遷都長安時，王允特意把蘭臺、石室兩個藏書館所藏的圖書和檔案全部收集整理，用箱子運往長安。“諸藏典策文章，寬共部散，其縑帛圖書，大則連爲惟蓋，小乃製爲滕囊。”後來，王允又收集了漢朝其他書籍，一律上奏珍藏，“經籍具存，允有力焉”。
殺入長安逼獻帝殺王允那天，李、郭二賊欲弒獻帝。張濟、樊稠諫曰：“不可。今日若便殺之，恐衆人不服，不如仍舊奉之爲主，賺諸侯入關，先去其羽翼，然後殺之，天下可圖也。”
李、郭二人從其言，按住兵器。帝在樓上宣諭曰：“王允既誅，軍馬何故不退？”
李傕、郭汜曰：“臣等有功王室，未蒙賜爵，故不敢退軍。”獻帝說：“卿欲封何爵？”李、郭、張、樊四人各自寫職銜獻上，勒要如此官品，帝只得從之。封李？
？爲車騎將軍池陽侯領司隸校尉假節鉞，郭汜爲後將軍美陽侯假節鉞，同秉朝政；樊稠爲右將軍萬年侯，張濟爲驃騎將軍平陽侯，領兵屯弘農。其餘李蒙、王方等，各爲校尉。然後謝恩，領兵出城。又下令追尋董卓屍首，獲得些零碎皮骨，以香木雕成形體，安湊停當，大設祭祀，用王者衣冠棺槨，選擇吉日，遷葬郿塢。
此時，漢少帝（弘農王）劉辯的妃子唐姬自從少帝被李儒毒殺後回到孃家潁川居住，李傕攻破長安後派兵擄掠關東地區，擄獲唐姬，李傕欲娶唐姬爲妻，唐姬堅決不答應，也始終沒說出她是少帝妻子的事，後來尚書賈詡知道了此事，告訴了漢獻帝，獻帝十分傷感，下詔接回唐姬，讓她住在少帝的園中，派侍中持節封唐姬爲弘農王妃，自此，唐姬終生未嫁。[4-5]八月，詔太傅馬日磾、太僕趙岐杖節鎮撫關東。
初平三年（192年）九月，又進封李傕爲車騎將軍、開府、領司隸校尉、假節、池陽侯，郭汜爲後將軍、美陽侯，樊稠爲右將軍、萬年侯。張濟被封爲鎮東將軍、平陽侯，外出屯駐在弘農。以賈詡爲左馮翊。
初平三年（192年），冬十月，李傕舉博士李儒爲侍中，獻帝詔曰：“儒前爲弘農王郎中令，迫殺我兄，誠宜加罪。”辭曰：“董卓所爲，非儒本意，不可罰無辜也。”李傕、郭汜、樊稠三人共同把持朝政，隨自己喜好任免官員，又常縱兵劫掠，幾年內三輔百姓損失殆盡。
也是這一年，袁紹與袁術的矛盾終於激化開戰，袁術開局不利，向公孫瓚求援，公孫瓚令劉備屯高唐，單經屯平原，同時聯合陶謙，用來威逼袁紹，袁紹與曹操合擊，大破袁術、公孫瓚以及陶謙的聯軍。
公元193年（初平四年），太僕趙岐奉命勸和，袁、公孫雙方宣告休戰。
此時的北方的局勢仍然掌握在袁紹及曹操的聯盟和袁術及公孫瓚的聯盟之間的戰爭，關東義軍的諸侯都被漸漸吞併，陳留太守張邈公開對袁紹表示不滿，袁紹要求曹操殺掉他，但是被曹操拒絕，呂布已投靠袁術，似乎北方局勢天平向袁術傾斜，但是南方以孫策爲主的割據勢力在周瑜的輔佐下正在蠢蠢欲動。
（本章完）