但馬麒在家並未閒居，仍在展施手段。孫連仲派高樹勳到化隆、循化清鄉，馬麒令在化隆的馬步芳向高樹勳行賄。馬步芳急忙拼湊銀幣15萬元、駿馬100匹，送給高樹勳，並對高奉承備至，對高的隨從，也稱兄道弟，體貼入微。爲取高的信任，馬步芳又將曾在涼州圍攻國民軍的原寧海軍營長馬伏良、馬朝佐（均爲馬步芳族叔）誘捕，關押於國民軍軍法處，2人旋被槍決。馬步芳還將9個參加河州起事的農民槍殺，懸首於伊麻木河沿樹上示衆。高樹勳返回西寧，即向孫連仲疏通，允許馬步芳收集流落於循化、化隆的寧海軍餘衆，編成3個步騎混合團、兩個獨立營（總數不及1000人、馬四五百匹），孫授予國民革命軍第二集團軍獨立第九混成旅番號，任馬步芳爲旅長。1928年9月，國民黨中央決定設青海省，組織省政府，旋任命孫連仲爲委員兼主席，委員共7人，馬麒爲委員兼建設廳長，馬麟、九世班禪額爾德尼等爲委員。馬麒稱病，保留委員名義，建設廳長由馬麟充任。1929年9月4日，由於馮閻對蔣中原大戰，孫連仲奉命率部移駐蘭州；10月，中原戰事吃緊，高樹勳亦奉命率部離開西寧。高臨行時，馬麒賄以重金。高即以青海局面不穩，非馬麒出主省政，地方難以安定，以此轉報馮玉祥批准，馬麒即暫代青海省主席職務，又以防務空虛，調馬步芳部由化隆移駐西寧。之後，馮又將第九混成旅改爲第二方面軍第二師，以馬步芳爲師長。至此，馬麒在行將山窮水盡之際，又輕而易舉地恢復了在青海的統治。
中原大戰，不知鹿死誰手。青海每月向國民軍匯銀幣5萬元的“前防接濟費”，馬麒尚需聽從馮玉祥的指揮。但他同時在密切注視時局，與黎丹、李乃棻等收集各地戰況，觀察大局變化，把握時機。1930年3月，孫連仲率部由蘭州進駐西安，甘肅省政交由王楨暫代，羣龍無首，人心不安。馬麒應王楨之請，派馬麟率部進駐蘭州維持局面。馬麟先任甘肅剿匪總司令，旋改任甘肅全省保安司令，兵權在握，成爲舉足輕重的人物，王楨唯馬麟之命是從，甘肅大紳也紛紛攀附。馬麟趁風張帆，組成甘肅騎兵暫編第一師，自任師長，下屬兩個團，以馬忠義、蘇彥龍爲團長。與此同時，馬麒在西寧亦組成青海暫編第一師，設青海省會城防司令部，以馬步芳爲師長兼城防司令。西寧根基既已穩固，便極力向外擴張，派第二團馬爲良部佔據河州，成立河州警備司令部；又乘河西走廊空虛，派第一團馬馴部佔據涼州，成立涼州城防司令部。人員既擴充，地盤亦擴大。
早在中原大戰正酣之際，馬麒即曾派人秘密向蔣介石通款曲，及至蔣軍得勝，馬麒急忙揭起擁蔣反馮旗幟。1929年11月專電蔣表示擁戴之誠，電文中申述前曲雲：“麒傾心向南，唯馮軍來甘，遂致傾向之忱，無由上達。馮且蓄意剪除異己，只得曲意周全。”真個是巧舌如簧！與此同時，馬步芳派人攜重金到河南，向蔣之心腹顧祝同行賄，託其轉達對蔣的衷心擁戴之誠。不久，汪精衛在北平召開擴大會議，馬麒派李天民等前往參加，攜帶由馬麒、黎丹、馬步芳署名的致蔣介石的密函，託人轉呈。
馬麒還籲請早已成爲南京要員的馬福祥爲之說項，不言而喻，馬福祥自然會爲其盡力周旋。其實，馬麒是什麼態度，蔣介石一清二楚，只以西北初定，根基未穩，權且利用之，遂於1930年1月6日，由國民政府明令發表馬麒爲青海省政府主席，孫連仲正式卸任。從此“青馬”又攀附於蔣。1931年7月，蔣又以馬步芳部爲新編第九師，馬步芳爲師長；馬步芳更急於打開蔣的門徑，以其參謀長王廷瑞系保定軍官學校出身的因緣，派王與顧祝同、陳調元、何應欽聯絡。
馬麒本有腿疾（俗稱人面瘡），1931年7月初，由其三子馬步瀛陪同，到大通上五莊水峽風景區避暑，又染中風症。8月4日，馬步芳自河西返回西寧，前往水峽探視父病。並向馬麒陳述在河西驅逐馬仲英入新疆的經過，洋洋自得，語多高傲。馬仲英何人？亦爲其馬家骨肉，且馬仲英之起事，馬麒實爲始作俑者。今骨肉相殘，兒子態度如此，實傷其心，故立即昏厥不省人事。醫師謝剛傑急促馬步芳將馬麒送至西寧搶救，醫藥罔效，遂於8月5日上午11時去世，終於62歲。“青馬”奠基人、一代軍閥即此收場，蔣介石聞訊，給予治喪費3000元，並贈以手書“勳業炳彪”的挽幛。
六、施政撮要
馬麒主青期間，施政之可述者，厥爲以下數事。
（1）禁種鴉片。陸洪濤督甘後，大開菸禁，用以徵收煙畝款，以補軍餉之不足。因爲煙稅大於農業稅數倍。斯時隴上八鎮已成各自爲政的割據形勢，各鎮爲擴充軍隊，增加軍餉，紛紛命令農民廣種鴉片，嚴重影響糧食生產與各族人民的健康。時西寧道7個縣之中，除湟源、大通、化隆3個縣因地處高寒，不適宜種植外，其他各縣均廣種鴉片。據當時估計，每年產煙土約700萬兩。由於耕地多種鴉片，少種糧食，致使軍糧不能自給，兵源補充也頗感困難。爲此，採納黎丹、李乃棻等人的建議，馬麒決定禁種鴉片。1915年，北洋政府嚴令禁種鴉片，馬麒遂令其寧海軍馬隊到各地踏毀煙苗，迫令種煙戶繳納罰款。到1918年底，爲今樂都、民和等地種鴉片的最後一年，次年即全部改種糧食作物。馬麒禁種鴉片時，設立“官膏局”，實行煙膏公賣，壟斷經營，不準私人販運。所收購的煙土，則運銷華北各地，用以換取軍械彈藥。因此，禁菸雖然是不徹底的，但畢竟使鴉片氾濫之勢爲之減殺，對發展農業生產和保障人民健康是有積極作用的。
（2）興辦教育。清廷於1906年裁撤各省學政，改設提學使司。次年，西寧道各縣的儒學、書院、社學、義學先後改爲學堂。馬麒到西寧後，接受幕僚建議，在西寧先後創建中學、師範、女子師範、職業學校各1所。另有樂都縣在縣長樑炳麟倡導下，改文廟爲樂都中學，又興辦小學。馬麒對回民教育十分注意，在西寧東關設立同仁小學1所，聘請邵鴻恩爲校長，積極勸說回民子弟入學，並親自送本家族子弟入該校就讀，以爲提倡。至於馬步芳弟兄，則專請邵鴻恩、姚鈞等人教授。1921年，又令邵鴻恩、冶生祿、朱富貴、蘇兆泉等籌備寧海回教促進會，次年5月正式成立，馬麒自任會長，以西寧東關清真大寺教長馬駿爲副會長，制定會章，以促進回族青年學習文化知識和宣揚回教真諦爲宗旨。該會先在西寧、湟源、大通、貴德、碾伯（今樂都）、巴燕戎格（今化隆）、循化各設立小學1所，以招收回族學生爲主，後來也兼收其他民族的學生。青海建省後，首任省政府主席孫連仲改該會名爲“青海省回教教育促進會”，以安樹德爲會長。馬麒就任省政府主席後，以冶生祿、劉善爲正副會長，並在各縣設立分會，逐步成立正規小學。另在西寧東關創辦回民女子小學1所。
相形之下，蒙藏教育則成果甚微，此亦有歷史和習俗的原因。青海之蒙古族有29旗，分佈於海西、海北、黃南地區。清末廢科舉，理藩院於1910年催辦蒙古兩盟學堂。西寧辦事大臣慶恕在西寧設立蒙古半日制學堂1所，專收蒙古王公子弟。而各王公深恐子弟入學被留爲人質，多以每年二三十兩白銀僱用漢民學生頂替。有的則以送禮行賄手段，使其子弟免於入學。1913年，該校改稱蒙番小學校，兼收藏族學生。1920年添設師範講習科。1927年改稱青海籌邊學校，兩年後又改爲青海籌邊中學。
（3）安輯蒙藏。清時青海境內沿襲土司制度和蒙藏王公千百戶制度。馬麒時期，青海境內主要有16家土司，大體分佈於東部農業區。馬麒不讓各土司領兵隨徵，無形中解除了土司之兵權。而徵糧徵稅又由縣政府經辦，故土司制名存實亡。1926年，馬麒令西寧農會會長蔡有淵出面，呈請甘肅省政府仿西南各省“改土歸流”辦法，取消土司制度。省上批覆則希望各土司“自動請求改土歸流”。到1931年8月，即馬麒死後的一年，南京政府才正式“明令撤銷土司案”。至此，青海地區沿襲560年的土司制度徹底廢除。
馬麒卻極力維護蒙旗王公制度和藏族千百戶制度，以鞏固其統治。青海之蒙古族爲29旗，各旗均劃定遊牧地界。旗設旗長（札薩克），下設協領、副協領、參領各1員。每百戶編爲1佐領，不滿百戶的爲半佐領。佐領下設副領、驍騎校各1員、催領4員。藏族各部落劃分爲玉樹二十五族、環海八族、果洛九族及河湟各族。部落設總千戶、千戶、百戶，百戶之下又設若干百長及幹保若干人。馬麒派其弟馬麟到蒙藏地區四處活動，結交、拉攏宗教寺院上層和蒙古王公、藏族千百戶，籠絡他們安邊固圉，保境安民。這些做法，比起其興兵燒殺來，對蒙藏人民多少有些好處。
馬麒還十分重視“祭海會盟”。一般每年都親自主持這一大典。馬麒利用這一形式，做四件事：一是收受各旗、各部落送獻的金銀財寶、牛羊馬匹、珍貴特產等禮物；二是向他們賞賜物品，以籠絡上層；三是向各部落、各旗傳達政令，下達任務（如攤派草頭稅等）；四是調解民事糾紛。這對鞏固其統治提供了極大的方便條件。