“青馬”軍隊注意教育訓練，注重戰鬥力之提高。寧海軍時，由參謀張昌榮任教練，已如前述。之後，馬步芳駐紮化隆時，爲使部隊成爲新的勁旅，派邵士琦、劉呈德、汪澂川、馬壽昌、馬靜波等20人赴蘭州，在劉鬱芬主辦的軍官訓練團中受訓，回來後向部隊灌輸國民軍的軍事教育，所有軍裝及制式，均模仿國民軍，尤注意於劈刀、刺槍和馬術訓練。1927年在化隆成立教導連，由蘭州受訓者負責，一年之間，即將連、排幹部輪訓完畢，成爲寧海軍的基幹。1930年，馬步芳又在西寧成立青海軍官訓練班，共辦3期，每期半年，輪訓學員550人。次年復將此訓練班擴充爲青海軍事政治學校，分期調訓連、排長以上軍官。1935年又成立青海省保安處軍官教育團，輪訓全省保安團隊各級軍官。1932年至1936年之間，還先後舉辦過無線電訓練班，電話訓練班，後又擴充爲電務學校，專爲特種業務訓練技術人員。1938年成立騎五軍、八十二軍軍官訓練團，所有兩軍軍官均分批入團受訓。該團幹部，由軍官學校出身的青海籍人金耀星、趙遂、馬象乾、辛子章、郭全樑、趙煥然、陳顯達等擔任，馬繼援曾任大隊長，馬步芳每天親自督練。1947年馬繼援赴隴東後，又改組爲教導總隊，由馬振武任教育長，專主其事。“青馬”在注重訓練軍官的同時，還抓緊一切時機補充軍事裝備。早在1919年，馬麒即派人從北京購回雜牌槍1300餘支、輕機槍8挺。1921年由參謀魏敷滋從北京購回馬槍、步槍1200餘支。自1930年起，更大量購買武器。1933年以後，更不斷以煙土換買槍械。韓起功常由甘州一帶，經內蒙到天津兌換槍支。設於京、滬、陝、甘的辦事處，歷年均擔負以重價購買槍支的任務。幾次作戰中所獲武器及南京政府補充的槍械，也佔重要部分。1946年，蔣介石給予1個師的美式裝備。歷年所需軍裝，大都由義源工廠備制。在一個時期，每兩年發給士兵棉、單衣各1套，鞋襪之屬則令士兵自行編制。除膳食供應外，士兵每月給津貼銀1～2元。蔣介石爲控制馬步芳軍力的自行發展，相當長時期不撥軍餉，馬步芳則轉向青海、河西各族人民公開搜刮，無所忌憚。後期，蔣介石爲了利用馬家“”，曾撥給軍餉，馬步芳卻從中剋扣，轉而成爲擴展軍需用品資金的一個來源。
馬步芳的部隊由於注重訓練、裝備，加上奴化和宗教教育，不少官兵懾於馬家淫威，爲向上爬，有些在戰場上確有拼命效死、奮不顧身的表現，故有一定的戰鬥力，成爲馬步芳最可靠的資本。
二、封建統治
馬步芳以其一套官僚政治機構，來施行封建統治。由於封建統治越來越嚴密，官僚政治機構即不斷隨之擴大和發展。青海省政府所屬各單位，在1929年總人數不過400人，到1939年，人數達到1500人左右，1946年以後，人數則急劇上升爲2900多人。如果將專區、市、縣的人員計算在內，則已達1萬多人，這些機構中的主要人員，當然是同族、同教、同地域，特別是其家族和親屬以及“二化”地方的回族。此外還充分利用宗教爲其統治服務。馬麒、馬麟以西寧東關清真大寺，作爲號召和籠絡回族、撒拉族的中心基地。已如前述，馬步芳繼承和發展了這一手段。在各縣清真寺中安排新新教阿訇領導，以提高新新教的社會地位。又在軍隊中着重選拔信仰新新教者爲軍官，從宗教信仰之一致，達到政治行動的一致。另外，對於藏族、蒙族，也利用其宗教力量爲其統治服務。
青海的軍令、政令都是定於一人，由馬步芳說了算，這個高高在上的神聖權利，別人不得稍有侵犯。即使是國民黨中央的政令，不經他同意，也無法推行。而他的意志又是通過省政府秘書長來傳達的。所以秘書長人選特別重要，既不能是草包，又必須是忠實於馬、善於體會馬的意圖者。馬麒時代的黎丹，馬麟時代的馮國瑞，馬步芳時代的陳顯榮、馬驥、高文遠，就是這樣角色，被馬家倚爲左右手。全省廳、局長，專員、縣長，都看秘書長的風頭行事，不敢稍有逾越。但當時一些重大事情，如徵兵、徵糧、徵稅等，多是中央法規條例，爲了粉飾門面，須從中找些根據來辯護馬之意志的合法性，其秘書長及其他幕僚真是煞費苦心。但各部門首腦已有經驗，即凡接到蓋有馬步芳私章的公文，或秘書長電話通知的事項，必須立即遵辦；至於一般“等因奉此”的公文，則等閒視之，甚至置之不理。所以官場中常說：“電話信件即辦，油印公文不管。”
事權集於一身的獨裁政治，形成無官不貪，無吏不污。這主要是“上有好者，下必有甚焉”。馬步芳家族除了通過官僚機構徵收糧款，還要各級官僚進奉額外財物。如不賄賂，即不得職位，進奉越多，升遷越快。進奉中意，即成優等，雖被揭發劣績，也可不受懲罰。因此，對上公開行賄，對下橫徵暴斂，無所顧忌，後來竟視爲合法行爲。官員上任送禮，逢年過節送禮，卸任也要送禮，否則便有被查辦的危險。共和縣長吳錫琪、鄧伯康，大通縣長劉耀南等，都是卸任後被馬步芳勒索賄款而致死的。由於官吏貪污視爲當然，白手可以發家，所以不少上層人物都鑽營做官。而掌權的首腦，爲得賄賂，加以求得自身力量的壯大，也樂得收容，引爲心腹。但因官額有限，只得以增設“額外”、“後補”、“隨從”等名目，予以安插，其結果使官僚機構中人滿爲患。社會上流行“副官多如狗，縣長滿街走”的譏言。在官位者，其親屬隨之成爲“老太爺”或“二大人”、“三大人”；而被罷黜的官吏，其特權仍在，一變而爲魚肉鄉里的士紳。如此衆多的特權階層，使青海老百姓苦不堪言。
官僚機構中的派系傾軋也很嚴重。主要是元老派和少壯派之爭。兩派之間明爭暗鬥，爾虞我詐，烏煙瘴氣。開始，黎丹及後繼馮國端任秘書長時，系派尚不明顯。馬步芳任省政府主席後，任用陳顯榮爲省政府委員兼秘書長，但陳之權力過分集中，尤其1942年蔣介石到青海時，陳曾與蔣獨談，深爲馬步芳所忌，於是，元老派馬驥、馬紹武，少壯派冶成榮等聯合倒陳，後終於將陳擠下臺，由馬驥任秘書長。此後，韓起功、馬祿、馬繼融均屬於馬驥之元老派，而實際操縱者則爲馬紹武。他們把持省、縣黨政機構，辦事保守，着眼於現狀，很少考慮接班人馬繼援的未來。少壯派以冶成榮爲首，還有高文遠、馬振武等人，實際操縱者是馬繼援。他們的權力集中於省、縣財經部門和軍事機構中，後又以崑崙中學校友會爲基礎，以所屬部隊軍官爲骨幹，繼續發展。他們主張激進，對中央的命令，先衡量對馬步芳家族有無利益，對不利或利少一概置之不理。對外籍人員採取壓制手段。對元老派則往往正面衝突，無所顧忌。當時官僚機構中的成員，一般均依附於這兩個派系中的一方，部分人員搖擺於兩派之間，則地位既無保障，生活待遇也沒一定標準。同是省級機關職員，有的不得溫飽，枵腹從公；有的收入豐盛，生活優裕。此中奧妙，外人難得而知。
兩派的鬥爭牽制面很廣。元老派操縱者馬紹武，原是馬步芳培植起來的人物，後來送他到南京中央政治學校學習時，爲陳立夫所拉攏，成爲CC系在青海的首要分子，奔走於西寧、南京之間，在兩者之間買空賣空，撈取政治資本，並插手於國民黨青海省黨部，引起馬步芳的嫉忌，馬即指使少壯派冶成榮與馬紹武對立。後來，馬步芳又藉口整理歷年檔案，以元老派馬驥專主其事，省政府秘書長由少壯派高文遠代理。少壯派得勢，元老派也不甘示弱，兩派各逞其能，不斷掀起內訌。至馬步芳任西北軍政長官後，既想爲馬繼援繼任青海省政府主席開闢道路，又將省政府改組，省政府委員由馬步芳、馬繼援、馬驥、馬紹武、馬駿、馬繼融、劉呈德、冶成榮和陳秉淵9人充任。民、財、建、教四廳廳長，由元老派、少壯派平分秋色，秘書長由高文遠擔任。少壯派有了優勢。
封建統治就是封建割據，其特點之一就是排外；在統治範圍之內則嚴密封鎖，封疆自固，唯我獨尊。所以，嚴防省外人士入青活動，是馬步芳的一貫政策。他在全省邊境各要道，都以徵稅爲名，遍設關卡，嚴密盤查入境人士。舉其大者，有由玉樹到西康的鄧柯，金沙江西岸的巴塘稅卡；到石渠必經金沙江以東的歇武稅卡；由玉樹到西藏必經的查武拉稅卡、當拉稅卡；北通河西走廊的祁連俄博稅卡、野牛溝稅卡、當金山稅卡；由門源通往甘肅的皇城灘稅卡；由互助通往甘肅天祝的稅卡；由循化通往甘肅臨夏的大力加山麓龍合堡稅卡；民和的享堂鎮關卡等。其中享堂關卡號稱青海東部門戶，是由蘭州入青海必經的峽口，所以將此劃爲禁地，經常派重兵駐守，對來往商民，一律嚴加盤問，而且翻箱倒籠地搜查，不準進步書刊帶入青海。對認爲有嫌疑者，派人跟蹤追跡。對省外軍政人員入境的，也及時向省政府秘書長電話報告，以資應付。
馬步芳對國民黨中央以及各機構派到青海的工作人員，有的給以虛名；有的安排條件優越的住室，發給薪金，閒置不用；有的暗施陷阱，派人藉故尋釁侵凌毆辱，擠其出走；有的利用其弱點，迫使就範，令親信取而代之。所以，許多外來官員，除非對其俯首帖耳甘作奴才，則都站不住腳。如國民黨中央歷次派往青海任特派員的李天民、燕化棠、李洽，任執行委員或書記長的丘鹹、許少頓、王逸民、薛文波，任三青團幹事長的王文俊等人，都先後被排斥出走。國民黨中央設在青海的機構，如財政部的直接稅務局，西北鹽場公署，田糧處，資源委員會的青海金礦，交通部的甘肅公路西寧站，軍政部的青海團管區、軍馬場，青海省高等法院，省政府會計處，以及中央、中國、交通、農民四個銀行，這些機構中的工作人員，多受到偵查人員的暗中監視，言行稍有不慎，即被尋釁，遭受毆辱或驅逐。除了四個銀行，其他各機構的主管人員多被逐步更換，安排成馬的親信。
對於國民黨中央軍進入青海，或染指於馬家部隊的事，馬步芳更是敏感異常，多方防範。1935年紅軍北上時，蔣介石以青海防禦力量薄弱，爲阻擊紅軍，擬調胡宗南的楊德亮團自天水一帶進入青海增援。馬步芳聞訊，急忙以“青海防務鞏固”爲詞，婉言謝絕。從此以後，國民黨中央軍始終沒有一兵一卒進駐過青海。1939年，國民黨中央組織部通令全國各省成立省保安團隊特別黨部，指派馬步芳兼青海省特派員，並派哈世昌（回族、復興社分子）來任書記長。哈到西寧後，馬步芳擱置不用，後來哈拜馬步芳爲乾爹，才勉強到任，但抓不到實權。嗣後，國民黨中央組織部又派來一個幹事，名叫方琦，馬也只給發薪，不安排具體工作，閒住半年後，只好走路。白崇禧對馬步芳任省主席，曾出過力，前已述及。馬步芳除了送厚禮，並請白推薦得力人員協助青海整頓軍隊，以表示親近。白信以爲真，慷慨答應，派安舜及其外甥海某等40人到青海，推薦安舜爲第四十集團軍參謀長。馬步芳對安、海等人，開始尚熱情接待，但不分配具體工作，以致這些人無事可幹，長期賦閒。後來，馬又以調動工作爲詞，派八十二軍人事科長巨生元，將他們中的一些人送往駐張掖的一百師韓起功部。他們見事不諧，先後離青而去。
馬步芳對於青海人民，採取思想統治和武力鎮壓兩手。他重視對輿論工具的控制，省回教教育會辦有刊物《教育通訊》，還有個《崑崙報》，是專爲他吹喇叭的。1931年，國民黨在西寧出版《青海民國日報》，其中有時對馬步芳家族有所抨擊。爾後，馬步芳即調換了該報負責人，以自己的親信穆建業、馬海佐、田生蘭等人代替，逐漸統一了青海的輿論。1936年，西北“剿匪”總司令部成立西寧新聞檢查所，對新聞、刊物進行檢查。張學良派任鎮亞爲主任，馬步芳派陳顯榮爲副主任，後又相繼派劉天鳴、趙文煥、陳秉淵等人繼任。1937年2月，成立青海省郵電檢查所，後依中央通令，改“所”爲“處”，並在玉樹和樂都設分處，對於郵電檢查，頒有嚴格的命令。從1939年起，在西寧市和各機關加強了輿論的控制，各飯館大書“各照衣冠、莫談軍事”的字樣。在各機關佈置特務，暗中監視言論行動，秘密彙報；人員的升降，這種秘密彙報如何，起着決定性作用。省會警察局是執行這種特務任務的一個機構。一般市民無言論、集會、結社的自由。輿論的基調，一是“”，一是頌馬。馬步芳於1931年在西寧北門外香水園修建馬公祠，以紀念馬麒。各地相繼效尤，未及10年，馬公祠遍及各農業縣，其中有新建的，也有以廟宇改建的。其中供奉馬麒大幅軍裝像，每年在其誕辰和忌日舉行公祭。馬步芳任省政府主席後，西寧和各縣又出現了許多公園。西寧西門外有個麒麟公園，用以紀念馬麒、馬麟。所有公園內，都專設紀念馬麒、馬步芳的紀念堂和其他紀念標誌，如閣公館、子香亭、步芳路等，將大通縣犛牛山改名爲香山。每逢馬步芳升官或馬繼援結婚等馬家重大事件，均發動各族各界制送紀念冊。有些吹捧頗爲肉麻，如“黨政軍三位一體，父子孫異世同功”。馬步芳對於防範最嚴，一涉嫌疑，即下毒手，毫不留情。對於外地消息也嚴加封鎖，能在西寧公開發行的報紙，除了他自辦的，只有南京《中央日報》、天津《大公報》、蘭州《和平日報》、西安的《西京日報》等幾種。青海成了馬家封閉型的獨立王國。
馬步芳對人殘害的刑法，極其狠毒。一是捆吊毒打。捆吊又分懸樑、綁柱和繩扎。毒打也有皮鞭、軍棍、柳條打和砸骨拐、上老虎凳、上腦箍、打背花、拔斷筋等多種。其中還有“鳳凰展翅”、“柳樹盤根”等酷刑。又有用熱酒、沸醋、辣子水灌入鼻腔，倒懸人身、頭墜巨石，竹籤刺指甲等。至於罰跪、罰立正、打耳光、打手心等輕微體罰已屬司空見慣。二是監禁和驅逐。監禁分無期和有期。無期的終身監禁，往往瘐死牢中。三是死刑。有槍斃、刀殺、活埋、燒死、打死、毒死、勒死等多種。集體屠殺時，多用活埋、刀殺、槍決。單個或少數多用活活打死、燒死、槍決、勒死、毒死。馬步芳生性殘暴，審訊時，有時甚至親自以口咬人、咬耳朵，斷案不、不講情理，單憑個人意氣定案。平時眉一皺，頭一擺，即是殺人信號，部下謂之“天陰”。平時動輒以殺人表示“豪氣”，所以冤獄遍於青海。其對紅軍、對少數民族的軍事鎮壓和屠殺，後將專章論及，此處僅舉一些小例，以見其兇惡之一斑。
1923年，化隆二堂馬克勒目與貢哇灘爭奪東山放牧地方，馬步芳勒令馬克勒目應分二分，貢哇灘應分八分。馬克勒目當場提出不同意見。事後，馬步芳即派人將馬克勒目用皮鞭活活抽死。
馬步芳部屬騎兵團團長馬福壽，系門宦中的首腦，人稱“穆夫提”。馬步芳以其與己系不同的教派，即於1929年11月，指使馬訓以請吃飯爲名，誘馬福壽於化隆小教場團部關押，不久即槍決。