馬廷賢派馬忠團南下武都，馬忠將其縣長劉馨攆走，又打退了川匪白雲。1931年冬出兵進攻文縣，這時竄擾文縣的白雲已被川西漢軍統領楊撫權逐出，以其兩個營駐防。馬忠部到達，憑藉北山攻城，旦夕可下。楊撫權從碧口鎮星夜率部趕到，內外夾擊，馬忠部略有死傷退回。而楊撫權又向武都進攻，以武都前縣長劉馨爲前鋒，劉被馬忠俘獲後槍殺。楊撫權率部繼進，馬忠不能支，逃回天水，武都遂爲楊撫權所有。後楊又慫恿川軍鄧錫侯進擊馬廷賢，鄧即以救災恤鄰名義，電報蔣介石，隨即從所部抽編4個支隊，以牛錫光、劉蒞冰、鄧國章、劉曜奎爲各路司令，以其智囊黃隱爲總司令，浩浩蕩蕩，殺向甘肅。馬廷賢所部迎戰，成縣一戰慘敗，其悍將黃進祿陣亡，使馬廷賢聞風喪膽，六神無主。同時，由於他殘暴濫殺，樹敵過多，各縣地方武裝都與他對立，此時更乘機加緊予以打擊，使馬廷賢防不勝防。史鼎新在禮縣一帶領導扇子會部署向馬廷賢進攻，且與川軍聯合，遂使川軍**，迅速進抵天水近郊。馬廷賢即於12月初9日夜間，棄天水而走，部隊紛然瓦解。次日，川軍進駐天水。後陝軍奉蔣介石之命入甘，與川軍交戰。旋川軍以成都方面有防區之爭，全部撤回。天水由陝軍接防。馬廷賢部馬背哥一股原潛伏北山，趁川、陝軍換防之際，突出撲攻東門，被陝軍馬青苑師包圍，全部投降。此後，馬廷賢再無統率力量，其部屬分投於青海、寧夏，或各歸田野，無形消滅。馬廷賢則帶幾個親信，隱匿於平、津。一個盤踞一方的霸主，殺人不眨眼的魔王，就此收場。
十二、二進新疆
馬仲英留新疆的馬世明部，與維吾爾族首領和加尼牙孜、堯樂博斯等密切配合，力量不斷壯大，於1932年協助維吾爾族人麻木提攻佔了鄯善，繼又攻佔吐魯番、焉耆，省方行政長朱時、旅長詹世奎及焉耆縣長等均在與馬部作戰中死亡。1933年3月，馬仲英派馬忠善騎兵營入新疆，協助維族部隊進攻哈密，戰爭失利，馬忠善陣亡。繼又派馬尕東營馳援，該營在哈密東山與省軍第一路總指揮劉傑三交戰，劉部敗退，劉本人陣亡，新疆震動，省政府給南京政府發電，大意是：“馬仲英以中央新編第三十六師名義大肆號召，中央有無明令？如有命令，請示方針；若無命令，馬仲英擅自行動，擾亂邊疆，請將三十六師番號明令撤銷；不請添械增餉，新疆自有辦法。”但南京政府置之不理，無隻字答覆。同年4月12日，新疆陳中、陶明樾、李笑天等發動政變，主席金樹仁攜眷逃走，衆推劉文龍爲省政府主席，盛世才爲邊防督辦，而大權實操於盛手，各地形成分裂局面。馬世明將此情況報告馬仲英，馬仲英認爲正是時機，遂於5月初率全師再次出關西進。沿途以三十六師名義，張貼維、漢兩文佈告，指斥新疆政治，受到維吾爾族人民的歡迎。東疆剿匪司令黎海如，聞馬仲英將來，率所部及大多數漢民放棄哈密，退守古城子。馬仲英兵不血刃，進駐哈密，又得一韓履忠（人稱韓歪脖）襄助軍機。
馬仲英派馬仲傑率其步兵旅攻取古城子。古城子有司令黎海如、指揮李榮華和城防司令張治賢，所儲武器彈藥甚爲充足，但以馬仲英威名先聲奪人，省軍士氣受挫。馬仲傑率部猛攻，戰況激烈，馬仲傑陣亡，士卒繼續冒彈雨爬城而入，省軍全部繳械，李榮華、黎海如、張治賢被俘。馬部繳獲大炮9門、機槍50餘挺、步槍8000餘支，誠然是一大勝利。但以勇將馬仲傑陣亡，損失亦甚大。馬仲英悲憤異常，即將俘虜之歸化軍20餘名全部處死。
古城子大戰正酣之際，省城正忙於奪權。盛世才遲遲於5月29日率省軍4000人、歸化軍2000人到達孚遠以西的三臺，不數日，即報古城子失守，只得撤回省城。此時，省城政界及羣衆團體希望和談，遂派吳靄辰等5人爲代表到古城子談判，馬仲英會晤後，派楊清波爲其代表。省方提出條件是：任馬仲英爲南疆總司令；其部隊編入正規的省防軍，由省方給以軍餉補給；南疆各縣縣長仍由省方任命。但馬仲英的目標，是掌握全省軍權，只讓盛世才管行政。雙方條件距離甚遠，和談無結果，又訴諸武力。
1933年6月11日，馬仲英率部5000多人西進至滋泥泉（阜康之東，西距迪化200餘里），次日，與盛世才所率不滿2000人交戰，盛處於劣勢，激戰數小時後，有東北救（自東北經蘇境進入新疆者）2000人趕來增援盛世才，此仗旗鼓相當，勝負未卜，不料氣候突變，雨雪交加，天氣奇冷，馬部皆着單衣，士兵受凍，手不能握槍。省軍備有皮衣，且對氣候較爲適應，雨雪中仍運動自如。於是優劣之勢頓然轉化，盛部乘時衝擊，馬部敗退，馬仲英率殘存騎兵飛速東行，路過孚遠，慌忙吃過一頓飯之後，越過天山，到吐魯番休整。盛世才尾追至古城子，將前城防司令張治賢以失城之罪槍決之後，即匆匆率部返回省城。
馬仲英在吐魯番整頓隊伍，並與駐在烏魯木齊南山一帶的馬世明聯繫，圖謀再舉。同時派出張雅韶等3人爲和平代表赴省，省主席劉文龍派吳兆熊、藍延壽等接洽。省方提出三十六師退至哈密、鎮西一帶駐紮，雙方意見無大分歧。馬仲英繼派姚治平、黃文中隨省方代表晉省，表示接受和平條件，並請省方供給糧餉。省方二次又提出條件：會合剿匪，馬部擔負護路，糧餉酌量供給。盛世才還擬給馬仲英以東路警備司令名義，令三十六師駐哈密、鎮西、鄯善3個縣。但這些並非省方本意，自滋泥泉之役後，盛世才已取得戰爭主動權，遂置談判於不顧，糾集其部屬及歸化軍、東北救等，徑向馬仲英部發動進攻，二次談判於是告吹。時駐達阪的馬仲英部沒指頭團長探得盛部已抵鹽湖，便從平川轉移山地，依山佈防，馬仲英率步兵一旅及馬彥良騎兵團前來增援。8月15日，一場激戰，東北救在仰攻中傷亡慘重退卻，牽動盛軍紛紛撤退。馬軍追擊，盛軍紛紛棄械奔逃，有的成了俘虜，盛世才僅帶一勤務兵脫身。損失人員三分之二以上，丟失輕重機槍數十挺、步槍300餘支。東北救3個連又被解除了武裝。
馬仲英爲了打通國際路線，在滋泥泉戰鬥前，派馬世熊（黑鷹）團長率部去塔城與蘇聯領事館取得聯繫。馬世熊在去塔城途中，收編了一些維吾爾族人及金礦上的工人（多爲西寧、臨夏一帶的人），並會合阿山來的1000餘人合攻塔城。塔城行政長陳繼善一面防守，一面報省求援。盛世才電令綏來等縣駐軍馳援，形成對馬世熊的內外夾攻。由於盛部武器精良，馬屢戰屢敗，所帶礦工又系烏合之衆，抵擋不住，向山中逃竄，省軍尾追不捨，最後馬世熊陣亡，部衆逃散，僅個別逃回吐魯番。馬仲英聯蘇之舉未果，轉而又與張培元合作。張培元是青海貴德人，出身甘肅軍事教導團，民國初年到新疆，自認爲老前輩，南京政府爲使新疆各地小軍閥互相牽制，以便分而治之，任張培元爲新疆省政府委員兼新編第八師師長、伊犁屯墾使。張對資歷較淺的盛世才反居己上，憤憤不平，故與馬仲英雙方一拍即合，約定共同推翻盛世才，平分南北疆，首先聯合進攻省城。此時，馬仲英掌握北疆大部地區，南疆喀什也有一部分勢力。張培元在結成聯盟後，即佔領烏蘇、綏來兩地。盛世才實際只有迪化、塔城、呼圖壁、昌吉、乾德、阜康、孚遠等幾個縣城。達阪之役後，就兵力而言，盛不過6000人左右（本部2000餘人、東北軍3000餘人、歸化軍不到1000人）。馬仲英已擴至萬餘人，張培元也有8000多人。
1934年1月12日，馬仲英親率步兵兩旅、騎兵兩團及師直屬隊共3000餘人出發，在芨芨槽擊敗省軍，跟蹤追擊，包圍了迪化城。與此同時，張培元派楊正中爲前敵總指揮，率其第八師配合馬仲英攻打迪化。13日、14日兩日戰況激烈，先後攻陷一些外圍據點。盛軍堅守省城，雙方相持一個半月之久，城中糧盡，殺馬爲食，困難至極，盛世才轉向蘇聯求援，於是，紅軍進入新疆：
一月中旬紅軍從巴克圖卡開進來，在邊界上換上了我們運去的軍服，從塔城外圍南下。盛政府對外宣佈，這些紅軍是“阿爾泰軍”，意思是從阿山區調來的歸化軍；同時還委任沒有任何實權的趙得壽爲“阿爾泰軍”總指揮，隨軍南下。紅軍是在夜間開進來的。據蘇方聯絡人員說是一團人……據我方聯絡人員說，大約有一兩千人，其中一部分是騎兵，其餘都是乘卡車的步兵。
——包爾漢《新疆五十年》
這支擁有現代化裝備，且有飛機助戰的“阿爾泰軍”，首先攻擊張培元的第八師，張師抵擋不住，潰退至鐵板溝碼扎地方，張培元路盡途窮，自戕而亡。2月初，“阿爾泰軍”到達迪化以西的頭屯河，首次向馬仲英部攻擊，吃了敗仗，死亡人數不少；後來憑藉重武器和裝甲車突破馬部防線，到達省城。時有飛機低空盤旋助戰，馬仲英部隊開始滿不介意，但飛機連續投擲炸彈，被炸死炸傷很多。馬部儘管英勇，但血肉之軀畢竟難抵空投的鋼鐵，前敵指揮馬虎山受傷，2月11日，馬仲英趁黑夜撤銷包圍，3月1日，退到達阪城。曾向南京政府發電，指控盛世才借外兵打內戰，請求給盛以嚴厲制裁，並表示將不惜一切，爲“保衛國土”而力戰到底。此時，盛部、歸化軍和“阿爾泰軍”8000餘衆，跟蹤追窮。3月初，雙方又在達阪交戰，馬部憑山固守，使進攻的盛部遭到很大損失。但馬仲英仍處劣勢，不得不謀求退路。時和加尼牙孜已就任盛世才的南疆剿匪總司令，在哈密、鄯善一帶威脅馬仲英後路，東邊無路可走，只好走南疆，以喀什爲根據地圖謀再舉。於是，馬仲英部與楊正中所率第八師餘部邊戰邊退，由托克遜而焉耆，由庫爾勒而庫車。5月間雙方又在巴楚最後一次決戰，馬仲英敗退，爭奪全疆軍權之打算，遂告破滅。
十三、南疆告終
南疆地區多年處於混亂狀態，一些泛土耳其主義者紛紛據地稱王。1932年冬，馬世明自稱三十六師前敵剿匪總司令，率領收編的部隊佔領焉耆，次年1月攻佔庫車，2月攻佔阿克蘇。時金樹仁之四弟金樹智率一個師駐喀什，聞報束手無策，自殺了事。馬世明派馬佔倉繼續南下，攻佔伽師。喀什行政長馬紹武組織居民防守，5月間，馬佔倉攻入喀什漢城（今疏勒）。此時嘯聚喀什地區的還有鐵木耳、烏斯曼，以及來自和田等方面的泛土耳其主義者，企圖消滅馬佔倉，組織獨立國。同年秋，和加尼牙孜率衆1萬多人佔領阿克蘇。1933年11月12日，在英帝國主義支持下，沙比提大毛拉建立所謂“東土耳其斯坦伊斯蘭共和國”，自任國務總理，推和加尼牙孜爲總統，建立宗教法庭，加緊對人民的壓榨。馬仲英率部到來，與這個政權的部隊約3000人在阿圖什地方開戰。馬軍勇猛衝殺，對方不支潰逃，和加尼牙孜一度被包圍，後逃入山區，轉道赴迪化，當了盛世才的省政府副主席（未得南京政府任命），“東土耳其斯坦伊斯蘭共和國”即告破滅。
馬仲英進駐喀什。時隨第八師同來的伊犁屯墾使署參謀長徐文舫及處長韓熊、魯任等3人謀與馬仲英分裂，被馬處決，馬遂與楊正中團結合作。嗣後，又派馬如龍率部到和田，消滅了爲英帝國主義支持的曼素耳“回教國”，粉碎了他分裂國土的陰謀。馬仲英兩次粉碎了分裂分子的罪惡活動，是對祖國的一個貢獻。
之後，進行整編，撤銷第八師番號，任楊正中爲三十六師副師長，馬虎山仍爲前敵總指揮，原第九師及屯墾師的軍官分配到三十六師各處。部隊整編爲9個騎兵旅。各旅旅長是：一旅馬彥良、二旅馬如龍、三旅鮮福海、四旅馬福元、五旅馬生貴、六旅（漢人，名不詳）、七旅馬有才、八旅（維吾爾族、名不詳）、九旅馬世傑。另有直屬4個營。旅下爲團、連，無營的編制。每旅1300人左右，總兵力15000餘人。武器則較爲充裕。
馬仲英在喀什，經蘇聯領事等人調停，與盛世才妥協，馬駐南疆8個縣，共同維持和平。斯時，英國領事多次拉攏馬仲英親英，他本人及張雅韶、吳應祺、蔡雪村等均不同意，仍主投蘇，並擬去蘇聯學習。由蘇領事館辦理入境手續，1934年7月10日，馬仲英告別部屬，帶蔡雪村、吳應祺等280餘人，經依爾克斯塘邊卡（今喀什境內）出國。抵蘇境後解除隨身所帶武器，到安集延乘火車赴莫斯科。蘇聯政府派一邊防司令接待，安置於首都郊區居住，後隨從人員被分配於陸、空軍學校學習。蘇聯政府派梅斯諾夫爲馬仲英的顧問，另派4名教官爲其授課。當時，蘇聯人皆對他稱以“哥尼拉”（將軍）。之後，三十六師幾次去人向馬仲英彙報部隊情況。半年後，馬生貴旅長歸來時，同來蘇聯防疫隊人（實是政治工作人員），還攜回馬仲英對部隊講話的錄音片。茲錄其講話要點如下：
現在我的事情複雜，責任重大，不宜同大家見面，所以只在錄音片上同大家講幾句話。
現在我把西北民衆的先鋒隊、三十六師的健兒引導在光明的大道上前進，不久的將來，三十六師的官兵及你們桑梓地方的父老人民，一定會擺脫舊社會的束縛、舊勢力的壓迫，得到人類幸福的生活。……我過去是否走了反革命的路線，是沒有的。
同志們，你們大家注意，你們不要抹煞我們抗日的通電。……豺狼般的日本帝國主義肆無忌憚地侵佔我國領土……南北已到了危急關頭，我們要準備抵抗大計，消極會當亡國奴。
這個講話要點，和他在酒泉時關於抗日主張的講話，相互印證，可以洞見馬仲英的愛國思想。
馬仲英去蘇聯時，由馬虎山代理師長。1935年夏馬生貴從蘇聯回新時，曾帶回馬仲英令馬虎山去蘇學習的命令，但馬虎山不去，另派馬彥良、喇守禮、馬世傑和楊福興等旅團長19人前去。據馬彥良回憶錄，在莫斯科見到馬仲英，他正學習德、法、俄、日等國文字。馬彥良、喇守禮、馬世傑、楊福興4人於1937年抗戰前夕回國時，馬仲英親自送他們上火車，並叮囑“回新後走烏魯木齊一趟，與盛世才認真聯繫協商，再到莫斯科彙報”。但馬虎山另有圖謀。與駐喀什的維吾爾族師長麻木提聯合，共同反對盛世才，馬仲英幾次來電制止，但遙控失靈，馬虎山自行其是，以羊毛、編織品輸出印度，將歷年搜刮的黃金，用汽車拉到葉城，又劫持參謀長拜自立的一筆黃金，一併攜帶逃往印度。從此，三十六師即全部瓦解。後來，馬虎山從印度輾轉回到甘肅臨夏原籍。解放後，在甘南參加以馬良爲首的反革命叛亂，在我軍清剿中被擊斃。
一旅旅長馬彥良，回族，河州人。他們從蘇聯返回後，於1938年10月專程到延安，受到主席的接見，他們彙報了馬仲英在蘇聯的情況。要他們到西安找八路軍辦事處。“八辦”囑他們回家鄉等待時機。全國解放後，馬彥良表現積極，由民兵營長兼鄉長，升爲區長、縣長、副州長等職。爲第五屆全國政協委員。筆者因工作關係，與之時有接觸，1986年曾到他家中專題訪問馬仲英之事，年屆八十的他正臥牀養痾，但談到當年之事，仍神采飛揚，口若懸河。此後未久，即於1987年去世。
馬仲英本人的結局，衆說紛紜，一說在蘇聯學習駕駛飛機時，失事而死；一說參加西班牙戰爭陣亡；一說是在蘇聯衛國戰爭中獻身。還有一說，是被斯大林處決了，據說這是近年從蘇聯的秘密檔案中看到的，或許這是比較可靠的說法。他短暫而複雜的一生，是值得史學家深入研究的一個課題。