事後，黃氏父子暗派代表通過河州鎮守使裴建準，向護理甘督陸洪濤告狀，陸即派實業廳廳長車玉衡前往查處。車到後與馬麒會談兩次，然後由馬麟、馬壽出面召集僧俗代表大會。會上，馬麟指責黃家父子把持寺院，聯絡鼓動不安分守法分子，陰謀搗亂，對抗政府。17歲的黃正清據理力爭，侃侃而談，指責寧海軍利用寺院內部糾紛，以武力壓服。嘉木樣五世來寺坐牀前，商定寧海軍撤走，迄今已過3年，駐軍並未撤走，且馬壽隨意撤換寺內僧官，取消寺院所收官房稅；又設茶糧局，橫徵暴斂。將此情報告軍帥（指馬麒）後，軍帥竟聽一面之詞，以造反罪名收槍要馬，罰款捕人。爲此，要求豁免罰款，調回馬壽，免再生事。黃的一番話，使馬家一方無言以對，會後，馬麒自認其措置有失當之處，決定先停止捕人和收槍（已收的不再退），釋放塔哇管家黃祥等，並將馬壽調回西寧，但駐軍仍然不撤。之後，黃家繼續向甘肅軍政當局控告，拉卜楞僧衆組成代表團赴蘭要求懲辦馬麒，恢復嘉木樣寺主的權益。至此，嘉木樣五世一家不得不離開拉卜楞寺，轉到美武一帶，成立反馬司令部，組織武裝，準備驅逐寧海軍出境。
馬麒聽到上述消息，即先發制人。命令馬麟率寧海軍24營，約萬餘人，進攻拉卜楞。拉卜楞方面，兵分兩路，一路圍攻駐寺院的寧海軍，一路迎擊馬麟。雙方發生激戰，馬步芳所部第一營嚴重受創。後終因馬麟兵力強大，黃氏父子率藏兵撤往桑科、黑錯。馬麟部隊追擊，所到之處燒殺搶掠，藏族羣衆的生命財產，遭受極大損失。關於這次事件，曾經到拉卜楞地區草原作過調查瞭解的人宣俠父有一段記述，摘引如下：
拉卜楞寺呼圖克圖嘉木樣，統治着甘邊川邊及青海東南部八十八族的藏民，管轄着一百零八個寺院。在民國十二年，因反抗西寧鎮守使馬麒的勒索，而遭馬麒的仇視。於是西寧的騎兵，突然圍攻拉卜楞寺，嘉木樣在亂兵中出奔甘邊剛察寺。嘉木樣的父親，漢名黃位中，藏民稱他爲“耶扶賽恩”，他當時號召附近的藏民部落，共計五萬餘騎，和馬麒在剛察附近的草原激戰。最初的交鋒，藏民勇悍異常，他們都脫得一絲不掛，持着長矛，奮馬向前直衝，使馬麒的騎兵，受了極大的損失。後因甘督陸洪濤派員傳令雙方暫時停戰，靜候督署查辦。敦厚的藏民，以爲督辦既然前來查辦，一切當然可以靜候解決，漫無防備地屯紮在無險可據的草原上。然而馬麒卻從來沒有將命令不出蘭州的陸洪濤放在眼上，於是趁藏民毫無準備的時機，促兵進攻。當馬麒的騎兵衝進藏民的營壘時，許多藏民尚鼾聲呼呼，在睡夢中，驀地被一陣槍聲所驚醒，手足無措地東西亂竄，無抵抗地被馬麒殺了幾千人，其餘的也只好保護着嘉木樣向川邊潰退。馬麒的騎兵，於是摧毀了附近藏民的村落，焚燒寺院三十幾座，被殺婦孺共計七千多人。（宣俠父《西北遠征記》）
馬麒、馬麟的部隊如此殘殺，在歷史上也是罕見的。此後，藏民一直控告馬麒，但都石沉大海，無人主持正義。1925年，馮玉祥國民軍的劉鬱芬部進入蘭州，宣俠父時在國民軍工作，他在蘭州見到了嘉木樣五世的長兄黃正清，當他聽了黃對馬麒的控訴後，給予大力支持，親自幫助他們起草控訴馬麒的狀子，還深入到歐拉草原，向藏民講述民族團結、自救抗暴的道理。之後，藏民的控告狀紙到了北洋政府，北洋政府令馮玉祥處理。馮派劉鬱芬、蔣鴻遇會同馬麒、拉卜楞寺代表黃正清解決。1927年春，在蘭州重新談判，達成以下解決辦法：（1）拉卜楞地區，改設爲設治局，直隸於甘肅省署，脫離西寧道管轄；（2）寧海軍全部撤走。馬麒迫於形勢，不得不有所收斂，將軍隊撤回西寧。
馬麒、馬麟在青海境內還有鎮壓、屠殺藏族和其他少數民族事件多起，容後在“馬步芳”部分一併敘述。
五、左右逢源
馬麒爲鞏固地位，擴大力量，積極攀附更大的軍閥以爲靠山。1918年曹錕賄選總統時，需款甚急。馬麒看準機會，即向馬廷勷挪借5萬元送去。10月，曹錕賄選成功，馬麒又派長子馬步青自綏遠趕赴北京祝賀，以駿馬500匹作爲獻禮。於是，北洋政府以馬麒平息果洛叛亂有功，頒給“銳威將軍”封號，並授予馬步青陸軍少將銜。其時，甘肅督軍陸洪濤，聯合甘肅漢族軍閥黃得貴、李長清、張兆鉀等排斥馬麒，馬麒處境艱難，曾有“這碗飯難吃”之嘆。黎丹、李乃棻等便向馬麒獻策，奔走於吳佩孚門下。於是派朱繡前往洛陽，向吳獻“經營青海意見書”，企圖將青海由甘肅析出，另行建制。時吳佩孚正策劃對張作霖用兵，示意朱繡籌措軍費30萬元，允許仿照熱河、察哈爾地區成例，劃青海爲特別行政區，以馬麒爲青海護軍使。馬麒以30萬元的賄款爲數太大，且直奉戰爭一觸即發，直系勝敗未卜，遲疑不決。1924年10月直系戰敗，馬麒竊幸未花冤枉錢。但張作霖既已把持北洋政府，又轉而想摸索走張作霖的門路。1925年1月8日，馮玉祥爲西北邊防督辦，馬福祥爲會辦，馬鄰翼爲襄辦。旋又任馮玉祥爲甘肅軍務善後督辦。馬麒見馮的勢力壓來，即急派朱繡前往聯絡。馮任朱繡爲邊防督辦公署參事，又利用甘肅回軍力量，抽調馬鴻賓、馬廷勷、馬麒所部騎兵各1旅，編爲西北獨立第七、八、九旅。馬麒本不願就範，但懾於馮的勢力，違心依附，派其侄子馬步元爲騎兵第九旅旅長，下轄十七、十八兩個團，以其外甥馬輔臣、侄馬步云爲團長，官兵約1000人，於同年12月奉馮命開往包頭。馮又將該旅改爲獨立第七旅，換髮了槍支，補充子彈十數萬發，令其開向大同、陽高、天鎮一帶，後又駐防北京北苑。南口戰役，馮軍苦撐危局。馬步元時駐鎮川口，爲求自保，派副官長居佔鰲、秘書姚鈞等，向敵方閻錫山聯繫，表示願前往投效，得到閻的允准。未幾，此事被馮的後方總指揮石敬亭發覺，即令其進攻陽高閻部。馬步元以已與閻部有約，不能進兵，又不敢違抗石之命令，進退維谷，只好率部潛逃，取道平地泉、寧夏、阿拉善、永登等地，於1926年6月返抵西寧。人馬既無損失，又攜回一批槍彈。