君臣間幾番交流，嘉靖從頹唐的泥潭中慢慢拔出腳來，對言官也不再動輒懲罰。
是福不是禍，是禍躲不過。
東南沿海的倭寇，在譚綸、戚繼光、俞大猷的征剿下基本肅清。奏本上呈，嘉靖大喜。但北方的蒙古族又大肆入侵。
且說薊遼總督楊選，囚禁了錫林阿部首領的岳父託幹，希望以此牽制對手。錫林阿部憤怒，舉兵向薊州，揚言攻遼陽。楊選率軍馳援，兵部尚書楊博察覺其中有詐，三次發文勸阻，楊選不聽。結果錫林阿部聲東擊西，從牆子嶺毀牆而入，大掠順義、三河，抵達通州。錫林阿部入犯之時，嘉靖正在齋醮，楊博不敢上奏，便與徐階相商，先調兵捍衛京城。同時，大同總兵姜應熊在密雲擊敗錫林阿部，京師解嚴。嘉靖後知錫林阿部直搗通州，吃驚不小，怒極，下旨斬了楊選，又遷怒楊博不及時報知，徐階全力救護，稱楊博及時調兵捍衛京師有功，才免於懲罰。
有時候言官對朝廷的批評過於激烈，嘉靖懲罰，輕則把言官降職，重則罷官。徐階壓住暫不施行，抓住機會勸說嘉靖：“自古君明則臣直，上有明君，下才有敢於直言的臣子，國家如果沒有敢於直言的大臣一定會滅亡，敢講真話的直臣，即使抨擊朝廷過分，處罰也應從輕，這樣才能廣開言路。”
徐階分別輕重緩急，逐漸廢除嚴嵩的弊政；與此同時，也關心提拔後輩。嚴嵩倒臺，內閣只剩袁煒和徐階，袁煒是徐階的學生，共同票擬，也有帶一帶這位學生的意思。而徐階想提拔的另一位就是張居正。
張居正曾對徐階大爲不滿，爲何老師如此窩囊！爲何不放手與嚴嵩一搏！所以曾告病回鄉。對此，徐階心知肚明，但毫不在意。現在張居正明白了，老師是正確的，放手一搏的同年楊繼盛不就死得很慘嗎？他終於明白，薑還是老的辣。
自從嘉靖三十九年（公元1560年）被提拔爲國子監司業以後，張居正就全心全意管理國子監。這是徐階的一步棋。徐階不希望張居正過早參與政事，因爲還太嫩，稍一衝動，就會落得同楊繼盛那樣的下場。而張居正並不理解老師的用心，但升官總是好事，所以曾在寫給徐璠的信中說：“僕受太翁老師厚恩，未有以報。”嘉靖四十二年（公元1563年），徐階又推薦張居正爲撰寫《承天大志》副總裁。總之，做沒有或少有風險卻能嶄露頭角的事，徐階想到的第一人就是張居正。徐階扶持張居正的至關重要的一步棋，是在嘉靖四十三年（公元1564年）《承天大志》修成之後，讓他擔任裕王府的講官，因爲這裕王極有可能繼承嘉靖的皇位，安排張居正擔任裕王府講官，就爲張居正日後的騰飛打下了基礎。
在精心培養、扶植英才的同時，徐階騰出手來，掃蕩朝廷的污穢。嚴嵩雖然罷官，但黨羽還多。這些嚴嵩的黨羽，多數是靠買官獲得提拔，不僅無德無能，而且貪婪成性。徐階以反貪爲名，展開了清理。
嘉靖四十一年（公元1562年）六月，廣東道御史鄭洛參奏大理寺卿萬寀、總理鹽政鄢懋卿、太常少卿萬虞尤貪贓。查有實據以後，徐階和袁煒共同票擬“革職閒住”。而鹽政的課稅，徐階暗示巡鹽御史徐爌，提請鄢懋卿任內提高的課稅額度一體撤銷，維持原狀。
針對暴露出來的邊鎮將帥冒領剋扣軍餉的弊端，徐階票擬敕書，責成各省巡撫、巡按使以身作則，嚴革各弊，“違者聽部臣及該科參奏嚴懲”。但是弊病積重難返，不能操之過急，得慢慢來。
同年九月，革職的有工部侍郎劉伯躍、南京刑部侍郎何遷等十多員大臣。
徐階當政黜貪汰庸，但是很少動刀，絕少有官員論死。他覺得嘉靖一朝，朝廷官員血流得太多了，他決心全力扭轉“果於殺戮”的狀況。
說徐階不動刀子，也不盡然，就在嘉靖四十四年（公元1565年），徐階終於亮刀了。