四月中旬，北中郎將盧植、左中郎將皇甫嵩及右中郎將朱儁各領一軍分赴各地。盧植前往荊州南陽郡，皇甫嵩和朱儁負責消滅豫州的黃巾賊。
此時，黃巾軍勢頭正猛，連續取得幾場大勝，劫掠了衆多的物資，士氣高漲。
潁川渠帥起事之初便一鼓作氣佔領潁川郡郡治陽翟城，繳獲了衆多的後勤輜重和武器鎧甲等軍事物資。
隨後在召陵大敗汝南郡太守趙謙，並趁勢佔領汝南郡治所平輿城，使得豫州的黃巾軍如日中天，僅僅潁川郡和汝南郡便發展到二十多萬人，渠帥波才駐守陽翟城，大將彭脫駐守平輿城。
潁川郡在歷史上一直是大郡，自設立以後一直是京師之外最爲繁華的地方，治所在陽翟城。是中華民族的發祥地，黃帝生於此，夏禹建都於此，因此成爲中國衆多姓氏的發祥地，歷史上人才輩出，數不勝數。
汝南郡下設37縣，有二百多萬人口，是當時人口最第二多的郡，非常富裕。
右中郎將朱儁帶領一萬五千官兵率先出發，五月初到達潁川。
朱儁與黃巾軍波才部黃巾軍進行了一場激戰，不敵士氣正盛的黃巾軍，戰敗，損失慘重，官兵損失大半，而黃巾軍兵力多於朱儁，衆寡懸殊，漢軍十分恐懼，朱儁被迫帶領殘餘退至長社（今河南長葛東北）堅守。
左中郎將皇甫嵩看形勢不對，沒敢帶軍繼續南下，而是率軍進駐長社，與右中郎將朱儁會師，不過兩人的兵馬合起來僅有二萬多人，對戰黃巾賊，並不佔優勢，只能堅守尋找戰機。
黃巾軍有組織、有預謀，人馬衆多，士氣正盛，且有信仰支持，更重要的是劫掠了大量的物資，後勤物資充足，吃穿不愁。
六月初，波才率領大軍包圍長社。
接連幾場大勝，現在又把朝廷兩大中郎將包圍起來，讓對方手足無措，黃巾軍的士氣達到頂峰，整個豫州，成了黃巾軍的天下。
中央軍五校（北軍五校，爲中央主要常備軍，即屯騎、越騎、步兵、長水、射聲五校尉所將宿衛兵）三河（河東、河內、河南）騎兵多年未經戰事，臨時組織起來的家丁亦未經系統訓練，匆忙迎戰，接連失敗，士氣低迷。
更重要的是各千人隊單獨指揮，缺乏配合，到了戰場更多的是各自爲戰。
皇甫嵩及朱儁也沒有辦法，巧婦難爲無米之炊，他們的兵力太少了，太弱了。
被包圍一個多月，士氣更加低迷。
七月中旬，傳來冀州消息，張角和張寶被幽州軍相繼斬首，並獲得近十萬首級，現張樑已被包圍在孤城廣宗，勝利指日可待。
青州戰場也是捷報頻傳，已平定青州東部幾郡，所有的黃巾軍被迫轉移到青州西部邊境。
皇甫嵩和朱儁心中大急，他們不僅沒有獲得戰功，且被圍困在長社，毫無作爲；更讓他們擔心的是，若青州黃巾賊迫於幽州軍的壓力，全部流亡到兗州、豫州，那他們的面對的黃巾賊將更難對付。
官兵得知消息，心情更加煩躁。
護軍司馬傅燮建議道：“中郎將，部隊士氣低迷，缺乏訓練，面對一羣烏合之衆都如此恐懼，便是孫臏在世也無能爲力，燮認爲，首要的任務便是練兵，提升士氣。”
皇甫嵩沒有說話，只是點了下頭，默默的接受了傅燮的建議。
思索之後，皇甫嵩把所有的軍司馬、軍候等召集起來，宣佈加強對士卒的訓練，所有軍官皆陪同訓練，若軍官考覈通不過，則就地免職，從本隊提拔優秀之人頂替。
皇甫嵩也不敢破壞規矩，就算提拔軍官，只能從他們原千人隊中提拔，提拔之人還是他們家族裡的人，好處至少沒有落入外人之手，各大家族也不會因此而挑他的毛病。
迫於老將皇甫嵩的壓力，曹操、馮芳、鮑鴻、袁紹、袁術等人皆應允。
隨後，開始了轟轟烈烈的練兵。
豫州刺史王允被沛國黃巾賊包圍在州治所譙縣，目前毫無作爲。
四月中旬，北中郎將盧植，帶領副將宗員率北軍五校將士開赴南陽戰場，準備奪回宛城，消滅張曼成。
南陽郡郡治宛城，領縣37，人口240萬，爲天下第一大郡。宛城爲全國五大都市之一，東漢時，南陽被封南都，被尊爲帝鄉，爲天下經濟首都。
三月庚子日，南陽郡渠帥張曼成響應張角的號召，打着爲馬元義報仇的旗號，率領黃巾軍起事，得到南陽郡民衆的支持，勢力迅速發展至十多萬人，順利斬殺南陽郡太守褚貢，並佔領了宛城。
江夏都尉秦頡臨危受命，繼任南陽郡太守的職位，負責討伐黃巾軍。
五月中旬旬，盧植帶兵到達南陽郡。
六月初，北中郎將盧植聯合南陽郡太守秦頡出擊，擊敗黃巾軍，斬殺張曼成。
隨後，黃巾軍退守宛城，擁趙弘爲渠帥。
趙弘不負衆望，力挽狂瀾，再振聲勢，穩住宛城一帶黃巾軍的軍心。
六月中旬，盧植聯合荊州刺史徐謬、南陽太守秦頡圍攻宛城。
黃巾軍吸取張曼成出城與敵人野戰而失敗被斬的教訓，知道在野戰中不是官兵的對手，於是堅守宛城不出，採取與官府軍隊對峙的策略。
從六月開始，盧植便命令城外三萬官兵攻城，連續攻城多日，人員傷亡慘重，宛城卻巋然不動，沒有半點被攻克的跡象。
六月下旬，盧植大急，親自設立大刀隊，督軍攻城，有退後者，大刀伺候。
渠帥趙弘率領黃巾軍奮戰，宛城固若金湯。
盧植等人無計可施。
城內糧草衆多，黃巾軍士氣高漲。
七月中旬，盧植得知高順等人斬首張角和張寶，圍困張樑於孤城廣宗，並掃平黃河以北的小股黃巾；且青州戰場捷報頻傳，心中更急。
副將宗員心情非常鬱悶，當初他看不上的小人物，如今佔據五路大軍的兩路，且都取得了不菲的戰功，而朝廷派出的三路大軍，兩路被圍困在長社，一路對宛城無能爲力，幾個月下來不僅毫無戰功，且損兵折將；至於他本人，更沒有拿得出手的戰績。
官軍的攻擊逐漸懈怠下來，本身人數便少，不能與守城的黃巾賊拼消耗，他們耗不起。
於是盧植命令圍繞宛城挖掘三道壕溝，將宛城嚴密封鎖起來。
宛城內的黃巾軍不爲所動，他們早就得知，另外兩路朝廷大軍被圍困在長社，若那邊勝利了，這邊的圍困自然而解。