隨後處理善後事務，最重要的是收編軍隊，不管是東洲兵還是益州本地戶籍的官兵，都要擇優錄取，執行一樣的標準，且採取自願的原則。
目前只在蜀郡和廣漢郡執行，犍爲郡和巴郡還沒接收完畢，暫且緩期。
在兩郡中，包括賈龍、任岐和趙韙以及劉璋所轄的大約九萬本地官兵中，願意參軍併合格錄取的軍人僅有三萬步兵和三千騎兵。
而東洲軍的三萬步兵和一萬騎兵中卻選拔出了兩萬五千步兵和八千騎兵；他們來自外地，大部分都是逃難百姓，在益州無恆產，參軍是他們最好的出路。
如此以來，大量不符合要求和不願意繼續從軍的士兵被遣散回家，這讓不喜歡戰爭的益州士族、豪族和普通百姓都欣喜不已。
而且在軍隊內採取中低級軍職挑戰選拔的策略，使得那些參軍者士氣高昂。
接着，趙雲從庫房中調撥糧食和其它儲備物資，穩定市場物價，派出督郵審查地方，使得益州幾郡越發穩定。
半個月後，犍爲郡傳來信息，已接收完畢。
一個月後，巴郡接收完畢，轄區內保持穩定。
這四郡，可以說是益州最富庶的地方，四郡漢族人口占益州漢族人口總數的九成，佔據四郡便可宣稱佔領了益州。
現在最令趙雲頭疼的是對賈龍、任岐和趙韙三人的任用。
升官增加俸祿，立功獲得獎賞，是那個時代天經地義的事情，是人生的價值體現。
雖然他們主動投降，品德令世人所不齒，但是他們所立之功甚大，否則趙雲不會如此輕易進駐益州；現在他們已高居太守之位，或兼中郎將之職，已升無可升了；他們又是本地豪族，根本不缺金錢，獎賞對他們的意義不大。
且高順勢力皆採取軍政分離，讓他們此後只任軍職或者只管政務，都是對他們的貶低，等於是降職。
更重要的是，趙雲到來亦被列爲東洲人士，與本地士族豪強也是對立關係，若是處理不好，必會令本州勢力強烈反彈，這對趙雲來說，是個嚴峻的考驗。
不過這時，高順的信件到達，讓趙雲壓力頓時減輕許多。
首先，高順宣佈，趙雲署理益州牧，就是代理州牧，已報朝廷，等待最終批覆。
其次，劃漢中郡歸涼州管轄；漢中郡的地緣位置太過重要，由關中控制爲宜，這樣的話，避免益州本地勢力有不好的想法，讓益州士族和土豪不敢有異心；從涼州傳來的消息，周飛已派人接管漢中郡和武都郡，子午故道也在加緊修復中；漢中郡太守張魯以及家人、重要信徒等將被護送前去冀州；這讓趙雲和郭嘉再無後顧之憂，涼州便是他們的依靠。
第三，命令趙雲派人護送劉璋以及家人前往冀州。
第四，建議趙雲重新劃分行政，取消屬國，建立郡縣，縮小每郡地盤，便於加強對地方的控制。
第五，建立水軍，建議由甘寧負責組建水軍。
最後，建議趙雲在穩定地方後，闢除劉巴爲州府高級文官，嚴顏爲中郎將。
徵辟制是漢武帝時開始推行的一種自上而下選拔官吏制度。
徵辟可以分爲“徵”和“闢”兩類：朝廷特徵士人，爲“徵召”；地方長官自行闢除士人，爲“闢除”。
西漢之時，既有徵召、也有闢除，二者可以合稱“徵辟”，東漢也是如此。
隨信件一起來的還有可擔任州郡級官職的文官三十位，可擔任軍司馬、別部司馬或者都尉級別的武官三十位，以及衆多中低級的文武官員，這讓趙雲在用人上方便了許多。
看完信件，趙雲和郭嘉內心大定，開始調整。
別駕位置暫由軍師郭嘉兼任，黃權擔任別駕從事。
閻圃擔任治中；楊昂任治中從事。
閻圃和黃權皆爲益州人士，楊昂爲漢中郡人，此舉是做給益州士族看的。
張任被提升爲騎兵中郎將，下轄一萬騎兵，駐守梓潼；史阿被任命爲步兵中郎將，下轄一萬步兵，駐守成都；李嚴被任命爲步兵中郎將，下轄一萬步兵，駐守雒縣；趙雲直轄的一萬騎兵駐守成都，騎兵護衛駐成都軍營，步兵護衛駐州牧府。
隨後，派人招降廣漢屬國，廣漢屬國的青羌義從騎兵被趙雲打殘了，再無可戰之力，只得宣佈歸順州牧。
蜀郡屬國都尉以及所轄官兵在成都投降，這樣，蜀郡屬國也納入治下。
郭嘉根據高順的建議，取消蜀國屬國，設漢嘉郡，郡治在漢嘉縣。
取消廣漢屬國，廣漢屬國與廣漢郡梓潼縣以北的地盤設爲梓潼郡，郡治在梓潼縣；剩餘地盤依然爲廣漢郡。
把犍爲郡一分爲二，西北部爲犍爲郡，東南部爲江陽郡；陳超被任命爲犍爲郡郡丞。
巴郡一分爲二，墊江縣（合川）和銅鑼山以北爲巴郡，郡治在安漢縣；南部設爲江州郡，郡治在江州縣。
各郡都尉下轄一千騎兵和五千步兵；各縣尉下轄兩百步兵和一百騎兵；此舉大大加強了對地方的掌控。
甘寧被任命爲水軍別部司馬，駐江州郡，這正合他意思，此後更是對趙雲勢力忠心耿耿。
以南諸郡尚未納入管轄範圍；原來劉璋對南部諸郡的控制力度非常弱，很多郡縣連官員都沒有派，現在連招降都沒法進行，只好暫且作罷，先穩定當前佔領地區後再說南中諸郡之事。
等穩定的差不多了，趙雲與郭嘉才分別找賈龍、任岐和趙韙三人進行談話，諮詢他們的意見。
這時，不僅趙韙對當前現狀不滿，連賈龍和任岐兩人對當前的結果也非常不滿意。
他們之所以反對劉璋父子，便是希望獲得更大的權力，無奈劉璋父子以青羌和東洲兵爲依賴，對他們進行殘酷打壓。
本想迎涼州軍前來，打敗劉璋勢力，他們西洲派藉助外力能做大做強，割據一方，實現益州人治益州的目的，沒想到涼州人的做派更讓他們失望，不僅失去了地方太守之職，連軍權都嚴重縮水。
趙雲不僅在軍隊中大量安插東洲人，大部分高級和中級軍官皆爲東洲人，且大幅提高官兵薪俸，分發免稅耕地，改善伙食標準等，低級軍官又實行挑戰制度，使得官兵對趙雲勢力極爲忠心。
現在他們既失去了對地方的行政控制權，又失去了對軍隊的絕對控制；此後不管從軍還是從政，都必須在趙雲劃定的圈子內活動，沒有任何自由發揮的空間。
鑑於這種情況，他們就是想造反也晚了，漢中郡被涼州控制，從劍門關到陽平關的各關口要隘皆爲涼州兵把守，不說趙雲現在所轄的官兵兵強馬壯，對他忠心耿耿，若是他們有異動，涼州鐵騎月內可至。
更讓他們難以接受的是，任何無地之人，只要到縣衙登記戶籍，便可按照人口分配荒地，配給農具和種子，甚至會借給口糧，且免稅兩年，這無疑對益州士族和土豪狠狠的一擊，不過此舉卻獲得了普通百姓對現任官府的忠心。
斷人錢路等於殺人父母。
趙雲的所作所爲，讓他們有種卸磨殺驢的感覺，與他們的心理差距太大。
益州其他士族、土豪對新州府的諸多政策亦非常失望，感覺還不若劉璋在任的好。