美國和英國表態不干涉中國對日本的行動後，總統李經述派馮國璋領新軍十萬駐紮東京，剿滅黑龍會等組織。馮國璋到了東京一週後，馬上帶五千兵包圍了“江戶城”，進皇宮去見日本明治天皇。
在日本皇宮的正殿，明治天皇正襟危坐，見到了一身戎裝的馮國璋，還有四名全副武裝的中國親兵，趕忙從御座上站起身來迎接。按日本傳統禮儀，馮國璋等人進日本皇宮是不能帶武器的，明治天皇惶恐望着馮國璋那雙烏黑澤亮的小眼睛，馮國璋的眼神不怒而威，充滿殺氣，見過大場面的明治也有點心虛發毛。
明治天皇除了皇后一條美子，還有柳原愛子、千種任子、葉室光子、橋本夏子等妃子，最近有點操勞過度，患有糖尿病和尿毒症，此時一頭冷汗，問馮國璋：“不知馮大將軍前來所爲何事”
馮國璋面不改色，手扶腰間的黑色毛瑟槍，漫不經意地對明治天皇說：“本將軍聽前任中國駐日本聯軍司令曹錕說，日本南北朝時期裡，出現了南、北兩個天皇，剛被黑龍會刺殺的熊澤天皇，就是南朝天皇的後裔，你應該下詔書，告知日本四千萬臣民這一事實，南朝也爲日本皇室正統”
馮國璋這個人，辦事一向粗中有細，他這一招看似普通，其實很有謀略，他打算一步步來，要先逼明治天皇承認南朝爲正統，這樣一來，前不久黑龍會刺殺“熊澤天皇”，就等於謀殺日本天皇，對日本皇室大不敬，這罪名在日本憲法中是重罪，足以宣佈黑龍會爲非法，頭山滿、內田良平等黑龍會頭領就犯了“弒君”死罪，接下來就好辦了。
在日本南北朝時代，日本皇室的確開始了長達四五十年的對立，1392年，室町幕府第3代將軍足利義滿致函南朝後龜山天皇，要求南北朝統一，條件是將象徵皇權的鏡、玉、劍三神器和皇位讓給北朝，今後皇位由皇室兩派交替繼承。同年，後龜山天皇答應了足利義滿的條件，返回京都將神器交給了北朝的後小松天皇，至此，半個多世紀的日本南北朝對峙基本結束，所以馮國璋的這一要求是合理的。
“這沒有問題。”明治天皇點點頭，他不知道馮國璋接下來要幹什麼，剛開始還以爲是黑龍會觸怒了中國，馮國璋帶兵來要廢了他，見馮國璋此時只提出了這一“合理”的要求，緊張的心情頓時放鬆了一些，便答應下旨奉南朝爲正統，但要馮國璋保證自己的天皇地位及待遇不變。馮國璋點頭答應了。明治天皇還帶着後怕地補充問了一句：“將軍沒有別的要求了吧”
馮國璋冷冷地說：“暫時沒有了，請你馬上下旨吧”
於是，作爲北朝天皇后代的明治天皇，馬上下旨，作了裁決，認定日本南朝天皇也爲日本皇室正統，北朝各天皇不列入天皇傳承系列，但北朝天皇地位及待遇不變。明治天皇發詔書承認“南朝天皇爲正統”後的第三天，馮國璋再度帶兵入宮面見明治，要求日本政府以“弒君”罪，宣佈黑龍會爲非法組織，解散黑龍會，並在日本警察廳在全國通緝黑龍會的頭子，要求明治下聖旨，宣佈“黑龍會”爲非法組織，讓日本警察逮捕頭山滿、內田良平等黑龍會頭領。
明治天皇這才察覺到馮國璋的陰謀，但爲時已晚，只好下了聖旨。頭山滿、內田良平等人接到消息，大爲吃驚，倉皇出逃。馮國璋在東京等地展開大搜捕行動，鐵血手段鎮壓黑龍會，屠殺黑龍會成員三萬多人，從此馮國璋在日本也有了“冷血屠夫”的外號，日本人嚇唬哭鬧的小孩子，都用上“馮國璋”的大名。
解決了日本黑龍會的後顧之憂，李經述開始在國內大力推進第一個五年計劃，加速工業化。從李經述當總統開始，中國就開始了工業化。第一個總統任期內，繼承了晚清近三十年“洋務運動”留下來的槍炮、船舶等重工業基礎，李經述一直強調發展中國的重工業，建立工業和軍事後勤體系。發展的資本除了日本政府每年的三千三百萬兩白銀戰爭賠款，還有慈禧留在皇宮裡的一億兩白銀。另外，席家棟發行了大概八億銀元的國債。爲了發展工業，李經述還拍賣了滿清皇宮和貴族家裡的珍寶。從1896年到1901年，這五年多時間，民間的一些紡紗、瓷器、茶葉、製糖公司迅猛發展，不過因爲戰爭刺激了軍火需求，中國的重工業，特別是軍工業的發展，速度大大高於輕工業和農業。
李經述將安慶內軍械所、江南製造總局、金陵製造局、蘇州洋炮局、西安機器局等近代機器軍火工廠整合成了中國國防工業集團，使用進口自英國、荷蘭、德國和瑞士的機器生產火炮、子彈、火藥等，不過坦克的發動機，潛艇用的電動機等還只能從國外購買。
1899年中國成爲日本保護國後，爲了防止日本軍國主義的幽靈死灰復燃，中國還將日本的軍工廠都拆卸了，把能搬動的機器都搬到了東北，還限制日本鋼鐵廠的規模。大的鋼鐵鍋爐都拆遷到了中國。1901年佔領遠東後，中國加快了對尼布楚等地區銀礦的開採。另外，中國對朝鮮、菲律賓、越南等殖民地也加大了掠奪，積累發展的資本。
中國初期資本主義的大發展，當然也是帶着汗血的。因爲要大力發展工業，中國對菲律賓、朝鮮、越南等殖民地的廉價勞動力還是壓榨型的，比如菲律賓的女人，基本上都是被賣到世界各地當傭人，用“菲傭”給中國賺取大量外匯，有一些越南女人，被免費送給中國廣西山區的農民做老婆，延續後代，這個需求還是比較旺盛的。而菲律賓、越南和朝鮮的男人，則是遠東地區礦工的主要來源，他們的生活還是比較悲苦的。長期在井下，每天工作16個小時那是常態。美國有時會因這個拿人權來抨擊中國的一些政策。中國政府則以華工和黑人在美國的悲慘遭遇，來揭露美國人權的黑暗。
工業化需要大批人才，李經述1882年就在天津推動成立了北洋大學，1889年在山東就成立了山東大學堂，這兩所大學成爲中國真正意義上的現代大學。技術實力超過了後來創辦的北京大學和清華大學。劉銘傳1885年就在臺灣成立了銘傳大學。這些大學當年就派出了大批的留學生學習國外先進技術，1895年之後，學新學的大學生日漸增多，到1900年。將近二十年後，本國技術人員的逐漸培養成材，留學生也大量歸國，越來越多的科技骨幹進入近代產業部門，在技術引進和技術改造活動中，中國已經擁有兩萬多名技術人才。
而且，李經述還通過成立了國家科學院，提出技術決定一切的口號，在全球網絡高端技術人才，包括現代潛艇之父霍蘭等一大批技術專家受到中國的禮遇，到1902年，在中國工作的約有五千名各國的專家和技工，其中不少是擔任過總工程師等職務的第一流技術專家。這對於改變技術落後的面貌，加快工業化進程起了重要的作用。
李經述任命嚴復爲教育總長後，他和蔡元培等人在中國重新建立系統而科學的教育體系。1897年，科學教育部頒佈了中國近代教育史上的第一個重要改革法令學制，學制把全國分爲七個大學區，確立了學區的細分原則和每個學區所需設立的大學、中學和小學的數目，還規定了大中小學的學制年限，規定小學實行五年制，中學四年制，大學採取分科制，先普及初等教育，發展師範教育，初等教育中部分實行義務教育，課程也仿效美國，着重灌輸近代文化思想和傳播初步的科技知識，開設數學、地理、物理、化學等科學課程，還改革中等教育和發展實業教育，中國還興辦起各種類型的實業學校，如實業補習學校、實業學校和實業專門學校等，爲社會培養了大批的初級和高級技術人才，建立中國人自己的工業人才隊伍。
中國當時也聘請了大量的外教，除了海關總長赫德，這些外籍人員廣泛分佈在工部省、文部省、內務省等各個部門，從事傳授先進技術、講授語言和技術學科等工作，有的甚至還參與國事管理，成爲政府的“智囊”，被聘請爲中國政府的顧問，如泰晤士報駐華首席記者莫理循等，李經述的憲法顧問古德諾等，不過中國政府對他們一直採取“只借助而不依賴”，“只備諮詢而無權決策”的方針。
另外，隨着產業革命的發展，中等職業學校和高等專科學校也得到相當迅速的發展。在政府的倡導下，各大、中型公司紛紛辦起職工學校、近代徒弟學校或制訂廠內技術訓練計劃。1900年，全國共有高等學校184所，徒弟學校323所。
私人鐵路業在政府鼓勵下得到大發展。從鐵道建設開工到竣工營業10年內，政府給予股東不低於8分的年利。所佔用土地免收土地稅，可無償使用。
中國政府扶植民間資本最大的成果在紡織業、瓷器業，1895年，盛宣懷的內閣政府從英國購進1000臺2000錠紡紗機，以無利息10年償付的優惠轉賣給民間，創建了上海紡織廠等十餘家紡織廠，中國私人開辦大機器紡紗廠的。
中國缺乏工程技術人員和科研人員，勞動者的素質也不高。爲使中國成爲先進的工業化強國，內閣總理盛宣懷等人通過了李經述關於制訂發展國民經濟第一個五年計劃的指示，在全國工廠倡議開展勞動競賽，迅速得到全國各地廣大工人的響應，掀起了工廠之間、車間之間聲勢浩大、持續深入的勞動競賽熱潮。中國歷史上首次出現了拖拉機、汽車、重型機械、機牀製造、化學合成工業、精密儀器製造等新興的工業部門，使中國開始由農業國變成工業國，中國第一個五年計劃期間經濟發展速度之快，增長幅度之大，超過了同期所有的資本主義國家，令全世界刮目相看。
從1896年開始，中國政府大力鼓勵民間企業發展，在大力興辦官營軍工企業的同時，還對私人資本進行各種扶植，鼓勵南洋、美國等地的華僑回國創業。改變以官營爲中心的政策以後，除軍事工業繼續由國家掌管外，其他企業都低價出售給私人經營，並大力扶植民間企業發展。船舶工業是靠政府扶植和保護而發展起來的最典型的民辦企業，中國遠洋船舶集團先後開闢了中國到印度、歐洲、北美、澳洲四大遠洋航線和多條近海航線，中國成爲僅次於英美的世界第三海運大國。
爲了避免出現血汗工廠，李經述還讓容閎的國會在1895年就通過了過一系列社會保險立法建立國家社會保障制度，總體上改善工人等弱勢羣體的社會生存狀況，1896年，國會通過疾病保險法，規定參加疾病保險的工人遇到疾病時享受免費醫療，規定凡在受僱期間並非因玩忽職守或越軌妄動而受到意外傷害者，都應得到賠償，年滿70歲者每年給予老年贍養費，成爲永久殘廢並喪失工作能力者，每年給予殘廢贍養金，不能自食其力的被保險人的遺孀和孤兒可領取死者贍養費的一部分，後者規定職員也可以領取養老金和遺族贍養費。
同時，爲了加強對非殖民地的工人勞動保護，改善他們的勞動條件，有關法規明確規定，防止危險是企業主的義務。爲了貫徹這一規定，盛宣懷的政府專門設立了工商業監察員巡視監督執行情況，禁止讓婦女和兒童從事有害健康的勞動；對16歲的青少年和婦女實行工作日最長勞動時間限制，禁止青少年和婦女從事夜工；對採礦等特殊行業的工人實行每天工作時間和工作期間最高氣溫限制，超過三十五度高溫的情況下，每班工作不得超過6小時；產婦給予產假等。李經述還允許中國的工人在復興會的領導下建立自己的工會組織，和工廠主通過談判等和平方式爭取自己的合法權益，這是工會的主要工作職責。
對於農村的土地問題，從1897年到1902年，盛宣懷的政府繼續用國債向大地主贖買，拿回土地分給失地農民，還有就是把雲南、貴州、廣東、廣西那些山多地少的農民遷移到海南島、東北、遠東、菲律賓等土地肥沃的地方，重新分給他們土地。
到1902年6月，中國的第一個五年工業化計劃完成，中國的工業和農業都有了一定的基礎，經濟總量和綜合國力僅次於英國和德國，位居世界第三。李經述把中國陸軍擴充到70萬人，全國分成了七大軍區，每個軍區十萬人左右，中國的海軍擴充到兩萬五千人，擁有三千噸級以上的戰艦八十艘按照李經述的設想，到1905年，中國要從一個落後的農業國轉變爲工業強國，奠定大國和強國地位的基礎，擁有出兵南洋的實力