下懿旨讓翁同龢告老還鄉的同時，慈禧就已下定決心要廢除不聽話的光緒皇帝。新君的人選，慈禧還是想要一個兒皇帝，她想立端郡王載漪次子溥儁爲新君，溥儁1885年出生，此時不到九歲，立個娃娃當皇帝，慈禧還可以一個人說了算，而且，溥儁的母親是慈禧的弟弟葉赫那拉·桂祥之女，和慈禧也是親戚。
榮祿接到慈禧太后的密旨，趕到頤和園面見慈禧。慈禧跟榮祿透露了自己心中的想法：“哀家的兒子，都長大了，不聽哀家的話，這可怎麼辦？現在恭親王和醇親王都去了，哀家還能活幾年？這朝中能和哀家說得上話的老臣，也就你和李鴻章了。哀家想過幾年耳根清淨的日子，立溥儁爲帝，汝看如何？”
榮祿突然聽到慈禧打算另立新君，嚇了一大跳，這意味着慈禧要廢黜光緒皇帝了，他看了一眼慈禧，慈禧的臉色很不好，手裡數着核桃木的佛珠，她說話的語氣，不像是和自己商量，而是早就決定好了。
榮祿額頭直冒冷汗，他知道此時自己必須站隊了，只能在光緒皇帝和慈禧太后之間選一個。榮祿知道，即使帝后的矛盾已經發展到了不可調和的程度，孱懦的光緒皇帝，也絲毫沒有與當政幾十年的太后分庭抗禮的膽略和力量，於是回答道：“臣只知天下有太后，至於誰當皇帝，臣不敢妄言。還有，太后真就打算放棄皇上了嗎？”
“你以爲哀家不心痛嗎？畢竟皇上四歲就入宮，在哀家身邊呆了快二十年。哀家是看着他長大，哀家苦心教導了他二十年，如今他卻只相信一個外人，這怎麼能不讓哀家失望？怎麼不叫哀家寒心呀！哀家不會讓他再胡來了。”慈禧說到動情處，語氣哽咽，像是忍不住要抽泣了。
在榮祿印象中，慈禧從來都不曾示弱，他跪下大聲道：“臣知罪，不該提起太后的傷心事，臣一定支持太后的決定，萬死不辭。”
榮祿這一番話，算是表態支持慈禧太后了，慈禧點點頭，道：“你去好生準備吧，不要讓哀家失望。”
榮祿問道：“臣這裡不會有問題。不知道李中堂那裡，太后可告知他？天津可是有大批新軍。”
慈禧說：“另立新君的事，越少人知道越好。哀家還沒跟李鴻章說。但想必他不會有太大意見。”
“臣明白了。”於是，榮祿告退，馬上接管了九門提督的三萬兵馬，還有六萬禁軍，然後宣佈京師戒嚴，封鎖正陽門、崇文門、宣武門、安定門、德勝門、東直門、西直門、朝陽門、阜成門，北京城內此時已殺氣騰騰，到處是揹着洋槍巡邏的兵勇。榮祿還在天津到通州的鐵路沿線佈下三萬重兵，以防直隸有變。
榮祿秘密安排好這一切後，變法已經進行了一段時間。慈禧又給恭親王舉行了隆重的葬禮，之後時機差不多了，慈禧太后便開始動手反擊，她命李蓮英帶太監去把光緒皇帝叫到頤和園來訓斥。
那日，京城裡冷風漸起，慈禧太后先把慶親王奕劻以及一幫“帝黨”骨幹大臣請到便政殿，並在自己的座前，設置了執行家法的竹杖。
光緒皇帝那陣日子，正在意氣風發搞改革，幹得最大的事，就是廢科舉，成立了京師大學堂。
沒有了翁同龢，光緒皇帝倚重的是孫家鼐。孫家鼐也是狀元出身的帝師，咸豐九年就中了一甲一名進士，也就是狀元。他在光緒四年被慈禧太后命在毓慶宮行走，與翁同龢一起授讀光緒皇帝，後累遣內閣學士，提升工部侍郎。維新變法後，他認爲要振興中華，必須要注重科學，興辦實業，“國家欲富強、民族要興旺首先要開辦學堂”。
光緒皇帝下詔推行變法，廢科舉，興學堂，便命孫家鼐主辦最重要的京師大學堂，研究歐美國家辦學體制。孫家鼐提出“以中學爲主，西學爲輔；中學爲體，西學爲用”的主張，在京師大學堂設10門主科、10門附科。
當時的京師大學堂在景山腳下，馬神廟中，沒有鼓樂齊鳴，沒有紅毯鋪地，也沒有貴賓致辭、“領導”剪綵、代表發言，當時的管學大臣孫家鼐默默地率領中西教習和160名仕學生、中學生和小學生，對着萬世師表孔子的靈位頂禮膜拜，就算開學了。
光緒皇帝倚重的另一個維新派重臣是張蔭桓。張蔭桓也是廣東省南海縣人，和康有爲是老鄉。但張蔭桓是一個傳奇人物，早年考秀才不第，二十一歲納資買了知縣官銜，入山東巡撫幕府做文書，後來升遷至道員；光緒八年，任安徽按察使；光緒十年，被朝廷授三品卿銜，命入總理各國事務衙門行走；次年，出任特使，奔赴美國、秘魯、西班牙三國，出使時成績顯赫，設領事保護僑民，建立華人中西學堂，教育華人自尊自愛、團結互助，維護華工的合法權益，爲屈死的二百多名華工討得14。7萬多墨西哥銀元的賠償，並訂立協議使外國人再也不敢隨意殺害華人。同時，他還對西方社會進行全面考察，回國後，即向朝廷呈獻他出使過程的《三洲日記》。張蔭桓歸國不久，即被任命爲總理衙門大臣，兼戶部侍郎，賞加尚書銜，進入從一品大員的行列，這在不是科舉出身，又無特別軍功的漢族大臣中是非常罕見的。
張蔭桓長年從事外交，見識超拔，決意變法的光緒帝對張蔭桓非常器重，經常召見他，在變法頭一個月連續7次召見，他幫助光緒皇帝推行了開放言路的維新舉措。光緒皇帝下詔，允許報紙“指陳利弊”，“中外時事，均許據實昌言，不必意存忌諱”。又下詔，凡院、部司員欲條陳意見，可以上書，通過本衙門的“堂官”（首長）代傳。普通百姓可以到都察院呈遞，實際上肯定了言論自由。保守派大臣彈劾張蔭桓蠱惑聖上，要求將其囚禁，光緒帝不予理睬。
也就是說，光緒皇帝維新變法，真正做成重大影響的事情，就是廢科舉，開言路，朝廷內，則是撤銷了詹事府、通政司等六個衙門，任用維新派楊銳、劉光第等。
至於開辦制度局奪權，或仿效康熙、乾隆時的舊制，在紫禁城內開“懋勤殿”，使之實際上成爲皇帝與維新派討論制度改革的機構，因爲慈禧太后和榮祿等人不同意，也沒能成。
但因爲光緒皇帝大量裁減冗官，僅京師一地，涉及閒散衙門十多處，失去職務者近萬人，但又沒有安排出路，去頤和園找慈禧哭訴的大臣夜以繼日，而且光緒皇帝太心急，一下子罷免了禮部尚書懷塔布、許應騤等六名部長級高官，觸犯了慈禧的逆鱗。慈禧起了廢黜光緒之心，讓榮祿安排好一切，就叫來光緒皇帝攤牌。
光緒皇帝那天趕到頤和園，遲到了半個時辰，慈禧黑着臉不說話，光緒皇帝連忙給慈禧太后跪着請安。慈禧太后沒有叫他起來，而是突然開口問光緒皇帝：“皇上知何爲天下？”
光緒皇帝一愣，正揣度慈禧太后問這個幹什麼，難道想考考自己對於新政的理解，於是回答道：“天下者，百姓之天下也……”
Wшw ●тт κan ●C ○ “大錯！”還沒等光緒皇帝說完，慈禧太后厲聲打斷了光緒皇帝的講話，呵斥光緒道：“天下者，祖宗之天下也，汝何敢任意妄爲！諸臣者，皆哀家多年曆選，汝何敢說不用就不用？康有爲之法，能勝祖宗之法？康有爲之才，能勝哀家所選之人？汝何至昏聵愚蠢至此！”
光緒皇帝本想爭辯幾句，突然擡頭看到慈禧太后坐前設置的執行家法的竹杖，想起小時候爭辯被痛打的慘狀，心有餘悸，戰慄不已，不知道怎麼回答，小聲回答：“兒臣知錯，兒臣知錯了，親爸爸！”
罵完光緒皇帝，慈禧太后把犀利的目光投向諸位大臣，厲聲喝道：“汝等還不跪下？皇帝年少無知，汝等也吃了幾十年的白飯嗎？汝等真以爲哀家會坐視不管，聽任皇上亡國敗家嗎？皇上乃是哀家所立，他若亡國，汝等拿朝廷俸祿不力諍，哀家養你們這羣尸位素餐的人幹嘛？”
羣臣戰戰兢兢，擡頭見頤和園內的守衛已經全部換成拿洋槍的兵勇，自然不敢反駁，趕緊跪下請罪，大半帝黨的大臣，知道慈禧或許要大開殺戒了，很多人當場辭職自保，慈禧太后也不含糊，全部恩准。
當天，慈禧狠狠訓斥了光緒皇帝，解除了一些帝黨大臣的職務，並沒有廢除光緒皇帝。不過去了翁同龢，光緒皇帝等於斷了兩條腿，新法寸步難行，這次又失去了大半支持維新變法的大臣，光緒皇帝身邊只剩下工部主事康有爲、刑部主事楊深秀、內閣中書楊銳、刑部主事劉光第等人，他那天也感覺大事不妙，誠惶誠恐。
心急之餘，光緒皇帝咬破手指，給內閣中書楊銳下了一道帶血的密詔:“朕惟時局艱難，非變法不能救中國，非換舊臣不足以變法，然今日觀之，太后深不以爲然，觸怒太后，今朕位不保，汝楊銳、康有爲、楊深秀、劉光第等，可妥速密籌，設法救朕，特諭!”
康有爲等幾人接到密詔，看到光緒皇帝說“朕位不保”，十分震驚，看來老太后還沒打算退休，這幾個書生亂了分寸，不知道怎麼辦纔好。這時康有爲想起了袁世凱，一廂情願地說:“事出危急，如今我等須拿血詔，引兵入京勤王，環視域內，只有天津的新兵近在眼前，而且可用，可找袁世凱借兵。”
劉光第對此舉表示懷疑，諷刺康有爲說：“袁世凱平日以李鴻章的學生自居，而且他的手下新兵，多是李經述的舊部，皇上前些日子罷免了李鴻章的總署衙門大臣之職，袁世凱能爲皇上效力？”
康有爲說：“此一時彼一時也，袁世凱是武官出身，進京勤王乃是天經地義的事！事情成了，皇上可保他榮華富貴。你有更好的辦法嗎？我們不如建議皇上馬上接見袁世凱，給予厚賞，拉攏他，他是李鴻章的人，太后也不會警覺，正好大事可成。袁世凱這個人，對維新變法不也很熱衷嗎？前些日子他還託人來說想加入強國會。”
劉光第有點鄙視康有爲說：“你這大聖人，不是沒讓袁世凱參加強國會嗎？現在臨時抱佛腳有用嗎？”
康有爲說：“可讓皇上召見袁世凱，許以高官厚祿。袁世凱必能爲我所用！我聞袁世凱非常貪婪。”
劉光第還是覺得此方案不妥，引兵入京成不成都是謀逆的大罪。
這時，楊銳站起身說：“大家別吵了！事到如今，只好死馬當成活馬醫了，沒有其他辦法，我去天津試試請袁世凱出兵。”
於是，楊銳帶着康有位勤王的主意去回覆光緒皇帝，光緒皇帝便下旨，急詔袁世凱進京覲見。
兩天後，袁世凱剛從練兵場回到天津官邸，就收到了光緒皇帝的急詔，讓他進京面聖。袁世凱感覺事關重大，拿着聖旨去見李經述，李經述一看這聖旨是明詔，道：“康有爲這幾人真是愚蠢透頂，這時明詔你這樣握有兵權的將領進京面聖，太后和榮祿必然會有所警覺。”
袁世凱道：“卑職也是這麼想的。但現在皇上畢竟還在位，如若不去見他，豈不是抗旨不尊？老弟，你快給俺出個主意。”
李經述問袁世凱：“你真不願進京面聖，這可是千載難逢的機會呀！”
袁世凱笑道：“老弟切莫取笑俺，這前面明明是一個火坑呀，康有爲等人是想把俺袁世凱推到火坑裡。”
“哦，還算你聰明。”李經述道：“他們正想拉你去趟這渾水呀！你若去了，就進退維谷，不救皇上，會落個千古罵名；進京勤王，更是以卵擊石，聽說榮祿不僅戒嚴了京城，還將天津到北京的鐵路也控制了，在沿路佈置了重兵。”
袁世凱聽說榮祿不僅戒嚴了京城，還在天津到北京的鐵路沿線佈置了重兵，嚇出了一身冷汗，問李經述道：“老弟可有兩全之策？”
李經述想了想，對袁世凱說：“你去見一個老朋友吧，或許他能幫上忙。”
袁世凱問：“誰？”
李經述說：“英國新任駐華大使朱爾典，他經常跟我提起你，你們應該在朝鮮就認識吧，他很欣賞你，說你們是好朋友。”
朱爾典原來是英國駐朝大使，當時袁世凱在朝鮮，跟他有一些交情。袁世凱問道：“找朱爾典能幫什麼忙嗎？”
李經述說：“過幾日，有三艘英艦要到天津港訪問，你去和他交涉，請朱爾典發電報給總理衙門，裝作干涉中國內政的姿態，同時讓英艦在大沽口附近遊弋，但不要靠岸。這樣你就可以英軍來犯爲名，奏請太后，留守天津，太后也不希望看到你此時入京，必然應允。”
袁世凱聽了這辦法，喜笑顏開，撲通一聲就跪在地上，對李經述謝道：“老弟，你這是救了俺一命。今後有什麼需要俺袁世凱效勞的，萬死不辭！”
李經述扶起袁世凱，拍了拍袁世凱的肩膀，笑道：“袁大人請起，你可要記住今天的話！”