到1899年，世界主要強國陸軍兵力的人數還是俄國最多，高達116萬人，當時法國陸軍只有71萬人，英國只有62萬人。雖然人數並不決定戰鬥成敗，而且中國的新軍武器也比較先進，還有近百輛原始坦克，但要徹底征服俄國一百多萬陸軍，不是那多容易，李經述決定一邊跟俄國的革命者聯繫，搞亂俄國，一邊
先進行國內的訓政改革，等待合適的時機。
在李經述的第一個任期內，梁啓超、嚴復等人都覺得鬆散的聯邦制將使國家軟弱可欺，支持中央集中權力，各省的民政長也都由北洋將領兼任，除了張之洞、劉坤一、王韶文控制的七個省外，所有內地省份都被李經述控制了。作爲一個具有現代思想的人，李經述推崇嚴格的管理手段和行政法規，強調官場紀律，規整政府機構，任用自己認爲可靠的人，並且把國內的穩定放在首位，不顧一切要消除不可預料的事情的強烈慾望，有時候讓人望而生畏，這很容易讓人誤以爲李經述熱衷於貪求不受道義制約的個人權利，成爲中國實質上的“皇帝”。
各省越來越多的人也對北洋將領的軍政獨裁造成的腐敗表示不滿，李經述懲一儆百。先是革掉張勳的雲南省都督一職，將他手下的三十個營裁撤到三個營，調往徐州駐防，開始由軍政階段往訓政階段轉變。
李經述野心勃勃。堅持通過復興會建立一個強有力的中央政府，控制軍隊和報紙輿論，他認爲這最適合中國的國情。而貨幣改革的順利進行、戰敗日本和西班牙，也正說明了這一點。
等到1899年過完春節，李經述邁出了全國訓政的第一步，頒佈了總統一號令，在削弱各省都督權力的基礎上，加強各省的民政長官的權力，宣佈由各省的民政長官主管省內稅收和縣知事的任免，各省都督不再參與民政事務。李經述還讓吏部選拔稱職的文職官員，特別是對縣知事一級的人選，考試的內容不再是四書五經，而是行政法規和一般的知識，十萬人在北京參加考試。
通過一系列強有力的改革，在這場整肅官場的運動中，中央的權威大大加強，地方對中央政府的指示也落實得很快，國會很快通過了新的《刑法》、《民商法》、《行政法》。此時，中國義務教育普及到小學階段，農村很多地方都開了夜校，文盲越來越少，加之中國人本來就有“萬般皆下品惟有讀書高”的傳統觀念，全國高等的學堂發展到一千多少所，城市裡的青年學生達到五十多萬人，成爲不可忽視的一個階級。
李經述通過復興會的《中央日報》、《華報》、《申報》等報紙向全國闡述了什麼是真正的自由、平等：今天婦孺嘴上都知談平等一詞，而平等只是在法律面前人人平等，並不意味着行政等級之分應予取消或者每個人都是一樣的，並不意味着個人皆可否定法律，自立準繩，或者在經濟上人人均等。自由是另一華麗的現代詞，但它是限制在法律範圍之內的，在此範圍之內人是自由的。不受限制的自由，這個東西是不存在的。法律的最高目標，是保障自由，正所謂法無明令則政府不禁止。共和也是一個雅緻的詞，但洋人對這個術語的理解，是在國內有普遍的發言權，而不是全民都必須干涉政府的行動。這種干涉除了造成混亂之外，還可能造成什麼結果呢？至於民權這個術語，除了選舉總統的最高特權外，它還包括代議權、選舉權、監督權，但切不可理解爲民衆直接處理行政。
第二共和國的政治體制是在中央政府直轄之下、實行以行政長官爲核心的行政主導、行政與立法既相互制衡又互相配合、司法獨立的政治體制。這一表述也可以簡明扼要地概括爲以行政長官爲核心的行政主導體制。政治體制既沒有照搬西方的政治體制，也沒有照抄其他亞洲國家和地區的政治體制。
總統在整個政治體制中處於核心位置，這是第二共和國行政主導體制最大的特徵。根據憲法的規定，總統具有雙重身份，既是國家的首長，也是軍隊的首長，同時對中央人民政府負責。總統具有超然於行政、立法和司法三個機關之上的特殊法律地位，處於特區權力運行的核心位置。
而且行政管理權相對於立法權處於主導地位，內閣政府的行政管理權涉及社會政治、經濟、文化、民生等方方面面，關係到國民的衣食住行，相對於立法權涵蓋面更大，影響更直接，作爲更主動。不過講行政主導並不意味着行政管理權獨大，不是說立法會要放棄對行政機關的監察責任，更不會妨礙立法權和司法權的正常行使。
新的政治體制又吸納了西方政治體制中行之有效的成分，特別是司法獨立、文官制度、諮詢架構等。符合中國的實際情況，有利於政府決策和施政的高效能，也有利於兼顧社會各階層的利益、保持繁榮穩定。
此時的第二共和國，經濟和國防工業迅猛發展，政權日益穩固，已經成爲亞洲第一大帝國，疆土橫跨今天的中國大陸、臺灣、琉球、蒙古國，還有越南、朝鮮、菲律賓、關島等殖民地，因災荒移民到這些殖民地去的數百萬華人，成爲當地的特權階級。中國的艦隊，成爲亞洲名副其實的第一強艦隊，排名世界第四，僅次於英國和德國、法國。
到1899年底，中國也並非就是太平盛世了，首先是俄國侵佔中國的一百五十萬平方公里的國土還未收回，尼古拉二世還覬覦東北地區，此時的香港此時還未迴歸，1842年8月29日清政府與英國簽訂不平等的《南京條約》，割讓香港島給英國，1860年10月24日：中英簽訂不平等的《北京條約》。割讓九龍半島界限街以南地區給英國，香港處於英國的殖民統治之下，澳門還在葡萄牙人手裡，各國在中國的租界仍然存在。但比這些問題更可怕的是：執政的復興會派系漸生。比如李鴻章原來的老部下在改革中利益受損，他們以李經方爲首，形成了一股強大的勢力“李黨”；以容閎爲首的留洋勢力，追求美國式的民主和共和，構成“洋黨”；以中央組織部長席家銘爲首大財團、商人組成“席黨”，以徐世昌、袁世凱爲首的北洋軍官組成的“北洋黨”。礙於復興會主席李經述的巨大權威，他們的矛盾纔沒激化，表面上才相安無事，但暗地裡各種權力的爭鬥，讓李經述很惱火，他努力平衡着各方的勢力。
還有，不受制衡的權力必然導致腐敗。正所謂“哪裡有專制，哪裡就有腐敗”，執政的復興會腐敗問題，也同樣困擾着李經述；還有席氏家族的勢力日益增大，席加掌控的商業帝國，控制了中國一半的對外貿易，富可敵國，也引起很多人的不滿。另外，在教育總長嚴復的倡導下，全國一千多所大學堂實現“教授治校，學術自治”，思想空前活躍，比如三十一歲的蔡元培，就擔任北京大學堂的校長，開“學術”與“自由”之風。各種思潮在社會上涌現，無政府主義、自由主義、傳統文化等興起了，很多人無所適從。
這些都是現實的問題，李經述面臨巨大的挑戰，他逐漸意識到，如果此時越過訓政改革，搞所謂的“民主”，國家會動亂，他決定延長訓政的時間，一步步搞改革。此時由於國家教育的大發展，報紙的發展，讓白話文迅速在全國推廣，傳統道德觀念和現代民主觀念的衝突也逐漸顯現，復興會的思想也開始混亂，李經述思考再三，決定將傳統文化取其精華，棄其糟粕，和現代的民主自由文化相結合，在全社會提倡一場浩浩蕩蕩的新文化運動，提倡新的文化和價值觀的“新文化運動”。
李經述與嚴復、梁啓超、李提摩太，甚至康有爲等各界文化人士座談後，集結衆人的智慧，於1900年1月1日，在復興會的《中央日報》發表了後來轟動中國和世界的“千年講話”，採用“訓言”和“故事”相結合的方式，開啓了中國“新文化運動”的高氵朝，這篇講話的主要內容如下：
一、忠勇爲愛國之本。忠勇，乃是最高貴的愛國精神，故事：曾國藩忠心報國，救萬民於水火。昔者曾文正公，身體力行，不苟且、明是非、辯榮辱，湘軍將官中多正人君子。選的官多是忠勇血性的儒生，選的兵多是淳樸耐勞的農民，這些人以忠勇爲愛國之本，強烈的信念精神，才脫穎而出，安邦定國。
二、守法爲公民之本。法律乃是治國之根本，中國古代就有“王子犯法庶民同罪”的法理觀念，復興會雖然是執政黨，但是黨紀不能代替國法，每一個黨員，要帶頭守法，不管是誰，職務有多高，觸犯了國法，就得交由法院審判。故事：包青天的龍頭鍘、虎頭鍘、狗頭鍘懲奸除惡。
三、私產爲立身之本。田地房屋等私有財產，是每一個社會人的立身之本，神聖不可侵犯。有了財產，民衆纔有尊嚴和權利可言，社會纔會有進步。政府和軍隊的任務，就是要以國家之強制力，保護私人財產。
四、孝順爲齊家之本。中國的孝道，早已超出了家庭範圍，有家纔有國，不管世界發生任何改變，不管一個人取得多大功名，孝道都不能改變。中國的“老吾老以及人之老，幼吾幼以及人之幼”，乃是世界上最普世的價值。不孝順父母的人，豬狗不如，萬人唾棄！對於孤寡老人，中央政府將統一建養老院，國家供養，這也是最大的民生主義之一。故事：親嘗湯藥、臥冰求鯉、行佣供母、虞舜孝親等歷史典故。
五、崇尚科學爲濟世之本。中國人自古有修身齊家治國平天下的豪情，但是過於空洞地研究修身之道，現代是科學的時代。我們必須學習世界上先進的技術，搞發明創造，來強大中國的工業基礎，出口中國的商品。故事：李鴻章領導的洋務運動。
六、誠信守約爲立業之本。“人而無信不知其可”。誠信守約。乃是經商的第一要義，古今中外。概莫能外。要想發展工商業，非守信用不可，這樣的公司才能做大做強。以前中國人的商業交易，往往沒有契約。但是一諾千金，我們中國人自古以來就提倡誠信。故事：商鞅變法，徙木賞千金。
七、禮義廉恥爲立身之本。孔子說，“居處恭，執事敬，與人忠”，這恭、敬、忠三字。就是禮的要素。禮義爲治事之本。中國的“禮”，就是接人待物的文明道理，“文質彬彬然後君子”，廉潔奉公是對從政者的底線要求。故事：孔子制禮樂。
八、服從組織是負責之本。根據復興會民主集權制的原則。在本黨政策討論階段，是民主的，人人可以發表意見，民衆可以自由討論，但一經形成決議，在執行階段，必須一致行動：個人服從組織，少數服從多數，下級服從上級，全黨服從中央。故事，國家的貨幣制度成功改革。
在訓政階段，“忠勇愛國”、“守法”、“保護私產”、“孝順”、“科學”、“誠信守約”、“禮義廉恥”、“服從組織”這些基本的思想共識，繼承了傳統，又吸收了西方文明的思想成果，被複興會確定爲全社會的核心價值觀，復興會的中央宣教部制定成小冊子，每個復興會員人手一冊，在全國的中等和高等學堂組織學習，全國的報紙大力宣傳符合這些共識的典型事例。
這些核心思想和復興會的“民族獨立”、“民族商業”、“民權”、“民生”的“四民主義”一起，成爲訓政階段的中國的主流思想。在這一階段，全國的農民基本實現了“耕者有其田”，經濟也進一步發展，到1900年底，中國的經濟總量甚至趕上了俄國，李經述的第二共和國的政權日益鞏固。
此時，李經述便把自己的主要精力，放在國防工業部研發新型武器和擴軍上，以便收復被俄國佔領的國土！