移宮案獲勝後，東林黨人再次掌握了政治的制高點，泰昌以來東林黨人崛起的態勢得到延續並進一步發展，在天啓初年達到如日中天的盛況。
此時國家正值多事之秋，努爾哈赤利用明朝世代更替，政局不穩的機會發起新一輪的攻勢，攻陷遼瀋，進佔河東，遼東形勢焦頭爛額。
面對危局，掌握實權的東林黨人並未在挽救國家危亡上提出什麼有見解的主張，而是以“三案”爲磚頭打擊政敵，致力於報仇雪恨，掀起了鬥爭的新**。
天啓二年（1622年）二月，東林黨人王之寀上《復仇疏》，首次將三案相提並論，翻歷史舊賬，進行政治清算。
四月，禮部尚書孫慎行追論紅丸案和移宮案，彈劾非東林黨的首輔方從哲，指責方從哲在紅丸案中庇護獻藥的李可灼，在移宮案中偏向李選侍，故意延遲移宮的時間。
天啓將此疏交由廷臣討論，此時東林黨人佈列朝堂，共有一百一十多人認爲方從哲有罪，只有廖廖數人庇護方從哲，沒有加入到牆倒衆人推的行列。
然而方從哲這堵牆不是一般的結實，作爲官場老油條，方從哲的哲學就是明哲保身，老方一直從事這個哲學，故名方從哲。
他做事八面玲瓏，到處和稀泥，比泥鰍還猾，在紅丸案和移宮案中，他的表現雖然與東林黨不同步，但也沒有逆勢而上，而是處處遷就，談不上有什麼過失。
但是東林黨人認爲他佔據着首輔的位置，卻是個異類，存在就不合理，因此必欲除之而後快，自從泰昌以後，他就坐在了馬蜂窩上。
由於方從哲包漿比較好，天啓並沒有從他身上發現什麼瑕玼，東林黨人對他的指責都經不起推敲，儘管是千夫所指，天啓並沒有怪罪方從哲，沒有按照東林黨人的要求將方從哲罷免，僅是對李可灼和崔文昇進行了處分，東林黨人驅逐方從哲的目的沒有達到。
厚臉皮的方從哲屢劾不去，像是一個政治不倒翁，在東林黨人的包圍中，苦苦支撐着最後一個豪華的茅坑，決不讓東林黨人佔着打屎放屁。
方從哲雖然安然無恙，但是“三案”的最終解釋權仍然掌握在東林黨人的手中，關於“三案”的官方結論，是依據東林黨的觀點做出的，體現在以葉向高爲總裁編寫的《光宗實錄》中，形成了“關於若干歷史問題的最終決定”。
然而這些決定並不是最終的，僅僅是一個開始。
隨着時間的流逝，敵我陣營發生了一百八十度的大轉彎。天啓帝對東林黨的態度悄悄地發生了變化，由最初的感激逐漸變爲厭惡，進而疏遠。
與此同時，最初站在李選侍一邊的魏忠賢卻投向天啓帝，獲得了天啓的信任，很快成爲天啓的親信太監，天啓疏遠東林的同時，更加倚重魏忠賢，許多重要的政務，都交由魏忠賢處理，雙方之間的關係達到了“你辦事，我放心”的程度。
以楊漣、左光斗爲代表的東林黨人對於這種轉變非常不滿，而天啓對東林黨的種種表現也非常不滿，開始磨刀霍霍。雙方處於攤牌的邊緣，矛盾一觸即發。
楊漣等人對於面臨的危險有所察覺，但卻誤判形勢，他們以爲天啓仍是移宮時的那個易於操控的花季少年，沒想到僅僅幾年的時間，這隻小花貓己經成長爲一個吃人的老虎，操控小花貓是輕而易舉的事情，但是要想操控老虎，可能要付出生命的代價。
楊漣等人爲了阻止被邊緣化的趨勢，重新奪回天啓，發動了對魏忠賢的攻擊。
他們奮三朝之餘烈，發揚移宮精神，傾力一搏。
結局我們前面己經說過，楊漣等人付出生命代價，東林黨也遭到毀滅性打擊。
東林黨人對“三案”做出的結論，也必將推倒重來。
天啓五年之後，反對東林黨的官員開始重新定義“三案”，掀起了一股翻案風。
天啓五年二月，御史楊維垣首先上疏爲梃擊案翻案，他認爲張差是真的瘋癲，攻擊王之寀在此案中“不但無功，而且有罪”，認爲他的腦袋都不足以贖回他的罪過。時任刑部侍郎的王之寀應疏落馬，被革職爲民。
四月八日，給事中霍維華上疏系統評論“三案”。
對於梃擊案，霍維華認爲萬曆雖然在冊立太子這個問題上有些遲緩，但是對泰昌始終關愛，如果想廢太子的話，可以在深宮中採用多種密秘手段，用不着使用瘋癲的張差。
對於紅丸案，霍維華認爲孫慎行借題發揮，編造泰昌被毒死，誣告方從哲弒逆，實屬罪大惡極。
對於移宮案，霍維華認爲移宮本不難，而王安和楊漣等人故意把這件事搞得很難，之所以這麼做，目的就是加重李選侍的過錯，以放大自己擁戴皇帝的功勞。
天啓看了霍維華的奏疏，給予四個字的評價：“一字不差”。
經過一段時間的醞釀，天啓六年正月，天啓頒旨命史臣編輯《三朝要典》，對三案進行翻案。六月分正式完成定稿，全書共二十四卷，首輔顧秉謙代天啓帝撰寫了序言，以表明此書爲皇上“欽定”。
《三朝要典》對三案的蓋棺定論爲：
關於梃擊案，定性爲“王之寀開釁骨肉，爲誣皇祖（指萬曆），負先帝（指泰昌）。”
關於紅丸案，定性爲“孫慎行創不嘗藥之說，妄疑先帝不得正其終，更附不討賊之論，輕詆皇上（指天啓）不得正其始，爲罔上不道”。
關於移宮案，定性爲“楊漣內結王安，故重選侍之罪，以張翊戴之功。”
《三朝要典》頒佈以後，又對《光宗實錄》進行修改，凡是關於三案的內容，都按照《三朝要典》的結論進行改正。
十年河東，十年河西。三案當事人的命運也都發生了戲劇性的變化。
天啓五年（1625年）四月，因進獻紅丸被髮配充軍的李可灼免戍。
天啓七年（1627年）正月，掌管御藥的太監崔文昇被任命提督漕運、河道。
王之寀被革職後，又被人彈劾下獄，於天啓七年（1627年）四月死於獄中。
孫慎行也被人彈劾，被判到寧夏充軍，不過他命還算好，還沒來得及出發，就趕上天啓死去，崇禎上臺，他因此得以赦免，逃過一劫。
至此，關於“三案”的若干歷史問題似乎可以劃上句號了，但事情並非如此，用不了多久，一切都將“試看天翻地覆”。