萬曆三十七年,東林黨人和非東林黨人的鬥爭從幕後走上臺前,從暗鬥發展到明爭,雙方開始在朝堂上展開惡鬥。
這年二月,御史鄭繼芳彈劾戶部給事中工科右給事中王元翰侵佔公私財產,“奷贓數十萬”。王元翰曾上疏要求起用顧憲成等被罷免的十多名人士,被認爲是東林黨人,這是他被攻擊的真實原因。
鄭繼芳在上疏的同時,暗中派人對王元翰家進行監視,主要觀察哪些東林黨人與王元翰往來並防止轉移財產。王元翰悲憤不己,把家裡的箱子、櫃子全部擡到朝廷門口,讓士兵搜查,然後慟哭辭朝而去。
非東林黨人小試牛刀,幹掉了王元翰這個小蝦米,於是乘勝追擊,屠刀舉向了東林黨的大魚淮撫李三才。在東林黨的反對者後來編寫的《東林點將錄》中,李三才名列第一,超過老資閣的首輔葉向高,被稱爲託塔李天王,可見他是一個不同凡響的人物。
李三才比較有政治手腕,好玩弄權術,擅長拉關係。史書上說他“才大而好機權,善籠絡朝士,撫淮十三年,結交遍天下。”共同的興趣愛好使顧憲成與李三才走到了一起,兩人私交甚厚。
萬曆三十二年八月,顧憲成專程赴淮安找李三才“商議國事”。李三才也爲了顧憲成復出奔忙。萬曆三十五年七月,他上疏建議啓用被廢棄的官員,其實就是爲顧憲成跑官要官。
李三才幹着漕運總督的肥差,兜裡向來“不差錢”,生活很奢侈,但在生人面前卻裝得很樸素,以示清廉。有一次他宴請顧憲成,開始雙方還不是很熟,飯桌上只有三四個青菜。經過一天暢談“國事”,雙方很投機,引爲同志。第二天,李三才再次宴請顧憲成,山珍海味上了一大桌子。顧憲成很奇怪,問道:“昨天就幾樣青菜,今天怎麼這麼豐盛呀”,李三才笑着說:“昨天沒東西,就上得少,今天偶然有點東西,所以就上得多”。
內閣首輔朱賡退休以後,一直找不到合適的繼任人選,萬曆想讓王錫爵復出任首輔,於是派人請他出山,同時給他出了一道考題,題目是:如何對付強悍的言官。年己七十四歲的王錫爵不想再出來招惹是非,十分猶豫,但是對於皇上出的考題,他還是作出了答覆,他的答案是:一概留中不發,就當是禽鳥之音。爲了防止泄密,王錫爵派自己的家人將信送到朝廷,並交待家人無論如何也不能讓任何人見到這封信。
李三才對於朝廷的動向十分關注,此次萬曆找王錫爵的事情被他得知,雖然他與王錫爵有師生之誼,關係曾經很密切,但政治上卻不是一個派系,因此他不希望王錫爵成爲首輔。爲了弄清王錫爵給萬曆覆信的內容,李三才心生一計。
當信使路過淮安的時候,李三才以敘舊爲名請他吃飯,由於是老相識,信使也沒有在意,於是欣然赴會。在飯桌上李三才頻頻勸酒,將信使灌醉,然後打開他隨身攜帶的箱子偷看了信件的內容。
信使走後,李三才便將信件的內容透露了出去,鐵齒銅牙的言官們聽說王錫爵將他們比作禽鳥,怒火萬丈,對王錫爵進行了大規模的口誅筆伐,信使還沒有走到京城,彈劾王錫爵的奏疏己經堆滿了萬曆的御桌。
萬曆對此事並不在意,依然堅持起用王錫爵,然而本來就猶豫不決的王錫爵十分受傷,他無論如何也不願赴任,甚至連信也不敢再給皇帝回,這樣,王錫爵任首輔的事就不了了之。
萬曆三十七年,內閣缺人。有人建議內閣不應當只用翰林,應當結合地方官員,意在讓李三才入閣。李三才作爲東林黨的骨幹,一旦入閣,將對非東林黨人構成很大威脅,因此非東林黨的官員將其列入黑名單,作爲定點清除對象。
其時東林黨人員還比較隱蔽,藏在暗處。非東林黨官員推測,如果攻擊李三才,東林黨人必定上疏申救,這樣就會使東林黨人浮出水面,暴露身份,從而一網打盡。
議定以後,非東林黨人開始引蛇出洞,發動了一場圍點打援的戰役。
工部郎中邵輔忠打響了第一槍,萬曆三十七年(1609年)十二月,他參論李三才大奸似忠、大詐以直,實際上是一個貪婪、虛僞、陰險、霸道的小人。餘黨紛紛跟進彈劾,火力很猛。
東林黨人不知是計,給事中王紹、馬從龍、御使董兆舒等“交章論救”。連身居家鄉的顧憲成也憋不住親自出馬了,他寫信給大學士葉向高、吏部尚書孫丕揚,爲李三才辯護,御使吳亮還將顧憲成的來信“附傳邸報中”。
非東林黨人看到東林黨人勢力如此之大,唏噓不己,火力進一步加大。
由於雙方參與的人員越來越多,論戰不斷升級,李三才事件逐漸發展成爲東林黨和其反對黨之間的第一次大對決。
顧憲成實在是幫倒忙,御史徐兆奎攻擊朝廷內有許多官員與削職爲民的顧憲成勾結一起,結成東林黨,以至於顧憲成以在野之身,遙制朝政。這樣,東林黨的問題公開化,對東林黨人更加不利,最終李三才被免職。
李三才被幹掉之後,東林黨人和非東林黨人繼續以京察爲主要戰場,進行惡鬥,雙方狗咬狗,一嘴毛。
雖然東林黨人有大學士葉向高的支持,取得了一些局部勝利,但從大勢上看,東林黨並不得人心,逐漸式微,到萬曆四十二年葉向高離職後,非東林黨人的勢力徹底壓倒了東林黨人。到了萬曆四十五年,浙黨首領方從哲當上了內閣首輔,這一年的“京察”中,東林黨人受到很大的打擊。