千古奇冤，
東江一毛；
同室操戈，
相煎何急。
袁崇煥在遼東統一事權，並與後金進行秘密通信之後，緊接着幹了一件震驚中外的事情——誅殺毛文龍。
自從遼東有事以來，從軍就成爲一個高風險、高回報的行業。
如果幹得不好，就會身敗名裂，甚至性命不保，因此很多人都畏葸不前，唯恐避之不及，特別是一些身居高位，將要退休的領導，幹得好也提拔不了多少，幹不好可能身家性命都保不住，因此不願冒這個風險。
但對於年輕的、職務低的人來講，從軍就是一個獲得快速提拔的好機會。比如袁崇煥，1622年從軍前只是一個七品芝麻官。到遼東先後任正六品主事、正五品僉事、正四品兵備道，仗還沒打就連升三級，1626年寧遠戰役後任正三品的遼東巡撫，一年一個臺階，此次復出後任成爲正二品的督師。這哪是坐直升飛機呀，簡直是坐火箭。
坐火箭上來的還有毛文龍。毛文龍是杭州人，早年生憑不詳，後通過其舅沈光祚介紹給遼東巡撫王化貞，在其手下任職。當時遼東己經落入努爾哈赤手中，努爾哈赤在遼東實行高壓統治，遼東人民奮起反抗。
王化貞利用遼東人民對後金的不滿，派毛文龍到遼東收集流民，策動組織反抗後金的活動，創建敵後抗金根據地，開展游擊戰爭。
毛文龍具有較強的生存能力和組織能力，他白手起家，在敵佔區和敵後方親冒矢石，無中生有，取得了不俗的成績，把白區工作搞得有聲有色。
1621年5月，毛文龍奉命率軍丁200餘名到遼東發展，7月毛文龍帶領新舊家丁、屯民等偷襲後金鴨綠江邊的鎮江堡成功，活捉後金守將佟養真。
王化貞十分欣喜，提請朝廷任命他爲副總兵，命他鎮守鎮江。此後，湯站、險山一帶的城堡相繼降明，方圓數百里內望風歸附。
毛文龍的活動引起了後金的注意，努爾哈赤派阿敏、皇太極帶兵往攻，毛文龍抵擋不住逃入朝鮮境內，阿敏率軍追入朝鮮，明軍損失慘重，毛文龍僅以身免。後朝鮮害怕毛文龍引火燒身，將其驅逐到鴨綠江入海口附近的皮島，明朝稱之爲東江。
皮島位於山東、遼東和朝鮮之間，戰略位置重要。毛文龍到皮島後，召集流民，創建部隊，發展生產、籌備器用、開展貿易，將皮島建設成爲敵後抗金根據地，明朝因此提拔他爲平遼總兵，人稱“毛帥”。
1623年毛文龍率部將張盤等攻下金州，朝廷提拔他左都督掛將軍印，賜尚方寶劍，設軍鎮於皮島，號“東江鎮”。毛文龍以皮島爲根據地不時對後金發動小規模進攻。
毛文龍雄踞皮島以後，受到了很大的爭議，有冒功的嫌疑，但毛文龍無疑是功大於過，其在皮島上的作用最少有兩點：
一是存在即威脅。因爲皮島嶼在後金的後方，後金在採取軍事行動時不得不有所顧忌，從而起到牽制的作用。
二是爲遼東人民提供避難所。正是因爲有了這個去處，遼東人民能大量逃亡。人口對後金來講是戰利品，沒有人口，也就無人從事生產，土地荒蕪。
崇煥在上任以後就開始精心策劃，認真組織除掉毛文龍。
他首先從經濟上卡毛文龍的脖子。一是實行海禁，不許登州、萊州通往東江的私船出海。
二是控制毛文化的糧餉、軍械。凡是朝廷運往東江的物質，都必須受薊遼督師衙門的節制、轉發與覈查，運送路線不再由登州、萊州直接運往東江，改爲由山海關起運至寧遠近海的覺華島，經督師衙門掛號，再轉運至東江。
這樣一來，袁崇煥控制了毛文龍糧餉裝備供給渠道，而且切斷了他海上貿易的命脈。
對此，毛文龍也做出了激烈的反應，他向皇帝上疏說：這是“攔喉切我一刀”。他以島兵譁變相威脅索餉，並謀劃派兵到登萊搶劫。另一方面，他親自到這寧遠去參見袁崇煥，希望能夠改善與袁崇煥的關係。
袁崇煥在寧遠會見了毛文龍，出於種種考慮，他並沒有在自己的地盤上殺毛文龍，爲了顯得光明磊落，也爲了防止島內發生動盪，他決定在皮島誅殺毛文龍，於是他以檢閱東江官兵的名義，和毛文龍約定在雙島再次會面。
5月25日，袁崇煥從寧遠出發，走水路於29日到達雙島。毛文龍也從皮島趕來迎接，6月1日，雙方在袁崇煥的督師船上進行了會晤，此後雙方進行了幾天的交談，袁崇煥提出了許多節制東江、統一事權的想法，毛文龍均予婉拒。
袁崇煥勸毛文龍解甲歸田，他說：“你在邊塞辛苦這麼多年了，你老家杭州西湖是個好地方，不如回家享享福吧。”然而毛文龍並不接受這個建議，他說：“我早有這個想法，但我有滅後金的辦法，滅了後金，朝鮮文弱，可以襲而有之。”袁崇煥說：“朝廷沒有那麼長遠的規劃，應該有人能夠代勞。”毛文龍說：“在這個地方誰能代替得了我？”雙方不歡而散，於是袁崇煥決心除掉毛文龍。
6月5日，袁崇煥傳令在島上舉行射箭比賽，優者給賞，隨行參將謝尚政號令各營兵四周擺圍，將毛文龍及其隨行部將與士兵隔離開，然後將毛文龍及其部將召入帳中，當着毛部將的面，突然翻臉，將毛文龍逮捕，宣佈了毛文龍的十二條罪狀，然後拿出尚方寶劍，說道：“皇上賜尚方劍正是爲此”，然後令旗牌官張國柄用尚方劍將毛文龍斬於帳前。
袁崇煥殺毛文龍這件事，在當時和現在，都是一件令人詫異的事情，許多人認爲袁崇煥殺毛文龍的理由不充分，是自毀長城，這種看法不無道理。這也是後來崇禎皇帝殺他和人們反對他的一個重要原因。
袁崇煥給文龍列的罪名有十二條，這些罪名大多不符合事實，有些是通病，有些微不足道，都不能作爲誅殺大將的理由。我們來逐條駁斥：
一、九年以來，兵馬錢糧不受經略、巡撫管核；——毛文龍孤懸海外，有許多困難，經略巡撫鞭長莫及，後勤有一定獨立性，有其特殊原因。
二、全無戰功，卻報首功；——“全無戰功”不符合事實。“卻報首功”，袁崇煥在寧遠戰役中造成覺華島傷亡巨大還報功受賞。
三、剛愎撒潑，無人臣禮；——吹毛求眥。
四、侵盜邊海錢糧；——有過登陸登萊搶掠，這主要是對袁崇煥實行海禁的抗議。
五、自開馬市，私通外夷。——這事袁崇煥後來幹得比誰都歡。
六、褻朝廷名器，樹自己爪牙。——袁崇煥督師用祖大壽、何可綱都是自己人。
七、劫贓無算，躬爲盜賊；——言過其實，扣屎盆子。
八、好色誨淫；——作風問題是通病，不只是毛文龍有這個問題。
九、拘錮難民，草菅人命；——事實上皮島收集難民，爲難民提供了避難所。
十、交結近侍；——袁崇煥在寧遠爲魏忠賢建祠。
十一、掩敗爲功。——毛文龍多次襲擾後金，有牽制之功。
十二、開鎮八年，不能復遼東寸土。——包括袁崇煥在內的督撫沒有一人復遼東寸土。
通過分析我們可以看出，不能說毛文龍一點毛病沒有，但是罪不至死。袁崇煥對毛文龍的過錯無限放大，對毛文龍的功勞卻絕口不提，只看一面，不看另一面，完全是“欲加之罪，何患無詞”的做法。
袁崇煥殺毛文龍後，對其部下進行了安撫，改編了東江軍隊，分四協，分別由毛文龍子承祿、旗鼓中軍徐敷奏、遊擊劉興祚、副將陳繼盛統轄。陳繼盛代管東江一切事權。
第二天，袁崇煥爲毛文龍舉行祭禮，在他的靈柩前說：“昨天我殺你，是朝廷大法，今天我祭你，是我輩的私情。”
辦完這些事情之後，袁崇煥揚帆起錨，啓程返回寧遠。