東林黨在萬曆末期式微後，暗中結交太子朱常洛，把希望寄託在太子身上，萬曆四十八年七月二十一日，萬曆駕崩，改朝換代給東林黨帶來了新的希望。
在萬曆病重期間，東林黨人給事中楊漣，御史左光斗擔心皇位繼承出問題，比太子還心急，多次催促首輔方從哲入宮打聽消息，甚至要求方從哲夜宿內閣以防變故。
過了兩天，方從哲帶廷臣到皇宮問候，此時萬曆病情危重，太子在宮門外俳佪，沒有被召見，楊漣、左光斗見此情景，擔心有變，派人傳話給太子的親信太監王安，爭取讓太子進宮侍候皇上，以防不測。太子見楊漣等人如此維護自己，非常感動，不久，萬曆去世，遺詔宣佈傳位太子朱常洛。
八月一日，太子朱常洛正式即位。朱常洛繼位後，重用東林黨人，東林黨似乎又要東山再起，然而好景不長，朱常洛剛登上皇位就一病不起，一個月後去世。
朱常洛這個倒黴孩子，從小就不被父親待見，被大臣用口水託上了太子的位置上，父親偏偏又是明代在位最長的皇上，長期生活在父親的陰影裡，好不容易熬出了頭，皇帝的寶座還沒坐熱就一命嗚呼了。
他的死因，主要是因爲當上皇帝以後腐化墮落得太快，他雖然貴爲太子，衣食無憂，但是在萬曆的眼皮底下，必定受到很多約束，難得自由，當上皇帝以後，就無所顧忌，壓抑多年的慾望得到釋放，貪戀女色，縱慾過度，身體很快就搞垮了。
對於朱常洛之死，最遺憾是福王朱常洵，他一定在心裡想，早不死晚不死，當了一個月皇帝死了，要是早死一個月，皇位就是我的了。
比福王更遺憾的是李才人，如果常洛不死，自己肯定能當上皇貴妃，甚至皇后的位置也指日可待。
比李才人更遺憾的是東林黨人，辛苦經營了這麼多年，終於翻身了，本想擁抱太陽，卻迎來了流星。
嘆息之餘，東林黨人對新皇帝寄予厚望，積極運作新皇帝繼位，不過他們此時還不知道，這位新皇帝將把他們淹沒在血泊中。
這位新皇帝叫朱由校，他是光宗朱常洛的長子。
光宗臨死之前兩次召開專門會議，交待後事。他指定由朱由校繼位，並封他所寵愛的李選侍爲皇貴妃。
由於光宗後郭氏和朱由校的生母王氏己經去世，光宗最寵愛的李選侍是事實上的第一夫人，她是光宗在這個世界上最信任的女人，因此朱由校一直由她負責撫養，此次封她爲皇貴妃，實際上是讓她幫襯年輕的朱由校，以達到制衡朝臣的目的。
李選侍原本想當皇后，對封皇貴妃很不滿，不料光宗死得太快，連皇貴妃的冊封也沒有來得及進行，李選侍心有不甘，企圖“攜皇長子自重”。
而東林黨人也正計劃“攜天子以令諸侯”。光宗屍骨未寒，東林黨人和李選侍爭奪朱由校的戰鬥就打響了。
東林黨人以快打慢。九月一日，就在光宗駕崩當天，楊漣等人強行闖入乾清宮，在光宗的遺體面前行過禮後，要求見朱由校。此時李選侍將朱由校藏在乾清宮暖閣，光宗親信太監、與東林黨交好的王安出面將朱由校騙出暖閣，楊漣等人一見朱由校，立刻拉着往外跑，李選侍派太監去搶回，被楊漣等斥退。
楊漣等人將朱由校帶到文華殿，舉行了冊立太子典禮（此前朱由校還沒來得及被冊立爲太子）。禮畢，李選侍派人來請太子回乾清宮，閣臣劉一燝勸說朱由校住在慈慶宮，不要回乾清宮。朱由校聽從了劉一燝的意見，前往慈慶宮，衆人議定九月六日正式即皇帝位。
周嘉謨對朱由校說，殿下是社稷神人託重之身，不要隨便活動，更不要獨自去乾清宮哭喪，要去的話也要等大臣們到了再一起去。楊漣一再囑咐太監王安要保護好未來的皇上。王安等表示一定照辦。
朱由校雖然脫離了李選侍，可是乾清宮是皇上居住的地方，要當皇帝就必須回乾清宮。東林黨人必須再下一城，將李選侍趕出乾清宮。
第二天，東林黨人左光斗、周嘉謨上疏要求李選侍搬出乾清宮。左光斗的奏疏寫得很難聽，他說，乾清宮是皇帝和皇后居住的地方。選侍即不是嫡母又不是生母，沒有資格居住在乾清宮，不要借撫養之名，干預朝政，使武后之禍，再現於今，如果那樣的話，將來後果會非常悲慘。
左光斗將李選侍比作武則天，有兩層含義。一是武則天篡位；二是武則天**。武則天本是唐太宗的宮人，太宗死後卻成了其兒子高宗的皇后，左光斗以此影射李選侍與朱由校同住乾清宮可能會**。
李選侍看後非常生氣，幾次派人傳詔左光斗，左光斗卻不聽命，他說，我是朝廷命官，天子纔有權利召見我，你有什麼權利召見我。
李選侍更怒，派人請朱由校來乾清宮商議對策。當時朱由校己經十六歲了，基本成年，他需要獨立，不希望李選侍管着自己。更重要的是，李選侍曾欺凌過朱由校的生母王氏，至使王氏於萬曆四十七年含憤死去。因此他站在大臣一邊，不肯去乾清宮，反而要求李選侍擇日搬家。
朱常洛在臨死之前，擔心朱由校駕馭不了局面，有擡高李選侍，讓她撫養並輔助朱由校處理政務的囑咐。但同時他又擔心李選侍專權而沒有給予她皇后的名份。這樣就留下了大片的模糊地帶。李選侍名不正言不順，勢單力薄，一旦臣下抗命，將很難應付，而她手中唯一的“王牌”朱由校又嫌她多餘，不與她一世。她除了接受現實，別無選擇。九月五日，李選侍被迫搬出乾清宮，住進了宮女養老所居住的鸞宮。九月六日，朱由校正式即位。