作爲兵部尚書，楊嗣昌理應對此次虜變負責，按照先例，他應當被處死。然而崇禎僅給予他象徵性的處分，還讓他主持處分別人。
有些大臣對此很有意見，上疏請治楊嗣昌之罪，崇禎坦護楊嗣昌，爲壓制輿論，他處分了上疏的大臣，這讓羣臣更加忿忿不平。
楊嗣昌很有自知之明，屢次上疏引罪，崇禎仍持優容態度，他的內心深感不安。
不過他很快就用不着內疚了，因爲他有機會將功贖過了——張獻忠在谷城復叛，他正可以藉此機會消滅張獻忠，以此堵住悠悠衆口。
張獻忠爲什麼復叛？
許多人認爲張獻忠復叛是必然的，因爲他受撫後不解散部衆，還在谷城打造兵器，屯集糧草，儼然國中之國，所以遲早還會造反。
持這種觀點的人可以考慮以下四個問題：
一、張獻忠並沒有在清軍入寇，明朝陷入一片混亂的時候復叛，而是清軍剛剛撤離以後復叛。如果張獻忠蓄意而爲，他應該選擇在明軍最虛弱的時候行動。換個角度看，清軍撤退，恰恰是明軍騰出手來，解決歷史遺留問題的時候。
二、除張獻忠以外，其他多支中原民軍也保持了相對獨立性。這種相對獨立性，是民軍接受招撫的一個潛規則，一個隱性條件，不能簡單認爲，有一定的獨立性，就意味着心懷不軌，必定復叛。
三、張獻忠部早年曾驚鳳陽祖陵，打出“古元真龍天子” 的旗號，崇禎對此耿耿於懷。後來楊嗣昌出師平叛時，崇禎指示：獻忠曾驚祖陵，絕不可赦，其餘剿撫互用。
四、當時整個民變處於低潮時期，國內一片風平浪靜，張獻忠沒有必要冒險逆勢而上，相反，朝臣中要求突襲消滅張獻忠的聲音始終沒有停息過，清軍撤離後，明軍暗中向中原一帶移動。
綜合來看，張獻忠復叛應該不是單方面的因素，民軍有被迫的一面。
張獻忠要保持獨立性，官軍不允許其保持獨立性，務要撤底解決內部問題，不留隱患，以便全力對外，矛盾不可調和。
這是復叛的根本原因。
張獻忠是延安衛柳樹澗人，世代爲兵。和李自成一樣，張獻忠也有一個辛酸的童年。
小的時候他和父親一起到四川內江賣棗，他們趕着驢車四處叫賣，雖然當時沒有城管驅趕他們，但卻受到了當地豪強劣紳的欺負。
有一次，他們把驢拴在一個鄉紳家的石坊上做買賣，期間驢子又拉又尿，污染了石坊的柱子。鄉紳家的僕人看見了，破口大罵，給了張獻忠的父親一頓“竹筍炒肉”，並勒令他用手把驢糞捧走（令以手鞠他所）。
張獻忠見此情景，敢怒不敢言，心中暗暗發誓：我將來一定要把你們都殺死，才能解我心頭之恨。後來張獻忠入蜀，果然將內江民衆屠殺一空。
長大後，張獻忠先是當兵，後來做了捕快，一直在刀口上討生活。
崇禎三年，混不下去的張獻忠響應王嘉胤造反，在米脂佔山爲王，自稱八大王。
從“參加革命”的時間以及實力上看，張獻忠處於第一方陣的末端、第二方陣的前列這樣一個位置。
如果按照“大逆不道”、“殘忍”、“狡黠”、“破壞性”等要素來排名的話，張獻忠絕對能登上榜首。
這些要素也使得張獻忠很快就成爲民軍中的佼佼者，民軍出陝西后，他的地位僅次於王嘉胤，與闖王高迎祥等並肩稱雄。
高迎祥死後，張獻忠與曹操（羅汝才）一起成爲中原民軍中的喋血雙雄。
高迎祥、李自成等人有濃厚的鄉土情結，始終眷戀着黃土高坡，只有在不得己的情況下才轉戰中原。張獻忠、羅汝纔等人沒有這種情結，他們喜歡四處流動，以縱橫江湖爲樂趣。在羣魔亂舞的中原地區，張獻忠是跳得最歡的一個，他的身影無處不在。
到了崇禎十年左右，民軍中出現了一股反思潮，他們不再盲目流動，開始反思自己，到底要幹什麼？倒底要得到什麼？他們普遍感到了迷茫。
民軍進入迷茫期，人心思定。這是熊文燦等人招撫成功的一個重要因素。
事實上，民軍想要的是和平與自由，當然也有榮華富貴。只有割距一方，才能實現這個理想，保障“革命的果實”。因此，這一時期的民軍都固定在一個地方過日子，不再流動破壞，當然也沒有放下手裡的武器。
民軍的這種思潮對於千瘡百孔的明朝是一件好事，明朝可以藉此機會喘一口氣，恢復一些體力。
然而崇禎急於攘外，所以必須徹底安內，雙方沒有共識，再戰不可避免。
崇禎十二年五月，就在官軍舉棋不定的時候，張獻忠己透過各種管道感受到威脅，於是他殺死谷城知縣，打開監獄、釋放囚犯、掠奪府庫，然後開往房縣與羅汝才部匯合。羅汝才與張獻忠聯合攻下房縣縣城，然後率部轉入西部山區。
張獻忠造反時，在牆壁上書寫留言，表明造反的原因是熊文燦等人對其敲詐勒索，並將受賄官員的名單寫在牆上。
熊文燦自知大禍臨頭，爲了將功贖罪，不顧他人死活，逼迫左良玉入山追擊，左良玉不得己倉促追擊，結果在羅猴山被民軍伏擊，副將羅岱被俘殺，左良玉拼死突出重圍，軍符印信盡失，官軍士卒死者近萬，逃回房縣的不到一千人。
張獻忠復叛的消息剛到北京，左良玉的敗報就接踵而至，崇禎皇帝大怒，將熊文燦革職，同時將左良玉降三級戴罪自圖。
熊文燦罪有應得，但是對於左良玉來說，受到處分實在是比竇娥還冤。
左良玉早就看出張獻忠“反跡大露”，他建議熊文燦先發制人，發動突然襲擊。熊文燦擔心萬一不能戰勝，反而會逼反張獻忠，更害怕引起連鎖反應，使撫局前功盡棄，因此主張“慢慢來”。
應該說熊文燦的擔憂並非毫無道理，作爲領導，總是要考慮到責任和風險的問題，往往不求有功，但求無過，所以做事都比較慎重，熊文燦這樣的草包領導更是沒有勇氣和魄力去冒險。
但是左良玉下面的分析完全可以打消熊文燦的顧慮。
左良玉說：“不然，‘逆賊’擅長流動作戰，不擅長守城，如果出其不意、攻其不備，‘賊兵’必定會恐慌逃散，而其它部衆一時難以心齊，必定採取觀望態度，這樣就能一舉攻下谷城，擒獲張獻忠，如果錯過這個時機，後悔莫及。”
左良玉的一番分析充分證明了他是一個實戰經驗豐富的軍事家。他不僅充分了解敵我雙方的優劣，還懂得運用心理戰（造成敵人恐慌），而且擅於捕捉戰機，明瞭各種利害關係，能釐清許多似是而非的問題，直達真理的彼岸。
這正是諸多紙上談兵的文官督師所缺乏的能力。
如果熊文燦是一個有責任有擔當的領導，他就一定會聽取左良玉的意見，如果他只想做一個不求有功但求無過的太平官，他會置若罔聞。
非常遺憾，熊文燦屬於後者。他的問題不在於無知，而在於缺乏責任感。他的可惡之處也不僅僅在於缺乏責任感，而在於爲了自己的利益不顧他人死活。
老虎在籠子裡的時候，他不讓左良玉捉，縱虎歸山後，又逼着左良玉去捉。
結果左良玉沒捉着老虎，還差點把命丟了，氣正無處撒，又得了處分，這一切都是熊文燦造成的，他對熊文燦的意見大了去了。