由於生活條件的間接作用和直接作用以及由於使用和不使用所引起的變異：生殖率如此之高以致引起“生存鬥爭”，因而導致“自然選擇”、並引起“性狀分歧”和較少改進的類型的“絕滅”。這樣，從自然界的戰爭裡，從飢餓和死亡裡，我們便能體會到最可讚美的目的，即高級動物的產生，直接隨之而至。
《物種起源》的核心思想
凝視樹木交錯的河岸，許多種類的無數植物覆蓋其上，羣鳥鳴於灌木叢中，各種昆蟲飛來飛去，蚯蚓在溼土裡爬過，並且默想一下，這些構造精巧的類型，彼此這樣相異，並以這樣複雜的方式相互依存，而它們都是由於在我們周圍發生作用的法則產生出來的，這豈非有趣之事。這些法則就其最廣泛的意義來說，就是伴隨着“生殖”的“生長”；幾乎包含在生殖以內的“遺傳”；由於生活條件的間接作用和直接作用以及由於使用和不使用所引起的變異：生殖率如此之高以致引起“生存鬥爭”，因而導致“自然選擇”、並引起“性狀分歧”和較少改進的類型的“絕滅”。這樣，從自然界的戰爭裡，從飢餓和死亡裡，我們便能體會到最可讚美的目的，即高級動物的產生，直接隨之而至。認爲生命及其若干能力原來是由“造物主”注入到少數類型或一個類型中去的，而且認爲在這個行星按照引力的既定法則繼續運行的時候，最美麗的和最奇異的類型從如此簡單的始端、過去、曾經而且現今還在進化着；這種觀點是極其壯麗的。
這段優美、富有人文情懷和科學精神的文字是《物種起源》結尾的一段，它高度概括了達爾文學說的全部內涵。
“這些法則就其最廣泛的意義來說，就是伴隨着‘生殖’的‘生長’；幾乎包含在生殖以內的‘遺傳’；由於生活條件的間接作用和直接作用以及由於使用和不使用所引起的變異：生殖率如此之高以致引起‘生存鬥爭’，因而導致‘自然選擇’，並引起‘性狀分歧’和較少改進的類型的‘絕滅’。”
這一段文字講述了生物進化和多樣性的基本原因，即自然選擇，而非生物主動努力的結果。
“認爲生命及其若干能力原來是由‘造物主’注入到少數類型或一個類型中去的，而且認爲在這個行星按照引力的既定法則繼續運行的時候，最美麗的和最奇異的類型從如此簡單的始端、過去、曾經而且現今還在進化着。”
這是達爾文的另外一個思想—共同祖先學說。
1859年，《物種起源》發表之後不久，大約在15年之內，共同祖先學說已經完全被嚴肅的學術界接受。至於在學術界之外，爭論永遠會存在，就像直到今天，也會有人認爲地球不是圍繞太陽轉一樣。
但是，他的另外一個更重要思想，即關於進化的原因和基本進程的觀點卻遭到了嚴峻的挑戰。《物種起源》認爲生物進化過程是通過“客體”選擇的，和主體的努力沒有關係。
這裡面用“客體”這個詞，是因爲它更接近達爾文的本意，也更符合實際的進化規律。達爾文在用“自然選擇”這個詞時是頗費心思的，並在《物種起源》對此專門進行了解釋，他說，“選擇”一詞容易讓人誤解爲有意識的行爲，而“自然”這個詞常常會把生物之間的關係忽略掉。達爾文還多次強調，生物彼此之間的關係在進化中是一種更重要的因素。
需要說明的是，我們在這本書中出現的“自然”和“選擇”這樣的詞彙，如不另行說明，和《物種起源》中的語意是相同的，都指的是“非有意識”的挑選，也不是指大自然。
事實上，達爾文發現了自然選擇的兩種基本動因，一種就是自然環境的選擇，另外一種就是性選擇。很多鳥類美麗的羽毛或者婉轉的鳴叫，花朵漂亮的顏色等都是物種神創說的主要證據。似乎沒有什麼辦法來解釋一些對生物本身的生存而言沒有什麼價值的特徵，神創說把這種現象解釋爲花朵的美麗和鳥的鳴叫都是上帝爲其所創造的最高等的動物—人而創造的。現在我們知道造成這種現象的原因是性選擇的結果。廣義的自然選擇有“兩個兒子”，一個叫“性選擇”，另外一個也叫“自然選擇”，即性以外的自然界的選擇。在本書中，爲了區別和明確起見，我們有時把性選擇之外的自然選擇叫做“生存選擇”。
在進化的進程上，達爾文認爲是逐漸變化，而不是躍變的。在《物種起源》裡，漸變論並沒有完整的邏輯推導，在達爾文看來，它一方面符合直覺，另一方面，漸變的方法似乎是自然選擇學說的必然推論。因爲物種的變化首先是盲目的和多樣化的，毫無方向性可言。“自然在創造時是慷慨的，在選擇時是吝嗇的。”
由於變異是隨機的，所以變異中“有利”的比例非常之小，在有利之上再疊加有利，這種可能性就更小。比如耳朵和眼睛都在發生變異，只有這兩者都發生有利的變異時，纔算是對這個生物有利的變異，比如耳朵和眼睛有利變異的可能性都是萬分之一（後來證明實際上的可能性比這個還小），那麼兩者都變得更好的可能性就是億分之一。只有這種情況纔算是較大的變化，當然這種組合越多，發生的概率就越小，先變好耳朵，以後伺機再變好眼睛，這種可能性則要大得多，這種變化每次對於生物而言都是比較小的，這是一個不太精確的比方，但可以說明，這就是“漸變”的數學理由。
漸變說一直遭遇到嚴重挑戰，一方面像眼睛這樣完美的器官，通過不成熟的器官逐漸形成是難以理解的；另外一方面，像牛尾巴這種用來驅趕蒼蠅，無關緊要的器官似乎不可能決定一個動物的生死存亡，自然便不可能存在選擇這種器官的傾向。
類似的疑點非常多，儘管達爾文進行了勉強的解釋，從邏輯上看盡管沒有根本性的漏洞，卻顯得比較牽強，難以令人信服。
達爾文的邏輯
人們在探討一種學說時，總是把這種學說產生的過程和原因作爲一種副產品加以關注。一個典型的事例是，多年以後，人們還在爭論的蘋果落地和牛頓萬有引力定律的關係。
關於達爾文學說創立的原因，不管是目前主流的學者，還是對進化論略知一二的坊間百姓，都把《物種起源》的靈感和達爾文那次周遊世界聯繫起來。他們認爲正是因爲達爾文乘坐“貝格爾號”爲期5年的航行，途中所見和收集的各種標本及化石給了他關鍵性的啓發。
這種說法之所以非常具有生命力，其原因在於它看起來合情合理，無懈可擊。但是，按照達爾文自己的說法，他是受到馬爾薩斯《人口論》的啓發，才萌發了進化論的思想。
在我已開始從事有系統的探討15個月後，我碰巧爲了消遣閱讀了馬爾薩斯的《人口論》，而通過長期持續地觀察動植物習性，我已爲揭示無處不在的生存鬥爭做好了準備，此刻不由恍然大悟，在這些條件下，優勢的變異將傾向於被保留，而劣勢的變異將會被消滅。其結果將會是形成新的物種。這樣，我由此終於有了一個可用於研究的理論了。
達爾文說過，啓發他的並非《人口論》全書，而僅僅是書中的一句話，即“可以很安全地宣佈，人口在不受控制時，將每25年翻一番，或者說以幾何級數增長。”這就是所謂的“馬爾薩斯原理”。
很多人有理由懷疑這種說法的真實性，從常識推斷，這麼簡單的一句話不足以讓達爾文產生如此重要的思想。
我通讀《物種起源》，認爲達爾文的說法既非謙虛，也不是由於某種原因故意隱藏乘坐“貝格爾號”環球旅行的意義，達爾文說進化論是受到這一句話的啓發是歷史真實情況。呈幾何級數增長的傾向性和世界上各種物種數量的有限性，表明自然界的淘汰率非常高。這是“生物是首先變異的，並且是盲目的、無方向性的，最後由自然進行選擇”的數學基礎。在達爾文心目中，他可能認爲如果變異是有目的、有方向性的，就無法解釋自然界高淘汰率和物種變異速度的關係。換句話說，就是如果是爲了適應自然環境有方向性的變異學說成立，在如此高的淘汰率的情況下，生物理應進化得更快。
達爾文的所有研究都是從家養動植物開始的，《物種起源》也是從研究家養動物和植物的變異開始的。
“就較古的栽培植物和家養動物來看，把它們的同一變種或亞變種的各個體進行比較，最引起我們注意的要點之一，便是它們相互間的差異，一般比自然狀況下的任何物種或變種的個體間的差異爲大。”這是《物種起源》開頭的一句話。這麼偉大的著作卻只有一個平凡的開頭，而且用了十分之一的篇幅講述家養的動植物。同時在書中，達爾文有幾處提到了他的研究總是從家養動植物開始。