5月25日，明治天皇下令，任命乃木希典中將爲第3軍司令，出征遼東，負責進攻旅順戰役，因爲就在10年以前的甲午戰爭中，正是當時還是旅團長的乃木希典率軍在遼東半島花園口登陸，攻克金州，佔領大連灣炮臺，之後又佔領旅順，並縱容日軍造成了旅順大屠殺，死難者達2萬餘人。
甲午戰爭之後，乃木希典還擔任一屆臺灣總督，後來就一直處於休職狀態，而現在日本再次啓乃木希典，並還讓他負責進攻旅順，當然是希望借他曾經攻佔過旅順的這個彩頭。
6月1日，乃木希典從日本出發，而就在前一天，乃木希典收到了從東京家裡轉來的信，得知長子乃木勝典己戰死金州城的消息，而這時次子乃木保典也遼東前線作戰，因此乃木希典買了三口棺材隨行，以示與二子一道戰死，以報效天皇，報效日本的決心。
6月6日，乃木希典在鹽大澳上陸，同時接到自己晉升的電報。原來就在當天，陸軍侍從武官岡澤精、近衛師團長長谷川好道、第2師團長西寬二郎、參謀次長兒玉源太郎、聯合艦隊司令東鄉平八郎、海相山本權兵衛以及乃木希典共7人，同時晉升爲大將（上將）。
而就在前一天，俄國遠東司令官庫羅帕特金下令，命西伯利亞第1軍和第35師第2旅向得利寺集結，第3師向海城、營口、蓋平推進。救援旅順。日軍由第3軍負責包圍旅順，第2軍北上迎擊俄軍，雙方在6月14日在得利寺遭遇，展開激戰，6月15日，俄軍戰敗撤離。而日軍一時也無力再北進，因此雙方暫時對持起來。
6月20日，日軍成立“滿洲軍總司令部”，以大山岩陸軍元帥任總司令統一指揮各部日軍。而在此之前，華東政府催促日本確定再次舉行協商，被日本政府藉故推遲了。
但就在這時，俄國的海參崴分艦隊再度出擊，海參崴分艦隊司令耶森少將率領裝甲巡洋艦格羅姆鮑伊號、留裡克號，防護巡洋艦波卡茨裡號、萊納號，*快艇10艘南下，竟然一直穿過了對馬海峽，6月15日在下關附近擊沉貨船和泉丸號，又在對馬海峽附近擊沉了運兵船常陸丸號，船上1215名日本官兵葬身海底。而爲防止被俘，大隊長鬚知中佐等人在焚燒軍旗後剖腹自殺，而損失了送往旅順前線的18門280毫米攻城重炮。隨後又擊傷了佐渡丸號。等第2戰隊趕到附近海域時，俄艦早己全無蹤影，而海面的硝煙肖未散去，漂浮着無數死屍。
而己經取得了重大戰果的海參崴分艦隊並未回港，而是貼着本州島西海岸北上，6月16日，又在島根半島附近俘虜了一艘英國運煤船阿蘭頓號，又擊沉了安靜丸號、八幡丸號，俘虜了博通丸號，洗劫了寶德丸號、巴港丸號、新湊丸號、第9運礦丸號等小型船舶，然後才於19日回到海參崴。
這次海參崴分艦隊共計擊沉了4艘艦，俘虜2艘，洗劫4搜，日本共計損失船舶3.6萬餘噸，死傷2500餘人。而日本政府也隱瞞不了這一次的損失，因此國內頓時輿論大譁，紛紛批抨海軍未能盡責，才導致運輸船受到俄艦的攻擊，而第2戰隊的司令上村彥之丞成爲民衆們發泄怒火的對像，私邸被暴怒的民衆搗毀。
就在這時，歐洲那邊又傳來消息，原來俄國打算從波羅地海艦隊調到遠東來，增加遠東艦隊的實力。如果波羅地海艦隊真的到達遠東，和太平洋艦隊匯合，那麼俄國海軍的實力將遠凌駕於聯合艦隊之上，畢竟聯合艦隊己經損失了兩艘戰列艦。
雖然在開戰之前，日本己在英國定製了兩艘更爲強大的戰列艦香取號、鹿島號，但這兩艘軍艦要到1906年中期才能完工，遠水解不了近渴。
而這時日本政府才意識到，這場戰爭可沒有那麼容易，雖然現在日本還佔有一定的優勢，但這種優勢並不穩固，隨時都有可能翻盤，因此在這個時候還不能完全拒絕華東政府。
果然，就在這時，華東政府向日本表示了嚴正的抗議，認爲日本完全是在有意推託，沒有合作的誠意，因此拒絕再向日本提供物資。
日本政府趕忙進行協商，認爲現在雖然還不能完全拒絕華東政府，但暫時在戰場確實是佔有一定的優勢，到也用不着華東政府出兵，而且這樣拖着也不是辦法，不如和華東政府說清楚。於是日本政府通過青島領事館向華東政府解釋，不是日本有意推託，而是因爲現在的戰事太忙，抽不出時間來。並且向華東政府提議，現在的戰爭局勢，日本尚可支持，到也不用華東政府立刻參戰，不如華東政府暫時不參戰，而是全力準備，等到1905年，準備充份了之後再出兵參戰，那時華東政府也能夠確定能夠投入的兵力，這樣雙方也好協商俱體的作合方式。同時也希望華東政府能夠繼續提供物資。
華東政府協商之後，認爲日本政府的這個建議是可以接受的，而且還可以用這個藉口全力的備戰，因此也就答應下來，並且也答應仍然向日本提供物資，但要求日本履行在戰前雙方達成的協議，在雙方未能協商好聯合作戰的作合前，保障在遼東的海外華人的權益，並且有重大軍事行動前，預先通知華東政府。日本也都全盤答應下來。
協商好之後，日本政府也鬆了一口氣，總算是不用和華東政府扯皮弄筋，全力將精力都投入戰事中，進入7月，海參崴分艦隊再度出擊，又擊沉了數艘運輸船，而日本陸軍部又成立了第4軍，投入遼東戰場，並且準備分南北兩線，同時發動進攻旅順作戰和進攻遼陽作戰，力圖一舉殲滅俄軍主力。
而海軍則是左右爲難，一方面要封鎖旅順的太平洋艦隊，一方面又更應付海參崴分艦隊，而且還有波羅地海艦隊的巨大陰影，雖然東鄉平八郎等人也明白，而且波羅地海離遠東有近2萬公里之遙，就算是現在立刻出發，至少也要2、3個月的時間才能到達，何況一支艦隊也不是說動就動的，由其是還要進行遠航，至少還要有1、2個月的準備時間，只是這總是一個心病。
對聯合艦隊來說，最好是在波羅地海艦隊到達之前，先殲滅太平洋艦，然後再迎戰波羅地海艦隊，但現在太平洋艦隊躲在旅順港裡就是不出來，看來就是一心想等着波羅地海艦隊到來。而聯合艦隊現在完全無處下手，想堵也堵不上，想攻又攻不進去，因此就連秋山真之也無計可施。如果真的拖到波羅地海艦隊來了，恐怕只能是真的去請華東政府出兵才行。
但東鄉平八郎和秋山真之都沒有想到，太平洋艦隊竟會主動開出旅順港，這也是即馬卡洛夫陣亡之後，日本海軍第二次中大獎。
原來開戰己有半年，俄國在海陸兩線均作戰不利，連戰連敗，在俄國國內也引發了巨烈的反應，一方面是國內各階層對戰爭的失望引發了對沙皇政府的不滿，而且戰爭的開支巨大，經濟急度惡化，對俄國民衆的生活造成了巨大的影響，社會矛盾正在急聚的激化，各大城市都紛紛爆發罷工、遊行、請願等活動；另一方面由於俄軍的戰鬥不利，致使俄國的公債在巴黎證券交易所裡一落千仗，無人問津。而債券籌不到錢，又進一步加距了國內的經濟惡化，形成了惡性循環。
而在俄軍的一連串失敗中，只有海參崴分艦隊的破交戰成爲唯一的亮點，只可惜海參崴分艦隊的規模太小，主力只有兩艘大型裝甲巡洋艦，取得的戰果也有艱，如果還有幾艘主力戰艦的話，破交的戰果一定更好一些。因此沙皇尼古拉二世突出奇想，如果旅順港的艦隊都突圍出去，和海參崴分艦隊匯合，這樣一來是太平洋艦隊可以脫困，二來增加破交作戰的實力，擴大破交戰果。而且如果俄國艦隊能夠切斷日本的海上補濟線，對陸上的戰鬥也是有力的支援。
於是尼古拉二世立刻發電給阿列克謝耶夫，要求他下令讓太平洋艦隊突圍，返回海參崴。沙皇開口了，阿列克謝耶夫自然也不敢怠慢，馬上向旅順發令。
其實在海參崴分艦隊出擊時，阿列克謝耶夫就曾下令讓太平洋艦隊出擊策應，但代理司令維特格夫特招集各艦艦長商議，11名艦長中有9人都不贊同出擊，畢竟躲在港內至少可以保證暫時安全，而一但出擊，則勝負難料。
但就在8月7日，日軍發動旅順作戰，首先對旅順發動炮擊，有幾發炮彈落到港口，甚致有一發炮彈擊中了列特維贊號，這下海軍也緊張起來，因爲躲在港口裡也不安全了，正好這時阿列克謝耶夫命令太平洋艦隊突圍，8日維特格夫特再度召開艦長會議，這次與會者一致決定突圍，並討論了與日本艦隊發生遭遇戰時的戰術問題。
這段時間太平洋艦隊一直躲在港口裡，到是將受傷的軍艦基本都修好了，現在還有6艘戰列艦，旗艦由皇太子號擔任，4艘巡洋艦，16艘驅逐艦和1醫療船。維特格夫特決定只留下4艘驅逐艦分擔港口的防務，其餘所有軍艦均參加突圍作戰。