行政體制是維持國家日常運作的根本，關係到社會各階層的利益。特別是士大夫階級，他們是國家權利的直接掌控者，安排怎樣的制度，其實也是在安排他們所能獲得的利益。秦國本土派同客卿派之爭再次展開，並且是決定勝負的一戰。
宰相王綰代表着廣大的本土階級，他倡導分封制，認爲六國諸侯剛破，各地政權還不穩固，應該分封王子爲諸侯，代替始皇帝鎮守邊疆。
本土派提倡分封制，當然有他們的政治考量。作爲王朝中最根深蒂固的勢力，他們的家族有着共同的生存模式，依附於王公貴族，上下勾結，共保富貴。分封制的實行，可以讓他們的主子權傾一方，劃地爲王，至少在封地上，本土派的特權將得到保障。
分封制對維護士大夫階級有很好的作用，但是客卿們除外。他們在朝中沒有根基，完全依附於始皇帝，分封諸侯的做法，勢必會削弱王權，客卿的利益也會跟着受損。王綰的話剛剛說完，就遭到客卿派的強烈抨擊，這次李斯是有備而來，已經爲秦朝的行政結構做出宏偉的藍圖，他要將本土派徹底擊垮。
李斯向始皇帝進言：周朝分封了衆多的同姓諸侯，隨着子孫的繼承，相互之間的血緣關係逐漸疏遠，時常因爲利益的關係而爭鬥。周天子把權利下放，結果卻無力平息爭端，致使國家滅亡。事實證明，周朝的封國建藩制度，與皇權是不能共存的。
李斯對統治者的心思瞭解很深，始皇帝最關心的就是皇朝的延續，既然分封制有很大的漏洞，當然應該不予採納。究竟什麼樣的體制既符合皇權，又對客卿派有益？
秦朝統一天下的過程中，不斷在佔領區建立郡縣。這是戰爭時期的臨時地方政權，目的是維護當地秩序，給秦國大軍提供後勤保障。但是從穩定的角度去看，實施的成果很優秀，李斯建議對王子和功臣賜以重賞，而把郡縣制保留下來。這樣就可以很容易的對地方政權進行控制，而且天下百姓只知道有皇帝，不會再侍奉諸侯爲主。
李斯的進言再次搔到始皇帝的癢處，“使天下只知有皇帝”，縱然明知是請君入甕，始皇帝還是無法抵抗誘惑：“天下共苦戰鬥不休，以有侯王。賴宗廟，天下初定，又復立國，是樹兵也，而求其寧息，豈不難哉。”天下人飽受戰爭之苦，全是因爲諸侯的存在。如今好不容易平定天下，又重新分封諸侯，豈不是自己招惹戰禍？
廢除諸侯的建制，本土派失去了賴以生存的保護傘，而客卿階級將以他們的才幹和始皇帝的器重，左右秦朝日後的政局。李斯爲首的客卿派，在始皇帝的關懷和領導下，制定了嚴密的中央行政管理制度。這個制度完全架構在一種前提之下，遵循皇權至上的原則。始皇帝就是法律的代言人，他不受法令的限制，可以隨時更改法律，這就是我們俗稱的金口玉言。
始皇帝把官僚機構分化爲兩部分，中央行政組織和地方行政組織。
中央行政組織實行三公九卿制：
一，丞相，三公之一。丞相是朝廷的最高行政長官，主要的職責是幫助皇帝處理朝政，總領百官。他可以主持朝議、任免中低級官吏，是除皇帝外最大的實權人物。
二，御史大夫，三公之一。由於丞相的權利太大，爲了防止擅權，秦朝設立御史大夫，負責監督丞相在內的百官。皇帝的詔令也是通過御史大夫轉交丞相去執行，可見秦朝的官員之間是相互肘制的關係。
三，太卿，三公之一。太卿是國家的最高軍事長官，負責統領全國軍務。由於軍權的特殊性，太卿本身並沒有控制軍隊的權利，只有在得到始皇帝的令符後，他纔可以調動軍隊。除非在戰爭時期，始皇帝都不會將軍權下放，這也是保護皇權的一種措施。
四，奉常，九卿之一。奉常是封建社會特有的官職，掌管國家的宗廟禮儀，負責封建迷信的傳播和推廣，控制人民的思想，用愚民的方式維護統治階級。
五，衛尉，九卿之一。衛尉是宮廷的保衛處長，守護王宮大門，負責掌管宮門的兵力部署和消除宮殿的各種安全事故，爲皇室成員的住宿提供安全保障。
六，郎中令，九卿之一。郎中令是皇帝的警衛連長，統領王宮中的帶刀侍衛，負責對始皇帝進行貼身保護，是皇帝親信中的親信。
七，宗正，九卿之一。由於廢除了分封制，秦朝的皇室成員都需要統一管理。宗正通常由皇族內部德高望重的長輩出任，負責安排和維護皇族成員的利益，對他們的生活提供保障。
八，太僕，九卿之一。太僕從字面上看，就知道是皇帝最大的僕人。主要負責伺候皇帝，安排皇家的起居用度。
九，治粟內史，九卿之一。治粟內史相當於國家的財政部長，主管全國的經濟，負責秦朝的稅收、貿易等等金融工作。
十，少府，九卿之一。少府是皇帝聘用的投資理財師，負責管理皇帝私有的田園財產，以供給皇室消費。
十一，典客，九卿之一。典客是國家的外交官員，負責涉外交往活動。主要解決內部多民族融合問題，以及同番邦蠻夷的和平相處的事宜。
十二，廷尉，九卿之一。廷尉統領全國的司法體系，集公安、檢察、法院三權爲一體，專管大案要案。
三公九卿制度的實行，使客卿派成爲最大的贏家。李斯由原來主管刑罰的廷尉，躍居爲大秦皇朝的丞相。一人之下，萬人之上，終於功成名就。
關於地方官僚制度，始皇帝將全國劃分爲三十六個郡，實行郡縣分權管理。郡守爲一郡的最高行政長官，總領全郡政務。郡尉負責軍務，主要涉及徵兵、緝拿罪犯等工作。監御史是皇帝下派的監察人員，負責監管地方官員的政務。
郡以下設立縣級行政單位，長住人口達到萬戶以上的設立縣令，不滿萬戶的設立縣長，是一縣的最高首長。負責縣內司法的官員稱爲縣丞，負責縣內軍務工作的官員稱爲縣尉。縣以下又設有鄉、亭、裡三級最低行政機構，分別任命三老、嗇夫、遊徹、亭長、里長等下級官員管理日常政務，包乾到戶，直接對百姓負責。
通過中央到地方的行政管理制度改革，各級官吏的任免由皇帝親自處理。始皇帝把皇權牢牢的掌握在自己手中，開創了專制主義的中央集權體制，對皇權的穩固起到重要的作用，被秦朝之後的歷代所繼承。
權利的集中，也導致另外一個問題的產生，始皇帝必須每天親自處理很多政務，這讓他不厭其煩。所以秦朝致力於加強官員素質的建設，通過這種方式避免弊政的產生。
一，始皇帝取消了刑不上大夫的特權，制定了很多處罰官員的法令。
二，官員一旦犯法，不僅自己要受到重罰，還要施行連坐制度，讓親戚朋友跟着遭殃。
通過苛法的約束，秦國官員的辦事效率大大提高，出現吏治清明的局面。始皇帝正是嚐到法治的甜頭，在今後的日子裡變本加厲，終於導致大秦皇朝的崩潰。
秦朝是個統一的多民族封建集權國家，儘管始皇帝剛剛建立起完善的政治制度，但是因爲他廣闊的地域、複雜的人員構成，給國家政策的執行造成很多不便。一些相應的改革就此產生：
一，戰國七雄是獨立發展的諸侯國，各國的文字具有一定的差異，始皇帝爲了能夠上令下行，更改好的貫徹統治階級的指導思想，授命李斯統一文字。李斯以秦國文字爲基礎，參考六國文字特色，創立繁體小篆和簡體隸書，推行於全國。
二，隨着戰國的統一，各地經貿關係逐漸加強。通行於六國的貨幣和度量單位沒有統一的標準，給人民的交易帶來很多麻煩。始皇帝用商鞅時制定的度量衡標準器，來統一全國的度量衡。規定秦國流通兩種貨幣，黃金爲上幣，銅錢爲下幣。
秦朝的這些舉措，爲經濟、文化的發展提供了便利條件，儘可能的消除了長期分裂割據造成的地區差異，對統一王朝的建立起到積極的促進作用。但是想要確保皇朝的安定團結，除了政治和社會變革，安全的軍事保障也必不可少。始皇帝進行的數項軍政改革，開歷朝歷代之先河。
一，始皇帝下令沒收天下的兵器，實行刀具管制政策。他把繳獲的的武器運回咸陽，統一銷燬，熔鑄成十二個重達千石的銅人，放置在宮廷之中，象徵天下止戈，永不生戰。秦國的大鍊鋼行動，是對發生戰亂產生了限制作用，但也將秦國百姓打回石器時代，據說做飯的菜刀也重新用起石頭來。
二，齊國被滅的時候，即墨大夫曾經對齊王建提到，六國的殘餘貴族不願降秦，在各地搞陰謀復辟。始皇帝爲了防止豪族割據的發生，強制六國貴族和富商進行人口遷徙。他把天下十二萬戶富豪轉移到咸陽，繁榮首都經濟。將很多六國遺貴遷移至巴蜀、南陽、這樣的偏遠地帶的集中營，使他們脫離熟悉的故土，進行嚴密的監管。
三，始皇帝下令墮壞城郭，決通川防，夷去險阻。他徵役夫銷燬六國諸侯所建的長城和軍事要塞，疏導國內的交通，同時防止有人叛亂時藉以割據。只保留燕趙以北的長城，用來地獄胡族的入侵。
四，始皇帝大力發展交通運輸事業，爲軍隊提供後勤保障。他在全國範圍內修建馳道，一條從咸陽修往齊國海邊，一條從咸陽修往楚國。馳道建成之後，不僅滿足了軍事需要，還促進了旅遊事業的發展，始皇帝就常常利用馳道遊覽大秦的壯闊河山。
根據近年來的考古研究，在全國的多處地區發現木質軌道。經過科學實驗，這些軌道修建於秦代。通過這些發現，似乎也爲我們證明了馳道的存在，在木質的軌道上，奔馳的駿馬拉載着車輛快速行進，馳道大概因此而得名。我們可以聯想到，秦國車同軌的措施，很有可能也是爲了與馳道相適應。正是因爲馳道的存在，秦國後期經常隨便動用幾十萬人的記錄才變得真實可信。
始皇帝根據自己的意願，佈置着他的天下。把皇權神話、建立官僚和軍事保障體制，戰國已經面目全非，而大秦皇朝初具雛形。中央集權制度將解決商、周王朝的弊端，但是始皇帝法苛嚴的措施，對社會造成的束縛又會產生怎樣的反彈？
告別我們該告別的，期待我們該期待的。始皇帝改變了天下，天下也在改變着他，他製造着我們從未見過的一切，一切也都可能隨時在秦朝出現。