秦檜沒收三大將的軍權，三人態度各不相同。其中，年過五旬的韓世忠最消極，身爲朝廷命官，每天穿着非主流服飾出入宰相衙門。後來連虛職也辭去，帶一兩個奚童，到處遊山玩水，真的交出軍權，退休養老。不過養老後韓世忠研發了一種克敵弓，是神臂弓的改進版，非常強大輕便，後來成爲宋軍的主戰武器。紹興二十一年（1151年），鹹安郡王、鎮南武安寧國節度使韓世忠薨，享年62歲，追封通義郡王、蘄王，配饗高宗廟庭。其妻梁氏正史中記載不詳，野史稱之爲梁紅玉，據說是營妓出身，也曾立下不少戰功，在紹興五年的一次戰鬥中中伏犧牲，夫妻兩人一直受到民間的高度讚譽。而39歲的岳飛始終堅持要求歸還軍權，最後宋廷讓張俊、岳飛重返指揮崗位，並讓他們到楚州視察韓世忠的部隊，準備分到二人麾下。韓世忠舊部對此安排異常不滿，甚至一度流傳要刺殺張俊。而張俊、岳飛一路同行，正直的岳飛和私慾頗重的張俊事事不和，加劇了矛盾。當初年輕的岳飛在宋軍中快速崛起，張俊、韓世忠都很嫉妒。
爲改善關係，岳飛將繳獲楊幺的樓船全副武裝了兩艘，分送給張、韓。韓世忠大喜，張俊卻認爲是岳飛在炫耀，更加嫉恨。後來張浚公開說岳飛、韓世忠是最優秀的兩員大將，嶽、韓更加惺惺相惜，張俊則更加嫉恨。韓世忠舊部有一名軍吏景着上言不能分了韓家軍，被秦檜抓住把柄，捕入大理寺，並以此誣告韓世忠。岳飛得知後立即通知韓世忠，韓世忠趕到高宗面前解釋清楚，避免了被秦檜背地裡陷害。秦檜對岳飛的怨恨也達到極點，他與張俊一碰頭，說起岳飛，都是咬牙切齒，遂合謀陷害岳飛。碰巧岳飛在柘皋之戰中表現不佳，又拒絕收復一座他認爲不能守的小城，都成爲把柄，秦檜鼓動岳飛的仇家諫議大夫万俟禼（音同“末騎泄”，“万俟”是拓跋鮮卑的一個部族名，漢化後以此爲姓）彈劾岳飛。岳飛本來就不想要這個樞密副使，於是主動辭去，還武勝定節度使銜。宋朝高官被御史彈劾導致降官本來也不是什麼稀罕事，而政治鬥爭也都僅限於權力分配，從不涉及人身，所以岳飛走得很瀟灑。
但他並沒料到，這一次，他將成爲一個歷史紀錄。秦檜依次平定各位武將後加緊與兀朮議和，而兀朮議和的一個必要條件竟然是要殺岳飛！在宋朝要殺一個有罪的官員尚且不能，何況是殺一個無罪的少保？但秦檜和張俊都已經報定必殺之心，一定要試一試。王貴本是湖北宣撫司都統制（軍團長），是岳飛麾下最重要的將領，曾因罪差點被岳飛處斬，於是秦檜找他陷害岳飛，被一口回絕。但王貴卻有什麼私人把柄被秦檜把持住，又不得不合作。秦檜又在岳飛軍中找到一個叫王俊的人，最善於誣陷，張俊和他們一道捏造了一起很嚴重的事件：說岳雲寫信給張憲，讓他謊報金人入寇，逼迫朝廷讓岳飛重掌軍權。秦檜將張憲逮捕至大理寺，但始終沒有任何證據，又將岳飛父子逮捕至獄審理。御史中丞何鑄負責審理此案，岳飛裂開衣裳，背上刺有“盡忠報國”四個大字。何鑄審理的結果是岳飛無罪，純系誣告。秦檜大怒，利用職權，又調万俟禼來審理。万俟禼動用了許多暗箱操作手段，都是違背當時法律和慣例的。
最後万俟禼宣佈岳雲寫給張憲的信已經燒燬，高宗給岳飛的御札是對岳飛有利的證據，他們又將這些御札全部藏起來。岳飛被捕期間，很多官員和平民上書言無罪，都被秦檜貶斥。本已決心退出官場的韓世忠找到秦檜質問證據何在，秦檜支支吾吾道：“岳雲給張憲寫信之事雖然不明確，但事體莫須有（大概有的意思）。”韓世忠憤然道：“'莫須有'三字，如何使人心甘！”秦檜始終拿不出能夠宣判岳飛的證據，但一直將其羈押在獄。岳飛被拘後，宋金和議終於達成，史稱“紹興和議”，雙方終於停戰，進入一個相對和平的時期。關於紹興和議的細節，筆者認爲史料記載是頗有疑問的。紹興和議的最終定稿大致以撻懶和秦檜商議的藍本爲基礎：宋金雙方停戰，西以大散關爲界，東以淮河一線爲界，約爲伯侄之國；金國歸還宋徽宗、顯肅、懿節皇后梓宮、宋高宗生母韋氏，但沒有歸還宋欽宗；開放榷場貿易；宋向金交納每年銀、絹各25萬的歲幣。但另有一點令人質疑，那就是金國是否冊封了宋高宗，建立君臣關係。
按說這是很大的一件事，但《宋史》全無記載，《金史·熙宗本紀》和當時前往締約的左宣徽使劉筈的傳記均一筆帶過，只有《兀朮傳》中比較詳細，還寫出了冊封的原文。所以紹興和議中宋金是否確立了君臣關係，是一樁無頭公案。我個人猜測，很可能是金方提出了這個要求，但最終未能達成協議。雖然我也不能確切的指明真相，但至少這是一件值得斟酌的事。然而很多現代人卻抓住這個史料記載含混的事件，不但不加分辨，而且非常興高采烈的作爲宋朝的一大罪狀而鞭笞着，這種心態值得玩味。然而就在和議達成後不久，紹興十一年（1141年）十二月（公曆已在1142年），一件令人震驚的事情發生了：秦檜往獄中遞了一張紙條，之後岳飛死在了獄中！岳飛作爲最偉大的民族英雄之一，死在本國的監獄中，這絕對不是輕鬆的話題，不能繞開不談，殺害岳飛的兇手到底是誰？傳統觀點認爲是秦檜爲了談和殺害主戰派將領岳飛，有一種新觀點認爲宋高宗作爲皇帝，纔是殺害岳飛的真兇，秦檜只不過是他的一個工具。
而高宗殺害岳飛的主要動機是：求和；防範武將坐大；岳飛不該議立皇儲；怕岳飛救回欽宗，威脅到他的皇位。但很顯然這些統統都不是事實。第一，高宗作爲皇帝，豈有不想收回故土的道理；第二，宋朝防範武將本身就是謠言，就算要防範，那應該防童貫、張浚，輪不到岳飛；第三，現代人看多了清宮戲，認爲臣子不能議立皇儲，其實宋朝的皇帝本身就要由廷議決定，不來議立的重臣纔是失職；第四最荒謬，金國一直把欽宗當做對付高宗的殺手鐗，隨時可以復立欽宗，宣佈高宗的南宋朝廷非法，所以高宗恰恰是最想救回欽宗的人。現代流傳高宗欲殺岳飛的動機都是謊言，目的是掩護真正的兇手秦檜。秦檜作爲宰相與皇帝爭權，最忌諱的高宗系勢力便是其寵將岳飛，而利用金國對宋廷的壓力，把持議和大權則是他擅權的重要方式，這就是秦檜阻戰求和並殺害岳飛的原因。而無論如何，宋高宗也必須爲他沒能保護岳飛負責，正如潘美要爲楊業之死負責一樣，宋高宗這位中興之君被釘在歷史的恥辱柱上，或許也並不冤枉。而岳飛，這位偉大的民族英雄，沒有倒在浴血的疆場，卻死於本國的冤獄，着實令後人含淚，只留下他的偉大精神融入了中華民族的堅強血脈。