城之內戰鬥打響的同時，京城內的戰鬥也全面展開。天策門發來的信號之後，西軍的人馬立即向天策門方向發起進攻，但卻被劉銘傳的人馬阻擋不前。
而程學啓部卻趁虛拿下湘王府，將曾國一家老小盡數擒獲。與此同時，埋伏在城中的各處東軍先發制人，迅速的搶佔了西軍文官武將的府邸。
而從上海趕來的訓導師一個團則搶佔了江岸數處渡口，使得集結在北岸的數千西軍無法渡河。
曾紀澤在殺了湘王曾國後，取其人頭懸於天策門之外，並同時對外宣佈了湘王多般罪狀，以皇帝的命義下旨，只要西軍各部放棄抵抗，朝廷將概不追究，否則，但凡繼續參與抵抗者，將按照叛亂罪論處，誅滅九族。
西軍上下見曾國人頭落地，戰鬥之心立馬涼了半截，再得知朝廷恩威並施的旨意之下，除了少部分死忠的黨羽之外，大部人馬立時土崩瓦解，有的怕秋後算賬，逃出了京城，有的心驚膽戰，窩在家裡不敢出門。
其餘尚未抵京西軍，聽聞湘王死訊和朝廷旨意，同樣是一鬨而散，各將率兵自歸原地，一邊向朝廷上表以表忠心，一邊又看形勢而動。
在南京兵變後的第二天，紀澤已經全面控制了南京城，大批的東軍源源不斷的調入，以加強南京周圍的防務。同時，他再以皇帝的名義下旨，安撫城中的西系人馬。
三天之後，上下旨，宣佈太子監國，總理軍國大事，曾紀澤以監國名義下旨，將全國軍隊營一級以上軍官官銜提升一級。同時，將全國有爵位者提升一級，如李鴻章蘇州侯，卻被改封爲閩國公，劉銘傳的伯爵被加封爲了侯爵。
關鍵之處就在於，這樣大規模的官進爵不侷限於東軍，同樣也囊擴了北軍與西軍，如此一來，無於給這些惶惶不可終日的傢伙們打了一針安定。
南數省緊繃的局勢，很快就平伏下去，各地的西系文武們都在慶祝自己加官進爵然忘記了對他們“恩重如山”的湘王則已命喪黃泉。
當然。也有不識務者。如江西地提督李保全。此人便公然樹起“勤王”大旗。佔據南昌城召天下兵馬入京爲湘王報仇。
儘管響者寥寥無幾。但曾紀澤也不敢輕視。迅速地做出了應對。他勒令福建地陳慶國部迅速北上。三天之內兵臨南昌城下。打了李保全一個措手不及。幾個小時便攻下了南昌城殺李保全及其反衆四千餘人。
爲了殺雞儆猴。曾紀澤授意陳慶國對南昌城進行了清洗。將叛衆軍屬及南昌地富戶近五萬餘人統統坑殺。
在恩威並濟。軍事打擊與政治利誘地雙管齊下之下。反抗之聲很快便銷聲匿跡。
一個月之後當朝廷內外地形勢基本穩定之後。曾紀澤便利用他監國地權力始了全國範圍內地軍隊整編。
首先。他將全國軍隊縮減到三十萬人三十個師。其中二十六個步兵師個炮兵師。一個空軍師。一個海軍陸戰師。以及海軍兩萬人。
其中，西軍裁撤二十萬人，只留下九萬精壯，北軍基本裁撤殆盡，只留三萬人馬，東軍不縮反增，由原來的十萬增加到十八萬。
將大明分爲五大軍區，其中北京軍區，駐紮六個步兵師，主要針對尚未統一的關外滿洲、外蒙古，以及蠢蠢欲動的沙俄。
成都軍區五個師，維護西部一帶的穩定，對新疆、西藏地區的少數民族貴族統治者形成威懾，併爲下一步中央軍進入該地做準備。
廣州軍區四個師，負責西南數省、南中國海的防務，以及對越南形成軍事威懾，應對法國人對該地區的染指。
福州軍區三個師，主要對臺灣左氏割據勢力形成威懾。
上海軍區四個師，因該地爲大明關貿重鎮，是大明工業主要集中地，又是東海艦隊的大本營，外國勢力在此地影響巨大，故以四個師的兵力，保持明軍在上海的軍事優勢。
南京軍區八個師，是五大軍區軍事實力最強的一大軍區。
曾紀澤並不打算玩什麼重內虛外、強幹弱技的宋朝手段，同樣也不會重蹈唐王朝“精兵猛將聚於邊陲”的內輕外重錯誤，但南京作爲帝國首都，在中國這樣帝制的國家體制之下，維護首都的一定軍事威懾力，對維護國家穩定，朝野內外形成軍事平衡還是十分必要的。
各軍裁減之後，大部分軍官，朝廷都發給了他們一筆數額可觀的“退伍金”，少部分則分配到一些無舉輕
位，讓他們做些閒散工作。
軍官們靠戰爭發了財，即使是退伍還鄉也是去享富貴，但普通士兵們就等是被斷了財路，這本來是裁軍工作中的巨大難題，但是，殘暴的曾國恰好爲曾紀澤解決了這個問題。
曾國對屠川行動，消滅了那裡將近三分之二的人口，天府之國變成了千里無雞鳴的不毛之地，但同時，也人爲的製造了大面積的無主耕地。
而西軍主力在平定四川叛亂之後，大部分尚未撤走，於是曾紀澤便讓他們就地轉兵爲農，在官府發放少量的退伍金的同時，將大片大片的土地免費贈給這些士兵。
士兵有了土地就等於有了命根子，自然鬧事的也就不多了，朝廷通過這樣的手段，既妥善的安置了退伍軍人，又促進了經濟發展，可謂是一舉兩得。
同時，藉着這場業的好勢頭，曾紀澤進一步在全國範圍內繼續推行“土地改革”，大批的無地農民在官府的幫助下，遷入了原先的戰亂區，根據土地的優良，每人至少獲得十畝的田地，並在兩年之內可以享受免稅待遇。
土地改革的推行，消滅了些野心家最後的反擊希望，當那些窮苦的農民，重新獲得了土地之時，他們便擺脫了那些豪強的束縛，社會矛盾得以調和，很難再出現什麼振臂一呼，羣起而響應的局面。
南京兵變成功，使得曾紀澤成功的掌握了大明的最高權力，但擺在他面前的困難仍是艱鉅的。
軍隊裝備與訓練雖已開始全面代化，但軍工企業發展仍然緩慢，武器彈藥的國產能力，遠不能滿足與列強之間展開一場持久戰。
、冶煉、紡織等工業領域已如雨後春筍，開始在大明版圖，尤其是江南一帶興起，但經營形式，仍以官辦居多，私營企業的發展，尚需國家的推動與支持。
至於教育，儘管國各地已陸續興辦了十幾所高等學府，但對於諾大的中國來說，仍如滄海一粟，所謂的義務教育，也僅僅是在江蘇一省內比較普遍的推行，其餘各省，尚在官員們口中的“摸索於探求中”緩慢前行。
唯一能曾紀澤感到欣慰的，便是幾家“高科技企業”的良性運轉，使得大明在海空作戰方面，甚至領先於列強，但擁有這些東西，並不代表大明就擁有了可以與列強叫板的資格，頂多也只是添了一枚重量不輕的談判籌碼而已。
曾紀澤需要做的事情還很多，但他現在最迫切的就是需要成爲大明名正言順的統治者，這樣，他才能更加放開手腳去醫治這個回光反照的古老國家。
五月，龍城。
這已經是南京兵變後的第三個月，這也是三個月以來，曾紀澤第一次去龍城見他的父皇。
冷冷清清的鳴翠宮中，只有那麼幾個老太監在侍候着，包括曾經在宮中威風一時的黃駿在內，此時的龍城大內，曾紀澤早已有了新的安排，像黃駿這樣見風使舵的奴才，自然會被他打發到冷宮。
“老奴見過太子殿下。”黃駿巴巴的上前行大禮。
曾紀澤都賴得多看他一眼，冷冷問道：“皇上在做什麼呢？”
“回殿下，萬歲爺他在看書，前幾天他還唸叨殿下來着，嘴裡呀一個勁的贊殿下賢德仁明，說是把咱大明朝交給殿下，他老人家一萬……”
“再多說一句廢話，我就殺了你。”曾紀澤厲聲打斷了他的嗦，黃駿嚇了一跳，忙是退在了邊，大氣也不敢出一聲。
曾紀澤大步而入，卻見曾皇在斜靠着牀欄，眯着眼瞅着手中之書。這三個月之內，他如同蒼老了三十年之樣，臉上的皺紋得的嚇人，面色也如死灰一般陰暗。
眼前的這人，哪裡還有半點皇者之氣，儼然只是一個垂死的老人罷了。
“咳咳——”他突然間大咳起來。
曾紀澤心中一動，忙倒了一杯茶奉了上去，口氣之中多了幾分溫和，道：“父皇，喝口水吧。”
曾皇猛的一顫，擡頭之時，卻纔發現了他的到來，虛弱的目光之中，陡然間又燃起了熊熊的怒焰，他手猛的一揚，將曾紀澤手聽茶杯打翻在地，嘶啞的喝道：“你給朕滾出去，朕不需要你這不孝之子假裝孝順！”
此時的曾紀澤，手握着這個國家最高的權力，心性已與往先大爲不同，曾皇這唐突的迴應，立時惹怒了他，心中殺意陡升，本能的握住了劍柄。