趙昺知道蒙元的遠征軍看似毀於風暴，而他從一個船舶工程師的角度看，其實應該說是毀於船隻自身的問題。忽必烈下令動員攻擊日本，只給了一年的準備時間。在短短的一年時間裡，要造出四千多隻船來，對於當時還沒有形成大規模生產技術的古代工匠來說，造船技術再高明，也沒有實現目標的可能。
爲了達成數目，只好粗製濫造，甚至濫竽充數。粗製濫造，就是爲了進度而犧牲精度，主要是主船桅的安裝位子不準確，固定不牢靠的致命缺陷。這樣的船，天生的不平衡，只要有點風浪，就會不停地搖晃。濫竽充數就是把內河用的船拿來充數，平底的河船在海里經不住海浪，很容易翻船。
自襄陽之戰到崖山之戰，元軍捕獲南宋戰船達六千艘以上，另外從投降的南宋水軍處，元軍也接管了許多戰船。即使其中有許多戰船破損、沉沒，但截至第二次遠征日本時，從南宋捕獲、接管的戰船數量仍很大。當時南宋水軍的主要戰鬥在內河與近海，南宋水師熟悉河戰卻不解海戰，因而收編南宋水軍裝備的大都是平底船。
這種船大約發明於唐代，宋以後被普遍採用。其船在結構上便於分艙，有利於軍隊在航行途中進行軍需品的管理和裝卸，但是艙板結構取代了加設肋骨的工藝，簡化了主體結構，導致了船舶整體的橫向強度的削弱。內河由於水平浪緩，這種船能很好的勝任，但在茫茫大海上，這種船便不那麼堅固了。
另外高麗軍出征所用的戰船全部是自造，而高麗國小貧苦，要承擔建造九百餘艘戰船的任務，這對於他們來說是極爲沉重的負擔。加上工期緊，造船的時候當然就免不了偷工減料的趕工期，據說甚至將報廢的舊船修修補補也拿來充數，這些船的質量可想而知。
所以此次徵日中大型運輸船、中型戰船中，還多少是作爲遠洋船新建的戰船、從海上勢力收繳的船舶、從民間收繳的商船、從原南宋海軍接管的海船等，尚能用於遠海作戰。但小型戰船、登陸用舟艇則從宋水軍接管的吃水淺、抗風能力較弱的內河船，且數目龐大，達到三千餘艘。當颶風襲來時，這種吃水不深，不具備破浪能力的戰船似乎也只有傾覆這一種結局。這恐怕是導致集結於鷹島的江南軍大型船隊，一夜之間竟全軍覆沒，使用很可能是其根本原因之一。
當然在戰略、戰術上忽必烈也不無失誤，首先選范文虎爲將就是個敗筆，這小子是本是南宋殿前都指揮使，襄樊守將呂文德的女婿，先是在救援襄陽戰役中畏敵不前，“輕舟先遁”；後在防守城堅糧足的安慶時，元將伯顏來攻，范文虎立刻舉城投降，搖身一變，成了元朝的兩浙大都督、徵東行省右丞。靠着裙帶關係爬上高位的，膽小拍死戰無一勝的草包，偏偏不知道就怎麼入了他的法眼。
還有忽必烈對面臨的困難估計不足，按說若論吃苦耐勞，當時的蒙古戰士無人可敵，必要時他們可以靠吃生馬肉，喝馬血維持生命。蒙古人作戰時機動性第一，一般只帶很少的給養，士兵的吃穿問題主要通過掠奪戰爭地區的平民解決。可這次戰爭中蒙古人偏偏無法發揮自己的特長，他們一直未能突入內地居民區，自不可能有平民供他們掠奪，以致江南軍晚到十來天，先到的西路軍就將要斷糧了。
另外忽必烈太過輕敵，他並沒有吸取上次失敗的教訓，以爲自己這次遣兵二十萬可以一戰而下，志在必得的元軍戰船裡，甚至裝載了大批農具和種子，以解決大量的宋朝降軍這個棘手問題，因爲養，養不起。遣散吧，又害怕這十幾萬軍隊鬧事。征服日本，將這大批南宋降軍駐屯日本，既解決了降軍問題，順便還可以藉助駐屯軍和移民把日本變成元帝國的一部分。
當然還有元軍的兵器不如日軍，爲了輜重問題沒有攜帶戰馬導致元軍戰鬥力難以發揮，還有降兵戰鬥力低下等等說法，但趙昺以爲這已經不是什麼重要原因，要知道當年征服江南忽必烈才調動了二十萬軍隊。若不是因爲戰略上的失誤，元軍換一個時間段登陸，滅掉日本並非沒有可能的。而忽必烈終不是穿越者，沒有機會重新來過的機會，此戰也成爲元朝歷史上的轉折點，忽必烈征服海外的腳步終於停下了。
不過趙昺也從中不無獲益，元軍江南兵力大損使瓊州面臨的壓力頓減是一方面；另一方面使他明白小國面對強國的威脅想保持獨立，它不必擊敗強國，只需讓強國意識到侵略自己得不償失即可。而自己要復國當前並非是要以佔領大片的土地爲要旨，卻是以要殲滅蒙元的有生力量，削弱他們的經濟實力，使其兵力補充的速度跟不上消耗的速度，最終贏得復國戰爭的勝利……
“鄭主事，那邊有消息了嗎？”趙昺今日將鄭虎臣、莊世林和周翔召進宮中問事，見禮已畢他先問鄭虎臣道。
“陛下，範虎臣已經在大都被斬，家資全部被炒，家眷皆充官爲奴！”鄭虎臣答道。
“非是此事，朕問的是那些斡脫商人！”趙昺擺擺手道，鄭虎臣的結局在其棄軍而走的時候就已經決定他的命運了。
“哦，陛下是問此事！”鄭虎臣有些尷尬地道，“陛下，那些斡脫商人自徵日大軍出發便着急了，得知他們全軍覆沒後更是如喪考妣，而現在信風季又快到了，他們多次遣人與我方聯絡。陛下有諭在先，因而屬下並未答覆他們！”
“嗯，莊主事你又如何看？”趙昺點點頭，轉向莊世林問道。
“陛下，屬下以爲時機業已成熟，即使要價再高些他們也能接受！”莊世林言道。
“朕卻想價碼降一些，只要他們的關稅就好！”趙昺笑笑道。
“陛下，好不容易等到了機會，卻又爲何不加了？”莊世林看看其他兩人也是一臉愕然，他驚詫地問道。
“陛下，如今機會難得，咱們不能放過啊！”周翔也知道陛下是個錢串子腦袋，今天卻放過這發財的機會讓他覺得今天是不是哪根筋搭錯了，才說出這種話來。
“陛下如此定有緣由，你們便不要瞎琢磨了！”鄭虎臣見二人喋喋不休的還要勸，出言道。
“這……鄭主事你這叫什麼話，你可知這匠作司每日要消耗多少銀錢，那就跟流水一般，全仗着內庫填補，我看着都心疼，莊主事你說是不是？”周翔站起身不滿地道。
“陛下，籌建新軍，供應火器坊，只這兩項便花費了三百萬貫之巨，若是再不填補只怕將有虧空了。”莊世林作爲小皇帝的財務總管，自然清楚內庫的財務狀況，而小皇帝別看平日扣扣索索的，可若是認定的事情花多錢都不帶眨眼的，可他也得爲陛下着想。現在好不容易有個生財的道兒，卻又反悔了，讓他如何不着急。
“待今年的鹽稅和關稅撥過來就會好些了，朕算算應該夠了，待明年新軍轉爲兵部管理，還能省下些開銷。”趙昺言道。他也知道今年的開銷大，事務局應繳的利潤他大部分用於組建和加強走私隊伍和支援許夫人山寨了，自己所剩不多，兩人着急也並非是頂撞自己。
“陛下，按照朝廷律令市舶司的收入皆入內庫，可市舶司的開銷也甚大，前兩年皆是靠內庫補貼，今年纔有些好轉，但收入也不過三、四十萬貫啊！”莊世林面帶埋怨之色，苦笑着道。
“你說的不錯，但你們可曾發現過市舶司有人貪污，敲詐行商？”趙昺笑笑道。
“這確實未曾發現？”莊世林看看陛下，又瞅瞅鄭虎臣說道。
“這便是了，大宋官員貪腐過去以市舶司最甚，蒲壽庚把持泉州市舶司十餘年家資富可敵國，他的錢從何而來，不過是假公濟私，貪污公帑，朝廷明知如此卻又無可奈何！”趙昺言道。
“陛下所言不假！”莊世林點點頭道，他當然知道從前的市舶司是什麼模樣，上至提舉，下至勘驗的吏員，甚至裝卸的兵卒都伸手要錢，但這些事情在瓊州各個市舶司極爲少見，官員更是十分廉潔。
“這便是了，只要扎住貪腐的口子，來日我們所獲將更多，咱們也要學會放長線釣大魚！”趙昺笑道。他知道貪腐是中國傳統政治的不治之症，歷史上有不貪腐的官員，卻沒有不貪腐的衙門。不過他前世卻聽說過一個——晚晴海關，且再難找第二個。
當今誰都知道在清朝，貪污成風，三年清知府，十萬雪花銀絕不是說着玩兒的。而第二次鴉片戰爭後，清廷同意由英國人代管中國海關，並寫入與英美等國簽訂的《通商章程善後條約：海關稅則》，在這種環境下英國人赫德控制下的晚清中國海關基本上杜絕了貪腐，被認爲是“世界行政管理史上的奇蹟之一”。
清朝海關最高長官稱“總稅務司”，實際上全權負責管理海關事務。面對海關的腐敗問題，赫德不想用反貪風暴來改變海關。他要做的是從制度上徹底更新，對腐敗來個釜底抽薪。他力主淘汰中國傳統的舊式清冊，建立一套“嚴格的、詳細的和絕對可靠的”會計制度。新制度對海關稅收的上繳和留用有便於查詢的記錄。
與會計制度相配合，赫德還建立起新的審計制度。他專門設立稽查賬目稅務司，作爲一個獨立機構，對各關財務會計進行監督，每年至少去每個港口檢查賬簿和賬目一次，並且是抽查。因爲海關不知道稽查稅務司檢查什麼地方，不檢查什麼地方，因此他的巡查使一切更加仔細。稽查稅務司的權力很大，一旦發現有不正當行爲，有權停止任何稅務司或關員的職務。
配合上述制度改革，赫德還進行工資制度改革。他認爲，爲使海關改革卓有成效，必須高薪養廉。但前提是公開透明，把海關關員的收入曬在陽光下。以華人爲主的職務，工資雖然低於洋員，但相比當時中國的工資標準，幾乎是其他國家行政機關的兩倍。除基本年薪外，關員還享有年度獎金和福利津貼。在海關幹得越久，待遇就越高，這無形中提高了他們參與腐敗的成本。
高薪養廉的副作用便是海關經費的大幅增長。在赫德以前，廣東海關每年不過花掉一萬多兩銀子，但在他接任後，經費每年達三百多萬兩。赫德的理由是：如果不給足夠的資金，就無法期望他們保持廉潔。可官員們認爲這些經費花得值：在赫德管理下，關稅收入迅速提高，海關稅收從最初的四百九十餘萬兩，十年後就達到一千一百餘萬兩。到赫德離職時，已經達到三千二百餘萬兩，是原先的六倍多。同時海關稅收從約佔清政府財政收入的不到一成增長到了四成。
趙昺當然知道赫德也並非什麼善人，其從中也獲利甚豐。但此事的價值就在於它告訴我們貪腐並非不治之症，在中國反貪是有可能成功的，關鍵是制度建設。制度建設並不難——古今中外盡有可資借鑑的成功經驗，難的是我們是否有制定科學反腐制度的真誠，以及將制度落到實處的機制。其因爲說到底，，反腐敗，非知之難，乃行之難。
趙昺也學着在市舶司試行，效果確實不錯。而從另一方面講看似吃虧的買賣並非全是吃虧，清政府靠着這筆錢又苟延殘喘了十數年。當下自己說起這題外話就是告訴幾個親信要算大帳，不要爲眼前的蠅頭小利矇住了眼睛，他們要算計的乃是復國大業，那些斡脫商人屆時失去的將不僅僅錢財了……