李宗仁上臺以後，遭到左右兩方面所施加的壓力，首先他爲企求和平，指示行政院派邵力子、張治中、黃紹竑、彭昭賢、鍾天心（1902—1987，抗日戰爭時期，任廣東綏靖公署黨政處處長。後任“國大”制憲代表、立法院立法委員等。1949年初被國民黨政府指派爲國共和談的五位代表之一，未去參加。旋遷居香港。1958年去臺灣。）爲和談代表，等候方面在雙方同意的地點進行和談。一月二十三日，的反應來了，新華社廣播了一項聲明：一、與南京政府談判，並非承認南京政府，乃因它尚在控制若干軍隊；二、談判地點，俟北平解放後在北平舉行；三、反對彭昭賢爲南京政府代表（彭昭賢爲CC中委）；四、戰犯必須懲治，連李宗仁也不能免。不承認南京政府的地位，那李宗仁代表什麼呢？這一態度，削弱了李宗仁謀和的號召力量。
一月二十四日，李宗仁爲表明其企求和平的誠意，飭孫科的行政院辦理七件事，這就是人們所說的七項“祥和措施”，其中包括：一、各地“剿總”改爲軍政長官公署；二、釋放政治犯；三、解除報章雜誌禁令及撤銷特種刑事法庭等。關於釋放政治犯，最重要的是釋放張學良、楊虎城兩將軍，李宗仁能不能辦到這一點，這是檢驗李氏掌握南京政府實際權力的溫度表。
李宗仁對釋放張、楊，雖竭盡全力，卻迄無所成。事實證明，李氏只享有“代總統”的虛名，他畢竟缺乏指揮整個政府的統一權力。二十年來，蔣介石把黨、政、軍、財和特務大權一把抓在手裡，他沒有培植任何人分掌這些權力。李宗仁是地方實力派的一個代表人物，他賴有白崇禧運籌帷幄，同蔣介石鬥了二十年，迄今碩果僅存，已屬十分僥倖，但若與蔣介石互爭雄長，則終感力有未逮。
在軍事上，儘管一月上旬于徐淮戰敗，杜聿明集團全軍覆滅，但直到此時，蔣介石直屬的中央軍，人數仍然遠遠超過白崇禧指揮的華中部隊。蔣氏還擁有一支五十艘艦隻的海軍艦隊，以及八個大隊的空軍。蔣介石在回到家鄉溪口以後，還通過參謀總長顧祝同，收聽軍事報告，指揮部隊調動，調整各級人事。
在財經上，蔣介石依靠去年八月十九日頒行的《財政經濟緊急處分令》，向全國人民和工商界敲骨吸髓似的搜刮到金銀外匯四億七千多萬美元的財富。此時，這筆金錢都完全集中在上海中央銀行俞鴻鈞和中國銀行總經理席德懋手裡。不久，蔣介石又命令湯恩伯負責將這些財富運去臺灣。其中，只留二千萬元給湯恩伯，而李宗仁則一錢不名。
華府當局對此情況，看得一清二楚。美國新任國務卿艾奇遜在他的回憶錄第十三章作了這樣的分析：“我就職的那天，（蔣）委員長辭職了，把那個共和國的總統職位交給李宗仁將軍。但是，他在辭職以前，已把中國的外匯和貨幣儲備全部搬往臺灣，並要求美國把預定運往中國的軍事裝備運往臺灣。這就使李將軍既無經費又沒有軍事裝備的來源了。”
李宗仁上臺以後，有一事考慮未周，那就是李氏於一月二十七日致電主席，贊成以所提出的“八項條件”爲和談基礎。這八項條件是：一、懲辦戰爭罪犯；二、廢除僞憲法；三、廢除僞法統；四、依據民主原則收編一切反動軍隊；五、沒收官僚資本；六、改革土地制度；七、廢除賣國條約；八、召開沒有反動分子參加的政治協商會議。成立民主聯合政府，接收南京國民黨政府及其所屬各級政府的一切權力。
這事關係重大，李宗仁沒有提交國民黨中央政治會議討論是可以理解的。因爲蔣介石下野以後，國民黨要員已經星散了。但是李宗仁沒有將此事徵求行政院長孫科同意，這就引起了府、院之爭。（“府”指總統府，“院”指行政院。）又經溪口方面從中挑撥，於是孫閣大員就從一月二十八日起紛紛離開南京，前往上海。到二月上旬，孫科違李宗仁之意，把行政院遷往廣州。李宗仁枯守南京孤城，從此南方政府形成了四分五裂的局面。
二月二十三日，美大使司徒雷登向艾奇遜國務卿提出了下列報告，反映李宗仁所遭遇的困難，其中也提到白崇禧的看法，報告說：
在李宗仁與以孫科爲首的廣東派之間爭奪權力的鬥爭中，李是處於一個基本上脆弱的地位，因爲他沒有控制大部分軍隊，缺乏財政來源，而且沒有取得蔣委員長和CC政客控制下的國民黨官僚機構大部分人的忠順支持。白崇禧總部向美國駐漢口總領事要求美國援助時坦白承認了，甚至還相當誇大了這一基本弱點。
二月十二日，白崇禧派劉斐到南京，向李宗仁建議說：一國三公，四分五裂，不利於李宗仁的領導形象，茲主張緩和溪口，爭取廣州合作。李氏因韙其言，當即分別採取措施。
二月十四日，李宗仁派程思遠專機去上海迎何應欽入京；張治中不久重新從蘭州返寧；翁文灝答應繼吳忠信擔任總統府秘書長；留滬立委聯名電責孫科背棄代總統的罪行；監察院決定南京復會以支持李宗仁。所有這一切，大大加強了李宗仁的政治地位。
在各方面施加的壓力下，孫科卒率他的行政院於三月初從廣州返抵南京，孫科初願局部改組內閣，意圖戀棧。但孫科包庇他的如夫人藍妮向中央信託局索回德國染料一案，事屬違法亂紀。監察院準備對此提出彈劾，孫科看到勢頭不對，自動提出辭職，李宗仁於是接受白崇禧的推薦，提出何應欽繼孫科任行政院長。
白崇禧因爲在北伐任東路軍前敵總指揮時，與何應欽合作得很好，所以一直對何氏寄予希望。時人對新閣人選也有好評，一個國民黨中常委曾向何應欽致賀詞說：“希望你與李、白團結奮鬥，重演‘龍潭戰役’的盛績。”意指一九二七年八月，蔣介石首次下野後，孫傳芳以全力從龍潭渡過長江偷襲南京，卒賴李、何、白三人忠誠合作，始能轉危爲安。
但美方對何應欽爲人，卻沒有什麼好感。三月十五日，司徒雷登對天津總領事轉送天津總商會提出的備忘錄，指出：“他們（指天津總商會）感到蔣委員長表面上的引退，對國民政府的性質並沒有起多少影響，特別是鑑於何應欽被選爲新的行政院長一事，尤其如此。何應欽是把中國弄到目前這樣可憐的地步的典型人物，他們相信，在此關頭，對一個已經完蛋的政府作進一步的援助，將是沒有用處的。他們覺得目前的局勢只能由中國人來解決。暫時我們應該採取旁觀的政策。”這無異表明，到了此時，司徒雷登的態度已有根本的變化，他不對李宗仁政府抱有任何幻想了。