一九四一年一月四日，新四軍軍部及直屬部隊九千餘人，依照軍事委員會指定的路線北移，開到皖南涇縣太平間茂林村地區，被顧祝同、上官雲相指揮的部隊七萬餘人包圍，新四軍被迫自衛。至十四日，新四軍大部壯烈犧牲，僅千餘人突圍而去。軍長葉挺被俘，項英副軍長陣亡，此即歷史上震驚中外的“皖南事變”。
一月十五日上午十時半，何應欽召集白崇禧、張治中在總長辦公室舉行臨時會報，研究皖南事變善後辦法。軍令部對此提出了兩個方案：一是明令撤銷新四軍番號；一是不撤銷番號，任其渡江北上，以觀其動態如何，再作處置。張治中主張用第二案，白崇禧則主張以甲乙兩案呈請蔣介石裁決。蔣介石終於採納甲案，於一月十七日以國民政府下令宣佈新四軍爲叛軍取消新四軍番號，並將軍長葉挺交付“軍法審判”。
一月十八日，中央對皖南事變發表談話，指出皖南事變僅爲國民黨反動派投降大陰謀中之一個步驟而已，全國人民應亟起制止。同時向國民黨政府提出懲辦皖南事變禍首何應欽、顧祝同、上官雲相……
值得注意的是，白崇禧夥同何應欽發出臭名昭彰的“皓”電，爲“皖南事變”製造輿論，以後在軍委會討論處置新四軍方案時，他一直以強硬派姿態出現。爲什麼中央沒有把他列入禍首名單呢？
對於這樣一個問題，在《關於打退第二次的總結》作出瞭解答，他說：“上次（）居於中間立場的桂系，這一次雖然轉到方面，卻和蔣系仍然有矛盾，不可視同一律。”於此可見統戰手法的巧妙。
因此，由延安派來的劉仲容，依舊在嘉陵新村李子壩八號白公館工作，他經常與曾家巖五十號八路軍重慶辦事處保持密切接觸。由於劉仲容富有地下工作經驗，戴笠統率的軍統特務，始終沒有抓到他的把柄。
白崇禧在“皖南事變”中讓蔣介石充分地利用了一下，事後即冷置一旁，不加理會。白氏深感抑鬱，特遷居壁山西溫泉別墅。壁山爲軍訓部所在地，部務由次長劉士毅全權負責，所以白崇禧樂得整日與其子女戚屬在自建溫泉泳池游泳，他此時頗有點息影林泉的味道，幾乎忘了江淮河漢之間還有炮火連天的抗日戰場。