朱由檢以戰時需要的名義決定成立大元帥府。
以原有的五軍都督府爲基礎改組。
大元帥府設參謀本部、陸軍部、海軍部、財務處、總裝備處、總政治處、總後勤處、總訓練處等機構。
大明皇帝親自任大元帥。
也就是說大元帥府各附屬機構統一向崇禎帝朱由檢負責，不隸屬於六部和內閣。
同時，十二個戰區的指揮長官即總兵和總督也直接向大元帥府負責。
朱由檢如此做便就是要將軍政分開，內閣統民政，大元帥府統軍事，而兵部則擔當兩者之間協調的橋樑。
成立了大元帥府，接下來便是各戰區指揮長官的任命。
朱由檢將內閣七名成員帶着一起來淮安府的重要目的，便是要撇開南京的官員，在淮安府直接組建從中央大元帥府到地方總督總兵的指揮體系。
在成立大元帥府前，內閣和司禮監依舊是承接旨意政令下達的重要環節。
因而，朱由檢在讓內閣票擬、司禮監批紅，下達自己成立大元帥府後，便直接以大元帥府令，宣佈現有十二個戰區總督總兵人選。
其中。
山東戰區，包括大明現控制的部分北直隸地區，戶部尚書倪元璐改爲右都御史任山東總督，由皇帝義妹、周遇吉之妻朱昭明任總兵官。
而周遇吉則調任淮揚任總兵官，協助朱由檢訓練近衛新軍。
河南戰區，則由呂大器由兵部左侍郎銜任河南總督兼總兵官，統轄河南軍政大權。
河南乃四戰之地，早已是民生凋敝，且無險可守，朱由檢不放心讓原本歷史上投降滿清的許定國統轄總兵大權，便讓呂大器直接兼領。
鳳陽戰區，則由李邦華直接以大學士之尊擔任總督，而劉芳亮任總兵官。
內閣大學士可以兼領地方總督一職，但這也只能是朱由檢的絕對心腹且必須是京畿地區，以便軍政協調。
應天戰區，以路振飛擔任總督，御馬監何新任總兵官。
淮揚戰區自然是李明睿擔任總督，周遇吉任總兵官。
如此，鳳陽、應天、淮揚三個戰區便俱是朱由檢隨扈南遷的嫡系。
蘇淞戰區，乃江南富庶之地，也是江南士紳集中地，朱由檢乾脆讓流賊出身的高傑任此地總兵官和總督。
這樣，也算是避免江南士紳掌控軍權。
畢竟高傑這樣的人素來不被士大夫相容，如今朱由檢偏偏讓高傑駐守蘇淞，無疑是有意噁心一下這些士紳。
湖廣戰區，朱由檢只能名義上任命左良玉爲總兵官，何騰蛟爲總督，但朝廷並沒有多大的實際控制權。
江西戰區，朱由檢則讓袁繼鹹任總督，黃得功任總兵官。
這樣一來，黃得功的大軍直接以調任爲名義換防江西九江南昌一帶，同安慶和廬州一帶的劉方亮一起從東面和南面兩個方向防備左良玉部。
雲貴戰區和兩廣戰區，朱由檢則一時不知該擬定何人選，便只能暫且擱置着。
浙江戰區，重在防倭和福建鄭芝龍海盜，朱由檢便讓曾在山東與周遇吉共事且也算是自己隨扈南下心腹的孫元綸任浙江總督且兼總兵官。
而福建之地，朱由檢便調任自己的隨扈南下心腹申佳允爲福建總督，福建總兵自然是鄭芝龍。
朱由檢現在也必須承認鄭芝龍在福建的實力，且也不得不以示重用。
除福建和湖廣、雲貴、兩廣以外。
最重要的京畿三個戰區和江西、河南、山東三處前沿戰區都已安排了可靠的人。
接下來，朱由檢決定繼續任命大元帥府中央附屬機構的負責人。
周遇吉兼領了陸軍部總長，參謀本部則由兵部尚書馬士英暫代，海軍部則由操江提督劉孔昭暫領，財務處則以韓守敬暫領，總政治處則是吏部左侍郎金炫暫領，總裝備處則由史可法暫領，總後勤處以淮揚總督李明睿暫領，總訓練處則由劉芳亮暫領。
如此，整個大元帥府也算是搭建完畢。
“現在你們也都知道自己是什麼職務，自己該守那塊地，那麼接下來便是十二支近衛軍的組建，你們之前的兵力全部打亂，回去後務必在一月內裁汰完老弱，本部家將親兵全部派到淮安府來，然後再報上你們實際兵力人數；
朕會給你們補齊主力戰兵五萬輔兵十萬的規模，不可弄虛作假，朕會令錦衣衛協查，另外，朕的大元帥府也只發十五萬人的響，你們要想多招軍隊，要麼向朕上報，要麼自己掏銀子！
再則各戰區除鳳陽、應天、淮揚外，你們自己練兵自己搭建班子，但也有競爭機制，以後朕會以大元帥府的名義舉辦軍演，你們誰要是贏得最多，同時，在未來戰爭中，誰表現得最好，朕會封他世襲罔替之國公位，甚至讓他淡然北伐主將。”
另外，朕在這裡下道旨意，他日誰能北伐中原恢復京師者，封王爵！”
朱由檢這句話一出，讓羣臣不由得摩拳擦掌起來，雖說異姓稱王素來被君主所忌，但他依舊象徵着個人在體制內上升的最高地位，所以依舊能吸引着無數的人。
除周遇吉、李明睿、劉方亮、李邦華、何新、路振飛、馬士英、劉孔昭、韓守敬、史可法等留下以外，其餘盡皆便開始陸續離開淮安府接受新的任命。
呂大器面色凝重，現在戰事正蔓延到河南，儘管他不明白陛下爲何讓自己做河南總督兼領總兵官，但他也只能咬牙前行，盡最大努力守住河南。
而黃得功則是神色淡然，並主動給劉芳亮打招呼，邀請他在淮安府尋一酒樓敘話，畢竟劉芳亮即將接管他的地盤，他可以給劉芳亮交待一些事情。
而劉芳亮雖然不服周遇吉，但也對侯爺之尊的黃得功頗爲客氣，如今見他傾囊相授，便也添了敬佩之意，也就虛心請教起來。
高傑很高興，他滿臉興奮跑來也跟劉芳亮打招呼：“兄弟，哥哥我就要去蘇州了，聽說那地方美人多，你要不要哥哥到時候給你尋覓幾個。”
“混賬東西，陛下執法嚴着呢，你去蘇州後要是敢胡鬧，小心陛下要了你腦袋！”
劉芳亮說着就瞥了周遇吉一眼，不由得哼了一聲。
這裡，高傑剛被劉芳亮說了一句，便見錦衣衛指揮使同知李若璉走了來：“興平伯高傑是吧，陛下召見！”