得到慈禧的首肯，光緒皇帝決定大刀闊斧改革，他下旨任命康有爲當工部主事，給康有爲升官，加快了變法步伐。一時間，康有爲在京城聲名大噪，很多維新變法的中間派都投到翁同龢和康有爲門下，參與變法維新。“帝黨”的勢力迅速膨脹。只有李鴻章、李經述、張之洞等務實的洋務派，清醒地意識到康有爲變法的問題，同他們保持距離，李經述甚至對李鴻章預言：“這次變法維新，過於倉促虛空，爭權奪利乃是實質，恐怕難超過百日。”
此時，康有爲狂妄到連李鴻章也不放在眼裡的地步。康有爲成立強國會，李鴻章派袁世凱去帶他送上白銀千兩，略表心意，康有爲很有骨氣地拒收，還把袁世凱晾在門外一個時辰，氣得袁世凱當即回了天津。
李經述當時還在天津，問袁世凱對康有爲的印象如何？袁世凱回答說：“此輩閱歷甚淺，不足爲謀。”
1893年，光緒皇帝頒佈“詔定國是”，正式開始變法，比歷史上的“戊戌變法”提前了五年，這一次變法的主角，依然是協辦大學士、軍機大臣、總理大臣、戶部尚書翁同龢，工部主事康有爲、刑部主事楊深秀、內閣中書楊銳、刑部主事劉光第，康有爲的弟弟康廣仁也從廣東南海老家趕來北京幫忙。
剛開始，光緒皇帝頒佈了雪花般多的新令，讓各省修鐵路，辦洋務，試探慈禧太后的態度，只是小打小鬧，這些舉措在慈禧太后的可接受範圍之內，慈禧沒有吭聲。
不久，光緒皇帝試着給慈禧太后扔了一顆“手榴彈”：光緒皇帝開始改革官制，裁撤了詹事府、通政司、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺、大理寺等六個閒散衙門，相當於一下子撤掉了六個中央直屬機關，改革力度空前，慈禧太后依然沒有吭聲，在頤和園裡悠閒地看昆明湖的日出日落，“帝黨”一片歡呼雀躍。康有爲更有一種拯救天下“捨我其誰”的豪情，建議光緒皇帝再大步向前走。
這時，六部九卿的守舊官員坐不住了，因爲有謠言，裁撤了詹事府、通政司、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺、大理寺，下一步光緒皇帝和翁同龢、康有爲他們要裁撤六部九卿。整個京師惶恐，守舊的老臣排着隊到頤和園找慈禧太后告狀，說現在朝中只有一個臣子能承皇上的意，那就是翁同龢；只有一個讀書人入得了光緒皇帝的眼，那就是康有爲。
慈禧太后面不改色，安慰羣臣說：“你們說了半天，不就是擔心自己的官位不保嗎？汝等暫且回去，哀家馬上下一道懿旨，收回二品以上大臣的任命和裁撤權，這樣你們這些朝中大員，就可安心回家睡覺了。”
得了慈禧太后的保證，這些朝中守舊官員才停止了哭泣，打道回府了。慈禧太后沒想到，她的懿旨剛發，五天後，光緒皇帝和翁同龢就給她扔了一顆“炸彈”！八月十九日，光緒皇帝未請示慈禧太后，就下了聖旨，罷免了禮部尚書懷塔布、許應騤等六名高官，理由是他們不執行皇帝的維新旨意。
這六名高官都是一品大員，光緒皇帝這麼做，是翁同龢和康有爲的主意，殺一儆百，一下子罷免六位高官，帝王的威嚴馬上就會被樹起！不過，這樣一來，慈禧太后那道要求二品以上官員由她處理的懿旨就成了一紙空文，相當於給了慈禧太后一耳光。慈禧太后不愧是搞政變出身的高手，她這時被打臉了竟然還不還手，若無其事在頤和園吃齋唸佛，面對那些找她哭訴的大臣，也令其“暫且忍耐”！
見慈禧沒有反對，翁同龢和康有爲大喜，覺得這老太婆不敢吭聲，肯定是被變法的氣勢嚇倒了，現在全國上下，無不爲皇上的變法維新叫好，光緒皇帝維新變法，還登上了《紐約時報》的頭版頭條，最重要的是，連泰西各國洋公使也積極支持光緒皇帝變法。他們料定慈禧不會再幹涉時政，決定一鼓作氣，給慈禧太后爲首的守舊“後黨”扔了一顆“原子彈”：開始朝李鴻章下手！搞倒李鴻章，翁同龢等這一天，已經等了近三十年，想得都快發瘋了！
光緒皇帝對朝李鴻章下手還是有點猶豫不決，問翁同龢道：“翁師傅，李鴻章是太后倚重多年的重臣，而且對維新變法也比較支持，如果動了李鴻章，太后豈會善罷甘休？”
翁同龢道：“現在天下人人都支持變法，打了李鴻章這隻大老虎，就說明朝中沒人不能動，天下必然信服皇上，以後變法維新的阻力會小很多。”
光緒皇帝還是猶豫不決，翁同龢說，可以先試試。光緒皇帝在翁同龢的大力慫恿下，下詔罷免李鴻章總理衙門總署大臣之職。
翁同龢的想法，是先罷免李鴻章總理衙門總署大臣之職，如果慈禧太后不吭聲，他就接着慫恿光緒皇帝罷免李鴻章北洋通商大臣之職，如果慈禧太后依然不說話，就建議光緒皇帝罷免李鴻章直隸總督和大學士的職務，讓李鴻章告老還鄉！不過，這一切，只是翁同龢做的春秋大夢而已，正如他和康有爲“變法三年讓中國自立富強”的烏托邦之夢一樣！
變法維新動到李鴻章頭上，已經觸及了慈禧太后忍無可忍的底線。慈禧太后秘密傳召榮祿到頤和園，讓他調動京城兵馬，做好囚禁光緒皇帝的軍事準備。爲了再給光緒皇帝一次機會，慈禧沒有急於下手，她帶着光緒皇帝去探望了賦閒的恭親王，藉機敲打光緒皇帝。
恭親王奕自從復出的機會被李經述攪黃之後，病情就越來越嚴重，到了1893年9月，就基本臥牀不起。他似乎也知道自己的生命可能很快就要走到終點，但他深爲憂慮的還是大清帝國的未來，他期待中國能夠在洋務的道路上繼續前行，依然不希望清政府進行太大的改革，更不要聽信康有爲那些極端激進變革的建議。
慈禧太后知道恭親王的心思後，兩次和光緒帝多次前往探視恭親王，恭親王也利用這樣的機會向太后和皇上表達了自己的憂慮。
恭親王躺在病牀中，見到慈禧和年輕的光緒皇帝，掙扎着要丫鬟扶他起來行禮。慈禧太后說免了，恭親王掙扎坐起後，對光緒皇帝說：“皇上，老臣有一言，不得不說，現在爾父已仙逝，老臣也命不久矣，請皇上尊重太后，她畢竟政事嫺熟。汝在用人行政上要格外小心，恪守成法，維繫人心，與那些忠於大清國的大臣們，比如李鴻章、榮祿等共同商量，治理國家，經武整軍，富國強兵。吾雖在府內，亦聞有廣東舉人主張變法，皇上當慎重，不可輕任小人。”
光緒皇帝這時有了自己的主見，回答恭親王說：“當今天下，人心思變，朕不過是順勢而爲罷了。”
恭親王咳嗽了兩聲，道：“皇上，大清國確實應該進行某些方面的改革，但這種改革只能是舊有體制的完善，而不能另起爐竈從頭開始。翁同龢、康有爲等人的所謂‘從內政根本’進行改革的構想，以及在內廷設立制度局的想法，實際上是要另起爐竈，意在廢我軍機。果如此，以皇上的政治智慧和經驗閱歷，勢必淪爲翁同龢、康有爲手中的傀儡，那樣不僅對我滿洲皇族不利，對大清王朝也極端危險啊。望皇上三思！”
光緒皇帝聽恭親王攻擊康有爲，還攻擊他的老師翁同龢，有點不滿，道：“朕受翁師傅多年的教導，他從未欺騙過朕，朕也不曾發現他弄權。”
“那是皇上閱人不深啊。”恭親王又咳嗽了兩聲，用生命的最後一點力氣對光緒皇帝說：“以臣多年與翁同龢共事的經驗瞭解，翁同龢居心叵測，並及怙權，如果不對他進行防制，將來一旦他與康有爲等人聯手，必將禍及大清國。”
慈禧太后聽了恭親王的臨終交代，點點頭，道：“六哥，你放心吧，哀家雖老了，但也不會任憑皇上胡來的。”
年輕的光緒帝感到格外惱火，因爲被恭親王所不齒的翁同龢，是自己敬重多年的師傅。但是人之將死，其言應善，光緒皇帝決定試探一下翁同龢對自己的忠誠度。翁同龢也收買了慈禧太后身邊的太監，他很快得到了也知曉恭親王的臨終遺言，嚇出了一身冷汗，他知道恭親王在慈禧心中的分量，心想要保住自己的地位與權勢，就必須馬上與康有爲等維新人物一刀兩斷，至少要暫時割斷關係。畢竟，他是協辦大學士、軍機大臣、總理大臣、戶部尚書，而康有爲本來只是一個舉人，爲了他把自己搭進去，太不值了！
那天晚上，光緒皇帝試探翁同龢，向翁同龢索要康有爲的著作。此時，已有心理準備的翁同龢，出於自我保護的本能，矢口否認與康有爲有來往，更沒有他的著作：“臣身爲軍機大臣、總理大臣，怎麼會有此人的著作？”
翁同龢的反常回答，使光緒帝不快，因爲皇上清楚地記得正是這位師傅向他不止一次地推薦過康有爲，甚至不止一次地希望皇上能夠破格召見康有爲。光緒皇帝問道：“康有爲不是老師您推薦的嗎？怎能說沒有與康有爲往來呢？是什麼原因使你不與康有爲往來？”
翁同龢說：“剛開始臣以爲康有爲不錯，後來臣和榮祿、李鴻章一起去天津召康有爲問話後，頓覺得此人狂妄無知，居心叵測。”
翁同龢這個回答，更使光緒皇帝反感，道：“翁師傅先前竭力推薦康有爲，怎麼現在他竟然變成了‘居心叵測’的小人，那麼你先前是怎樣考察的？你先前爲什麼不詳說？”
翁同龢鎮定自若，回答說：“先前沒有看到過康有爲的全部著作，最近得讀他的《孔子改制考》，他亂改聖人之言，於是臣得到這樣的認識。”
光緒皇帝心裡有些憤怒，自從他見過恭親王后，翁同龢就跟以前判若兩人了？他決定今天不再與師傅理論，待明日師傅調整好情緒再說。第二天，光緒帝重演昨日故事，再次提起康有爲，翁同龢並沒有忘記恭親王的遺言，依然如昨日一樣回答了光緒皇帝的問題：“康有爲居心叵測，可能是政治小人，臣現在與康有爲也沒有什麼往來。”
翁同龢的回答，徹底激怒了光緒皇帝，因爲這在很大程度上證明了恭親王的判斷是正確的，翁同龢要變法確實居心不良。光緒皇帝覺得翁同龢慫恿他維新變法，並不是爲了富國強民，而是爲了公報私仇，搞倒李鴻章。翁同龢自以爲聰明矢口否認與康有爲往來，殊不知弄巧成拙，反而暴露出自己政治上不誠實的一面，驗證了恭親王的評判。光緒皇帝心寒不已，覺得翁同龢已不可信。但是，迫於翁同龢身爲帝師，位高權重，還是帝黨的中流砥柱，不好公開翻臉，表面上還是對翁同龢畢恭畢敬。
光緒皇帝不搞翁同龢，不代表慈禧太后也不會動他。就在光緒維新變法的第四天，慈禧太后忍無可忍，發佈懿旨，發動突然襲擊，罷免翁同龢，光緒皇帝措手不及，完全沒有心理準備。
懿旨送到時，正是翁同龢六十三歲的壽辰。光緒皇帝正在毓秀宮的大殿大張旗鼓給老師過生日，當時朝中文武百官大半來捧場，翁同龢也因爲革去了李鴻章的總署衙門大臣一職心情大好，感覺“終於出了心中一口惡氣”。朝中那些善於阿諛奉承的人趁機大貶李鴻章，馬屁拍得翁同龢得意忘形，他正準備給大家分壽麪，李蓮英帶四個太監闖入大殿，說：“老佛爺懿旨到，翁同龢接旨！”
以前翁同龢過生日，慈禧太后每年也都會給翁同龢送壽禮，翁同龢剛開始以爲李蓮英今日來也是例行公事，趕忙笑臉相迎，“啪啪”一甩官袖，下跪接旨。李蓮英高聲宣佈慈禧太后的旨意：“翁同龢身爲帝師，本應鞠躬盡瘁，輔佐幼君。不想妖言惑衆，擾亂朝綱，着即日起，逐出毓秀宮，開缺回鄉，永不敘用！”
翁同龢聽到“永不敘用”這四個字，如五雷轟頂，上次餓死百萬災民，慈禧太后也只是讓他回家反省三年，這次是“永不敘用”，他知道自己的前途毀了。殿裡的大臣們聽到“永不敘用”四個字，紛紛搖頭，手中茶水涼了，爲翁同龢賀壽的大臣當即走了一半。
光緒皇帝懵了，他雖然對翁同龢有意見，也沒有要罷免他的意思，朝中已經沒有他信任的重臣。於是光緒皇帝問李蓮英：“李公公，汝是不是念錯字了？朕要去面見親爸爸。”
李蓮英陰陽怪氣地答道：“老佛爺說了，她這幾日不想見皇上。”
然後，李蓮英命兩位太監上前摘了翁同龢頂戴花翎，脫了他的官服，道：“翁大人，快走吧。老佛爺懿旨，着你立即回鄉，如果晚了，老佛爺改變主意，你想走也走不了！”
言下之意，慈禧太后讓翁同龢回老家，還是恩典，若是改變了主意，他的人頭就得落地了。聽到這句話，翁同龢一口壽麪都沒吃，呆在原地。兩位小太監上前，當着衆人的面，脫了他的官服，催促他快走。
翁同龢失魂落魄，慢慢走出了毓秀宮的宮門，邁出午門時，還差一點被門檻絆倒。到了宮外，光緒皇帝追了出來，拉着翁同龢的手告別，卻不知說什麼好。翁同龢說：“皇上快回去吧，彆着涼，保重龍體。”
說完，翁同龢弓着背，走出了這呆了幾十年的紫禁城。他知道，這一走，就再也回不來了！翁同龢擡頭望了一眼無垠的天空。那裡還是藍天，只是白雲蒼狗，催人淚下！